Camera trap surveys of Atlantic Forest mammals: A data set for analyses considering imperfect detection (2004-2020).

Camera traps became the main observational method of a myriad of species over large areas. Data sets from camera traps can be used to describe the patterns and monitor the occupancy, abundance, and richness of wildlife, essential information for conservation in times of rapid climate and land-cover changes. Habitat loss and poaching are responsible for historical population losses of mammals in the Atlantic Forest biodiversity hotspot, especially for medium to large-sized species. Here we present a data set from camera trap surveys of medium to large-sized native mammals (>1 kg) across the Atlantic Forest. We compiled data from 5380 ground-level camera trap deployments in 3046 locations, from 2004 to 2020, resulting in 43,068 records of 58 species. These data add to existing data sets of mammals in the Atlantic Forest by including dates of camera operation needed for analyses dealing with imperfect detection. We also included, when available, information on important predictors of detection, namely the camera brand and model, use of bait, and obstruction of camera viewshed that can be measured from example pictures at each camera location. Besides its application in studies on the patterns and mechanisms behind occupancy, relative abundance, richness, and detection, the data set presented here can be used to study species' daily activity patterns, activity levels, and spatiotemporal interactions between species. Moreover, data can be used combined with other data sources in the multiple and expanding uses of integrated population modeling. An R script is available to view summaries of the data set. We expect that this data set will be used to advance the knowledge of mammal assemblages and to inform evidence-based solutions for the conservation of the Atlantic Forest. The data are not copyright restricted; please cite this paper when using the data.

As armadilhas fotográficas tornaram­se o principal método de observação de muitas espécies em grandes áreas. Os dados obtidos com armadilhas fotográficas podem ser usados para descrever os padrões e monitorar a ocupação, abundância e riqueza da vida selvagem, informação essencial para a conservação em tempos de rápidas mudanças climáticas e de cobertura do solo. A perda de habitat e a caça furtiva são responsáveis pelas perdas populacionais históricas de mamíferos no hotspot de biodiversidade da Mata Atlântica, especialmente para espécies de médio e grande porte. Aqui apresentamos um conjunto de dados de levantamentos com armadilhas fotográficas de mamíferos de médio e grande porte (>1 kg) em toda a Mata Atlântica. Compilamos dados de 5.380 armadilhas fotográficas instaladas no nível do chão em 3.046 locais, de 2004 a 2020, resultando em 43.068 registros de 58 espécies. Esses dados acrescentam aos conjuntos de dados existentes de mamíferos na Mata Atlântica por incluir as datas de operação das câmeras, que são necessárias para análises que lidam com detecção imperfeita. Também incluímos, quando disponíveis, informações sobre importantes preditores de detecção, como marca e modelo da câmera, uso de isca e obstrução do visor da câmera que pode ser medido a partir de imagens de exemplo em cada local da câmera. Além de estudos sobre os padrões e mecanismos por trás da ocupação, abundância relativa, riqueza e detecção, o conjunto de dados aqui apresentado pode ser usado para estudar os padrões de atividade diária das espécies, nível de atividade e interações espaço­temporais entre as espécies. Além disso, os dados podem ser usados em combinação com outras fontes de dados em diversas análises com modelagem populacional integrada. Um script R está disponível para visualizar um resumo do conjunto de dados. Esperamos que este conjunto de dados seja usado para aumentar o conhecimento sobre as assembleias de mamíferos e usado para informar soluções baseadas em evidências para a conservação da Mata Atlântica. Os dados não são restritos por direitos autorais e, por favor, cite este documento ao usar os dados.

A biodiversity hotspot losing its top predator: The challenge of jaguar conservation in the Atlantic Forest of South America.

The jaguar is the top predator of the Atlantic Forest (AF), which is a highly threatened biodiversity hotspot that occurs in Brazil, Paraguay and Argentina. By combining data sets from 14 research groups across the region, we determine the population status of the jaguar and propose a spatial prioritization for conservation actions. About 85% of the jaguar's habitat in the AF has been lost and only 7% remains in good condition. Jaguars persist in around 2.8% of the region, and live in very low densities in most of the areas. The population of jaguars in the AF is probably lower than 300 individuals scattered in small sub-populations. We identified seven Jaguar Conservation Units (JCUs) and seven potential JCUs, and only three of these areas may have ≥50 individuals. A connectivity analysis shows that most of the JCUs are isolated. Habitat loss and fragmentation were the major causes for jaguar decline, but human induced mortality is the main threat for the remaining population. We classified areas according to their contribution to jaguar conservation and we recommend management actions for each of them. The methodology in this study could be used for conservation planning of other carnivore species.

Shelter availability and use by mammals and birds in an Atlantic forest area / Disponibilidade de abrigos e seu uso por mamíferos e aves em uma área de Mata Atlântica

This paper describes the types of ground-level shelters, their availability and use by mammals and birds at Parque Estadual Carlos Botelho (PECB), an Atlantic forest area at southeastern Brazil. Eight types of shelters were found: shelters without tunnels under living trees, shelters with tunnels under living trees, shelters under mounds formed by adventitious roots, shelters under fallen trees, burrows not supported by trees or roots, riverbank shelters, stream tunnels and rock shelters. Mammal species that used shelters more frequently were Agouti paca, Philander frenata, Lontra longicaudis, Metachirus nudicaudatus and Trinomys iheringi. Utilization of shelter types and shelter topographic locations by these six species was roughly similar to the proportions in which shelters of different types and locations were monitored, with the exception of otters, which are semi-aquatic mammals and used mainly riverbank shelters. Contrary to expectations, animals did not choose shelters with entrances fitted to their sizes. Shelters were used either by a single species or by different species. I hypothesize that at the PECB other factors such as microclimate inside shelters must be more important in determining shelter use than shelter external characteristics or topographic location. Some species, as coatis Nasua nasua and probably small didelphids and birds, enter shelters to search for invertebrates and small vertebrates.

Este artigo descreve os tipos de abrigos encontrados no solo, sua disponibilidade e uso por mamíferos e aves no Parque Estadual Carlos Botelho (PECB), uma área de Mata Atlântica no sudeste do Brasil. Foram encontrados oito tipos de abrigos: abrigos sem túneis sob árvores vivas, abrigos com túneis sob árvores vivas, abrigos sob raízes adventícias, abrigos sob árvores caídas, escavações não sustentadas por raízes ou árvores, abrigos em barrancos de rios, túneis formados por riachos e abrigos entre rochas. Os mamíferos que mais usaram os abrigos foram Agouti paca, Philander frenata, Lontra longicaudis, Metachirus nudicaudatus e Trinomys iheringi. A utilização dos tipos de abrigos e das localizações dos mesmos por estas seis espécies foi, de forma geral, proporcional à quantidade de abrigos monitorados para cada tipo e cada topografia, com a exceção das lontras, que sendo mamíferos semi-aquáticos utilizaram principalmente abrigos nos barrancos de rios. Ao contrário do esperado, os animais não escolheram abrigos cujas entradas correspondessem a seus tamanhos corporais. Os abrigos foram usados tanto por uma só espécie quanto por várias espécies. Sugiro que no PECB fatores como microclima no interior dos abrigos usados pelas espécies devem ser mais importantes na seleção dos abrigos do que as características externas e localização dos mesmos quanto à topografia. Algumas espécies, como quatis Nasua nasua e provavelmente pequenos didelfídeos e aves, entram nos abrigos em busca de invertebrados e pequenos vertebrados.

Contribuiçäo ao estudo da história natural do cachorro do mato, Cerdocyon thous e do cachorro vinagre, Spethous venaticus / Contribution to the study of the natural history of the crab-cating fox Cerdocyon thous and the bush dog Spethous venaticus

O objetivo deste projeto foi descrever a ecologia comportamental e a ontogênese do comportamento social de um grupo de Speothos venaticus, o único pequeno canídeo que caça em grupos, em uma área de Mata Atlântica no Estado de Säo Paulo, o Parque Estadual Carlos Botelho. Os cursos de água da área de estudos foram percorridos em busca de cachorros vinagre, seus indícios ou tocas, foram colocadas iscas para atrair os animais e foi feita "tocaia" nos locais onde estes foram vistos ou seus indícios encontrados. Devido à dificuldade de localizaçäo de um grupo de cachorros vinagre após 17 meses de trabalho no campo, o projeto foi ampliado para incluir o estudo comparativo dos mesmos aspectos em Cerdocyon thous, espécie filogeneticamente próxima a Speothos mas com características ecológicas e comportamentais muito distintas. Esta espécie foi estudada através de rádio-telemetria, análise de fezes e observaçöes ad libitum. A dificuldade de localizaçäo de Speothos venaticus no PECB pode ser atribuída à grande extensäo da sua área de uso ou a possíveis hábitos nômades. A área de uso do cachorro do mato foi estimada em 382,5 ha pelo MPC e 999,1 ha pelo Kernel Adaptativo. Sua dieta é onívora e varia sanzonalmente. Os cachorros do mato no PECB näo säo estritamente noturnos como em outras áreas onde foram estudados, provavelmente devido à temperatura mais baixa e menor presença humana