RESUMEN
Introducción. El virus de la hepatitis delta (VHD) es el causante de la forma más severa de la hepatitis viral humana, se asocia con un riesgo alto de fibrosis al hígado y carcinoma hepatocelular (HCC). Existen 8 genotipos del VHD con diferente distribución geográfica. Objetivos. Identificar los genotipos del VHD circulante en Huanta y tres pueblos indígenas de la Amazonía peruana. Métodos. Estudio observacional y transversal, realizado en 582 muestras reactivas para anti-HBc del VHB. Por el método nRT-PCR se procesaron todos los anti VHD positivos, el genotipo fue determinado mediante secuenciamiento directo tipo Sanger y análisis filogenético del fragmento R0. Se utilizaron 111 secuencias de referencia del GenBank. Las 42 secuencias del estudio fueron editadas y ensambladas con programas bioinformáticos. El análisis filogenético y evolutivo se realizó con los programas: Beast V2.5.2, Jmodeltest v2.1.10, Tracer v1.7.1, Tree Annotator y Figtree v1.4.4. Se utilizaron los modelos Bayesianos Yule y Birth Death skyline serial, el MCMC en 30 y 80 millones respectivamente, con el relaxed uncorrelated Exponential molecular clock. Se calcularon las medidas de resumen y de tendencia central utilizando el programa en STATA 14.0. Resultados. La media de la edad fue de 38 años, el 52,8% fueron mujeres. 101 muestras fueron positivas para anticuerpos anti-VHD. El ARN del VHD fue detectado en el 49,5% de las muestras reactivas a ELISA anti-VHD. El análisis filogenético determinó la presencia del genotipo 3. Conclusiones. Se evidencia la presencia del genotipo 3 del VHD en comunidades andinas y amazónicas del Perú.
Introduction. The Hepatitis Delta Virus (HDV) is the cause of the most severe form of human viral hepatitis and is associated with a high risk of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma (HCC). There are 8 HDV genotypes with different geographic distribution. Objectives. To identify the genotypes of VHD circulating in Huanta and three indigenous peoples of the Peruvian Amazon. Methods. Observational and cross-sectional study, from 582 reactive samples for anti-HBc-HBV. Anti-HDV positive samples were processed with the nRT-PCR method, genotype was determined by direct Sanger-type sequencing and phylogenetic analysis of the R0 fragment. 111 reference sequences from GenBank were used. The 42 sequences of the study were edited y assembled with the bioinformatics programs. Phylogenetic and evolutionary analysis was performed with the following software: Beast v2.5.2, Jmodeltest v2.1.10, Tracer v1.7.1, Tree Annotator and Figtree v1.4.4. The Bayesian Yule and Birth Death skyline serial models were used, the MCMC at 30 and 80 million respectively, with the relaxed uncorrelated Exponential molecular clock. Summary and central tendency measures were calculated using the program in STATA 14.0. Results. The mean age was 38 years, 52.8% were women. 101 samples were positive for anti-HDV antibodies. HDV RNA was detected in 49.5% of the anti-HDV ELISA reactive samples. Phylogenetic analysis determined the presence of genotype 3. Conclusions. The presence of HDV genotype 3 in Andean and Amazonian communities of Peru is evidenced.