RESUMEN
The Zhejiang Han population, a subgroup of the Southern Han ethnic group, resides in Zhejiang Province, situated on the southeast coast of China. In this study, we conducted HLA genotyping for 813 voluntary umbilical cord blood donors from the Zhejiang Han population, targeting 11 HLA loci, namely HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3/4/5, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DPA1, and HLA-DPB1, using the next-generation sequencing method. Our analysis of the alleles and haplotypes revealed a high degree of polymorphism within these loci. A total of 289 unique HLA alleles were identified, with the HLA-B locus exhibiting the most significant diversity, while HLA-DRB4 displayed the lowest variation. Due to the inherent limitations of the sequencing method, some unresolvable alleles in the specific loci, such as HLA-DRB1, HLA-DPA1, and HLA-DPB1, were assigned as G group designation. In our comprehensive analysis across all 11 HLA loci, a total of 1204 haplotypes were estimated. The distribution of these alleles was similar to those of the Chinese Southern Han population while highly different from the Caucasian population. These findings contribute to a deeper understanding of the genetic characteristics of HLA loci within the Chinese Southern Han population.
RESUMEN
HLA-DRB1*11:298 shows one single nucleotide substitution at position 397 T>G compared with HLA-DRB1*11:01:01:01.
Asunto(s)
Alelos , Pueblo Asiatico , Donantes de Sangre , Exones , Sangre Fetal , Cadenas HLA-DRB1 , Prueba de Histocompatibilidad , Humanos , Cadenas HLA-DRB1/genética , Pueblo Asiatico/genética , Prueba de Histocompatibilidad/métodos , Secuencia de Bases , Polimorfismo de Nucleótido Simple , Análisis de Secuencia de ADN/métodos , China , Alineación de Secuencia , Pueblos del Este de AsiaRESUMEN
HLA-DQB1*06:466 differs from HLA-DQB1*06:01:01:01 by a single nucleotide substitution at position 571GâA.
Asunto(s)
Alelos , Pueblo Asiatico , Donantes de Sangre , Exones , Sangre Fetal , Cadenas beta de HLA-DQ , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , Humanos , Cadenas beta de HLA-DQ/genética , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento/métodos , Pueblo Asiatico/genética , Prueba de Histocompatibilidad/métodos , Polimorfismo de Nucleótido Simple , Secuencia de Bases , Análisis de Secuencia de ADN/métodos , Pueblos del Este de AsiaRESUMEN
HLA-DPA1*02:86 differs from HLA-DPA1*02:01:01 by a single nucleotide substitution at position 680 C > A in exon 4.
Asunto(s)
Alelos , Exones , Cadenas alfa de HLA-DP , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , Prueba de Histocompatibilidad , Humanos , Cadenas alfa de HLA-DP/genética , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento/métodos , Prueba de Histocompatibilidad/métodos , Polimorfismo de Nucleótido Simple , Secuencia de Bases , Análisis de Secuencia de ADN/métodosRESUMEN
Compared with HLA-DRB1*14:54:01:01, the alleles HLA-DRB1*14:234 and HLA-DRB1*14:240 each show one nucleotide substitution.
Asunto(s)
Pueblos del Este de Asia , Cadenas HLA-DRB1 , Humanos , Alelos , China , Cadenas HLA-DRB1/genética , Nucleótidos , Pueblos del Este de Asia/genéticaRESUMEN
HLA-B*40:509Q differs from HLA-B*40:01:02:01 by a three nucleotide deletion at position 764 to 766 in exon 4.
Asunto(s)
Pueblos del Este de Asia , Genes MHC Clase I , Antígenos HLA-B , Humanos , Alelos , China , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , Antígenos HLA-B/genética , Pueblos del Este de Asia/genéticaRESUMEN
HLA-B*40:01:02:48 differs from HLA-B*40:01:02:01 by one nucleotide substitution C to A at position -138 in 5'UTR.
Asunto(s)
Genes MHC Clase I , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , Humanos , Alelos , Regiones no Traducidas 5' , Antígenos HLA-B/genéticaRESUMEN
HLA-A*24:567N differs from HLA-A*24:02:01:01 by a single nucleotide deletion at position 149.
RESUMEN
Two novel HLA alleles HLA-C*15:245 and HLA-C*15:246 alleles detected during routine next generation sequencing.
Asunto(s)
Antígenos HLA-C , Humanos , Alelos , Pueblos del Este de Asia/genética , Genes MHC Clase I , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , Antígenos HLA-C/genéticaRESUMEN
HLA-C*06:02:96 differs from HLA-C*06:02:01:01 by one single nucleotide substitution at position 924 C > A.
Asunto(s)
Genes MHC Clase I , Antígenos HLA-C , Humanos , Antígenos HLA-C/genética , Alelos , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , NucleótidosRESUMEN
HLA-DPB1*1299:01N differs from HLA-DPB1*427:01 by one single nucleotide substitution and one nucleotide insertion.
Asunto(s)
Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , Nucleótidos , Humanos , Secuencia de Bases , AlelosRESUMEN
HLA-C*07:02:141 shows one nucleotide substitution at position 4 when compared to HLA-C*07:02:01:01.
Asunto(s)
Pueblos del Este de Asia , Antígenos HLA-C , Humanos , Alelos , Pueblo Asiatico/genética , China , Genes MHC Clase I , Antígenos HLA-C/genética , Análisis de Secuencia de ADNRESUMEN
Compared with HLA-A*26:01:01:01, the alleles HLA-A*26:01:70, and HLA-A*26:01:74 each show one nucleotide substitution, respectively.
Asunto(s)
Pueblo Asiatico , Pueblos del Este de Asia , Humanos , Alelos , Pueblo Asiatico/genética , Antígenos HLA-A/genética , Análisis de Secuencia de ADNRESUMEN
HLA-B*50:01:17 shows one nucleotide substitution at position 861 when compared with HLA-B*50:01:01:01.
Asunto(s)
Genes MHC Clase I , Antígenos HLA-B , Humanos , Secuencia de Bases , Alelos , Antígenos HLA-B/genética , Reacción en Cadena de la Polimerasa , Análisis de Secuencia de ADN , Prueba de HistocompatibilidadRESUMEN
HLA-C*03:537 allele is identical to HLA-C*03:03:01:01 except for a single nucleotide substitution G257C.
Asunto(s)
Pueblo Asiatico , Antígenos HLA-C , Alelos , Pueblo Asiatico/genética , Secuencia de Bases , China , Antígenos HLA-C/genética , HumanosRESUMEN
HLA-C*03:538 differs from HLA-C*03:04:01:01 by a mutation at nucleotide 920.
Asunto(s)
Antígenos HLA-C , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , Alelos , Exones/genética , Genes MHC Clase I , Antígenos HLA-C/genética , HumanosRESUMEN
HLA-DPB1*03:01:14 differs from HLA-DPB1*03:01:01:01 by a single nucleotide substitution at position 390 C > A.
Asunto(s)
Donantes de Sangre , Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento , Alelos , Secuencia de Bases , China , Cadenas beta de HLA-DP , HumanosRESUMEN
HLA-DRB1*08:03:12 differs from HLA-DRB1*08:03:02 by a single nucleotide substitution at position 702C>T.
Asunto(s)
Donantes de Sangre , Alelos , Secuencia de Bases , China , Cadenas HLA-DRB1/genética , HumanosRESUMEN
Compared with HLA-B*46:01:01:01, the alleles HLA-B*46:80 and HLA-B*46:81 each show one nucleotide substitution, respectively.
Asunto(s)
Genes MHC Clase I , Antígenos HLA-B , Alelos , Pueblo Asiatico/genética , China , Antígenos HLA-B/genética , HumanosRESUMEN
HLA-B*46:74 shows a single nucleotide substitution at position 419T>A when compared to HLA-B*46:61.