Liquid biopsy evaluation of circulating tumor DNA, miRNAs, and cytokines in meningioma patients.

Introduction: Liquid biopsy is a non-invasive method used to detect cancer and monitor treatment responses by analyzing blood or other bodily fluids for cancer biomarkers. Meningiomas are the most common primary central nervous system tumors, and biomarkers play a crucial role in their diagnosis, prognosis, and treatment monitoring. The World Health Organization (WHO) classifies meningiomas based on tumor grades and molecular alterations in genes such as in NF2, AKT1, TRAF7, SMO, PIK3CA, KLF4, SMARCE1, BAP1, H3K27me3, TERT promoter, and CDKN2A/B. Liquid biopsy, specifically cell-free DNA (cfDNA) analysis, has shown potential for monitoring meningiomas as it can detect ctDNA release in the blood, unaffected by the blood-brain barrier. MicroRNAs (miRNAs) have also been found to be deregulated in various cancers, including meningiomas, presenting potential as diagnostic biomarkers. Additionally, studying cytokines in the tumor microenvironment may aid in establishing prognostic or diagnostic panels for meningiomas. Methods: In the present study we analyzed the DNA coming from both the plasma and tumor samples, in addition to analyze miRNA-21 and cytokines in the plasma of 28 meningioma patients. Discussion and Conclusion: Our findings indicate that the detection of ctDNA in the plasma of meningioma patients is feasible. However, it's important to note that certain challenges persist when comparing plasma DNA analysis to that of tumor tissues. In our study, we observed a paired identification of mutations in only one patient, highlighting the complexities involved. Furthermore, we successfully identified miR-21 and cytokines in the plasma samples. Notably, our analysis of Interleukin 6 (IL-6) unveiled higher expression in the clear cell subtype compared to the other types. Despite the ongoing research, the clinical implementation of liquid biopsy in meningiomas remains somewhat limited. Nevertheless, our promising results underscore the need for further investigation.

Prevalência e diversidade genética do torque teno vírus em pacientes com lúpus eritematoso sistêmico em serviço de referência no Mato Grosso do Sul / Prevalence and genetic diversity of torque teno virus in patients with systemic lupus erythematosus in a reference service in Mato Grosso do Sul

Estudos recentes sobre o torque teno vírus (TTV), gênero Anellovirus, permitiram construir a hipótese de que esse vírus pode ser um desencadeante ou tenha algum papel patogênico nas doenças reumáticas autoimunes. OBJETIVOS: Verificar a frequência da infecção pelo TTV em pacientes com lúpus eritematoso sistêmico (LES), e sua diversidade gênica, a existência de correlação entre a infecção pelo TTV e as manifestações clínicas do LES, sua evolução clínica e o perfil sorológico. PACIENTES E MÉTODOS: Foram obtidas 46 amostras de soro de pacientes com LES atendidos no Ambulatório de Reumatologia do Hospital Universitário de Campo Grande (NHU/FAMED/UFMS). Para os controles, utilizaram-se 46 amostras de soro de doadores de sangue. O DNA viral foi extraído das amostras utilizando o QIAamp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, Hilden, Alemanha), e amplificado utilizando a técnica de nested PCR. RESULTADOS: Foi encontrada positividade para o TTV em 17 (37 por cento) dos pacientes lúpicos, e em apenas sete (15,2 por cento) dos controles (teste z, P = 0,03). Não houve correlação entre a infecção pelo TTV, as manifestações clínicas, o perfil sorológico e a evolução clínica dos pacientes avaliados neste estudo. CONCLUSÃO: A presença do TTV nos pacientes com LES necessita ser mais bem compreendida a partir deste estudo inicial.

Recent studies on the torque teno virus (TTV), genus Anellovirus, have allowed formulating the hypothesis that TTV may trigger autoimmune rheumatic diseases or have some pathogenic role in them. OBJECTIVES: To determine the frequency of TTV infection in patients with systemic lupus erythematosus (SLE), the genetic diversity of TTV, the correlation between TTV infection and SLE clinical manifestations, and SLE clinical course and serological profile. PATIENTS AND METHODS:Serum samples were obtained from 46 SLE patients treated at the University-Affiliated Hospital of Campo Grande (NHU/FAMED/UFMS), Brazil. For controls, serum samples were obtained from 46 healthy volunteer blood donors. Viral DNA was extracted from samples using the QIAamp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, Hilden, Germany) and amplified using nested PCR. RESULTS: Positivity for TTV was found in 17 (37 percent) of SLE patients and in only seven (15.2 percent) of the controls (z test, P = 0.03). There was no correlation between TTV infection, SLE clinical manifestations, SLE clinical course, and the serological profile of the patients evaluated. CONCLUSION: Further studies on the presence of TTV in SLE patients are required.

Genomic characterization of a Brazilian TT Virus isolate closely related to SEN virus-F

SEN virus (SENV) is a circular, single stranded DNA virus that has been first characterized in the serum of a human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)-infected patient. Eight genotypes of SENV (A-H) have been identified and further recognized as variants of TT virus (TTV) in the family Circoviridae. Here we describe the first genomic characterization of a SENV isolate (5-A) from South America. Using 'universal' primers, able to amplify most, if not all, TTV/SENV genotypes, a segment of > 3 kb was amplified by polymerase chain reaction from the serum of an HIV-1 infected patient. The amplicon was cloned and a 3087-nucleotide sequence was determined, that showed a high (85 percent) homology with the sequence of the Italian isolate SENV-F. Proteins encoded by open reading frames (ORFs) 1 to 4 consisted of 758, 129, 276, and 267 amino acids, respectively. By phylogenetic analysis, isolate 5-A was classified into TTV genotype 19 (phylogenetic group 3), together with SENV-F and TTV isolate SAa-38.

Detecção e caracterização molecular dos cinco genogrupos de Torque Teno vírus em indivíduos infectados e não infectados pelo vírus HIV-1 / Detection and molecular characterization of five genogrupos of Torque Teno virus in individuals infected and uninfected by HIV-1

O Torque teno vírus (TTV) possui um genoma de DNA circular fita simples medindo aproximadamente 3900 nucleotídeos. Sua variabilidade genética é muito elevada, resultando na divisão dos isolados virais em cinco grupos filogenéticos (1 a 5) separados por mais de 50 por cento de divergência na seqüência nucleotídica. Provisoriamente, o TTV se encontra classificado no gênero flutuante Anellovirus, conservando algumas características comuns com os Circovirus. O TTV é distribuído mundialmente e infecta cronicamente, inclusive por mais de um isolado, mais de 80 por cento dos indivíduos aparentemente saudáveis. Contudo, o acúmulo de conhecimento sobre o vírus e seu potencial patogênico tem avançado lentamente pela ausência de sistema de cultura celular capaz de sustentar a replicação do TTV, pela falta de modelo animal, assim como pela carência de metodologias de amplificação que permitam o estudo das características de cada grupo filogenético separadamente. Os mecanismos de interação com o sistema imune que possibilitam a manutenção do equilíbrio vírus-hospedeiro constituem uma das questões mais intrigantes e menos bem estudadas sobre o TTV. Neste contexto técnicas de amplificação de parte ou da totalidade do genoma do TTV foram padronizadas neste estudo. Primeiramente, um ensaio de PCR multiplex, capaz de gerar, de maneira rápida, informações sobre o grau de co-infecção de uma população por diferentes genogrupos de TTV foi padronizado com sucesso. A seguir, a técnica de amplificação por rolling circle, previamente, empregada para isolamento de genomas completos de Begomovirus e Papillomavirus, foi adaptada com sucesso. Pela primeira vez no mundo, um genoma viral (TTV) completo foi amplificado a partir de soro, clonado e seqüenciado. Isto foi feito com dois isolados de TTV humano e dois isolados de TTV suíno. Um dos isolados de TTV suíno de revelou altamente divergente, representando o protótipo de um novo genogrupo. A análise de 15 amostras de soro de pacientes co-infectados pelo HIV-1 antes e em dois momentos após a introdução da terapia antiretroviral de alto impacto (HAART), assim como de 23 soros de doadores de sangue foi conduzida na tentativa de acumular conhecimento sobre as interações entre os diferentes grupos de TTV e o sistema imunológico. A introdução da terapia tem efeito inibitório na carga de TTV e na quantidade de genogrupos presentes na maioria dos indivíduos, provavelmente de maneira indireta, indicando que a imunidade celular participa ativamente do controle da carga de TTV e da quantidade de genogrupos infectantes. Em seguida, 343, clones pertencentes a quatro grupos filogenéticos distintos de TTV, foram isolados de dois pacientes co-infectados pelo HIV-1 antes e após a introdução da HAART e seqüenciados. Concomitantemente à introdução da terapia, foi possível observar uma mudança no equilíbrio das diferentes populações virais em um mesmo individuo. Tanto populações majoritárias quanto minoritárias quanto minoritárias de TTV foram afetadas. Da mesma forma, tanto superinfecções como o desaparecimento de certas populações foram observados.