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1.
Determinants of Neutral Antagonism and Inverse Agonism in the ß2-Adrenergic Receptor.
J Chem Inf Model
; 64(6): 2045-2057, 2024 Mar 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38447156
2.
Deep learning path-like collective variable for enhanced sampling molecular dynamics.
J Chem Phys
; 160(17)2024 May 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38748013
3.
General Metadynamics Protocol To Simulate Activation/Deactivation of Class A GPCRs: Proof of Principle for the Serotonin Receptor.
J Chem Inf Model
; 63(10): 3105-3117, 2023 05 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37161278
4.
Activation/Deactivation Free-Energy Profiles for the ß2-Adrenergic Receptor: Ligand Modes of Action.
J Chem Inf Model
; 63(20): 6332-6343, 2023 10 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37824365
5.
A combined activation mechanism for the glucagon receptor.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(27): 15414-15422, 2020 07 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32571939
6.
Open Binding Pose Metadynamics: An Effective Approach for the Ranking of Protein-Ligand Binding Poses.
J Chem Inf Model
; 62(23): 6209-6216, 2022 Dec 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36401553
7.
Design, Synthesis, and Anticancer Activity of a Selenium-Containing Galectin-3 and Galectin-9N Inhibitor.
Int J Mol Sci
; 23(5)2022 Feb 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35269724
8.
Assessment of the model refinement category in CASP12.
Proteins
; 86 Suppl 1: 152-167, 2018 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29071750
9.
The Role of Protein Loops and Linkers in Conformational Dynamics and Allostery.
Chem Rev
; 116(11): 6391-423, 2016 06 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26889708
10.
DNA-binding protects p53 from interactions with cofactors involved in transcription-independent functions.
Nucleic Acids Res
; 44(19): 9096-9109, 2016 Nov 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27604871
11.
From residue coevolution to protein conformational ensembles and functional dynamics.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(44): 13567-72, 2015 Nov 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26487681
12.
An Efficient Metadynamics-Based Protocol To Model the Binding Affinity and the Transition State Ensemble of G-Protein-Coupled Receptor Ligands.
J Chem Inf Model
; 57(5): 1210-1217, 2017 05 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28453271
13.
Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate triggers activation of focal adhesion kinase by inducing clustering and conformational changes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(31): E3177-86, 2014 Aug 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25049397
14.
Effects of oncogenic mutations on the conformational free-energy landscape of EGFR kinase.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 110(26): 10616-21, 2013 Jun 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23754386
15.
The effect of a widespread cancer-causing mutation on the inactive to active dynamics of the B-Raf kinase.
J Am Chem Soc
; 137(16): 5280-3, 2015 Apr 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25868080
16.
Non-specific protein-DNA interactions control I-CreI target binding and cleavage.
Nucleic Acids Res
; 40(14): 6936-45, 2012 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22495931
17.
SWISH-X, an Expanded Approach to Detect Cryptic Pockets in Proteins and at Protein-Protein Interfaces.
J Chem Theory Comput
; 20(8): 3335-3348, 2024 Apr 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38563746
18.
Addressing Suboptimal Poses in Nonequilibrium Alchemical Calculations.
J Phys Chem B
; 128(7): 1595-1605, 2024 Feb 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38323915
19.
Molecular basis of cyclooxygenase enzymes (COXs) selective inhibition.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 107(12): 5411-6, 2010 Mar 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20215464
20.
The mechanism of allosteric coupling in choline kinaseâ α1 revealed by the action of a rationally designed inhibitor.
Angew Chem Int Ed Engl
; 52(17): 4582-6, 2013 Apr 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23441033