Detalles de la búsqueda
1.
RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures.
Nucleic Acids Res
; 50(W1): W663-W669, 2022 07 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35349710
2.
RNA tertiary structure prediction using RNAComposer in CASP15.
Proteins
; 91(12): 1790-1799, 2023 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37615316
3.
Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models.
Nucleic Acids Res
; 49(17): 9625-9632, 2021 09 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34432024
4.
RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers.
RNA
; 26(8): 982-995, 2020 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32371455
5.
Computational Pipeline for Reference-Free Comparative Analysis of RNA 3D Structures Applied to SARS-CoV-2 UTR Models.
Int J Mol Sci
; 23(17)2022 Aug 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36077037
6.
Topology-based classification of tetrads and quadruplex structures.
Bioinformatics
; 36(4): 1129-1134, 2020 02 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31588513
7.
ElTetrado: a tool for identification and classification of tetrads and quadruplexes.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 40, 2020 Jan 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32005130
8.
RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation.
Nucleic Acids Res
; 46(W1): W30-W35, 2018 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29718468
9.
RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme.
RNA
; 23(5): 655-672, 2017 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28138060
10.
New algorithms to represent complex pseudoknotted RNA structures in dot-bracket notation.
Bioinformatics
; 34(8): 1304-1312, 2018 04 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29236971
11.
RNAfitme: a webserver for modeling nucleobase and nucleoside residue conformation in fixed-backbone RNA structures.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 304, 2018 Aug 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30134831
12.
RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures.
RNA
; 21(6): 1066-84, 2015 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25883046
13.
RNAssess--a web server for quality assessment of RNA 3D structures.
Nucleic Acids Res
; 43(W1): W502-6, 2015 Jul 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26068469
14.
RNApdbee--a webserver to derive secondary structures from pdb files of knotted and unknotted RNAs.
Nucleic Acids Res
; 42(Web Server issue): W368-72, 2014 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24771339
15.
New in silico approach to assessing RNA secondary structures with non-canonical base pairs.
BMC Bioinformatics
; 16: 276, 2015 Sep 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26329823
16.
RNAlyzer--novel approach for quality analysis of RNA structural models.
Nucleic Acids Res
; 41(12): 5978-90, 2013 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23620294
17.
Prediction of hammerhead ribozyme intracellular activity with the catalytic core fingerprint.
Biochem J
; 451(3): 439-51, 2013 May 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23418809
18.
Automated 3D structure composition for large RNAs.
Nucleic Acids Res
; 40(14): e112, 2012 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22539264
19.
A new molecular mechanism of RNA circularization and the microRNA sponge formation.
J Biomol Struct Dyn
; 40(7): 3038-3045, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33200684
20.
The model structure of the hammerhead ribozyme formed by RNAs of reciprocal chirality.
Biosci Rep
; 41(1)2021 01 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33351058