Búsqueda | Biblioteca Virtual en Salud Odontología. Uruguay

1.

G4Boost: a machine learning-based tool for quadruplex identification and stability prediction.

Cagirici, H Busra; Budak, Hikmet; Sen, Taner Z.

BMC Bioinformatics ; 23(1): 240, 2022 Jun 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35717172

2.

Co-expression pan-network reveals genes involved in complex traits within maize pan-genome.

Cagirici, H Busra; Andorf, Carson M; Sen, Taner Z.

BMC Plant Biol ; 22(1): 595, 2022 Dec 19.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36529716

3.

FINDER: an automated software package to annotate eukaryotic genes from RNA-Seq data and associated protein sequences.

Banerjee, Sagnik; Bhandary, Priyanka; Woodhouse, Margaret; Sen, Taner Z; Wise, Roger P; Andorf, Carson M.

BMC Bioinformatics ; 22(1): 205, 2021 Apr 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33879057

4.

LncMachine: a machine learning algorithm for long noncoding RNA annotation in plants.

Cagirici, H Busra; Galvez, S; Sen, Taner Z; Budak, Hikmet.

Funct Integr Genomics ; 21(2): 195-204, 2021 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33635499

5.

JBrowse Connect: A server API to connect JBrowse instances and users.

Yao, Eric; Buels, Robert; Stein, Lincoln; Sen, Taner Z; Holmes, Ian.

PLoS Comput Biol ; 16(8): e1007261, 2020 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32810130

6.

MaizeGDB 2018: the maize multi-genome genetics and genomics database.

Portwood, John L; Woodhouse, Margaret R; Cannon, Ethalinda K; Gardiner, Jack M; Harper, Lisa C; Schaeffer, Mary L; Walsh, Jesse R; Sen, Taner Z; Cho, Kyoung Tak; Schott, David A; Braun, Bremen L; Dietze, Miranda; Dunfee, Brittney; Elsik, Christine G; Manchanda, Nancy; Coe, Ed; Sachs, Marty; Stinard, Philip; Tolbert, Josh; Zimmerman, Shane; Andorf, Carson M.

Nucleic Acids Res ; 47(D1): D1146-D1154, 2019 01 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30407532

7.

Multiple Variant Calling Pipelines in Wheat Whole Exome Sequencing.

Cagirici, H Busra; Akpinar, Bala Ani; Sen, Taner Z; Budak, Hikmet.

Int J Mol Sci ; 22(19)2021 Sep 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34638743

8.

Tissue-specific gene expression and protein abundance patterns are associated with fractionation bias in maize.

Walsh, Jesse R; Woodhouse, Margaret R; Andorf, Carson M; Sen, Taner Z.

BMC Plant Biol ; 20(1): 4, 2020 Jan 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31900107

9.

PedigreeNet: a web-based pedigree viewer for biological databases.

Braun, Bremen L; Schott, David A; Portwood, John L; Andorf, Carson M; Sen, Taner Z.

Bioinformatics ; 35(20): 4184-4186, 2019 10 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30903182

10.

MaizeGDB update: new tools, data and interface for the maize model organism database.

Andorf, Carson M; Cannon, Ethalinda K; Portwood, John L; Gardiner, Jack M; Harper, Lisa C; Schaeffer, Mary L; Braun, Bremen L; Campbell, Darwin A; Vinnakota, Abhinav G; Sribalusu, Venktanaga V; Huerta, Miranda; Cho, Kyoung Tak; Wimalanathan, Kokulapalan; Richter, Jacqueline D; Mauch, Emily D; Rao, Bhavani S; Birkett, Scott M; Sen, Taner Z; Lawrence-Dill, Carolyn J.

Nucleic Acids Res ; 44(D1): D1195-201, 2016 Jan 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26432828

11.

An adaptable pentaloop defines a robust neomycin-B RNA aptamer with conditional ligand-bound structures.

Ilgu, Muslum; Fulton, D Bruce; Yennamalli, Ragothaman M; Lamm, Monica H; Sen, Taner Z; Nilsen-Hamilton, Marit.

RNA ; 20(6): 815-24, 2014 Jun.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24757168

12.

Sampling errors: Aristotle's suspect statistical skills.

Sen, Taner Z.

Nature ; 513(7518): 315, 2014 Sep 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25230644

13.

Harnessing the predicted maize pan-interactome for putative gene function prediction and prioritization of candidate genes for important traits.

Poretsky, Elly; Cagirici, Halise Busra; Andorf, Carson M; Sen, Taner Z.

G3 (Bethesda) ; 14(5)2024 05 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38492232

14.

Chromosome-scale genome assembly of bread wheat's wild relative Triticum timopheevii.

Grewal, Surbhi; Yang, Cai-Yun; Scholefield, Duncan; Ashling, Stephen; Ghosh, Sreya; Swarbreck, David; Collins, Joanna; Yao, Eric; Sen, Taner Z; Wilson, Michael; Yant, Levi; King, Ian P; King, Julie.

Sci Data ; 11(1): 420, 2024 Apr 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38653999

15.

PhosBoost: Improved phosphorylation prediction recall using gradient boosting and protein language models.

Poretsky, Elly; Andorf, Carson M; Sen, Taner Z.

Plant Direct ; 7(12): e554, 2023 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38124705

16.

Data sharing and ontology use among agricultural genetics, genomics, and breeding databases and resources of the Agbiodata Consortium.

Clarke, Jennifer L; Cooper, Laurel D; Poelchau, Monica F; Berardini, Tanya Z; Elser, Justin; Farmer, Andrew D; Ficklin, Stephen; Kumari, Sunita; Laporte, Marie-Angélique; Nelson, Rex T; Sadohara, Rie; Selby, Peter; Thessen, Anne E; Whitehead, Brandon; Sen, Taner Z.

Database (Oxford) ; 20232023 11 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37971715

17.

Molecular simulation of fibronectin adsorption onto polyurethane surfaces.

Panos, Melisa; Sen, Taner Z; Ahunbay, M Göktug.

Langmuir ; 28(34): 12619-28, 2012 Aug 28.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22856639

18.

Predicting Tissue-Specific mRNA and Protein Abundance in Maize: A Machine Learning Approach.

Cho, Kyoung Tak; Sen, Taner Z; Andorf, Carson M.

Front Artif Intell ; 5: 830170, 2022.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35719692

19.

GrainGenes: Tools and Content to Assist Breeders Improving Oat Quality.

Blake, Victoria C; Wight, Charlene P; Yao, Eric; Sen, Taner Z.

Foods ; 11(7)2022 Mar 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35407001

20.

GrainGenes: a data-rich repository for small grains genetics and genomics.

Yao, Eric; Blake, Victoria C; Cooper, Laurel; Wight, Charlene P; Michel, Steve; Cagirici, H Busra; Lazo, Gerard R; Birkett, Clay L; Waring, David J; Jannink, Jean-Luc; Holmes, Ian; Waters, Amanda J; Eickholt, David P; Sen, Taner Z.

Database (Oxford) ; 20222022 05 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35616118

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