Detalles de la búsqueda
1.
Different conformational dynamics of SNARE protein Ykt6 among yeast and mammals.
J Biol Chem
; 299(8): 104968, 2023 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37380075
2.
Calculating 13 C NMR chemical shifts of large molecules using the eXtended ONIOM method at high accuracy with a low cost.
J Comput Chem
; 44(30): 2347-2357, 2023 Nov 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37572044
3.
The Role of Calcium in Regulating the Conformational Dynamics of d-Galactose/d-Glucose-Binding Protein Revealed by Markov State Model Analysis.
J Chem Inf Model
; 61(2): 891-900, 2021 02 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33445873
4.
Revealing Thermodynamics and Kinetics of Lipid Self-Assembly by Markov State Model Analysis.
J Am Chem Soc
; 142(51): 21344-21352, 2020 12 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33314927
5.
The enhanced extended phenomenological kinetics method to deal with timescale disparity problem among different reaction pathways.
J Comput Chem
; 41(24): 2115-2123, 2020 Sep 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32618018
6.
An unconventional ligand-binding mechanism of substrate-binding proteins: MD simulation and Markov state model analysis of BtuF.
J Comput Chem
; 40(14): 1440-1448, 2019 05 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30747434
7.
Structural Features and Energetics of the Periplasmic Entrance Opening of the Outer Membrane Channel TolC Revealed by Molecular Dynamics Simulation and Markov State Model Analysis.
J Chem Inf Model
; 59(5): 2359-2366, 2019 05 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30768264
8.
A Residue outside the Binding Site Determines the Gα Binding Specificity of GoLoco Motifs.
Biochemistry
; 57(47): 6562-6569, 2018 11 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30406994
9.
A revisit of the conformational dynamics of SNARE protein rYkt6.
Biochem Biophys Res Commun
; 503(4): 2841-2847, 2018 09 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30119892
10.
Lipid-Induced conformational switch controls fusion activity of longin domain SNARE Ykt6.
Mol Cell
; 37(3): 383-95, 2010 Feb 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20159557
11.
Maltose-binding protein effectively stabilizes the partially closed conformation of the ATP-binding cassette transporter MalFGK2.
Phys Chem Chem Phys
; 19(14): 9366-9373, 2017 Apr 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28267156
12.
The Dynamic Multisite Interactions between Two Intrinsically Disordered Proteins.
Angew Chem Int Ed Engl
; 56(26): 7515-7519, 2017 06 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28493424
13.
Conformational Dynamics and Protein-Substrate Interaction of ABC Transporter BtuCD at the Occluded State Revealed by Molecular Dynamics Simulations.
Biochemistry
; 55(49): 6897-6907, 2016 Dec 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27951660
14.
The V-motifs facilitate the substrate capturing step of the PTS elevator mechanism.
J Struct Biol
; 196(3): 496-502, 2016 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27720943
15.
Lipid regulated conformational dynamics of the longin SNARE protein Ykt6 revealed by molecular dynamics simulations.
J Phys Chem A
; 119(9): 1554-62, 2015 Mar 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25268560
16.
Multiple conformational states and gate opening of outer membrane protein TolC revealed by molecular dynamics simulations.
Proteins
; 82(9): 2169-79, 2014 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24706332
17.
Molecular dynamics simulation of membrane proteins.
Adv Exp Med Biol
; 805: 305-29, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24446367
18.
The importance of the compact disordered state in the fuzzy interactions between intrinsically disordered proteins.
Chem Sci
; 13(8): 2363-2377, 2022 Feb 23.
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| MEDLINE | ID: mdl-35310482
19.
The conformational transition pathway of ATP binding cassette transporter MsbA revealed by atomistic simulations.
J Biol Chem
; 285(5): 3053-63, 2010 Jan 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19996093
20.
Elastic network model-based normal mode analysis reveals the conformational couplings in the tripartite AcrAB-TolC multidrug efflux complex.
Proteins
; 79(10): 2936-45, 2011 Oct.
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| MEDLINE | ID: mdl-21905116