Detalles de la búsqueda
1.
Catalytic mechanism and pH dependence of a methyltransferase ribozyme (MTR1) from computational enzymology.
Nucleic Acids Res
; 51(9): 4508-4518, 2023 05 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37070188
2.
Amber free energy tools: Interoperable software for free energy simulations using generalized quantum mechanical/molecular mechanical and machine learning potentials.
J Chem Phys
; 160(22)2024 Jun 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38856060
3.
Electronic and Nuclear Quantum Effects on Proton Transfer Reactions of Guanine-Thymine (G-T) Mispairs Using Combined Quantum Mechanical/Molecular Mechanical and Machine Learning Potentials.
Molecules
; 29(11)2024 Jun 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38893576
4.
Rapid Kinetics of Pistol Ribozyme: Insights into Limits to RNA Catalysis.
Biochemistry
; 62(13): 2079-2092, 2023 07 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37294744
5.
Dissociative Transition State in Hepatitis Delta Virus Ribozyme Catalysis.
J Am Chem Soc
; 145(5): 2830-2839, 2023 02 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36706353
6.
AmberTools.
J Chem Inf Model
; 63(20): 6183-6191, 2023 Oct 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37805934
7.
Estimation of frequency factors for the calculation of kinetic isotope effects from classical and path integral free energy simulations.
J Chem Phys
; 158(17)2023 May 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37125722
8.
Modern semiempirical electronic structure methods and machine learning potentials for drug discovery: Conformers, tautomers, and protonation states.
J Chem Phys
; 158(12): 124110, 2023 Mar 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37003741
9.
DeePMD-kit v2: A software package for deep potential models.
J Chem Phys
; 159(5)2023 Aug 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37526163
10.
The L-platform/L-scaffold framework: a blueprint for RNA-cleaving nucleic acid enzyme design.
RNA
; 26(2): 111-125, 2020 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31776179
11.
Who stole the proton? Suspect general base guanine found with a smoking gun in the pistol ribozyme.
Org Biomol Chem
; 20(31): 6219-6230, 2022 08 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35452066
12.
AMBER Drug Discovery Boost Tools: Automated Workflow for Production Free-Energy Simulation Setup and Analysis (ProFESSA).
J Chem Inf Model
; 62(23): 6069-6083, 2022 Dec 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36450130
13.
Multireference Generalization of the Weighted Thermodynamic Perturbation Method.
J Phys Chem A
; 126(45): 8519-8533, 2022 Nov 17.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36301936
14.
Inquiry-Based Activities and Games That Engage Students in Learning Atomic Orbitals.
J Chem Educ
; 99(5): 2175-2181, 2022 May 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35645409
15.
Online Orbital Explorer and BingOrbital Game for Inquiry-Based Activities.
J Chem Educ
; 99(5): 2135-2142, 2022 May 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35770202
16.
Peripheral Methionine Residues Impact Flavin Photoreduction and Protonation in an Engineered LOV Domain Light Sensor.
Biochemistry
; 60(15): 1148-1164, 2021 04 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33787242
17.
Molecular simulations of the pistol ribozyme: unifying the interpretation of experimental data and establishing functional links with the hammerhead ribozyme.
RNA
; 25(11): 1439-1456, 2019 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31363004
18.
CHARMM-GUI Free Energy Calculator for Practical Ligand Binding Free Energy Simulations with AMBER.
J Chem Inf Model
; 61(9): 4145-4151, 2021 09 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34521199
19.
Extension of the Variational Free Energy Profile and Multistate Bennett Acceptance Ratio Methods for High-Dimensional Potential of Mean Force Profile Analysis.
J Phys Chem A
; 125(19): 4216-4232, 2021 May 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33784093
20.
Dynamical ensemble of the active state and transition state mimic for the RNA-cleaving 8-17 DNAzyme in solution.
Nucleic Acids Res
; 47(19): 10282-10295, 2019 11 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31511899