Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in Brazil before the whole genome sequencing era: a literature review.

Molecular-typing can help in unraveling epidemiological scenarios and improvement for disease control strategies. A literature review of Mycobacterium tuberculosis transmission in Brazil through genotyping on 56 studies published from 1996-2019 was performed. The clustering rate for mycobacterial interspersed repetitive units - variable tandem repeats (MIRU-VNTR) of 1,613 isolates were: 73%, 33% and 28% based on 12, 15 and 24-loci, respectively; while for RFLP-IS6110 were: 84% among prison population in Rio de Janeiro, 69% among multidrug-resistant isolates in Rio Grande do Sul, and 56.2% in general population in São Paulo. These findings could improve tuberculosis (TB) surveillance and set up a solid basis to build a database of Mycobacterium genomes.

Análise de polimorfismos genéticos afetando os quatro genes de fosfolipase C (plc) em isolados clínicos do complexo Mycobacterium tuberculosis / Analysis of genetic polymorphisms affecting the four phospholipase C (plc) genes in Mycobacterium tuberculosis complex clinical isolates

0 genoma de Mycobacterium tuberculosis contém quarto genes relacionados, que apresentam significante similaridade com os genes de fosfolipase C de Pseudomonas aeruginosa. Três destes genes, plcA, plcB, e plcC são organizados em "tandem" (locus plcABC). 0 quarto gene, plcD, está localizado em uma região diferente. Este estudo investiga variações nos genes plcABC e pleD em isolados clínicos de M. tuberculosis (MTB), M. africanum (MAF) e M. canettii (MC). Polimorfismos genéticos foram examinados por PCR, Southern blot, seqüenciamento e RT-PCR. Sete isolados MTB contém inserções do elemento IS6110 nos genes plcA, plcC, ou plcD. Em 19 de 25 isolados de MTB examinados, foram identificadas deleções genômicas, resultando na perda parcial ou completa dos genes plcABC e/ou pleD. Deleção completa do gene plcD foi observada em um isolado de MAR Em cada caso, as deleções foram associadas à presença de uma cópia do elemento IS6110 e, em todos os casos a 156110 apresenta a mesma orientação. 0 mecanismo de deleção resultou da recombinação homóloga entre duas cópias de IS6110 e foi reconhecido em um grupo de isolados de MTB geneticamente relacionados. Cinco isolados de MTB apresentaram extenso polimorfismo nas regiões plcABC e plcD, com perda de expressão afetando os quarto genes plc. Fosfolipase C é um fator de virulência bem conhecido em bactérias. 0 papel preciso da fosfolipase C na patogenicidade de M. tuberculosis não está estabelecido, mas considerando o potencial que os genes plc podem ter na virulência do bacilo da tuberculose, o estudo de isolados provenientes de pacientes com tuberculose ativa contendo variações genéticas afetando estes genes podem fornecer indícios da significância da fosfolipase C na patogênese da tuberculose