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Micro-Meta App: an interactive tool for collecting microscopy metadata based on community specifications.

Rigano, Alessandro; Ehmsen, Shannon; Öztürk, Serkan Utku; Ryan, Joel; Balashov, Alexander; Hammer, Mathias; Kirli, Koray; Boehm, Ulrike; Brown, Claire M; Bellve, Karl; Chambers, James J; Cosolo, Andrea; Coleman, Robert A; Faklaris, Orestis; Fogarty, Kevin E; Guilbert, Thomas; Hamacher, Anna B; Itano, Michelle S; Keeley, Daniel P; Kunis, Susanne; Lacoste, Judith; Laude, Alex; Ma, Willa Y; Marcello, Marco; Montero-Llopis, Paula; Nelson, Glyn; Nitschke, Roland; Pimentel, Jaime A; Weidtkamp-Peters, Stefanie; Park, Peter J; Alver, Burak H; Grunwald, David; Strambio-De-Castillia, Caterina.

Nat Methods ; 18(12): 1489-1495, 2021 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34862503

RESUMEN

For quality, interpretation, reproducibility and sharing value, microscopy images should be accompanied by detailed descriptions of the conditions that were used to produce them. Micro-Meta App is an intuitive, highly interoperable, open-source software tool that was developed in the context of the 4D Nucleome (4DN) consortium and is designed to facilitate the extraction and collection of relevant microscopy metadata as specified by the recent 4DN-BINA-OME tiered-system of Microscopy Metadata specifications. In addition to substantially lowering the burden of quality assurance, the visual nature of Micro-Meta App makes it particularly suited for training purposes.

Asunto(s)

Metadatos , Microscopía Confocal/instrumentación , Microscopía Confocal/métodos , Microscopía Fluorescente/instrumentación , Microscopía Fluorescente/métodos , Aplicaciones Móviles , Lenguajes de Programación , Programas Informáticos , Animales , Línea Celular , Biología Computacional/métodos , Humanos , Procesamiento de Imagen Asistido por Computador , Ratones , Reconocimiento de Normas Patrones Automatizadas , Control de Calidad , Reproducibilidad de los Resultados , Interfaz Usuario-Computador , Flujo de Trabajo

Author Correction: Towards community-driven metadata standards for light microscopy: tiered specifications extending the OME model.

Hammer, Mathias; Huisman, Maximiliaan; Rigano, Alessandro; Boehm, Ulrike; Chambers, James J; Gaudreault, Nathalie; North, Alison J; Pimentel, Jaime A; Sudar, Damir; Bajcsy, Peter; Brown, Claire M; Corbett, Alexander D; Faklaris, Orestis; Lacoste, Judith; Laude, Alex; Nelson, Glyn; Nitschke, Roland; Farzam, Farzin; Smith, Carlas S; Grunwald, David; Strambio-De-Castillia, Caterina.

Nat Methods ; 19(2): 255, 2022 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34980906

Author Correction: Micro-Meta App: an interactive tool for collecting microscopy metadata based on community specifications.

Nat Methods ; 19(2): 256, 2022 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34952955

Towards community-driven metadata standards for light microscopy: tiered specifications extending the OME model.

Nat Methods ; 18(12): 1427-1440, 2021 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34862501

Asunto(s)

Metadatos , Microscopía/instrumentación , Microscopía/métodos , Microscopía/normas , Animales , Investigación Biomédica/organización & administración , Calibración , Recolección de Datos , Minería de Datos/normas , Humanos , Control de Calidad , Reproducibilidad de los Resultados , Sociedades Científicas , Programas Informáticos , Integración de Sistemas , Interfaz Usuario-Computador

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Asunto(s)

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