PHARE: a bioinformatics pipeline for compositional profiling of multiclonal Plasmodium falciparum infections from long-read Nanopore sequencing data.

BACKGROUND: The emergence of drug-resistant clones of Plasmodium falciparum is a major public health concern, and the ability to detect and track the spread of these clones is crucial for effective malaria control and treatment. However, in endemic settings, malaria infected people often carry multiple P. falciparum clones simultaneously making it likely to miss drug-resistant clones using traditional molecular typing methods. OBJECTIVES: Our goal was to develop a bioinformatics pipeline for compositional profiling in multiclonal P. falciparum samples, sequenced using the Oxford Nanopore Technologies MinION platform. METHODS: We developed the 'Finding P. falciparum haplotypes with resistance mutations in polyclonal infections' (PHARE) pipeline using existing bioinformatics tools and custom scripts written in python. PHARE was validated on three control datasets containing P. falciparum DNA of four laboratory strains at varying mixing ratios. Additionally, the pipeline was tested on clinical samples from children admitted to a paediatric hospital in the Central African Republic. RESULTS: The PHARE pipeline achieved high recall and accuracy rates in all control datasets. The pipeline can be used on any gene and was tested with amplicons of the P. falciparum drug resistance marker genes pfdhps, pfdhfr and pfK13. CONCLUSIONS: The PHARE pipeline helps to provide a more complete picture of drug resistance in the circulating P. falciparum population and can help to guide treatment recommendations. PHARE is freely available under the GNU Lesser General Public License v.3.0 on GitHub: https://github.com/Fippu/PHARE.

Correction: Development and evaluation of PlasmoPod: A cartridge-based nucleic acid amplification test for rapid malaria diagnosis and surveillance.

[This corrects the article DOI: 10.1371/journal.pgph.0001516.].

Incidence et facteurs de risque du tétanos néonatal en milieu rural centrafricain

Objectif : Décrire le profil épidémiologique et clinique du tétanos néonatal et identifier les facteurs de risque.Méthodologie : Il s'agissait d'une étude cas-témoins portant sur les nouveau-nés atteints du tétanos ou non (témoins), réalisée entre 2012 et 2017 à l'hôpital de district de Carnot. Un questionnaire a permis de collecter les données sociodémographiques et cliniques qui ont été saisies et analysées sur Epi info. Le test de chi-carré a servi à comparer les proportions au seuil de significativité 5%.Résultats : Au total,332 nouveau-nés ont été inclus dont 166 cas de TN et 166 témoins. L'âge moyen était de 7,8 ±3,6jours. L'incidence du TN était de 2,7 à 5,2 cas pour 1000 naissances vivantes. La fréquence hospitalière était de 7,5% et celle du tétanos de classe 3 selon le score de Dakar a été de 62,4%, le taux de létalité de 54%. Les facteurs de risque de TN étaient: le sexe masculin (p=0,00), le bas niveau d'instruction des mères (p=0,001),l'éloignement de l'hôpital (p=0,000), la primiparité (p=0,000), un faible nombre de consultations prénatales (p=0,000)et de doses de vaccin antitétanique (p=0,000), l'accouchement à domicile (p=0,000), l'accouchement par un personnel non qualifié (p=0,000),la section septique du cordon ombilical (p=0,000), l'absence de pansement du cordon (p=0,000) et un pansement septique (p=0,024).Conclusion : En Centrafrique, l'incidence du tétanos néonatal reste élevée et les facteurs de risque multiples. Des mesures efficaces de promotion de la santé peuvent contribuer à l'élimination de cette maladie

Survenue du VIH et du VHB dans une cohorte d'enfants drepanocytaires transfuses au Complexe Pediatrique de Bangui

Objectif : Evaluer les risques d'infection par le VIH et le VHB au cours des transfusions chez l'enfant drepanocytaire a Bangui. Cadre et Methode : L'etude; prospective; s'est deroulee au Complexe Pediatrique de Bangui d'octobre 2008 au mois d'aout 2009. Elle a porte sur 98 enfants drepanocytaires ages de 18 mois a 18 ans ; apres consentement des parents. Une evaluation clinique et des tests serologiques pour la recherche du VIH et de l'antigene HBs ont ete realises avant et apres transfusion sanguine lors d'un suivi en hospitalisation et en ambulatoire. Resultats : Parmi les 98 patients recrutes dont 35 (35;7) garcons; soixante quatre (65) d'entre eux etaient ages de moins de 5 ans et la quasi-totalite (99) etait porteur d'hemoglobine SS. Le paludisme; retrouve chez 58;2 des patients; occupait le 1er rang parmi les pathologies associees. Lors des transfusions realisees; six (6) des enfants ont ete contamines par le VIH; et 14 (14;3) par le VHB. Un nombre de transfusion superieur ou egal a 3 chez un meme enfant etait significativement associe a la transmission du virus de l'hepatite B. Conclusion : Ce risque de contamination recommande le renforcement de la communaute pour des soins essentiels de base aux patients atteints de drepanocytose

Réduction de la mortalité infanto-juvénile par une meilleure prise en charge de la malnutrition et du VIH

En RCA, il est globalement ressorti des différents rapports de suivi des indicateurs des OMD que les progrès sont les plus lents en ce qui concerne l'OMD1 (Eradiquer l'extrême pauvreté et la faim), l´OMD 4 (Réduire la mortalité des enfants de moins de 5 ans), l'OMD 5 (Améliorer la santé maternelle) et l'OMD 6 (Combattre le VIH/Sida, le Paludisme et les autres maladies). A l'heure actuelle, dans la plupart des pays à ressources limitées, le cercle vicieux reliant la malnutrition au VIH/SIDA sous tendue par la pauvreté potentialise la mortalité infanto-juvénile. Mondialement, le taux de mortalité des enfants de moins de 5 ans a été réduit de 35 %, passant de 88‰ en 1990 à 57,2 ‰ en 2010 malgré l'accroissement de la population.