Cross-contamination of CRISPR guides and other unrelated nucleotide sequences among commercial oligonucleotides.

Custom oligonucleotides (oligos) are widely used reagents in biomedical research. Some common applications of oligos include polymerase chain reaction (PCR), sequencing, hybridization, microarray, and library construction. The reliability of oligos in such applications depends on their purity and specificity. Here, we report that commercially available oligos are frequently contaminated with nonspecific sequences (i.e. other unrelated oligonucleotides). Most of the oligos that we designed to amplify clustered regularly interspersed palindromic repeats (CRISPR) guide sequences contained nonspecific CRISPR guides. These contaminants were detected in research-grade oligos procured from eight commercial oligo-suppliers located in three different geographic regions of the world. Deep sequencing of some of the oligos revealed a variety of contaminants. Given the wide range of applications of oligos, the impact of oligo cross-contamination varies greatly depending on the field and the experimental method. Incorporating appropriate control experiments in research design can help ensure that the quality of oligo reagents meets the intended purpose. This can also minimize risk depending on the purposes for which the oligos are used.

Discussion on Management Model of Medical Devices for Clinical Trials / 中国医疗器械杂志

By analyzing the main problems existing in the current management of medical devices for clinical trials, this study proposes a feasible management model and specific requirements for acceptance, distribution, storage and recovery combining with the characteristics of medical consumable equipment and diagnostic reagent, which provides a favorable guarantee for the authenticity and reliability of clinical trials.

Trypan blue exclusion assay by flow cytometry

Dye exclusion tests are used to determine the number of live and dead cells. These assays are based on the principle that intact plasma membranes in live cells exclude specific dyes, whereas dead cells do not. Although widely used, the trypan blue (TB) exclusion assay has limitations. The dye can be incorporated by live cells after a short exposure time, and personal reliability, related to the expertise of the analyst, can affect the results. We propose an alternative assay for evaluating cell viability that combines the TB exclusion test and the high sensitivity of the flow cytometry technique. Previous studies have demonstrated the ability of TB to emit fluorescence when complexed with proteins. According to our results, TB/bovine serum albumin and TB/cytoplasmic protein complexes emit fluorescence at 660 nm, which is detectable by flow cytometry using a 650-nm low-pass band filter. TB at 0.002% (w/v) was defined as the optimum concentration for distinguishing unstained living cells from fluorescent dead cells, and fluorescence emission was stable for 30 min after cell treatment. Although previous studies have shown that TB promotes green fluorescence quenching, TB at 0.002% did not interfere with green fluorescence in human live T-cells stained with anti-CD3/fluorescein isothiocyanate (FITC) monoclonal antibody. We observed a high correlation between the percentage of propidium iodide+CD3/FITC+ and TB+CD3/FITC+ cells, as well as similar double-stained cell profiles in flow cytometry dot-plot graphs. Taken together, the results indicate that a TB exclusion assay by flow cytometry can be employed as an alternative tool for quick and reliable cell viability analysis.

Electroforesis capilar / Capillary electrophoresis

En el presente trabajo se detallan los principios físico-químicos básicos que rigen la separación de sustancias en la electroforesis capilar. Se destaca el aporte que ha significado el desarrollo de los capilares de 20 a 50 µm de diámetro, de los detectores con arreglos de diodos y la operativa computacional para la interpretación gráfica de los datos obtenidos. Se detallan los principios que rigen la electroforesis libre, zonal, isotacoferesis, isoelectroenfoque y cromatografía micelar con surfactantes y ciclodextrinas, y distintos ejemplos sobre sus aplicaciones

Dos normas IRAM de interés bioquímico / Two IRAM standars for clinical chemistry laboratories

Se analizan las normas IRAM 80100 (cuyo objeto es la evaluación de proveedores de equipamiento para uso en laboratorios) e IRAM 80101 (que tiene el fin de establecer condiciones para el mantenimiento de la cadena de frío en el almacenamiento, transporte y distribución de los reactivos para uso in vitro). En el caso de la primera de las nombradas, se destaca que la evaluación del equipamiento que suministra el proveedor es un aspecto principal para la selección de este último, por la incidencia que tiene en la práctica de la bioquímica y sus consecuencias para la calidad de la atención sanitaria. Se describen las características de la norma 80100, deteniéndose particularmente en la posibilidad de evaluación de lotes del equipamiento suministrado, como consecuencia de un acuerdo de partes entre el proveedor y el comprador. En lo referente a la Norma 80101, se resumen los procedimientos que ella detalla para garantizar la conservación de la cadena de frío de los reactivos para uso en diagnóstico in vitro que lo requieran. En las conclusiones se destaca la coincidencia de estas normas con los objetivos del Programa de Evaluación de Calidad de Insumos de Laboratorio (PECIL) en cuanto éste ha preconizado siempre la necesidad de estas exigencias. Además, se resalta que las Normas 80100 y 80101 tienen una importancia adicional en el caso de licitaciones efectuadas por el Gobierno de la Provincia de Buenos Aires, en virtud de recientes modificaciones legales (AU)

Electroforesis capilar / Capillary electrophoresis

En el presente trabajo se detallan los principios físico-químicos básicos que rigen la separación de sustancias en la electroforesis capilar. Se destaca el aporte que ha significado el desarrollo de los capilares de 20 a 50 Am de diámetro, de los detectores con arreglos de diodos y la operativa computacional para la interpretación gráfica de los datos obtenidos. Se detallan los principios que rigen la electroforesis libre, zonal, isotacoferesis, isoelectroenfoque y cromatografía micelar con surfactantes y ciclodextrinas, y distintos ejemplos sobre sus aplicaciones (AU)