Relative Performance of MinION (Oxford Nanopore Technologies) versus Sequel (Pacific Biosciences) Third-Generation Sequencing Instruments in Identification of Agricultural and Forest Fungal Pathogens.

Loit, Kaire; Adamson, Kalev; Bahram, Mohammad; Puusepp, Rasmus; Anslan, Sten; Kiiker, Riinu; Drenkhan, Rein; Tedersoo, Leho

Loit, Kaire; Adamson, Kalev; Bahram, Mohammad; Puusepp, Rasmus; Anslan, Sten; Kiiker, Riinu; Drenkhan, Rein; Tedersoo, Leho.

Afiliación

Loit K; Institute of Agricultural and Environmental Sciences, Estonian University of Life Sciences, Tartu, Estonia.
Adamson K; Institute of Forestry and Rural Engineering, Estonian University of Life Sciences, Tartu, Estonia.
Bahram M; Department of Ecology, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden.
Puusepp R; Institute of Ecology and Earth Sciences, University of Tartu, Tartu, Estonia.
Anslan S; Zoological Institute, Technische Universität Braunschweig, Braunschweig, Germany.
Kiiker R; Institute of Agricultural and Environmental Sciences, Estonian University of Life Sciences, Tartu, Estonia.
Drenkhan R; Institute of Forestry and Rural Engineering, Estonian University of Life Sciences, Tartu, Estonia.
Tedersoo L; Institute of Ecology and Earth Sciences, University of Tartu, Tartu, Estonia leho.tedersoo@ut.ee.

Appl Environ Microbiol ; 85(21)2019 11 01.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-31444199

Asunto(s)

Hongos/genética; Hongos/aislamiento & purificación; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento/métodos; Metagenómica/métodos; Nanoporos; Agricultura; Ascomicetos/genética; Ascomicetos/aislamiento & purificación; Ascomicetos/patogenicidad; Biodiversidad; Biología Computacional; Bosques; Hongos/clasificación; Hongos/patogenicidad; Oomicetos/genética; Oomicetos/aislamiento & purificación; Oomicetos/patogenicidad; Patología Molecular/métodos; Enfermedades de las Plantas/microbiología; Alineación de Secuencia; Solanum tuberosum

Palabras clave

Oxford Nanopore MinION; PacBio Sequel; Solanum tuberosum; fungal plant pathogens; metabarcoding; metagenomics; molecular diagnostics; needle pathogens; oomycetes; plant pathogens; potato

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Banco de datos: MEDLINE Asunto principal: Metagenómica / Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento / Nanoporos / Hongos Tipo de estudio: Diagnostic_studies / Guideline Idioma: En Revista: Appl Environ Microbiol Año: 2019 Tipo del documento: Article País de afiliación: Estonia

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