Benchmarking metagenomics classifiers on ancient viral DNA: a simulation study.

Arizmendi Cárdenas, Yami Ommar; Neuenschwander, Samuel; Malaspinas, Anna-Sapfo

Arizmendi Cárdenas, Yami Ommar; Neuenschwander, Samuel; Malaspinas, Anna-Sapfo.

Afiliación

Arizmendi Cárdenas YO; Department of Computational Biology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland.
Neuenschwander S; Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne, Switzerland.
Malaspinas AS; Department of Computational Biology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland.

PeerJ ; 10: e12784, 2022.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-35356467

Asunto(s)

ADN Viral; Virus; Humanos; ADN Viral/genética; ADN Antiguo; Análisis de Secuencia de ADN/métodos; Metagenómica/métodos; Benchmarking; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento/métodos; Virus/genética

Palabras clave

Ancient DNA; Classifiers; Epidemiology; Genomics; Paleomicrobiology; Precision; Sensitivity; Simulations; Taxonomic binning; Virome

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Banco de datos: MEDLINE Asunto principal: Virus / ADN Viral Límite: Humans Idioma: En Revista: PeerJ Año: 2022 Tipo del documento: Article País de afiliación: Suiza

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