Detalhe da pesquisa
1.
Analysis and Visualization of Longitudinal Genomic and Clinical Data from the AACR Project GENIE Biopharma Collaborative in cBioPortal.
Cancer Res;
83(23): 3861-3867, 2023 12 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37668528
2.
A guide for developing comprehensive systems biology maps of disease mechanisms: planning, construction and maintenance.
Front Bioinform;
3: 1197310, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37426048
3.
SyBLaRS: A web service for laying out, rendering and mining biological maps in SBGN, SBML and more.
PLoS Comput Biol;
18(11): e1010635, 2022 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36374853
4.
fCoSE: A Fast Compound Graph Layout Algorithm with Constraint Support.
IEEE Trans Vis Comput Graph;
28(12): 4582-4593, 2022 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34232882
5.
Analyzing causal relationships in proteomic profiles using CausalPath.
STAR Protoc;
2(4): 100955, 2021 12 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34877547
6.
Causal interactions from proteomic profiles: Molecular data meet pathway knowledge.
Patterns (N Y);
2(6): 100257, 2021 Jun 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34179843
7.
Newt: a comprehensive web-based tool for viewing, constructing and analyzing biological maps.
Bioinformatics;
37(10): 1475-1477, 2021 06 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33010165
8.
cd2sbgnml: bidirectional conversion between CellDesigner and SBGN formats.
Bioinformatics;
36(19): 4975, 2020 12 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33146381
9.
Systems biology graphical notation markup language (SBGNML) version 0.3.
J Integr Bioinform;
17(2-3)2020 Jun 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32568733
10.
cd2sbgnml: bidirectional conversion between CellDesigner and SBGN formats.
Bioinformatics;
36(8): 2620-2622, 2020 04 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31904823
11.
Pathway Commons 2019 Update: integration, analysis and exploration of pathway data.
Nucleic Acids Res;
48(D1): D489-D497, 2020 01 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31647099
12.
Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1 Version 2.0.
J Integr Bioinform;
16(2)2019 Jun 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31199769
13.
Community-driven roadmap for integrated disease maps.
Brief Bioinform;
20(2): 659-670, 2019 03 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29688273
14.
Systems medicine disease maps: community-driven comprehensive representation of disease mechanisms.
NPJ Syst Biol Appl;
4: 21, 2018.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29872544
15.
Efficient methods and readily customizable libraries for managing complexity of large networks.
PLoS One;
13(5): e0197238, 2018.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29813080
16.
Oncogenic Signaling Pathways in The Cancer Genome Atlas.
Cell;
173(2): 321-337.e10, 2018 04 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29625050
17.
PathwayMapper: a collaborative visual web editor for cancer pathways and genomic data.
Bioinformatics;
33(14): 2238-2240, 2017 Jul 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28334343
18.
An algorithm for automated layout of process description maps drawn in SBGN.
Bioinformatics;
32(1): 77-84, 2016 Jan 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26363029
19.
SBGNViz: A Tool for Visualization and Complexity Management of SBGN Process Description Maps.
PLoS One;
10(6): e0128985, 2015.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26030594
20.
Integrating biological pathways and genomic profiles with ChiBE 2.
BMC Genomics;
15: 642, 2014 Aug 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25086704