Best practices on the differential expression analysis of multi-species RNA-seq.

Chung, Matthew; Bruno, Vincent M; Rasko, David A; Cuomo, Christina A; Muñoz, José F; Livny, Jonathan; Shetty, Amol C; Mahurkar, Anup; Dunning Hotopp, Julie C

Chung, Matthew; Bruno, Vincent M; Rasko, David A; Cuomo, Christina A; Muñoz, José F; Livny, Jonathan; Shetty, Amol C; Mahurkar, Anup; Dunning Hotopp, Julie C.

Afiliación

Chung M; Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, MD, 21201, USA.
Bruno VM; Department of Microbiology and Immunology, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, MD, 21201, USA.
Rasko DA; Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, MD, 21201, USA.
Cuomo CA; Department of Microbiology and Immunology, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, MD, 21201, USA.
Muñoz JF; Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, MD, 21201, USA.
Livny J; Department of Microbiology and Immunology, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, MD, 21201, USA.
Shetty AC; Infectious Disease and Microbiome Program, Broad Institute, Cambridge, MA, 02142, USA.
Mahurkar A; Infectious Disease and Microbiome Program, Broad Institute, Cambridge, MA, 02142, USA.
Dunning Hotopp JC; Infectious Disease and Microbiome Program, Broad Institute, Cambridge, MA, 02142, USA.

Genome Biol ; 22(1): 121, 2021 04 29.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-33926528

Asunto(s)

Perfilación de la Expresión Génica/métodos; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento; RNA-Seq/métodos; Transcriptoma; Animales; Eucariontes/genética; Perfilación de la Expresión Génica/normas; Regulación de la Expresión Génica; Humanos; Especificidad de Órganos; Células Procariotas/metabolismo; ARN/genética; RNA-Seq/normas; Curva ROC; Alineación de Secuencia; Análisis de Secuencia de ARN/métodos; Análisis de la Célula Individual/métodos; Flujo de Trabajo

Palabras clave

Best practices; Differential gene expression; RNA-Seq; Transcriptomics

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Texto completo: 1 Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Perfilación de la Expresión Génica / Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento / Transcriptoma / RNA-Seq Tipo de estudio: Guideline / Prognostic_studies Límite: Animals / Humans Idioma: En Revista: Genome Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR / GENETICA Año: 2021 Tipo del documento: Article País de afiliación: Estados Unidos

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