Detalhe da pesquisa
1.
Structural basis for Cas9 off-target activity.
Cell
; 185(22): 4067-4081.e21, 2022 10 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36306733
2.
Unveiling the RNA-mediated allosteric activation discloses functional hotspots in CRISPR-Cas13a.
Nucleic Acids Res
; 52(2): 906-920, 2024 Jan 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38033317
3.
New design strategies for ultra-specific CRISPR-Cas13a-based RNA detection with single-nucleotide mismatch sensitivity.
Nucleic Acids Res
; 52(2): 921-939, 2024 Jan 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38033324
4.
Enhancement of CRISPR/Cas12a trans-cleavage activity using hairpin DNA reporters.
Nucleic Acids Res
; 50(14): 8377-8391, 2022 08 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35822842
5.
Substrate-independent activation pathways of the CRISPR-Cas9 HNH nuclease.
Biophys J
; 122(24): 4635-4644, 2023 12 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37936350
6.
GPU-Enhanced DFTB Metadynamics for Efficiently Predicting Free Energies of Biochemical Systems.
Molecules
; 28(3)2023 Jan 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36770943
7.
Structural Basis for Reduced Dynamics of Three Engineered HNH Endonuclease Lys-to-Ala Mutants for the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat (CRISPR)-Associated 9 (CRISPR/Cas9) Enzyme.
Biochemistry
; 61(9): 785-794, 2022 05 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35420793
8.
Structural and dynamic insights into the HNH nuclease of divergent Cas9 species.
J Struct Biol
; 214(1): 107814, 2022 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34871741
9.
Making it Rain: Cloud-Based Molecular Simulations for Everyone.
J Chem Inf Model
; 61(10): 4852-4856, 2021 10 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34595915
10.
Molecular Dynamics Reveals a DNA-Induced Dynamic Switch Triggering Activation of CRISPR-Cas12a.
J Chem Inf Model
; 60(12): 6427-6437, 2020 12 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33107304
11.
The Lazy Life of Lipid-Linked Oligosaccharides in All Life Domains.
J Chem Inf Model
; 60(2): 631-643, 2020 02 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31769974
12.
Conformational characterization of ipomotaosides and their recognition by COX-1 and 2.
Molecules
; 19(4): 5421-33, 2014 Apr 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24879586
13.
An alpha-helical lid guides the target DNA toward catalysis in CRISPR-Cas12a.
Nat Commun
; 15(1): 1473, 2024 Feb 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38368461
14.
Machines on Genes through the Computational Microscope.
J Chem Theory Comput
; 19(7): 1945-1964, 2023 Apr 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36947696
15.
RNA-mediated Allosteric Activation in CRISPR-Cas13a.
bioRxiv
; 2023 Jul 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37546822
16.
New design strategies for ultra-specific CRISPR-Cas13a-based RNA-diagnostic tools with single-nucleotide mismatch sensitivity.
bioRxiv
; 2023 Jul 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37547020
17.
Emerging Methods and Applications to Decrypt Allostery in Proteins and Nucleic Acids.
J Mol Biol
; 434(17): 167518, 2022 09 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35240127
18.
Dynamics and mechanisms of CRISPR-Cas9 through the lens of computational methods.
Curr Opin Struct Biol
; 75: 102400, 2022 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35689914
19.
Twisting and swiveling domain motions in Cas9 to recognize target DNA duplexes, make double-strand breaks, and release cleaved duplexes.
Front Mol Biosci
; 9: 1072733, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36699705
20.
Principles of target DNA cleavage and the role of Mg2+ in the catalysis of CRISPR-Cas9.
Nat Catal
; 5(10): 912-922, 2022 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36778082