Detalhe da pesquisa
1.
Integrating phylogenies into single-cell RNA sequencing analysis allows comparisons across species, genes, and cells.
PLoS Biol
; 22(5): e3002633, 2024 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38787797
2.
The evolution of ovary-biased gene expression in Hawaiian Drosophila.
PLoS Genet
; 19(1): e1010607, 2023 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36689550
3.
The evolution of siphonophore tentilla for specialized prey capture in the open ocean.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(8)2021 02 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33593896
4.
Evolution of Gene Expression across Species and Specialized Zooids in Siphonophora.
Mol Biol Evol
; 39(2)2022 02 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35134205
5.
Rooting the Animal Tree of Life.
Mol Biol Evol
; 38(10): 4322-4333, 2021 09 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34097041
6.
Treeio: An R Package for Phylogenetic Tree Input and Output with Richly Annotated and Associated Data.
Mol Biol Evol
; 37(2): 599-603, 2020 02 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31633786
7.
Pairwise comparisons across species are problematic when analyzing functional genomic data.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(3): E409-E417, 2018 01 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29301966
8.
Improved phylogenetic resolution within Siphonophora (Cnidaria) with implications for trait evolution.
Mol Phylogenet Evol
; 127: 823-833, 2018 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29940256
9.
Resolving the evolutionary relationships of molluscs with phylogenomic tools.
Nature
; 480(7377): 364-7, 2011 Oct 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22031330
10.
Automation and Evaluation of the SOWH Test with SOWHAT.
Syst Biol
; 64(6): 1048-58, 2015 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26231182
11.
Genomics: Acorn worms in a nutshell.
Nature
; 527(7579): 448-9, 2015 Nov 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26580019
12.
A phylogenetic backbone for Bivalvia: an RNA-seq approach.
Proc Biol Sci
; 282(1801): 20142332, 2015 Feb 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25589608
13.
The histology of Nanomia bijuga (Hydrozoa: Siphonophora).
J Exp Zool B Mol Dev Evol
; 324(5): 435-49, 2015 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26036693
14.
Phylogenomic analyses of deep gastropod relationships reject Orthogastropoda.
Proc Biol Sci
; 281(1794): 20141739, 2014 11 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25232139
15.
Toward a statistically explicit understanding of de novo sequence assembly.
Bioinformatics
; 29(23): 2959-63, 2013 Dec 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24021385
16.
Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life.
Nature
; 452(7188): 745-9, 2008 Apr 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18322464
17.
Cell type evolution reconstruction across species through cell phylogenies of single-cell RNA sequencing data.
Nat Ecol Evol
; 8(2): 325-338, 2024 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38182680
18.
Normalizing need not be the norm: count-based math for analyzing single-cell data.
Theory Biosci
; 143(1): 45-62, 2024 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37947999
19.
Giants among Cnidaria: Large Nuclear Genomes and Rearranged Mitochondrial Genomes in Siphonophores.
Genome Biol Evol
; 16(3)2024 Mar 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38502059
20.
Agalma: an automated phylogenomics workflow.
BMC Bioinformatics
; 14: 330, 2013 Nov 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24252138