Rapid Identification of Measles Virus Vaccine Genotype by Real-Time PCR.

During measles outbreaks, it is important to be able to rapidly distinguish between measles cases and vaccine reactions to avoid unnecessary outbreak response measures such as case isolation and contact investigations. We have developed a real-time reverse transcription-PCR (RT-PCR) method specific for genotype A measles virus (MeV) (MeVA RT-quantitative PCR [RT-qPCR]) that can identify measles vaccine strains rapidly, with high throughput, and without the need for sequencing to determine the genotype. We have evaluated the method independently in three measles reference laboratories using two platforms, the Roche LightCycler 480 system and the Applied Biosystems (ABI) 7500 real-time PCR system. In comparison to the standard real-time RT-PCR method, the MeVA RT-qPCR showed 99.5% specificity for genotype A and 94% sensitivity for both platforms. The new assay was able to detect RNA from five currently used vaccine strains, AIK-C, CAM-70, Edmonston-Zagreb, Moraten, and Shanghai-191. The MeVA RT-qPCR assay has been used successfully for measles surveillance in reference laboratories, and it could be readily deployed to national and subnational laboratories on a wide scale.

Use of the APTIMA Combo 2 Assay and a Secondary Algorithm to Detect and Confirm Chlamydia trachomatis in Rectal-Only Infections.

We sought to confirm the results of 81 rectal specimens positive for Chlamydia trachomatis by the APTIMA Combo 2 assay among patients with concurrently collected negative genitourinary specimens. A total of 79 (97.5%) samples were confirmed by the APTIMA single target assay and/or sequencing of the C. trachomatis ompA gene.

Distribution of HPV genotypes among women with abnormal cytology results in Alberta, Canada.

Background: Persistent infection with a subset of human papillomavirus (HPV) genotypes can cause abnormal cytology and invasive cervical cancer. This study examines the circulating HPV genotype strains in a local population of the province of Alberta (a largely unvaccinated population) to establish baseline frequency of vaccine and non-vaccine genotypes causing abnormal cervical cytology. Method: Remnant liquid-based cytology specimens from the Alberta Cervical Cancer Screening Program (March 2014-January 2016) were examined. Only specimens from women who had a cytology grading of atypical squamous cells of undetermined significance or higher were included. HPV genotype was determined for all samples, and results were stratified by demographics and cytology results. Results: Forty-four unique HPV genotypes were identified from 4,794 samples. Of the 4,241 samples with a genotype identified, the most common genotypes were HPV 16, 18, 31, and 51, with 1,599 (37.7%), 441 (12.2%), 329 (7.8%), and 354 (8.4%), respectively. HPV9 vaccine genotypes made up 73.2% of these genotyped samples. Compared with specimens in which HPV9 vaccine genotypes were not detected, those with a genotype covered by the HPV9 vaccine were from younger women (33 [interquartile range {IQR] 28 to 42] y versus 40 [IQR 32 to 51] y; p < 0.00001). Conclusions: The baseline distribution of HPV genotypes in this largely unvaccinated population indicates that the HPV9 vaccine provides good protection from high-risk HPV infections. Determining the frequency of genotypes causing abnormal cytology in this population post-vaccine implementation will be important to assess efficacy of vaccination and monitor for any potential genotype replacement.

Historique: L'infection persistante par un sous-groupe de génotypes du virus du papillome humain (VPH) peut être responsable d'une cytologie anormale et d'un cancer invasif du col de l'utérus. La présente étude porte sur les souches du génotype du VPH en circulation dans une population locale de la province de l'Alberta (largement non vaccinée) pour établir la fréquence de base des génotypes vaccinaux et non vaccinaux responsables de cytologies du col de l'utérus anormales. Méthodologie: Les chercheurs ont examiné les résidus de prélèvement de cytologie en milieu liquide du programme albertain de dépistage du cancer du col de l'utérus (de mars 2014 à janvier 2016). Seuls les prélèvements de femmes dont la cytologie était classée d'après la présence de cellules squameuses (ou malpighiennes) atypiques à caractère non déterminé ou plus graves ont été retenus. Les chercheurs ont déterminé le génotype du VPH de tous les prélèvements et stratifié les résultats selon les résultats démographiques et cytologiques. Résultats: Les chercheurs ont retenu 44 génotypes uniques du VPH à partir de 4 794 prélèvements. Les VPH 16, 18, 31 et 51 étaient les principaux génotypes observés, correspondant à 1 599 (37,7 %), 441 (12,2 %), 329 (7,8 %) et 354 (8,4 %) cas, respectivement. Les génotypes du vaccin contre le VPH9 représentaient 73,2 % des prélèvements. Par rapport aux prélèvements dans lesquels les génotypes du vaccin contre le VPH9 n'avaient pas été décelés, ceux dont le génotype était couvert par le vaccin contre le VPH9 provenaient de femmes plus jeunes (33 ans [plage interquartile {PIQ} de 28 à 42] par rapport à 40 ans chez les autres [PIQ de 32 à 51]; p < 0,00001). Conclusion: Selon la distribution de référence des génotypes du VPH dans cette population largement non vaccinée, le vaccin contre le VPH9 assure une bonne protection contre les infections à VPH à haut risque. Il sera important de déterminer la fréquence des génotypes responsables d'une cytologie anormale dans cette population après l'adoption du vaccin pour en évaluer l'efficacité et surveiller le remplacement potentiel des génotypes.