RESUMO
Ribonucleic Acid (RNA) isolation is a basic technique in the field of molecular biology. The purpose of RNA isolation is to acquire pure and complete RNA that can be used to evaluate gene expression. Many methods can be used to perform RNA isolation, all of them based on the chemical properties of nucleic acids. However, some of them do not achieve high RNA yields and purity levels when used in a number of marginally studied crops of agronomic importance, such as grain and vegetable amaranth plants. In the method described here, the use of guanidinium thiocyanate and two additional precipitation steps with different reagents designed to obtain high yields and RNA purity levels from diverse plant species employed for plant functional genomics studies is described.
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Produtos Agrícolas , RNA de Plantas , Produtos Agrícolas/genética , RNA de Plantas/isolamento & purificação , RNA de Plantas/genética , Tiocianatos/química , Guanidinas/química , Amaranthus/genética , Amaranthus/químicaRESUMO
Kunitz-type peptide expression has been described in the venom of snakes of the Viperidae, Elapidae and Colubridae families. This work aimed to identify these peptides in the venom gland transcriptome of the coral snake Micrurus mipartitus. Transcriptomic analysis revealed a high diversity of venom-associated Kunitz serine protease inhibitor proteins (KSPIs). A total of eight copies of KSPIs were predicted and grouped into four distinctive types, including short KSPI, long KSPI, Kunitz-Waprin (Ku-WAP) proteins, and a multi-domain Kunitz-type protein. From these, one short KSPI showed high identity with Micrurus tener and Austrelaps superbus. The long KSPI group exhibited similarity within the Micrurus genus and showed homology with various elapid snakes and even with the colubrid Pantherophis guttatus. A third group suggested the presence of Kunitz domains in addition to a whey-acidic-protein-type four-disulfide core domain. Finally, the fourth group corresponded to a transcript copy with a putative 511 amino acid protein, formerly annotated as KSPI, which UniProt classified as SPINT1. In conclusion, this study showed the diversity of Kunitz-type proteins expressed in the venom gland transcriptome of M. mipartitus.
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Cobras Corais , Venenos Elapídicos , Perfilação da Expressão Gênica , Transcriptoma , Animais , Cobras Corais/genética , Venenos Elapídicos/genética , Venenos Elapídicos/química , Sequência de Aminoácidos , Simulação por Computador , Serpentes PeçonhentasRESUMO
Introducción. Las proteasas y las fosfolipasas son factores de virulencia de Candida spp. que cumplen un papel importante en la invasión de los tejidos. Entre los factores relacionados con el huésped, se encuentran algunos asociados con las características ambientales y otros con la colonización. Objetivo. Determinar la actividad de fosfolipasas y proteasas en aislamientos de especies colonizadoras y patógenas de Candida spp., aisladas de mujeres gestantes de Cartagena de Indias. Materiales y métodos. Se determinó la actividad de fosfolipasas y proteasas en 56 aislamientos mediante degradación del sustrato y cálculo del coeficiente de actividad enzimática. Se compararon las actividades de fosfolipasas y proteasas, entre los aislamientos colonizadores y los patógenos. Resultados. La actividad de la fosfolipasa fue "muy alta" (< 0,69) en 34 aislamientos e, igualmente, la de la proteasa en 14. No hubo diferencias significativas al comparar las actividades de las fosfolipasas y de las de las proteasas, entre los aislamientos colonizadores y los patógenos. Conclusiones. La actividad de las fosfolipasas predominó como factor de virulencia en los aislamientos estudiados. No obstante, no se encontró una diferencia significativa entre los grupos de aislamientos colonizadores y los patógenos, en cuanto a las actividades de fosfolipasas y proteasas.
Introduction. Proteases and phospholipases are virulence factors of Candida spp. that play an important role in tissue invasion. Among the factors related to the host some are associated with environmental characteristics and others with Candida colonization. Objectives. To determine phospholipase and protease activities in colonizing and pathogenic strains, isolated from pregnant women in Cartagena de Indias. Materials and methods. Phospholipase and protease activity was determined in 56 isolates, evaluating substrate degradation and calculating the enzyme activity coefficient. Phospholipase and protease activities were compared between colonizing and pathogenic strains. Results. "Very high" (<0.69) phospholipase and protease activity was found in 34 and 14 isolates, respectively. There was no significant difference when comparing phospholipase and protease activities between colonizing and pathogenic isolates. Conclusions. Phospholipase activity predominated as a virulence factor in the studied strains, but no significant difference was found between colonizing and pathogenic strains for phospholipase and protease activities.
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Candidíase Vulvovaginal , Endopeptidases , Fosfolipases , Candida , Fatores de Virulência , MicrobiotaRESUMO
Objective: identify the vaginal colonizing Candida species and VVC species, predisposing factors and susceptibility against fluconazole in pregnant women attending gynecological outpatient of a maternal clinic in Cartagena (Colombia). Vulvovaginal candidiasis (VVC) is a common infection that affects a large proportion of women of childbearing age. It is estimated that about 75% of healthy women have had at least one episode of VVC in her life. Vaginal colonization by Candida spp. can vary from 10 to 17% and this is increased by 35% during pregnancy. The epidemiological behavior of Candida in VVC tends to be variable and this will depend on the level of vaginal estrogens, conditions of immunosuppression or chronicity of the process. Materials and Methods: the laboratory study included the direct examination of vaginal swabs, by fresh and differential staining of smears and cultures. The isolated species were identified by phenotypic tests and by multiplex PCR and CLSI M27-A3 microdilution method was used to evaluate susceptibility to fluconazole. Results: the frequent clinical diagnosis of bacterial vaginosis, did not correspond with the laboratory diagnosis in which predominated the intermediate biota. The results showed Candida albicans as the most common isolated species, followed by Candida tropicalis and Candida krusei.Candida colonization occurred in 71.4% and 28.6% of the population was diagnosed with vaginal candidiasis. All isolates were susceptible to fluconazole. Conclusion:The most common factors for colonization were related to clothing and for vaginal candidiasis to the use of vaginal lubricants..(AU)
Objetivo: identificar las especies colonizantes y asocidadas a CVV, factores predisponentes y sensibilidad a fluconazol en gestantes que asistieron a la consulta externa ginecológica de una clínica materna de Cartagena (Colombia). La candidiasis vulvovaginal (CVV) es una infección común que afecta una gran proporción de mujeres en edad fértil. Se estima que un 75% de las mujeres sanas han tenido al menos un episodio de CVV en su vida. La colonización vaginal por Candida spp. varía del 10 al 17% y esta alcanza un 35% durante el embarazo. El comportamiento epidemiológico del género Candida en la VVC es variable y dependerá del nivel de estrógenos de la vagina, inmunosupresión o cronicidad del proceso. Materiales y métodos: el estudio de laboratorio comprendió, examen directo de exudados vaginales, mediante fresco y tinciones diferenciales. Los aislamientos se identificaron por pruebas fenotípicas y PCR múltiple y se utilizó el método M27-A3 del CLSI por microdilución para la evaluación de la sensibilidad a fluconazol. Resultados: el diagnóstico médico frecuente de vaginosis bacteriana no correspondió con el de laboratorio en el que predominó la biota intermedia. Los resultados revelaron a Candida albicans como la especie más frecuente, seguida por Candida tropicalis y Candida krusei. La colonización por Candida fue del 71,4% y la candidiasis vaginal del 28,6%. Los aislamientos resultaron sensibles a fluconazol. Conclusión: los factores más frecuentes para colonización se relacionaron con la ropa y para candidiasis vaginal, con el uso de lubricantes vaginales..(AU)
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Gravidez , Infecções BacterianasRESUMO
El objetivo del presente trabajo fué conocer la relación y la fuerza de asociación que existe entre composición corporal y la concentración sérica de leptina en una población de mujeres. Se evaluaron 60 mujeres de entre 18 y 21 años de la Benemérita y Centenaria Escuela Normal del Estado de San Luis Potosí (BECENE). Se realizaron mediciones de: perímetro de cintura y cadera, talla, peso, porcentaje de masa grasa y niveles plasmáticos de: glucosa, colesterol total, triglicéridos, HDL, LDL, leptina e insulina. El procesamiento de datos se realizó en IBM SPSS Statistics 20.0 (IBM Corp.), se utilizó estadística descriptiva, regresión lineal y regresión logística binomial, así como diferencia de medianas con una confiabilidad al 95%. La población estudiada presentó valores normales de glucemia y presión arterial media, sin embargo también se observó un 3% con hipercolesterolemia total; un 29,9% con sobrepeso/ obesidad; y un 26% con resistencia a insulina (HOMA2 IR mayor a 1.4). La mediana de leptina sérica fue de 6,49 ng/ml, donde un 30% de las mujeres se encontraban en condiciones de hiperleptinemia. Se observó una correlación significativa entre los niveles séricos de leptina y porcentaje de masa grasa, IMC, insulina sérica e índice HOMA2-IR. Por regresión logística binomial se observó que el IMC elevado aumenta la probabilidad de padecer hiperleptinemia 7,5 veces, y los niveles altos de masa grasa aumentan el riesgo 6,2 veces. El mejor predictor de hiperleptinemia fue el IMC(AU)
Sixty women aged between 18 and 21 from the Benemérita y Centenaria Escuela Normal del Estado de San Luis Potosí (BECENE) were evaluated. Body mass index, fat mass percentage, waist-hip ratio and several plasma components were analyzed: glucose, total colesterol, free tryglycerides, HDL, LDL, insulin and leptin. Data was processed by SPSS Statistics 20,0 software using descriptive statistics, binomial logistic regression with a confidence value of 95%. The population showed normal glycemic and blood pressure values, whereas a 29,9% of women were overweight/obese, 3% showed hypercholesterolemia and 29,9% showed insulin resistance (HOMA2 IR over 1.4). The median for blood leptin was 6.49 ng/ml, and 30% of women were hyperleptinemic. A positive and significant correlation was observed between blood leptin values and BMI, % fat mass, blood insulin and HOMA2-IR index. The odds ratio analyzed for BMI, showed that overweight and obesity increase 7,5 times the risk of hyperleptinemia. On the other hand, high levels of fat mass, increase by 6,2 times the risk of hyperleptinemia. So far, the best predictor for hyperleptinema is BMI(AU)
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Humanos , Feminino , Adulto , Leptina/biossíntese , Diabetes Mellitus/etiologia , Cardiopatias/etiologia , Obesidade/fisiopatologia , Alimentos, Dieta e Nutrição , Doenças MetabólicasRESUMO
Esta investigación tiene como objetivo establecer el perfil neuropsicológico de una paciente quien padece Síndrome de apnea obstructiva junto con Síndrome metabólico, esta interacción la cual actualmente se conoce como Síndrome Z. Mediante un estudio descriptivo de caso único, teniendo en cuenta una batería neuropsicológica previamente determinada, se caracteriza el desempeño cognitivo de un paciente masculino de 34 años con el diagnóstico mencionado. Los datos fueron analizados con la baremación correspondiente a cada prueba, encontrando dificultades cognitivas a nivel de función ejecutiva, especialmente en funciones de la corteza prefrontal dorsolateral. Como conclusión se establece que el síndrome Z se asocia a un trastorno neurocognitivo menor en un adulto joven.
This research aims to establish the neuropsychological profile of a patient suffering from obstructive apnea syndrome along with metabolic syndrome, this interaction is currently known as Z Syndrome. A descriptive study of a single case, considering a neuropsychological battery previously determined, the cognitive performance of a 34-year-old male patient with the mentioned diagnosis is characterized. The data was analyzed with the corresponding standard to each test, finding cognitive difficulties at the level of executive function, especially in functions of the dorsolateral prefrontal cortex. In conclusion, it is established that Z syndrome is associated with a minor neurocognitive disorder in a young adult.
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Humanos , Masculino , Adulto , Apneia Obstrutiva do Sono , Síndrome Metabólica , Função Executiva/fisiologia , Testes NeuropsicológicosRESUMO
El incremento de la resistencia a antifúngicos en Candida spp. una levadurade carácter oportunista asociada a múltiples infecciones superficiales y sistémicas,plantea la necesidad de buscar diferentes estrategias para hallar nuevas opciones terapéuticas más selectivas y específicas. Una alternativa es el tamizaje basado en el acoplamiento virtual. En el presente trabajo, se analizaron 13418 compuestos con estructuras similares a compuestos reconocidos como inhibidores de la proteína SAP-2,seleccionada como diana antifúngica para el análisis virtual. Materiales y métodos: el estudio se realizó utilizando el programa SYBYL 8, al tiempo que se evaluó la afinidadde estas estructuras con los sitios activos de la enzima seleccionada mediante el programa FlexX integrado en SYBYL 8 y se realizó un consenso comparando los resultados con el programa Autodock Vina. Resultados: los resultados obtenidos mostraron una mayor afinidad por móleculas con estructura similar a los antirretrovirales,inhibidores de proteasas; amprenavir, saquinavir e indinavir. Conclusiones: los resultados obtenidos sugieren que estos lnhibidores de proteasas pueden ser propuestos como modelos para la búsqueda de nuevos antifúngicos que sean más selectivos contra Candida spp...
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Humanos , Candida albicans , Indinavir , Inibidores de ProteasesRESUMO
Currently there are no serum creatinine reference values in Colombia for healthy dogs related to body weight; there are only available foreign studies. The objective was to determine serum creatinine values in healthy dogs related to body weight at the South Valley of Aburra. There were sampled 320 healthy dogs and divided into three groups related to the body weight according to the Kennel Club classification as follows: 1-10 kg, 11-25 kg and over 25 kg. In order to determine their health status, their medical records were revised and a complete physical examination was performed. Subsequently, a blood sample was taken to measure the creatinine levels. Statistically significant differences were found (p<0.05) among the three groups. This article presents evidence to classify serum creatinine values related to body weight in dogs, which could allow veterinarians to have a better reference value for assessing kidney function.
Actualmente no se cuenta con valores de referencia de creatinina sérica en Colombia en caninos sanos con relación al peso corporal. Solo se tienen los estudios foráneos. El objetivo central fue determinar los valores séricos de creatinina en perros sanos según el peso corporal en el sur del Valle de Aburrá. Se muestrearon 320 perros clínicamente sanos, los cuales se dividieron en tres grupos según el peso corporal de acuerdo con la clasificación del Kennel Club, 1-10 kg, 11-25 kg y mayores de 25 kg. Se realizó análisis de la historia clínica y un examen físico completo para determinar su estado de salud. Posteriormente, se tomó la muestra de sangre para la medición de creatinina. Se encontraron diferencias estadísticas significativas (p < 0,05) entre los tres grupos. Este artículo presenta evidencia para clasificar los valores de creatinina sérica según el peso corporal, lo que permite a los médicos veterinarios tener un mejor referente para la evaluación de la función renal.
A medição da creatinina sérica é um dos parâmetros atualmente utilizados na prática clínica pra avaliar a função renal em cães, isto é possível já que a creatinina é um componente do metabolismo muscular a qual é filtrada livremente pelos glomérulos, permitindo deste jeito estabelecer de forma geral a taxa de filtração glomerular e assim mesmo a da função renal. Atualmente não há valores de referência pra creatinina sérica na Colômbia em cães saudáveis em relação ao peso corporal, só ha estudos estrangeiros. Objetivo: Determinar os valores séricos de creatinina em cães saudáveis segundo seu peso corporal no Sul do Valle do Aburra. Foram amostrados 320 cães saudáveis, os quais foram divididos em três grupos, segundo o peso corporal de acordo com a classificação do Kennel Club, 1-10 kg, 11-25 kg e mais de 25 kg. Foi realizada a análise da história clínica e um exame físico completo para determinar seu estado de saúde; em seguida, tomou-se a amostra de sangue para a medição da creatinina. Foram encontradas diferenças estatisticamente significativas (p < 0,05) entre os três grupos. Este artigo apresenta evidências para classificar valores de creatinina sérica segundo o peso corporal, o que poderia permitir aos médicos veterinários ter uma melhor referência ao avaliar a função renal.
RESUMO
Objetivos Determinar la prevalencia de colonización nasal de Staphylococcus aureus, la susceptibilidad a antibióticos de los aislamientos y su posible asociación con factores de riesgo, en los residentes del Hogar Asilo de Ancianos San Pedro Claver de la ciudad de Cartagena de Indias durante el segundo semestre del año 2007. Métodos Con el debido consentimiento informado, para cada sujeto participante se tomaron hisopados nasales por una única vez durante el estudio. Se identificaron cepas de Staphylococcus aureus usando métodos clásicos y se determinó la susceptibilidad a antibióticos de los aislamientos mediante el método de difusión por disco según los estándares del CLSI. La información recolectada de las historias clínicas y con ayuda de un cuestionario se utilizó para analizar la asociación con factores de riesgo potenciales usando el programa SPSS 13.0 para Windows. Resultados Se obtuvieron 11 aislamientos positivos para Staphylococcus aureus, de un total de 69 individuos participantes, lo que correspondió a una prevalencia de 15,9 por ciento. No se detectaron cepas resistentes a meticilina. La portación nasal de Staphylococcus aureus estuvo asociada significativamente con limitaciones en el nivel de movilidad y con la presencia de lesiones cutáneas. No se encontró asociación significativa con otros de los diferentes factores de riesgo analizados. Conclusiones. La portación nasal de S. aureus encontrada en este estudio es mucho más baja que las reportadas en estudios similares en Colombia y otros países, teniendo en cuenta que la población estudio es vulnerable a la colonización con este patógeno.
Objectives Determining Staphylococcus aureus nasal carriage, antibiotic susceptibility and association with potential risk factors in residents from the Hogar Asilo de Ancianos San Pedro Claver nursing-home in Cartagena during the second semester of 2007. Methods Nasal swabs were taken from each person participating in the study after they had signed an informed consent form. Staphylococcus aureus strains were identified by classical methods; antibiotic susceptibility was determined by disk diffusion methods, according to CLSI standards. SPSS for Windows 13.0 statistical package was used for analysing data collected from medical records and from a questionnaire for analysing association with potential risk factors. Results 11 Staphylococcus aureus isolates were obtained from 69 participants, corresponding to 15.9 percent prevalence. No methicillin-resistant strains were detected. Staphylococcus aureus nasal carriage was significantly associated with limited mobility and skin lesions. There was no significant association with the other risk factors analysed. Conclusions Staphylococcus aureus nasal carriage found in this study was lower than that reported from other similar studies in other countries, taking into account that this is a population at risk for colonisation by this pathogen.
Assuntos
Idoso , Idoso de 80 Anos ou mais , Feminino , Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Portador Sadio , Instituição de Longa Permanência para Idosos , Casas de Saúde , Staphylococcus aureus/isolamento & purificação , Antibacterianos/farmacologia , Colômbia , Interpretação Estatística de Dados , Resistência a Meticilina , Testes de Sensibilidade Microbiana , Nariz/microbiologia , Fatores de Risco , Staphylococcus aureus/efeitos dos fármacosRESUMO
El ambiente microbiológico oral es único y tiene una dinámica compleja. Se calcula que cerca de 500 especies de bacterias habitan la cavidad oral humana, y alrededor de 22 géneros son los predominantes. Las bacterias que se aíslan con más frecuencia de los sitios infectados de la cavidad oral, y que son también patógenos potenciales, forma un grupo pequeño de microorganismos gramnegativos, entre los que se incluyen los siguientes: Actinobacillus actinomycetemcomitans, Bacteroides forsythus, Campylobacter spp., Capnocytophoga spp., Eikenella corrodens, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia y el grupo-Streptococcus milleri. E. corrodens se reconoce como un microbio patógeno oportunista en la cavidad oral; también, puede causar infecciones extra orales, como un agente infeccioso solo o en combinaciones con diversas bacterias. La presente revisión, con un énfasis en E. corrodens, mostrará varios aspectos de sus características microbiológicas y bioquímicas, también se sistematizan y discuten el conocimiento actual sobre los mecanismos de patogénesis, como los lipopolisacáridos, proteínas externas de membrana, complejo de adesina, pili y otros; infecciones oral y extra oral; factores predisponentes; endocarditis; osteomielitis, infecciones intra-abdominales; diagnóstico y agentes antimicrobianos.
The oral microbiological environment is unique and has a complex dynamic. It has been estimated that about 500 species of bacteria inhabit the human oral cavity and about 22 genera of them are the most dominant. The most frequently isolated from infected pockets of the oral cavity bacteria which are also potential pathogens form a small group of gramnegative microorganisms among which are included the following: Actinobacillus actinomycetemcomitans, Bacteroides forsythus, Campylobacter spp., Capnocytophoga spp., Eikenella corrodens, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, and Streptococcus milleri-group. E. corrodens is distinguished for being an opportunistic oral pathogen. It can also produce extra-oral infections acting either as an infectious agent itself or together with other bacteria. Referring to E. corrodens the present review will not only demonstrate different aspects about microbiological and biochemical characteristics, but also the actual knowledge on pathogenesis mechanism, like polysaccharides, outer membrane protein, lectin-like adhesin complex, pili, and other mechanisms will be systematized and discussed. Oral and extra-oral infections and other risking factors like endocarditis; osteomyelitis, intra-abdominal infections, their diagnosis and antimicrobial agents will be also considered in this paper.