Detalhe da pesquisa
1.
DeepMainmast: integrated protocol of protein structure modeling for cryo-EM with deep learning and structure prediction.
Nat Methods
; 21(1): 122-131, 2024 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38066344
2.
CryoREAD: de novo structure modeling for nucleic acids in cryo-EM maps using deep learning.
Nat Methods
; 20(11): 1739-1747, 2023 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37783885
3.
Residue-wise local quality estimation for protein models from cryo-EM maps.
Nat Methods
; 19(9): 1116-1125, 2022 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35953671
4.
Cryo-EM model validation recommendations based on outcomes of the 2019 EMDataResource challenge.
Nat Methods
; 18(2): 156-164, 2021 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33542514
5.
Enhancing cryo-EM maps with 3D deep generative networks for assisting protein structure modeling.
Bioinformatics
; 39(8)2023 08 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37549063
6.
Discriminating physiological from non-physiological interfaces in structures of protein complexes: A community-wide study.
Proteomics
; 23(17): e2200323, 2023 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37365936
7.
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15-CAPRI experiment.
Proteins
; 91(12): 1658-1683, 2023 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37905971
8.
Genotype & phenotype in Lowe Syndrome: specific OCRL1 patient mutations differentially impact cellular phenotypes.
Hum Mol Genet
; 30(3-4): 198-212, 2021 04 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33517444
9.
Protein secondary structure detection in intermediate-resolution cryo-EM maps using deep learning.
Nat Methods
; 16(9): 911-917, 2019 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31358979
10.
Protein contact map refinement for improving structure prediction using generative adversarial networks.
Bioinformatics
; 37(19): 3168-3174, 2021 Oct 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33787852
11.
DAQ-Score Database: assessment of map-model compatibility for protein structure models from cryo-EM maps.
Nat Methods
; 20(6): 775-776, 2023 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37161061
12.
Protein docking model evaluation by 3D deep convolutional neural networks.
Bioinformatics
; 36(7): 2113-2118, 2020 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31746961
13.
Efficient Flexible Fitting Refinement with Automatic Error Fixing for De Novo Structure Modeling from Cryo-EM Density Maps.
J Chem Inf Model
; 61(7): 3516-3528, 2021 07 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34142833
14.
Performance and enhancement of the LZerD protein assembly pipeline in CAPRI 38-46.
Proteins
; 88(8): 948-961, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31697428
15.
MAINMASTseg: Automated Map Segmentation Method for Cryo-EM Density Maps with Symmetry.
J Chem Inf Model
; 60(5): 2634-2643, 2020 05 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32197044
16.
Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment.
Proteins
; 87(12): 1200-1221, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31612567
17.
Modeling the assembly order of multimeric heteroprotein complexes.
PLoS Comput Biol
; 14(1): e1005937, 2018 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29329283
18.
Geometrical Conversion of the EGFR Extracellular Domain by Adiabatic Mapping Combining Normal Mode Analysis of the Elastic Network Model and Energy Optimization.
Chem Pharm Bull (Tokyo)
; 67(10): 1061-1071, 2019.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31582626
19.
De novo main-chain modeling with MAINMAST in 2015/2016 EM Model Challenge.
J Struct Biol
; 204(2): 351-359, 2018 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30075190
20.
Protein structure model refinement in CASP12 using short and long molecular dynamics simulations in implicit solvent.
Proteins
; 86 Suppl 1: 189-201, 2018 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28833585