Detalhe da pesquisa
1.
The Dfam database of repetitive DNA families.
Nucleic Acids Res
; 44(D1): D81-9, 2016 Jan 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26612867
2.
HMMER web server: 2015 update.
Nucleic Acids Res
; 43(W1): W30-8, 2015 Jul 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25943547
3.
Dfam: a database of repetitive DNA based on profile hidden Markov models.
Nucleic Acids Res
; 41(Database issue): D70-82, 2013 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23203985
4.
Skylign: a tool for creating informative, interactive logos representing sequence alignments and profile hidden Markov models.
BMC Bioinformatics
; 15: 7, 2014 Jan 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24410852
5.
nhmmer: DNA homology search with profile HMMs.
Bioinformatics
; 29(19): 2487-9, 2013 Oct 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23842809
6.
WAS IT A MATch I SAW? Approximate palindromes lead to overstated false match rates in benchmarks using reversed sequences.
Bioinform Adv
; 4(1): vbae052, 2024.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38764475
7.
Diviner uncovers hundreds of novel human (and other) exons though comparative analysis of proteins.
bioRxiv
; 2024 May 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38746152
8.
nail: software for high-speed, high-sensitivity protein sequence annotation.
bioRxiv
; 2024 Jan 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38352323
9.
Sensitive and error-tolerant annotation of protein-coding DNA with BATH.
bioRxiv
; 2024 Jan 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38260252
10.
VIBES: a workflow for annotating and visualizing viral sequences integrated into bacterial genomes.
NAR Genom Bioinform
; 6(2): lqae030, 2024 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38584872
11.
Predicting metabolic modules in incomplete bacterial genomes with MetaPathPredict.
Elife
; 132024 May 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38696239
12.
Mirage2's high-quality spliced protein-to-genome mappings produce accurate multiple-sequence alignments of isoforms.
PLoS One
; 18(5): e0285225, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37155621
13.
DISCO: A deep learning ensemble for uncertainty-aware segmentation of acoustic signals.
bioRxiv
; 2023 Jan 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36747788
14.
DISCO: A deep learning ensemble for uncertainty-aware segmentation of acoustic signals.
PLoS One
; 18(7): e0288172, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37494341
15.
VIBES: A Workflow for Annotating and Visualizing Viral Sequences Integrated into Bacterial Genomes.
bioRxiv
; 2023 Oct 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37905003
16.
Framework of the Alu Subfamily Evolution in the Platyrrhine Three-Family Clade of Cebidae, Callithrichidae, and Aotidae.
Genes (Basel)
; 14(2)2023 01 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36833175
17.
Accuracy of multiple sequence alignment methods in the reconstruction of transposable element families.
NAR Genom Bioinform
; 4(2): lqac040, 2022 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35591887
18.
SODA: a TypeScript/JavaScript library for visualizing biological sequence annotation.
NAR Genom Bioinform
; 4(4): lqac077, 2022 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36212708
19.
Drugsniffer: An Open Source Workflow for Virtually Screening Billions of Molecules for Binding Affinity to Protein Targets.
Front Pharmacol
; 13: 874746, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35559261
20.
From telomere to telomere: The transcriptional and epigenetic state of human repeat elements.
Science
; 376(6588): eabk3112, 2022 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35357925