Understanding and overcoming the pitfalls and biases of next-generation sequencing (NGS) methods for use in the routine clinical microbiological diagnostic laboratory.

Boers, Stefan A; Jansen, Ruud; Hays, John P

Boers, Stefan A; Jansen, Ruud; Hays, John P.

Afiliação

Boers SA; Department of Medical Microbiology and Infectious Diseases, Erasmus University Medical Centre Rotterdam (Erasmus MC), Rotterdam, The Netherlands.
Jansen R; Department of Molecular Biology, Regional Laboratory of Public Health Kennemerland, Haarlem, The Netherlands.
Hays JP; Department of Medical Microbiology and Infectious Diseases, Erasmus University Medical Centre Rotterdam (Erasmus MC), Rotterdam, The Netherlands. j.hays@erasmusmc.nl.

Eur J Clin Microbiol Infect Dis ; 38(6): 1059-1070, 2019 Jun.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-30834996

Assuntos

Testes Diagnósticos de Rotina/normas; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/normas; Infecções/diagnóstico; Microbiota/genética; DNA Bacteriano/genética; DNA Bacteriano/normas; Humanos; Infecções/epidemiologia; Infecções/microbiologia; Metagenômica/normas; Técnicas Microbiológicas/normas; RNA Ribossômico 16S/genética; RNA Ribossômico 16S/normas; Análise de Sequência de DNA/normas

Palavras-chave

(Shotgun) metagenomics; 16S rRNA gene; Microbiota analysis; Next-generation sequencing; Pitfalls and biases; Routine clinical microbiological diagnostics

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Testes Diagnósticos de Rotina / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala / Microbiota / Infecções Idioma: En Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Holanda

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