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Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil.
Adelino, Talita Émile Ribeiro; Giovanetti, Marta; Fonseca, Vagner; Xavier, Joilson; de Abreu, Álvaro Salgado; do Nascimento, Valdinete Alves; Demarchi, Luiz Henrique Ferraz; Oliveira, Marluce Aparecida Assunção; da Silva, Vinícius Lemes; de Mello, Arabela Leal E Silva; Cunha, Gabriel Muricy; Santos, Roselene Hans; de Oliveira, Elaine Cristina; Júnior, Jorge Antônio Chamon; de Melo Iani, Felipe Campos; de Filippis, Ana Maria Bispo; de Abreu, André Luiz; de Jesus, Ronaldo; de Albuquerque, Carlos Frederico Campelo; Rico, Jairo Mendez; do Carmo Said, Rodrigo Fabiano; Silva, Joscélio Aguiar; de Moura, Noely Fabiana Oliveira; Leite, Priscila; Frutuoso, Lívia Carla Vinhal; Haddad, Simone Kashima; Martínez, Alexander; Barreto, Fernanda Khouri; Vazquez, Cynthia Carolina; da Cunha, Rivaldo Venâncio; Araújo, Emerson Luiz Lima; de Oliveira Tosta, Stephane Fraga; de Araújo Fabri, Allison; Chalhoub, Flávia Löwen Levy; da Silva Lemos, Poliana; de Bruycker-Nogueira, Fernanda; de Castro Lichs, Gislene Garcia; Zardin, Marina Castilhos Souza Umaki; Segovia, Fátima María Cardozo; Gonçalves, Crhistinne Cavalheiro Maymone; Grillo, Zoraida Del Carmen Fernandez; Slavov, Svetoslav Nanev; Pereira, Luiz Augusto; Mendonça, Ana Flávia; Pereira, Felicidade Mota; de Magalhães, Jurandy Júnior Ferraz; Dos Santos Júnior, Agenor de Castro Moreira; de Lima, Maricélia Maia; Nogueira, Rita Maria Ribeiro; Góes-Neto, Aristóteles.
Afiliação
  • Adelino TÉR; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • Giovanetti M; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil. giovanetti.marta@gmail.com.
  • Fonseca V; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Xavier J; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Abreu ÁS; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • do Nascimento VA; Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia, Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, Amazonas, Brazil.
  • Demarchi LHF; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil.
  • Oliveira MAA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • da Silva VL; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil.
  • de Mello ALES; Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz, Salvador, Bahia, Brazil.
  • Cunha GM; Secretaria de Saúde do Estado da Bahia, Salvador, Bahia, Brazil.
  • Santos RH; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral, Recife, Pernambuco, Brazil.
  • de Oliveira EC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Mato Grosso, Brazil.
  • Júnior JAC; Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • de Melo Iani FC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
  • de Filippis AMB; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Abreu AL; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • de Jesus R; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • de Albuquerque CFC; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • Rico JM; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • do Carmo Said RF; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • Silva JA; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • de Moura NFO; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • Leite P; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • Frutuoso LCV; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • Haddad SK; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil.
  • Martínez A; Gorgas Memorial Institute for Health Studies, Panama, Panama.
  • Barreto FK; Universidade Federal da Bahia, Vitória da Conquista, Bahia, Brazil.
  • Vazquez CC; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.
  • da Cunha RV; Fundação Oswaldo Cruz, Bio-Manguinhos, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Araújo ELL; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • de Oliveira Tosta SF; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Araújo Fabri A; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Chalhoub FLL; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • da Silva Lemos P; Instituto Evandro Chagas, Belém, Pará, Brazil.
  • de Bruycker-Nogueira F; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Castro Lichs GG; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil.
  • Zardin MCSU; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil.
  • Segovia FMC; Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, San Lorenzo, Paraguay.
  • Gonçalves CCM; Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil.
  • Grillo ZDCF; Fundação Oswaldo Cruz, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil.
  • Slavov SN; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil.
  • Pereira LA; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil.
  • Mendonça AF; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil.
  • Pereira FM; Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz, Salvador, Bahia, Brazil.
  • de Magalhães JJF; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral, Recife, Pernambuco, Brazil.
  • Dos Santos Júnior ACM; Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
  • de Lima MM; Secretaria de Saúde de Feira de Santana, Feira de Santana, Bahia, Brazil.
  • Nogueira RMR; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Góes-Neto A; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
Nat Commun ; 12(1): 2296, 2021 04 16.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33863880
Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015-2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses.
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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Dengue / Vírus da Dengue / Epidemias / Monitoramento Epidemiológico País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil
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