Optimizing UniFrac with OpenACC Yields Greater Than One Thousand Times Speed Increase.

Sfiligoi, Igor; Armstrong, George; Gonzalez, Antonio; McDonald, Daniel; Knight, Rob

Sfiligoi, Igor; Armstrong, George; Gonzalez, Antonio; McDonald, Daniel; Knight, Rob.

Afiliação

Sfiligoi I; San Diego Supercomputing Center, University of California, San Diegogrid.266100.3, La Jolla, California, USA.
Armstrong G; Bioinformatics and Systems Biology Program, University of California, San Diegogrid.266100.3, La Jolla, California, USA.
Gonzalez A; Department of Pediatrics, University of California, San Diegogrid.266100.3, La Jolla, California, USA.
McDonald D; Center for Microbiome Innovation, University of California, San Diegogrid.266100.3, La Jolla, California, USA.
Knight R; Department of Pediatrics, University of California, San Diegogrid.266100.3, La Jolla, California, USA.

mSystems ; 7(3): e0002822, 2022 06 28.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-35638356

Assuntos

Bactérias; Microbiota; RNA Ribossômico 16S/genética; Bactérias/genética; Microbiota/genética

Palavras-chave

GPU; OpenACC; UniFrac; microbiome; optimization

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Bactérias / Microbiota Idioma: En Ano de publicação: 2022 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

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