Relationship between quantitative real-time PCR cycle threshold and culture for detection of Streptococcus equi subspecies equi.

Relation entre le seuil du cycle de PCR quantitatif en temps réel et la culture pour la détection de Streptococcus equi sous-espèce equi. Objectif: Comparer les résultats de PCR et de culture pour la détection de Streptococcus equi sous-espèce equi (S. equi). Animaux: Échantillons des voies respiratoires (N = 158) de chevaux testés pour S. equi. Procédure: La culture bactérienne a été réalisée sur des échantillons à partir desquels S. equi a été détecté par PCR quantitatif en temps réel. Résultats: S. equi a été isolé à partir de 12 échantillons (7,6 %) : 4/9 (44 %) échantillons lorsque le seuil du cycle de PCR (CT) était ≤ 30, 7/30 (23 %) lorsque le CT était de 30,1 à 35 et 1/119 (0,8 %) lorsque le CT était de 35,1 à 40. L'échantillon CT le plus élevé d'un échantillon ayant donné une culture positive était de 36,9. La valeur J optimale de Youden était à un CT de 34,2, la même valeur que celle déterminée par le nombre nécessaire pour un mauvais diagnostic lorsque le coût d'un faux négatif est estimé à 5 ou 10 × celui d'un faux positif. Conclusion: Du S. equi viable n'a été détecté que dans une minorité d'échantillons positifs pour le PCR quantitatif (qPCR). Un CT qPCR de 34,2 était un seuil raisonnable pour la probabilité de la présence de S. equi cultivable. Pertinence clinique: L'évaluation des valeurs CT peut être utile comme approximation pour indiquer la probabilité de présence de S. equi cultivable et pourrait être utile dans le cadre d'une évaluation des risques.(Traduit par Dr Serge Messier).