Búsqueda | BVS CLAP/SMR-OPS/OMS

1.

Membrane Interactions of α-Synuclein Revealed by Multiscale Molecular Dynamics Simulations, Markov State Models, and NMR.

Amos, Sarah-Beth T A; Schwarz, Thomas C; Shi, Jiye; Cossins, Benjamin P; Baker, Terry S; Taylor, Richard J; Konrat, Robert; Sansom, Mark S P.

J Phys Chem B ; 125(11): 2929-2941, 2021 03 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33719460

2.

Combining Machine Learning and Enhanced Sampling Techniques for Efficient and Accurate Calculation of Absolute Binding Free Energies.

Evans, Rhys; Hovan, Ladislav; Tribello, Gareth A; Cossins, Benjamin P; Estarellas, Carolina; Gervasio, Francesco L.

J Chem Theory Comput ; 16(7): 4641-4654, 2020 Jul 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32427471

3.

Allosteric mechanism of action of the therapeutic anti-IgE antibody omalizumab.

Davies, Anna M; Allan, Elizabeth G; Keeble, Anthony H; Delgado, Jean; Cossins, Benjamin P; Mitropoulou, Alkistis N; Pang, Marie O Y; Ceska, Tom; Beavil, Andrew J; Craggs, Graham; Westwood, Marta; Henry, Alistair J; McDonnell, James M; Sutton, Brian J.

J Biol Chem ; 292(24): 9975-9987, 2017 06 16.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28438838

4.

Quantifying Secondary Structure Changes in Calmodulin Using 2D-IR Spectroscopy.

Minnes, Lucy; Shaw, Daniel J; Cossins, Benjamin P; Donaldson, Paul M; Greetham, Gregory M; Towrie, Michael; Parker, Anthony W; Baker, Matthew J; Henry, Alistair J; Taylor, Richard J; Hunt, Neil T.

Anal Chem ; 89(20): 10898-10906, 2017 10 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28921967

5.

Understanding Cryptic Pocket Formation in Protein Targets by Enhanced Sampling Simulations.

Oleinikovas, Vladimiras; Saladino, Giorgio; Cossins, Benjamin P; Gervasio, Francesco L.

J Am Chem Soc ; 138(43): 14257-14263, 2016 11 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27726386

6.

Small Molecule Targeting of Protein-Protein Interactions through Allosteric Modulation of Dynamics.

Cossins, Benjamin P; Lawson, Alastair D G.

Molecules ; 20(9): 16435-45, 2015 Sep 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26378508

7.

A new view of the bacterial cytosol environment.

Cossins, Benjamin P; Jacobson, Matthew P; Guallar, Victor.

PLoS Comput Biol ; 7(6): e1002066, 2011 Jun.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21695225

8.

Assessment of nonequilibrium free energy methods.

Cossins, Benjamin P; Foucher, Sebastien; Edge, Colin M; Essex, Jonathan W.

J Phys Chem B ; 113(16): 5508-19, 2009 Apr 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19368411

9.

Small molecules that inhibit TNF signalling by stabilising an asymmetric form of the trimer.

O'Connell, James; Porter, John; Kroeplien, Boris; Norman, Tim; Rapecki, Stephen; Davis, Rachel; McMillan, David; Arakaki, Tracy; Burgin, Alex; Fox Iii, David; Ceska, Tom; Lecomte, Fabien; Maloney, Alison; Vugler, Alex; Carrington, Bruce; Cossins, Benjamin P; Bourne, Tim; Lawson, Alastair.

Nat Commun ; 10(1): 5795, 2019 12 19.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31857588

10.

Protein-ligand binding affinity by nonequilibrium free energy methods.

Cossins, Benjamin P; Foucher, Sebastien; Edge, Colin M; Essex, Jonathan W.

J Phys Chem B ; 112(47): 14985-92, 2008 Nov 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-18973369

11.

Computational Exploration of Conformational Transitions in Protein Drug Targets.

Cossins, Benjamin P; Lawson, Alastair D G; Shi, Jiye.

Methods Mol Biol ; 1762: 339-365, 2018.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29594780

12.

Thermodynamics calculation of protein-ligand interactions by QM/MM polarizable charge parameters.

Wang, Jinan; Shao, Qiang; Cossins, Benjamin P; Shi, Jiye; Chen, Kaixian; Zhu, Weiliang.

J Biomol Struct Dyn ; 34(1): 163-76, 2016.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25761118

13.

Force fields and scoring functions for carbohydrate simulation.

Xiong, Xiuming; Chen, Zhaoqiang; Cossins, Benjamin P; Xu, Zhijian; Shao, Qiang; Ding, Kai; Zhu, Weiliang; Shi, Jiye.

Carbohydr Res ; 401: 73-81, 2015 Jan 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25464084

14.

Mapping central α-helix linker mediated conformational transition pathway of calmodulin via simple computational approach.

Wang, Jinan; Peng, Shaoliang; Cossins, Benjamin P; Liao, Xiangke; Chen, Kaixian; Shao, Qiang; Zhu, Xiaoqian; Shi, Jiye; Zhu, Weiliang.

J Phys Chem B ; 118(32): 9677-85, 2014 Aug 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25120210

15.

Exploring transition pathway and free-energy profile of large-scale protein conformational change by combining normal mode analysis and umbrella sampling molecular dynamics.

Wang, Jinan; Shao, Qiang; Xu, Zhijian; Liu, Yingtao; Yang, Zhuo; Cossins, Benjamin P; Jiang, Hualiang; Chen, Kaixian; Shi, Jiye; Zhu, Weiliang.

J Phys Chem B ; 118(1): 134-43, 2014 Jan 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24350625

16.

Exploration of Protein Conformational Change with PELE and Meta-Dynamics.

Cossins, Benjamin P; Hosseini, Ali; Guallar, Victor.

J Chem Theory Comput ; 8(3): 959-65, 2012 Mar 13.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26593358

BVS CLAP/SMR-OPS/OMS

Centro Latinoamericano de Perinatología, Salud de la Mujer y Reproductiva

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