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2.
Genomics ; 72(1): 1-14, 2001 Feb 15.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-11247661

RESUMO

We systematically and comprehensively investigated polymorphisms of the HTR1B gene as well as their linkage disequilibrium and ancestral relationships. We have detected the following polymorphisms in our sample via denaturing gradient gel electrophoresis, database comparisons, and/or previously published assays: G-511T, T-261G, -182INS/DEL-181, A-161T, C129T, T371G, T655C, C705T, G861C, A1099G, G1120A, and A1180G. The results of the intermarker analyses showed strong linkage disequilibrium between the C129T and the G861C polymorphisms and revealed four common haplotypes: ancestral (via chimpanzee comparisons), 129T/861C, -161T, and -182DEL-181. The results of association tests with schizophrenia were negative, although A-161T had a nominal P = 0.04 via ASPEX/sib_tdt. The expressed missense substitutions, Phe124Cys, Phe219Leu, Ile367Val, and Glu374Lys, could potentially affect ligand binding or interaction with G proteins and thus modify drug response in carriers of these variants. On average, the human cSNPs and differences among other primates clustered in the more thermodynamically unstable regions of the mRNA, which suggests that the evolutionary survival of nucleotide sequence variation may be influenced by the mRNA structure of this gene.


Assuntos
Variação Genética , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Receptores de Serotonina/genética , Alelos , Sequência de Aminoácidos , Substituição de Aminoácidos , Bases de Dados Factuais , Eletroforese , Etnicidade/genética , Evolução Molecular , Marcadores Genéticos , Haplótipos , Humanos , Desequilíbrio de Ligação , Dados de Sequência Molecular , Conformação de Ácido Nucleico , Polimorfismo de Fragmento de Restrição , RNA Mensageiro/química , RNA Mensageiro/genética , Grupos Raciais/genética , Receptor 5-HT1B de Serotonina , Receptores de Serotonina/química , Esquizofrenia/genética , Análise de Sequência de DNA
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