Benchmarking Long-Read Assemblers for Genomic Analyses of Bacterial Pathogens Using Oxford Nanopore Sequencing.

Chen, Zhao; Erickson, David L; Meng, Jianghong

Chen, Zhao; Erickson, David L; Meng, Jianghong.

Afiliação

Chen Z; Joint Institute for Food Safety and Applied Nutrition, Center for Food Safety and Security Systems, Department of Nutrition and Food Science, University of Maryland, College Park, MD 20742, USA.
Erickson DL; Joint Institute for Food Safety and Applied Nutrition, Center for Food Safety and Security Systems, Department of Nutrition and Food Science, University of Maryland, College Park, MD 20742, USA.
Meng J; Joint Institute for Food Safety and Applied Nutrition, Center for Food Safety and Security Systems, Department of Nutrition and Food Science, University of Maryland, College Park, MD 20742, USA.

Int J Mol Sci ; 21(23)2020 Dec 01.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33271875

Assuntos

Bactérias/genética; Genoma Bacteriano; Genômica/métodos; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Bactérias/classificação; Bactérias/efeitos dos fármacos; Bactérias/patogenicidade; Biologia Computacional/métodos; Farmacorresistência Bacteriana; Tipagem de Sequências Multilocus; Filogenia; Reprodutibilidade dos Testes; Virulência/genética; Fatores de Virulência/genética

Palavras-chave

Oxford Nanopore sequencing; bacterial pathogen; benchmarking; genome assembly; genomic analysis; long-read assembler; long-read sequencing; whole-genome sequencing

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Bactérias / Genoma Bacteriano / Genômica / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: Int J Mol Sci Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

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