MQF and buffered MQF: quotient filters for efficient storage of k-mers with their counts and metadata.

Shokrof, Moustafa; Brown, C Titus; Mansour, Tamer A

Shokrof, Moustafa; Brown, C Titus; Mansour, Tamer A.

Afiliação

Shokrof M; Department of Computer Science, University of California, Davis, CA, USA.
Brown CT; Department of Population Health and Reproduction, School of Veterinary Medicine, University of California, Davis, CA, USA.
Mansour TA; Department of Population Health and Reproduction, School of Veterinary Medicine, University of California, Davis, CA, USA. drtamermansour@gmail.com.

BMC Bioinformatics ; 22(1): 71, 2021 Feb 16.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33593271

Assuntos

Metadados; Software; Algoritmos; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala; Análise de Sequência de DNA

Palavras-chave

Compact hash tables; Debruijn graphs; Inexact data structures; NGS; k-mers

Texto completo

Imprimir

XML

PubMed Links

Buscar no Google

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Software / Metadados Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Assunto da revista: INFORMATICA MEDICA Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

Texto completo

Imprimir

XML

PubMed Links

Buscar no Google