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1.
Int. microbiol ; 22(4): 501-509, dic. 2019. ilus, graf, tab
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-185068

RESUMO

Singleplex and duplex loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assays were developed for detecting Vibrio anguillarum, a major bacterial pathogen of fish, and Vibrio alginolyticus, a pathogen of fish and humans, separately and simultaneously from contaminated seawater by targeting the groEL gene of V. anguillarum, which encodes a molecular chaperone protein, and the fklB gene of V. alginolyticus, which encodes a 22 kilodalton (kDa) peptidyl prolyl isomerase. The optimal reaction conditions to produce consistent results were 65°C for 30 min, 63°C for 30 min, and 63°C for 40 min for the groEL (singleplex for V. anguillarum), fklB (singleplex for V. alginolyticus), and groEL + flkB (duplex) LAMP assays, respectively, analyzed via visual detection methods (use of calcein, and SYBR Green I) and agarose gel electrophoresis. The assays were found to be species-specific, as closely related Vibrio spp. were not detected. The limits of detection (LoDs) of the LAMP assays for DNA template from pure culture and artificially contaminated seawater were 10 and 14 fg (groEL assay; for V. anguillarum), 12.5 and 17 fg (fklB assay; for V. alginolyticus), and 50 and 70 fg (duplex assay) per reaction, respectively, which were much better than the LoDs of conventional polymerase chain reaction (PCR). Singleplex and duplex LAMP assays were found to be rapid, species-specific, and sensitive for the detection of V. anguillarum and V. alginolyticus and are applicable to laboratory and field diagnostics


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Assuntos
Humanos , Animais , Vibrio alginolyticus/isolamento & purificação , Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico/métodos , Vibrio/química , Vibrio/crescimento & desenvolvimento , Peixes/microbiologia , Água do Mar/análise , Água do Mar/microbiologia , Reação em Cadeia da Polimerase
2.
Int. microbiol ; 19(2): 109-119, jun. 2016. graf, tab, ^mapas
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-158065

RESUMO

The diversity of microorganisms inhabiting the deep sea surface sediments was investigated in 9 stations (700-1900 m depth) in the Levantine basin by 454 massive tag sequencing of the 16S rDNA V4 region using universal primers. In total, 108,811 reads (an average of 10,088 per sample) were assigned to 5014 bacterial and 966 archaeal operational taxonomic units (OTUs; at 97% cut off). The 55% of the reads were of archaea, indicating dominance of archaea over bacteria at eight of the stations. The diversity and estimated richness values were high (e.g., H´ ranged from 5.66 to 7.41 for bacteria). The compositions of the microorganisms at all stations were remarkably similar, with Bray-Curtis similarities of 0.53-0.91 and 0.74-0.99 for bacterial and archaeal orders respectively. At two stations, very high abundances of only a few genera (Marinobacterium, Bacillus, Vibrio, Photobacterium) were accountable for the dissimilarities documented compared to the other deep sea stations. Half of the bacterial reads (51%) belonged to the phylum Proteobacteria, comprising mainly Gammaproteobacteria (41-72% of the proteobacterial reads per sample), Deltaproteobacteria (12-29%), Alphaproteobacteria (7-18%) and Betaproteobacteria (3-14%). The most abundant bacterial family was Sinobacteraceae (order Xanthomonadales) with 5-10% of total bacterial reads per sample. Most abundant reads (15.4% of all microbial reads) were affiliated with Marine Group 1 archaea, putatively capable of ammonia oxidation (213 OTUs), and bacteria involved in nitrification were found in all samples. The data point to the significant role that chemolithotrophic carbon assimilation and nitrification fill in the oligotrophic deep sea Levant sediments (AU)


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Assuntos
Bactérias/crescimento & desenvolvimento , Archaea/crescimento & desenvolvimento , Microbiologia da Água , Água do Mar/microbiologia , Sedimentos Geológicos/microbiologia , Bactérias Gram-Negativas Quimiolitotróficas/crescimento & desenvolvimento
4.
Rev. toxicol ; 29(2): 84-89, jul.-dic. 2012. tab
Artigo em Espanhol | IBECS | ID: ibc-126218

RESUMO

El Modelo del Ligando Biótico (BLM) es un modelo basado en el equilibrio químico. Incorpora el efecto de las características físico-químicas del agua en la biodisponibilidad y toxicidad de los metales sobre la biota acuática. Ha sido desarrollado para cuatro metales (Cu, Zn, Ag, Cd), dos especies de peces y tres de dáfnidos. Se asume que sus predicciones podrían ser extrapoladas a especies similares. En este estudio, se evaluó una posible extrapolación inter-especifica (peces) del BLM desarrollado para el zinc en agua del río Pilcomayo. Se llevó a cabo un ensayo de toxicidad aguda del zinc en el pez nativo Cnesterodon decemmaculatus. Las concentraciones de zinc disuelto aplicadas fueron: 0,13; 3,74; 9,2; 21,6 y 26,4 mg Zn L-1. La concentración letal media del zinc (CL50 96-h) calculada para C. decemmaculatus fue 22,6 mg Zn L-1 (17,5 - 27,6) y la predicha por el BLM para Pimephales promelas en el agua experimental fue 1,71 mg L-1. Las concentraciones de zinc medidas excedían la solubilidad del metal lo que produjo la precipitación del mismo, derivando en una 96-h CL50 que muy probablemente incluyó tanto especies de zinc disueltas como precipitadas. Sin embargo, las estimaciones de la especiación mostraron que la especie química del zinc más abundante en todos los tratamientos fue el ion libre. La mayor proporción de zinc en su forma iónica libre explicaría el bajo efecto protector de la elevada dureza del agua experimental. La diferencia entre la toxicidad del zinc observada y la predicha por el BLM podría deberse a la combinación de inexactitud en las mediciones de zinc disuelto y una menor sensibilidad de la especie experimental a la presencia de elevadas concentraciones de zinc (AU)


The Biotic Ligand Model (BLM) is a chemical equilibrium-based model that incorporates the effect of physicochemical water characteristics on the bioavailability and toxicity of metals to aquatic biota. It was developed for four metals (Cu, Zn, Ag and Cd), two fish species and three daphnids. It is assumed that its predictions can be extrapolated between similar species. In this study, a cross-fish-species extrapolation of the BLM developed for zinc (Zn-BLM) was assessed in Pilcomayo River water. An acute zinc toxicity test was performed to assess zinc toxicity to the local fish Cnesterodon decemmaculatus. The dissolved zinc concentrations tested were:3.74;9.2; 21.6 and 26.4 mg Zn L-1. The median letal zinc concentration (96-h Zn LC50) calculated for C. decemmaculatus was 22.6 mg Zn L-1 (17.5-27.6) and the predicted by Zn-BLM for Pimephales promelas in the test water was 1.71 mg L−1. Zinc concentrations measured exceeded zinc solubility causing metal precipitation which derived in a 96-h LC50 that most probably included both dissolved and precipitated zinc species. Nevertheless, speciation estimates showed that the more abundant zinc species in each treatment was the free ion. This higher proportion of zinc in its free ionic form would explain the low protective effect exerted by elevated water hardness. The difference between the observed zinc toxicity to C. decemmaculatus and the predicted by BLM for P. promelas may be due to the combination of inaccuracy in zinc dissolved measurements and a lower sensitivity of C. decemmaculatus to zinc exposure (AU)


Assuntos
Metais/toxicidade , Disponibilidade Biológica , Biota , Zinco/toxicidade , Compostos de Zinco , Fatores Bióticos , Peixes/microbiologia , Água do Mar/química , Água do Mar/microbiologia
5.
Int. microbiol ; 15(3): 131-139, sept. 2012. ilus, tab
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-136883

RESUMO

The resistance of 49 strains of bacteria isolated from surface Baltic Sea waters to 11 antibiotics was analyzed and the resistance of selected strains to three metal ions (Ni2+, Mn2+, Zn2+) was tested. Most isolates belonged to Gammaproteobacteria (78 %), while Alphaproteobacteria (8 %), Actinobacteria (10 %), and Bacteroidetes (4 %) were less abundant. Even though previous reports suggested relationships between resistance and the presence of plasmids or the ability to produce pigments, no compelling evidence for such relationships was obtained for the strains isolated in this work. In particular, strains resistant to multiple antibiotics did not carry plasmids more frequently than sensitive strains. A relation between resistance and the four aminoglycosides tested (gentamycin, kanamycin, neomycin, and streptomycin), but not to spectinomycin, was demonstrated. This observation is of interest given that spectinomycin is not always classified as an aminoglycoside because it lacks a traditional sugar moiety. Statistical analysis indicated relationships between resistance to some antibiotics (ampicillin and erythromycin, chloramphenicol and erythromycin, chloramphenicol and tetracycline, erythromycin and tetracycline), suggesting the linkage of resistance genes for antibiotics belonging to different classes. The effects of NiSO4, ZnCl2 and MnCl2 on various media suggested that the composition of Marine Broth might result in low concentrations of Mn2+ due to chemical interactions that potentially lead to precipitation (AU)


No disponible


Assuntos
Antibacterianos/farmacologia , Bactérias , Bactérias/isolamento & purificação , Metais/metabolismo , RNA Ribossômico 16S/genética , Água do Mar/microbiologia , Aminoglicosídeos/genética , Aminoglicosídeos/metabolismo , Bactérias/genética , Bactérias/metabolismo , Resistência Microbiana a Medicamentos , Mar Mediterrâneo , Testes de Sensibilidade Microbiana/métodos , Filogenia , Plasmídeos
6.
Int. microbiol ; 13(4): 179-188, dic. 2010. ilus, tab
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-96706

RESUMO

Heterogeneity among ribosomal operons in Vibrio vulnificus is purported as a probabilistic indicator of strain virulence and classifies V. vulnificus strains as 16S rRNA genes type A and B. In this study, 16S rRNA genes typing of V. vulnificus strains isolated from the Valencia city coast, in the western Mediterranean, showed that 24 out of 30 isolates were type A, one was type B and five could not be typed. Single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis of this gene region revealed complex patterns indicative of intragenomic ribosomal operon sequence heterogeneity. The 16S rRNA genes of three untypeable isolates C27, C30, and C34, along with type A (ATCC 27562) and B (C7184) reference strains, were amplified, cloned and sequenced. The number of unique 16S rRNA gene sequences was 4, 3, and 4 for the environmental isolates. The type strain of the species (ATCC 27562) presented only two 16S rRNA gene types, while the reference isolate C7184 of clinical origin had only one 16S rRNA gene type. Sequences differed from five to 35 bp (99.6% to 97.6% sequence similarity). Areas of variability concentrated in helices 10, 18, and 37 and included variants with short intervening sequences in helix 10. Most of the substitutions showed compensatory mutations suggesting ancient sequence divergence generated by lateral gene transfer (AU)


No disponible


Assuntos
Animais , Variação Genética , RNA Bacteriano/genética , RNA Ribossômico 16S/genética , Vibrio vulnificus/genética , Técnicas de Tipagem Bacteriana , Bivalves/microbiologia , Genótipo , Mar Mediterrâneo , Polimorfismo de Fragmento de Restrição , Polimorfismo Conformacional de Fita Simples , Água do Mar/microbiologia , Análise de Sequência de DNA , Espanha
7.
Int. microbiol ; 10(2): 97-102, jun. 2007. ilus, tab
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-056698

RESUMO

New complex communities of morphologically diverse and sometimes abundant large, multicellular, filamentous bacteria were discovered in the oxygen-deficient, organically laden, shelf sediments under the oxygen minimum zone off the coast of the eastern Pacific, i.e., off the coasts of central and northern Chile; central and northern Perú; Roca Redonda, Galápagos Archipielago, Ecuador; and off the Pacific coasts of Panamá and Costa Rica. Similar microbial communities were also observed in the reduced layer of a muddy-sand beach adjacent to a mangrove swamp on Coiba Island, Pacific Panamá, and in the organically laden bottom underneath a salmon culture pen in southern Chile (region X). Of varying morphology, the diameters of the bacteria range from 1 to 10 mum, and their lengths from around 10 mum to usually several hundreds but at times several thousands of micrometers. The new filamentous bacterial component is at least one order of magnitude smaller than the also multicellular «megabacteria» Thioploca spp. and Beggiatoa spp., and is collectively referred to as «macrobacteria». A recent review only mentioned a few of these free-living filamentous bacteria, remarking on their scarcity despite the obvious advantages of a large size. This prokaryote size-window has been rarely investigated optically by researchers; thus, assemblages that appear to have had world-wide distribution probably since pre-Cambrian times have been overlooked (AU)


No disponible


Assuntos
Thiotrichaceae/ultraestrutura , Microbiologia da Água , Água do Mar/microbiologia , Hipóxia , Sedimentação , Bactérias Redutoras de Enxofre , Oceano Pacífico
8.
Int. microbiol ; 9(4): 259-266, dic. 2006. ilus, tab
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-055834

RESUMO

Communities of green sulfur bacteria were studied in selected marine and saline habitats on the basis of gene sequences of 16S rRNA and the Fenna- Matthews-Olson (FMO) protein. The availability of group-specific primers for both 16S rDNA and the fmoA gene, which is unique to green sulfur bacteria, has, for the first time, made it possible to analyze environmental communities of these bacteria by culture-independent methods using two independent genetic markers. Sequence results obtained with fmoA genes and with 16S rDNA were largely congruent to each other. All of the 16S rDNA and fmoA sequences from habitats of the Baltic Sea, the Mediterranean Sea, Sippewissett Salt Marsh (Massachusetts, USA), and Bad Water (Death Valley, California, USA) were found within salt-dependent phylogenetic lines of green sulfur bacteria established by pure culture studies. This strongly supports the existence of phylogenetic lineages of green sulfur bacteria specifically adapted to marine and saline environments and the exclusive occurrence of these bacteria in marine and saline habitats. The great majority of clone sequences belonged to different clusters of the Prosthecochloris genus and probably represent different species. Evidence for the occurrence of two new species of Prosthecochloris was also obtained. Different habitats were dominated by representatives from the Prosthecochloris group and different clusters or species of this genus were found either exclusively or as the clearly dominant green sulfur bacterium at different habitats (AU)


Se han estudiado las comunidades de bacterias verdes del azufre en hábitats marinos o salinos seleccionadas a partir de las secuencias de genes del rRNA 16S y de la proteína Fenna-Matthews-Olson (FMO). La disponibilidad de cebadores específicos de grupo para el rDNA 16S y para el gen fmoA, que es exclusivo de las bacterias verdes del azufre, ha permitido por primera vez analizar las comunidades naturales de estas bacterias por métodos que no requieren cultivo usando dos marcadores genéticos independientes. Los resultados de la secuencia obtenidos con los genes fmoA y con rDNA 16S concordaban entre sí. Todas las secuencias de rDNA 16S y fmoA procedentes de hábitats del mar Báltico, del Mediterráneo, de las salinas de Sippewissett (Massachusetts, EE UU) y de Bad Water (Death Valley, California, EE UU) se encuentran en las líneas filogenéticas dependientes de sal de las bacterias verdes del azufre establecidas mediante estudios de cultivo puro. Esta constatación respalda la existencia de linajes filogenéticos de bacterias verdes del azufre adaptadas específicamente a medios marinos o salinos y a su distribución exclusiva en tales ambientes. La gran mayoría de secuencias clónicas pertenece a agrupaciones genéticas (clusters) del género Prosthecochloris y probablemente representan especies diferentes. Se han conseguido pruebas de la presencia de dos nuevas especies de Prosthecochloris. En diversos hábitats dominaban representantes del grupo Prosthecochloris y varias agrupaciones genéticas o especies de ese género eran exclusivos de esos hábitats o bien eran las bacterias verdes del azufre claramente dominantes en ellos (AU)


Assuntos
Chlorobi/isolamento & purificação , RNA Ribossômico 16S/análise , Proteínas de Bactérias/genética , Ecossistema , Complexos de Proteínas Captadores de Luz/genética , Águas Salinas/análise , Água do Mar/análise , Variação Genética , Filogenia
9.
Int. microbiol ; 9(3): 191-197, sept. 2006. ilus
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-164227

RESUMO

Genomics has brought about a revolution in all fields of biology. Before the development of microbial ecology in the 1970s, microbes were not even considered in marine ecological studies. Today we know that half of the total primary production of the planet must be credited to microorganisms. This and other discoveries have changed dramatically the perspective and the focus of marine microbial ecology. The application of genomics-based approaches has provided new challenges and has allowed the discovery of novel functions, an appreciation of the great diversity of microorganisms, and the introduction of controversial ideas regarding the concepts of species, genome, and niche. Nevertheless, thorough knowledge of the traditional disciplines of biology is necessary to explore the possibilities arising from these new insights. This work reviews the different genomic techniques that can be applied to marine microbial ecology, including both sequencing of the complete genomes of microorganisms and metagenomics, which, in turn, can be complemented with the study of mRNAs (transcriptomics) and proteins (proteomics). The example of proteorhodopsin illustrates the type of information that can be gained from these approaches. A genomics perspective constitutes a map that will allow microbiologists to focus their research on potentially more productive aspects (AU)


La genómica ha supuesto una revolución en todos los campos de la biología. En la década de 1970, antes del desarrollo de la ecología microbiana, los microbios ni siquiera estaban presentes en los estudios de ecología marina. Hoy día sabemos que la mitad de la producción primaria total del planeta se debe a los microorganismos. Éste y otros descubrimientos han cambiado la perspectiva y el enfoque de la ecología microbiana marina. La aplicación de procedimientos basados en la genómica ha abierto nuevos retos y permitido descubrir nuevas funciones, a la vez que apreciar la gran diversidad de microorganismos. También ha facilitado la aparición de polémicas en torno a los conceptos de especie, genoma, y nicho. Sin embargo, es necesario explorar las posibilidades que presentan estos nuevos métodos, lo cual puede hacerse a través del conocimiento de las disciplinas tradicionales de la biología. Este trabajo examina las diversas técnicas genómicas que se pueden aplicar a la ecología microbiana marina, y que incluyen la secuenciación completa de microorganismos y la metagenenomica la cual, a su vez, se complementa con el estudio de mRNAs (transcriptómica) y proteínas (proteinómica). El ejemplo de la proteorrodopsina ilustra el tipo de información que puede obtenerse con estas aproximaciones. Una perspectiva genómica es como un mapa que permitirá a los microbiólogos enfocar su investigación en aspectos potencialmente más productivos (AU)


Assuntos
Bactérias/genética , Ecossistema , Genômica , Água do Mar/microbiologia , Fenômenos Fisiológicos Bacterianos , Bactérias/metabolismo , Bactérias/isolamento & purificação , Ecologia , Rodopsinas Microbianas
10.
Int. microbiol ; 9(3): 217-223, sept. 2006. graf
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-164230

RESUMO

A.J. Kluyver and C.B. van Niel introduced many scientists to the exceptional metabolic capacity of microbes and their remarkable ability to adapt to changing environments in The Microbe’s Contribution to Biology. Beyond providing an overview of the physiology and adaptability of microbes, the book outlined many of the basic principles for the emerging discipline of microbial ecology. While the study of pure cultures was highlighted, provided a unifying framework for understanding the vast metabolic potential of microbes and their roles in the global cycling of elements, extrapolation from pure cultures to natural environments has often been overshadowed by microbiologists’ inability to culture many of the microbes seen in natural environments. A combination of genomic approaches is now providing a culture-independent view of the microbial world, revealing a more diverse and dynamic community of microbes than originally anticipated. As methods for determining the diversity of microbial communities become increasingly accessible, a major challenge to microbial ecologists is to link the structure of natural microbial communities with their functions. This article presents several examples from studies of aquatic and terrestrial microbial communities in which culture and culture-independent methods are providing an enhanced appreciation for the microbe’s contribution to the evolution and maintenance of life on Earth, and offers some thoughts about the graduate-level educational programs needed to enhance the maturing field of microbial ecology (AU)


Con su libro The Microbe’s Contribution to Biology, A.J. Kluyver y C.B. van Niel mostraron a muchos científicos la capacidad metabólica excepcional de los microbios y su notable habilidad para adaptarse a los cambios ambientales. Además de una descripción de la fisiología y de la adaptabilidad de los microbios, el libro destacaba muchos de los principios básicos de la ecología microbiana, que era entonces una disciplina emergente. Mientras el estudio de los cultivos puros ocupaba un lugar destacado, proporcionando un marco unitario para la comprensión del amplio potencial metabólico de los microbios, y de su función en el ciclo global de los elementos, la extrapolación de cultivos puros a ambientes naturales fue eclipsada a menudo por la incapacidad de los microbiólogos de cultivar muchos de los microbios observados en ambientes naturales. La combinación de enfoques genómicos está proporcionando una visión del mundo microbiano independiente del cultivo, lo que revela una comunidad de microbios más diversa y más dinámica de lo que se había considerado originalmente. A medida que los métodos para determinar la diversidad de las comunidades microbianas se hacen más accesibles, un reto importante para los ecólogos microbianos es relacionar la estructura de las comunidades microbianas naturales con sus funciones. Este artículo presenta varios ejemplos que provienen de estudios de comunidades microbianas acuáticas y terrestres, en los cuales tanto los métodos dependientes de cultivo como los que no lo son, amplían la apreciación de la contribución de los microbios a la evolución y al mantenimiento de la vida en la Tierra. También ofrece algunas reflexiones sobre la necesidad de que las licenciaturas realcen el campo ya maduro de la ecología microbiana (AU)


Assuntos
Ecologia/educação , Ecologia/tendências , Microbiologia/educação , Microbiologia/tendências , Archaea/genética , Archaea/metabolismo , Bactérias/genética , Bactérias/metabolismo , Biodiversidade , Evolução Biológica , Ecossistema , Água do Mar/microbiologia , Microbiologia da Água , Microbiologia do Solo
11.
Med. mil ; 61(4): 338-344, oct.-dic. 2005. ilus, tab
Artigo em Espanhol | IBECS | ID: ibc-056888

RESUMO

Objetivos: Evidenciar las posibles contaminaciones locales de algunos elementos traza y metales pesado en la Antártida. Lugar de realización: Muestras procedentes de la Isla Livingston, Base Juan Carlos I y la Isla Decepción, base Gabriel de Castilla (Shetland del Sur). Determinaciones analíticas en el Servicio de Toxicología del Instituto de Medicina Preventiva de la Defensa. Diseño: Colaboración de la Unidad Funcional de Medicina Antártica del Hospital General Básico de la Defensa de Cartagena y el Instituto de Medicin aPreventiva de la Defensa. Material y métodos: Equipo de acoplamiento inductivo de plasma con un espectómetro de masas como detector (ICP-MS) y cámara de reacción dinámica (DRC). Resultados: Se determina la concentración de Mn, Cu, Mo, Ag, U, Cr, Ni, Cd, Sb, Ba, TI, Pb, Th, Al, Zn y HG en muestras de agua de mar y hielo flotante en zonas de tránsito alejadas aproximadamente 300 metros del mismo. Las concentraciones encontradas en la muestra de hielo flotante en zona de tránsito y alejadas aproximadamente 300 metros del mismo. Las concentraciones encontradas en la muestra de hielo flotante en zona de tránsito son superiores para todos los elementos excepto el mercurio. Conclusiones: Existe una contaminación local en las zonas de tránsito para la mayoría de los elementos de estudio. Los valores encontrados son comparables a los reflejados en la bibliografía aunque algo más elevados en el caso del cadmio, el manganeso y el antimonio y claramente superiores en el caso del cobre, zinc y el cromo. Los datos parecen corroborar la existencia de una mayor concentración de cadmio en la zona de la Antártida


No disponible


Assuntos
Oligoelementos/isolamento & purificação , Metais Pesados/isolamento & purificação , Poluição Costeira , Poluição Ambiental/análise , Poluentes da Água/análise , Poluentes Ambientais/isolamento & purificação , Regiões Antárticas , Água do Mar/análise , Gelo/análise , Cádmio/isolamento & purificação , Espectrometria de Massas
12.
Int. microbiol ; 7(3): 213-218, sept. 2004. ilus, tab
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-98765

RESUMO

A study on the distribution patterns of enteropathogenic bacteria polluting the shoreline in Natal, Rio Grande do Norte, Brazil, was carried out based on 72 samples obtained from three storm sewers and adjoining beach locations, Praia do Meio (PM), Areia Preta (AP) and Ponta Negra (PN). From each location, 12 water samples were taken and analyzed for fecal coliforms (FC) and Escherichia coli. In AP, two (16.7%) of the seawater samples and five (41.7%) of the storm sewer samples yielded values above 1.1 x 107 FC/100 ml, whereas only one (8.3%) of the samples from PM reached this level. There was no correlation (p > 0.05) between rainfall indices and FC values. A total of 64 E. coli isolates were obtained: 37 from the storm sewer samples and 27 from the seawater samples. Of these isolates, four (O143, two O112ac, and O124) were enteroinvasive and two (O111 and O125) were enteropathogenic. Resistance to antibiotics and to heavy metals was also analyzed. Almost 36% of the E. coli strains isolated were resistant to more than one antibiotic. All strains were resistant to zinc and copper at the highest concentration tested (250 microg/ml), and several (23.4%) were resistant to mercury at 50 microg/ml. Our results agreed with previous reports that antibiotic resistance is commonly associated with heavy-metal resistance in pathogens (AU)


Se realizó un estudio sobre la distribución de las bacterias enteropatógenas que contaminan la costa en Natal (Rio Grande do Norte, Brasil), a partir de 72 muestras obtenidas en tres colectores pluviales (storm sewers) y en unas playas adyacentes a los mismos, Praia do Meio (PM), Areia Preta (AP) y Ponta Negra (PN). En cada punto se tomaron 12 muestras, que se analizaron en busca de coliformes fecales (CF) y de Escherichia coli. En AP, dos (16,7%) de las muestras de agua de mar y cinco (41,7%) de las de agua del colector dieron valores superiores a 1,1 × 107 CF/100 ml, mientras que sólo una (8,3%) de las muestras de PM alcanzó este nivel. No se encontró correlación (p > 0,05) entre los índices de pluviosidad y los valores de CF. Se obtuvo un total de 64 aislados de E. coli: 37 a partir de muestras de colectores y 27 a partir de muestras de agua de mar. De estos aislados, cuatro (un O143, dos O112ac y un O124) eran enteroinvasivos y dos (O111 y O125) eran enteropatógenos. Se analizó también la resistencia a antibióticos y a metales pesados. Casi el 36% de las cepas de E. coli aisladas eran resistentes a más de un antibiótico. Todas las cepas eran resistentes al zinc y al cobre a la mayor concentración probada (250 µg/ml), y varias cepas (23.4%) eran resistentes al mercurio a 50 µg/ml. Nuestros resultados coinciden con trabajos anteriores que indican que en bacterias patógenas la resistencia a antibióticos suele ir asociada a la resistencia a metales pesados (AU)


Assuntos
Humanos , Esgotos , Poluentes da Água/análise , Água do Mar/análise , Fezes , Geografia , Brasil
13.
Rev. toxicol ; 20(1): 19-22, ene.-abr. 2003. graf, tab, ilus
Artigo em Espanhol | IBECS | ID: ibc-17724

RESUMO

El empleo de seres vivos para monitorizar la contaminación por metales pesados en los ecosistemas acuáticos es de extremo interés en el campo de la ecotoxicología. En el presente estudio se han recogido muestras de agua marina y de lapas (Patella vulgata L.) de distintos puntos de la Ría de Vigo, con la intención de determinar en ellos los niveles de plomo y cadmio, por medio de una técnica de voltamperometría. Los resultados obtenidos mostraron una relación estrecha entre los niveles hallados en las muestras de agua, y los encontrados en los moluscos, sobre todo los correspondientes a los tejidos blandos de lapas, relacionándose directamente a un incremento en la contaminación medioambiental. La concentración fue más elevada en los tejidos blandos que en la valva, especialmente en el caso del Cd (incremento aproximado de 93.6 veces). Los niveles de contaminación metálica fueron mayores en los animales recogidos en la zona interior de la Ría, salvo en el caso del cadmio presente en los tejidos blandos, donde la concentración máxima (5.62 ppm) correspondió con muestras próximas al mar abierto. (AU)


Assuntos
Animais , Água do Mar/análise , Moluscos/química , Chumbo/análise , Cádmio/análise , Poluição do Mar , Metais Pesados/toxicidade , Fauna Marinha
14.
Int. microbiol ; 6(1): 33-39, mar. 2003. tab, graf
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-32705

RESUMO

A method was established to investigate the steady state levels of mRNAs from genes encoding fucoxanthin chlorophyll a/c binding proteins (Fcp) of diatoms in situ. During the study, which was performed with Wadden Sea sediments from the German North Sea shore near Dangast, oxygenic photosynthesis was carried out mainly by pennate diatoms. Field samples were taken after tidal exposure from dawn up to late afternoon at 2-hourly intervals, and frozen in liquid nitrogen. In the laboratory, total RNA was isolated by isopycnic ultracentrifugation in caesium chloride gradients. Yields of approximately 10-300 micro g RNA per gram wet sediment were obtained. Defined amounts of total RNA were blotted onto nylon membranes and hybridised with probes against the fcp2 and 18S rDNA genes of Cyclotella cryptica. To estimate the steady state amount of fcp mRNAs, fcp signal intensities were normalized to the signal intensities obtained from hybridisation to an 18S rDNA gene probe. In the two time-course studies performed to demonstrate the applicability of the method, the steady state levels of fcp mRNA increased up to 12-fold with the onset of light, reaching a maximum 6-8 h after sunrise before they decreased again. Possible reasons for this time-course are discussed (AU)


Se estableció un método para investigar in situ los niveles de estado sostenido de mRNAs de genes que codifican proteínas de unión a las clorofilas fucoxantinas a/c en diatomeas. Durante el estudio, llevado a cabo con sedimentos del mar de Wadden, en la costa norte alemana cerca de Dangast, la fotosíntesis oxigénica era llevada a cabo principalmente por diatomeas penadas. Las muestras se tomaron después de la marea alta, entre el amanecer y última hora de la tarde a intervalos de dos horas, y fueron congeladas en nitrógeno líquido. Una vez en el laboratorio, se aisló el RNA total por ultracentrifugación en un gradiente isopícnico de cloruro de cesio. Se obtuvieron entre 10-300 µg de RNA por gramo de sedimento húmedo. Cantidades definidas de RNA fueron transferidas a membranas de nylon y hibridadas con sondas que reconocen los genes fcp2 y rDNA 18S de Cyclotella cryptica. Para estimar la cantidad de estado sostenido de mRNAs de fcp, se normalizaron las intensidades de la señal de fcp según las intensidades de señal obtenidas en experimentos de hibridación en que se utilizó la sonda del gen rDNA 18S. En los dos estudios temporales, que se llevaron a cabo para demostrar la aplicabilidad del método, los niveles de estado sostenido de mRNA de fcp se multiplicaron hasta por 12 con el inicio de la fase de luz. Los niveles alcanzaron máximos entre 6 y 8 horas después del alba, antes de descender de nuevo. Se discuten posibles causas de esta evolución temporal. (AU)


Assuntos
Animais , Complexos de Proteínas Captadores de Luz , Hibridização de Ácido Nucleico , Diatomáceas/genética , Complexo de Proteínas do Centro de Reação Fotossintética , RNA Mensageiro/análise , Água do Mar/microbiologia , Temperatura , DNA de Protozoário , Sedimentos Geológicos , Alemanha , Mar do Norte , Fatores de Tempo
15.
Int. microbiol ; 5(4): 189-193, dic. 2002. ilus
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-30459

RESUMO

Cyanobacterial mats developing in oil-contaminated sabkhas along the African coasts of the Gulf of Suez and in the pristine Solar Lake, Sinai, were collected for laboratory studies. Samples of both mats showed efficient degradation of crude oil in the light, followed by development of an intense bloom of Phormidium spp. and Oscillatoria spp. Isolated cyanobacterial strains, however, did not degrade crude oil in axenic cultures. Strains of sulfate-reducing bacteria and aerobic heterotrophs were capable of degrading model compounds of aliphatic and aromatic hydrocarbons. Results indicate that degradation of oil was done primarily by aerobic heterotrophic bacteria. The oxygenic photosynthesis of oil-insensitive cyanobacteria supplied the molecular oxygen for the efficient aerobic metabolism of organisms, such as Marinobacter sp. The diurnal shifts in environmental conditions at the mat surface, from highly oxic conditions in the light to anaerobic sulfide-rich habitat in the dark, may allow the combined aerobic and anaerobic degradation of crude oil at the mat surface. Hence, coastal cyanobacterial mats may be used for the degradation of coastline oil spills. Oxygen microelectrodes detected a significant inhibition of photosynthetic activity subsequent to oil addition. This prevailed for a few hours and then rapidly recovered. In addition, shifts in bacterial community structure following exposure to oil were determined by denaturing gradient gel electrophoresis of PCR-amplified fractions of 16S rRNA from eubacteria, cyanobacteria and sulfate-reducing bacteria. Since the mats used for the present study were obtained from oil-contaminated environments, they were believed to be preequilibrated for petroleum remediation. The mesocosm system at Eilat provided a unique opportunity to study petroleum degradation by mats formed under different salinities (up to 21%). These mats, dominated by cyanobacteria, can serve as close analogues to the sabkhas contaminated during the Gulf War in Kuwait and Saudi Arabia (AU)


En la costa africana del canal de Suez y en el Lago Solar de la península del Sinaí, se recogieron muestras de tapetes de cianobacterias que crecen en «sabkhas» contaminadas por petróleo, para su posterior estudio. Dichas muestras degradaron de manera efectiva el petróleo en un ambiente iluminado; tras la degradación se produjo un crecimiento intenso de Phormidium spp. y Oscillatoria spp. Sin embargo, las cepas aisladas no degradan el petróleo en cultivos axénicos. Las cepas de bacterias sulfatorreductoras, así como los heterótrofos aeróbicos degradaban compuestos de hidrocarburos alifáticos y aromáticos. Los resultados indican que la degradación del petróleo se debía principalmente a la acción de las bacterias heterótrofas aeróbicas. La fotosíntesis oxigénica de cianobacterias no sensibles al petróleo proporcionaba el oxígeno molecular para el metabolismo aeróbico de organismos como Marinobacter sp. Los cambios diurnos de las condiciones ambientales en la superficie del tapete, desde altas concentraciones de oxígeno durante la fase iluminada a altas concentraciones de sulfuro y anaerobiosis en la oscuridad, permiten la degradación combinada aeróbica y anaeróbica de crudo de petróleo en la superficie del tapete. Así pues, los tapetes de cianobacterias que se desarrollan en la costa pueden utilizarse para la degradación de los vertidos de petróleo que afectan la costa. Mediante electrodos de oxígeno se detectó una inhibición significativa de la actividad fotosintética posterior al añadido de petróleo Dicha inhibición se prolongó durante algunas horas y luego se recuperó rápidamente. Además, el análisis mediante electroforesis de gel en gradiente desnaturalizante (DGGE) de las fracciones de RNA 16S de eubacterias, cianobacterias y bacterias sulfatorreductoras amplificadas mediante PCR, reveló un cambio estructural en las comunidades bacterianas. Puesto que los tapetes usados para el estudio fueron obtenidos en ambientes contaminados por petróleo, se cree que dichos tapetes están preequilibrados para la biorremediación del petróleo. El sistema de mesocosmos en Eilat ha proporcionado una oportunidad única para estudiar la degradación del petróleo mediante tapetes formados a distintas salinidades (de hasta el 21 por ciento). Estos tapetes, en los que predominan las cianobacterias, sirven como análogos a las “sabkhas” contaminadas durante la Guerra del Golfo en Kuwait y en Arabia Saudí. (AU)


Assuntos
Poluição Química da Água , Água do Mar/microbiologia , Petróleo/metabolismo , Biomassa , Biofilmes , Cianobactérias , Biodegradação Ambiental
16.
Int. microbiol ; 5(4): 195-200, dic. 2002. ilus
Artigo em Inglês | IBECS | ID: ibc-30460

RESUMO

Microorganisms are but a few micrometers in diameter and are not visible to the naked eye. Yet, the large numbers of microorganisms present in the oceans and the global impact of their activities make it possible to observe them from space. Here a few examples of how microorganisms can be studied from satellites are presented. The first case is the best known: the main pigment used in photosynthesis (chlorophyll a) can be determined from satellites. These kinds of studies have contributed a tremendous amount of understanding about the distribution and dynamics of primary production in the oceans. Two other examples will concern analysis of heterotrophic prokaryotic production and estimates of dimethyl sulfide (DMS) concentration and flux to the atmosphere. These three processes are of fundamental importance for the functioning of the biosphere. Marine microbes carry out about half of the total primary production in the planet. A substantial fraction of the respiration in the oceans is due to the activity of heterotrophic prokaryotes. Finally, the flux of DMS to the atmosphere is believed to constitute one of the mechanisms by which the biota can regulate climate. The global implications of microbial processes in the oceans can only be addressed with the help of satellites (AU)


Los microorganismos no miden más que unos micrómetros de diámetro y no son visibles a simple vista. Sin embargo, el gran número de microorganismos presentes en los océanos y el impacto global de sus actividades hacen posible su observación desde el espacio. Este estudio presenta algunos ejemplos de cómo pueden estudiarse los microorganismos desde los satélites. El primer caso es el más conocido: el principal pigmento utilizado en la fotosíntesis (la clorofila a) puede determinarse desde un satélite. Este tipo de estudios han contribuido de forma espectacular a la comprensión de la distribución y dinámica de la producción primaria en los océanos. Otros dos ejemplos tienen que ver con la producción de los procariotas heterótrofos y con las estimaciones de la concentración de sulfuro de dimetilo (DMS) y de su flujo hacia la atmósfera. Estos tres procesos son de enorme importancia para el funcionamiento de la biosfera. Los microorganismos marinos llevan a cabo aproximadamente la mitad de la producción primaria total del planeta. Una parte importante de la respiración en los océanos se debe a la actividad de los procariotas heterótrofos. Por último, el flujo de DMS hacia la atmósfera constituye uno de los mecanismos por los cuales la biota puede regular el clima. La implicación global de los procesos microbianos en los océanos sólo puede estudiarse con ayuda de los satélites (AU)


Assuntos
Microbiologia da Água , Meio Ambiente Extraterreno , Energia Solar , Sulfetos/análise , Água do Mar , Astronave , Células Procarióticas , Processamento Eletrônico de Dados , Clorofila , Simulação por Computador
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