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1.
Braz. j. microbiol ; 47(3): 724-730, July-Sept. 2016. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-788955

RESUMO

ABSTRACT Gastroenteritis is one of the most common diseases during childhood, with norovirus (NoV) and sapovirus (SaV) being two of its main causes. This study reports for the first time the incidence of these viruses in hospitalized children with and without gastroenteritis in São Luís, Maranhão. A total of 136 fecal samples were tested by enzyme immunoassays (EIA) for the detection of NoV and by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) for detection of both NoV and SaV. Positive samples for both agents were subjected to sequencing. The overall frequency of NoV as detected by EIA and RT-PCR was 17.6% (24/136) and 32.6% (15/46), respectively in diarrheic patients and 10.0% (9/90) in non-diarrheic patients (p < 0.01). Of the diarrheic patients, 17% had fever, vomiting and anorexia, and 13% developed fever, vomiting and abdominal pain. Of the 24 NoV-positive samples, 50% (12/24) were sequenced and classified as genotypes GII.3 (n = 1), GII.4 (6), GII.5 (1), GII.7 (2), GII.12 (1) and GII.16 (1). SaV frequency was 9.8% (11/112), with 22.6% (7/31) in diarrheic patients and 4.9% (4/81) in nondiarrheic (p = 0.04) ones. In diarrheic cases, 27.3% had fever, vomiting and anorexia, whereas 18.2% had fever, anorexia and abdominal pain. One SaV-positive sample was sequenced and classified as GII.1. These results show a high genetic diversity of NoV and higher prevalence of NoV compared to SaV. Our data highlight the importance of NoV and SaV as enteropathogens in São Luís, Maranhão.


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Lactente , Pré-Escolar , Criança , Adolescente , História do Século XX , Adulto Jovem , Caliciviridae/classificação , Infecção Hospitalar , Infecções por Caliciviridae/epidemiologia , Infecções por Caliciviridae/virologia , Filogenia , Brasil , Caliciviridae/genética , Incidência , Infecções por Caliciviridae/diagnóstico , Infecções por Caliciviridae/história , Evolução Molecular , Norovirus/classificação , Norovirus/genética , Sapovirus/classificação , Sapovirus/genética , Gastroenterite/história , Gastroenterite/epidemiologia , Gastroenterite/virologia , Genótipo
2.
Rev. Soc. Bras. Med. Trop ; 43(3): 240-243, May-June 2010. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-548516

RESUMO

INTRODUCTION: This was a prospective study that included women seen in the obstetrics and gynecology sector of Hospital das Clínicas, Federal University of Goiás, in Goiânia, State of Goiás, with the aim of detecting rotaviruses, adenoviruses, caliciviruses and astroviruses. Eighty-four women participated in the study and from these, 314 fecal samples were collected. Out of all of the women, 29 were seropositive for HIV and 55 were seronegative, and 45 and 39 were pregnant and non-pregnant, respectively. METHODS: Fecal samples were collected from each woman once every two months over the period from July 2006 to June 2007, and they were screened for rotaviruses by means of polyacrylamide gel electrophoresis and immunoenzymatic assays, for caliciviruses and astroviruses by means of RT-PCR and for adenovirus by means of immunoenzymatic assays. The astroviruses were genotyped using nested PCR. RESULTS: Among the 84 patients, 19 (22.6 percent) were positive for either calicivirus (14/19) or astrovirus (6/19), while one women was positive for both viruses in fecal samples collected on different occasions. Most of the positive samples were collected during the months of July and August (astrovirus) and September and October (calicivirus). None of the samples analyzed was positive for rotavirus or adenovirus. Gastroenteric viruses were detected in 13/19 (68.4 percent) of the pregnant women, whether HIV-seropositive or not. CONCLUSIONS: The results from the present study showed that neither pregnancy nor HIV-seropositive status among the women increased the risk of infection by any of the gastroenteric viruses studied. This study presents data on gastroenteric virus detection among pregnant and/or HIV-positive women.


INTRODUÇÃO: Este foi um estudo prospectivo que incluiu mulheres atendidas no setor de obstetrícia e ginecologia do Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Goiás, em Goiânia, Estado de Goiás com o objetivo de detectar rotavírus, adenovírus, calicivírus e astrovírus. Oitenta e quatro mulheres participaram no estudo e destas, 314 amostras fecais foram coletadas. Do total de mulheres, 29 eram soropositivas para HIV, 55 soronegativas, 45 e 39 estavam grávidas e não-grávidas, respectivamente. MÉTODOS: Amostras fecais foram coletadas de cada mulher uma vez a cada dois meses pelo período de Julho-2006 a Junho-2007, foram triadas para rotavírus pela metodologia de eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) e através de ensaio imunoenzimático (EIE), para calicivírus e astrovírus por RT-PCR e por EIE para adenovírus. Os astrovírus foram genotipados por Nested-PCR. RESULTADOS: De 84 pacientes, 19 (22,6 por cento) foram positivas para calicivírus (14/19) ou astrovírus (6/19), sendo que uma mulher foi positiva para ambos os vírus em amostras fecais coletadas em diferentes ocasiões. A maioria das amostras positivas foi coletada no período de Julho a Agosto (astrovírus) e de Setembro a Outubro (calicivírus). Nenhuma das amostras analisadas foi positiva para rotavírus ou adenovírus. Os vírus gastroentéricos foram detectados em 13/19 (68,4 por cento) mulheres grávidas, as quais eram HIV-soropositivas ou não. CONCLUSÕES: Os resultados do presente estudo mostram que nem o estado gravídico das mulheres nem a soropositividade para HIV aumentaram o risco para a infecção por nenhum dos vírus gastroentéricos estudados. Este estudo apresenta dados sobre a detecção de vírus gastroentéricos entre mulheres grávidas e/ou HIV-positivas.


Assuntos
Adulto , Feminino , Humanos , Gravidez , Adulto Jovem , Adenoviridae/isolamento & purificação , Fezes/virologia , Gastroenterite/virologia , Complicações Infecciosas na Gravidez/virologia , Vírus de RNA/isolamento & purificação , Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/virologia , Brasil , Caliciviridae/isolamento & purificação , Eletroforese em Gel de Poliacrilamida , Técnicas Imunoenzimáticas , Mamastrovirus/isolamento & purificação , Reação em Cadeia da Polimerase , Prevalência , Estudos Prospectivos , Vírus de RNA/classificação , Rotavirus/isolamento & purificação , Adulto Jovem
3.
Rev. argent. microbiol ; 40(4): 222-228, oct.-dic. 2008. ilus, tab
Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-634603

RESUMO

Con el objetivo de determinar la incidencia de calicivirus, rotavirus y astrovirus en brotes de gastroenteritis ocurridos en diversas regiones de la Argentina durante los años 2005 y 2006, se analizaron muestras de materia fecal provenientes de 7 brotes con resultado de coprocultivo negativo. Para el diagnóstico de rotavirus se utilizó un ELISA comercial, mientras que para el diagnóstico de calicivirus y astrovirus se utilizó el método de RT-PCR. De las 74 muestras analizadas, 20 fueron positivas para calicivirus, 17 para rotavirus y una para astrovirus. No se identificaron infecciones virales mixtas. En 5 muestras positivas para calicivirus se secuenció una región del gen de la polimerasa; 4 de ellas correspondieron al género Norovirus y una al género Sapovirus. El análisis filogenético de las muestras secuenciadas determinó la presencia de norovirus de los genogrupos GI y GII; dentro de este último, se identificaron los genotipos GII-4, GII-b y GII-17. El análisis de la muestra en la cual se identificó sapovirus reveló la presencia del genotipo GI-1. Este estudio representa una continuación del análisis epidemiológico molecular de calicivirus asociados a brotes de gastroenteritis iniciado en 2004 y constituye la primera comunicación de la circulación de norovirus del genotipo GII-17 en la Argentina.


In order to determine the incidence of calicivirus, rotavirus and astrovirus in outbreaks of gastroenteritis occurring in different regions of Argentina during 2005 and 2006, fecal samples from seven nonbacterial outbreaks were analyzed. A commercial ELISA was used for rotavirus detection, while RT-PCRs were used for calicivirus and astrovirus. Of the 74 samples analyzed, 20 were calicivirus positive, 17 were rotavirus positive and one was astrovirus positive. No mixed infections were detected. A partial region of the RdRp gene was sequenced in five calicivirus positive-samples; 4 of them belonged to Norovirus genus and one to Sapovirus genus. The phylogenetic analysis of norovirus-positive-samples revealed the presence of strains from genogroups GI and GII; genotypes GII- 4, GII-b and GII-17 were identified within the latter. Phylogenetic the sapovirus-positive-sample revealed the presence of genotype GI-1. This study represents a follow-up of the of molecular epidemiology analysis of calicivirus associated to gastroenteritis outbreaks that have been carried out by our group since 2004, and constitutes the first report of the circulation of genotype GII-17 in Argentina.


Assuntos
Adolescente , Adulto , Idoso , Criança , Pré-Escolar , Humanos , Infecções por Caliciviridae/virologia , Caliciviridae/isolamento & purificação , Surtos de Doenças , Gastroenterite/virologia , RNA Viral/genética , Argentina/epidemiologia , Infecções por Astroviridae/epidemiologia , Infecções por Astroviridae/virologia , Sequência de Bases , Infecções por Caliciviridae/epidemiologia , Caliciviridae/genética , Genótipo , Gastroenterite/epidemiologia , Dados de Sequência Molecular , Mamastrovirus/isolamento & purificação , Norovirus/genética , Norovirus/isolamento & purificação , Filogenia , Infecções por Rotavirus/epidemiologia , Infecções por Rotavirus/virologia , Rotavirus/isolamento & purificação , Alinhamento de Sequência , Sapovirus/genética , Sapovirus/isolamento & purificação
4.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 103(7): 741-744, Nov. 2008. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-498387

RESUMO

We analyzed fecal samples from hospitalized children up to three years of age with acute gastroenteritis at Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil, from May 2000-January 2004. Astrovirus and calicivirus were detected by Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction and adenovirus was detected using the Rotavirus and Adenovirus combined immunoenzyme assay. Astrovirus, adenovirus and calicivirus were detected at rates of 3.1 percent, 3.6 percent and 7.6 percent, respectively. These results re-emphasize the need for the establishment of regional vigilance systems to evaluate the impact of enteric viruses on viral gastroenteritis.


Assuntos
Pré-Escolar , Humanos , Lactente , Recém-Nascido , Infecções por Adenovirus Humanos/epidemiologia , Infecções por Astroviridae/epidemiologia , Infecções por Caliciviridae/epidemiologia , Diarreia/virologia , Gastroenterite/virologia , Doença Aguda , Infecções por Adenovirus Humanos/diagnóstico , Adenovírus Humanos/isolamento & purificação , Infecções por Astroviridae/diagnóstico , Brasil/epidemiologia , Infecções por Caliciviridae/diagnóstico , Caliciviridae/isolamento & purificação , Fezes/virologia , Técnicas Imunoenzimáticas , Mamastrovirus/isolamento & purificação , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
5.
Pesqui. vet. bras ; 28(1): 82-86, jan. 2008. ilus, tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-479861

RESUMO

Sapovirus of the Caliciviridae family is an important agent of acute gastroenteritis in children and piglets. The Sapovirus genus is divided into seven genogroups (G), and strains from the GIII, GVI and GVII are associated with infections in swine. Despite the high prevalence in some countries, there are no studies related to the presence of porcine enteric sapovirus infections in piglets in Brazil. In the present study, 18 fecal specimens from piglets up to 28 days were examined to determine the presence of sapovirus genome by RT-PCR assay, using primers designed to amplify a 331 bp segment of the RNA polymerase gene. In 44.4 percent (8/18) of fecal samples, an amplified DNA fragment was obtained. One of these fragments was sequenced and submitted to molecular and phylogenetic analysis. This analysis revealed high similarity, with nucleotides (87 percent) and amino acids (97.8 percent), to the Cowden strain, the GIII prototype of porcine enteric calicivirus. This is the first description of sapovirus in Brazilian swine herds.


O sapovírus classificado na família Caliciviridae é um importante causador de gastroenterite aguda em crianças e leitões. O gênero Sapovirus é dividido em sete genogrupos (G), sendo que as estirpes dos GIII, GVI e GVII estão associadas com infecção em suínos. Apesar da alta prevalência da infecção em alguns países, ainda não existem estudos referentes à presença do calicivírus entérico suíno nos rebanhos brasileiros. No presente estudo 18 amostras de fezes de leitões com até 28 dias foram avaliadas pela RT-PCR para a presença do genoma do sapovírus, utilizando os primers desenvolvidos para amplificar um segmento de 331 pb do gene da RNA polimerase viral. Em 44,4 por cento (8/18) das amostras foi amplificado um fragmento de DNA. Um desses amplicons foi seqüenciado e pela análise molecular e filogenética foi verificada similaridade de 87 por cento em nucleotídeos e 97,8 por cento em aminoácidos com a estirpe Cowden, protótipo do GIII. Esta é a primeira descrição do sapovírus em rebanhos suínos brasileiros.


Assuntos
Animais , Caliciviridae/isolamento & purificação , Enterite/diagnóstico , RNA Nucleotidiltransferases , Reação em Cadeia da Polimerase/métodos , Suínos , Sapovirus/isolamento & purificação
6.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 101(7): 721-724, Nov. 2006. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-439454

RESUMO

The objective of this study was to describe the circulation of caliciviruses in the West Central region of Brazil and its correlation with children's gender and age, as well as with the year and months of the sample collection. Reverse transcriptase-polymerase chain reaction was performed to detect the human calicivirus genome in 1006 fecal samples that were collected in Goiânia (n = 696) and Brasília (n = 310). Viral RNA was detected in 8.6 percent of the samples. No significant difference in viral prevalence was found regarding gender, age or year of the sample. However, it was observed that in Goiânia, there is a higher incidence of caliciviruses from September to March. The analysis employing three primer pairs demonstrated that the Ni/E3 or JV12/13 primer pairs, which detect norovirus (NoV), detected 41 positive samples while the 289/290 primer pair, which detects NoV or sapovirus, detected the remaining 46 samples. Calicivirus circulates in the West Central region of Brazil and for better detection of this virus it is important to use more than one primer pair. Also, we conclude that the seasonality presented by this virus is related to higher humidity in the period.


Assuntos
Humanos , Lactente , Pré-Escolar , Infecções por Caliciviridae/virologia , Caliciviridae/isolamento & purificação , Fezes/virologia , Gastroenterite/virologia , Doença Aguda , Distribuição por Idade , Brasil/epidemiologia , Infecções por Caliciviridae/diagnóstico , Infecções por Caliciviridae/epidemiologia , Gastroenterite/diagnóstico , Gastroenterite/epidemiologia , Prevalência , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa , Estações do Ano
7.
Braz. j. med. biol. res ; 37(3): 321-326, Mar. 2004. ilus
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-356619

RESUMO

Noroviruses (Norwalk-like viruses) are an important cause of gastroenteritis worldwide. They are the most common cause of outbreaks of gastroenteritis in the adult population and occur in nursing homes for the elderly, geriatric wards, medical wards, and in hotel and restaurant settings. Food-borne outbreaks have also occurred following consumption of contaminated oysters. This study describes the application of a reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay using random primers (PdN6) and specific Ni and E3 primers, directed at a small region of the RNA-dependent RNA polymerase-coding region of the norovirus genome, and DNA sequencing for the detection and preliminary characterisation of noroviruses in outbreaks of gastroenteritis in children in Brazil. The outbreak samples were collected from children <5 years of age at the Bertha Lutz children's day care facility at Oswaldo Cruz Foundation (Fiocruz), Rio de Janeiro, that occurred between 1996 and 1998, where no pathogen had been identified. At the Bertha Lutz day care center facility, only Fiocruz's employee children are provided for, and they come from different social, economic and cultural backgrounds. Three distinct genogroup II strains were detected in three outbreaks in 1997/98 and were most closely related to genotypes GII-3 (Mexico virus) and GII-4 (Grimsby virus), both of which have been detected in paediatric and adult outbreaks of gastroenteritis worldwide.


Assuntos
Humanos , Pré-Escolar , Criança , Caliciviridae , Surtos de Doenças , Gastroenterite , Doença Aguda , Brasil , Caliciviridae , Creches , Fezes , Gastroenterite , Genótipo , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa , RNA Viral
8.
Acta cient. venez ; 54(2): 148-152, 2003. ilus
Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-356923

RESUMO

Caliciviruses are a well-established cause of respiratory, vesicular and hemorrhagic diseases in animals. In addition, these viruses are an important cause of enteric diseases in humans. Recently, molecular analysis of several bovine enteric calicivirus isolates indicated that they are genetically close to human enteric calicivirus. To investigate if bovine enteric caliciviruses circulate in Venezuela, 129 stool samples collected between 1994 and 2000 were assayed by reverse transcription-polymerase chain reaction amplification. The presence of calicivirus was confirmed in one of the samples analyzed, collected in the Lara State from a healthy calf, 2 months old. Phylogenetic studies based on partial RNA polymerase sequences indicated that the Venezuelan isolate (Bo/NV/Lara/2000/VE) is most closely related to the genogroup III, genus Noroviruses.


Assuntos
Animais , Humanos , Bovinos , Caliciviridae , Infecções por Caliciviridae , RNA Viral , Fezes , Filogenia , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
9.
Rev. patol. trop ; 23(2): 159-68, jul.-dez.1994.
Artigo em Português | LILACS | ID: lil-162790

RESUMO

Seis gatos com sete semanas de idade, foram utilizados em um trabalho experimental com calicivírus, sendo que dois foram controles. Os sinais clínicos observados nestes animais foram temperatura alta, descarga ocular nasal, úlceras na língua e severa depressåo. Destes animais foram coletados um total de 96 "swabs" das regöes orofaríngea, nasal e conjuntival, com taxas de isolamentos destas regiöes de respectivamente 59,3 pôr cento (19/32), 43,7 pôr cento(14/32) e 40,6 pôr cento (13/32). O vírus foi recuperado, durante os primeiros quatro dias de todos os "swabs" dos animais inoculados. Dos "swabs" dos animais controles, também houve recuperaçåo viral a partir do segundo dia, persistindo até o sétimo dia. Também com o objetivo de isolar calicivírus de felinos sadios ou com manisfestaçöes clínicas de doença respiratória, foram examinados um total de 162 "swabs" coletados das regiöes orofaríngea, nasal e conjuntival. As porcentagens de isolamentos foram respectivamente 12,9 pôr cento (7/54), 5,5 pôr cento (3/54) e 1,8 pôr cento (1/54). A inoculaçåo experimental do calicivírus permitiu a induçåo de sinais clínicos compatíveis com a Calicivirose felina. O local que proporcionou maior número de isolamentos do vírus foi a orofaringe. O calicivírus nåo está muito difundido entre felinos sadios ou com sinais clínicos de doença respiratória


Assuntos
Animais , Gatos , Caliciviridae/isolamento & purificação , Infecções por Picornaviridae/diagnóstico , Caliciviridae/isolamento & purificação , Túnica Conjuntiva , Cavidade Nasal , Orofaringe
10.
Rev. Inst. Med. Trop. Säo Paulo ; 35(3): 275-280, May-Jun. 1993.
Artigo em Português | LILACS | ID: lil-320586

RESUMO

Between 1987 and 1988, 193 faecal specimens from children, with or without diarrhea, were submitted to enzyme immunoassay, polyacrylamide-gel electrophoresis and electronmicroscopy tests for virus detection. The positivity for Rotavirus, Adenovirus, Astrovirus, Calicivirus and Small Round Virus Particles (SRVP) was 11.3, 3.1, 2.1, 1.0 and 4.1, respectively, for the 97 children with acute diarrhea. Of the 96 children without diarrhea, 4.2 were positive for Rotavirus, 1.0 for Calicivirus and 7.3 for SRVP. Of 15 positive specimens for Rotavirus, 14 showed electrophoretic patterns proper to group A and 1 specimen of group C Rotavirus. The analysis of electrophorotypes demonstrated great heterogeneity of electrophoretic patterns and predominance of subgroup 2, "long". The association of virus, bacteria and parasites was present both in children with or without acute diarrhea.


Assuntos
Humanos , Recém-Nascido , Lactente , Adenovírus Humanos , Caliciviridae , Diarreia Infantil , Fezes , Mamastrovirus , Vírus Norwalk , Rotavirus , Doença Aguda
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