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1.
Braz. j. med. biol. res ; 48(11): 990-995, Nov. 2015. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-762905

RESUMO

A spontaneous fluoroquinolone-resistant mutant (STM1) was isolated from its parent Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi) clinical isolate. Unlike its parent isolate, this mutant has selective resistance to fluoroquinolones without any change in its sensitivity to various other antibiotics. DNA gyrase assays revealed that the fluoroquinolone resistance phenotype of the STM1 mutant did not result from alteration of the fluoroquinolone sensitivity of the DNA gyrase isolated from it. To study the mechanism of fluoroquinolone resistance, a genomic library from the STM1 mutant was constructed in Escherichia coli DH5α and two recombinant plasmids were obtained. Only one of these plasmids (STM1-A) conferred the selective fluoroquinolone resistance phenotype to E. coli DH5α. The chromosomal insert from STM1-A, digested with EcoRI and HindIII restriction endonucleases, produced two DNA fragments and these were cloned separately into pUC19 thereby generating two new plasmids, STM1-A1 and STM1-A2. Only STM1-A1 conferred the selective fluoroquinolone resistance phenotype to E. coli DH5α. Sequence and subcloning analyses of STM1-A1 showed the presence of an intact RecA open reading frame. Unlike that of the wild-type E. coli DH5α, protein analysis of a crude STM1-A1 extract showed overexpression of a 40 kDa protein. Western blotting confirmed the 40 kDa protein band to be RecA. When a RecA PCR product was cloned into pGEM-T and introduced into E. coli DH5α, the STM1-A11 subclone retained fluoroquinolone resistance. These results suggest that overexpression of RecA causes selective fluoroquinolone resistance in E. coli DH5α.


Assuntos
Farmacorresistência Bacteriana/efeitos dos fármacos , Escherichia coli , Fluoroquinolonas/farmacologia , Recombinases Rec A/genética , Salmonella enterica , Sorogrupo , Western Blotting , Clonagem Molecular , DNA Girase/efeitos dos fármacos , Escherichia coli/classificação , Escherichia coli/efeitos dos fármacos , Escherichia coli/metabolismo , Biblioteca Genômica , Testes de Sensibilidade Microbiana , Fases de Leitura Aberta/genética , Reação em Cadeia da Polimerase , Fatores R/metabolismo , Salmonella enterica/classificação , Salmonella enterica/efeitos dos fármacos , Salmonella enterica/genética
2.
São Paulo; s.n; s.n; 2014. 112 p. tab, graf, ilus.
Tese em Português | LILACS | ID: biblio-847141

RESUMO

O câncer colorretal é um dos tipos de tumores mais frequentes no mundo. A atual dificuldade na avaliação correta da resposta ao tratamento torna necessário o desenvolvimento de novas abordagens de detecção tumoral. Atualmente, o sequenciamento genômico em larga escala permite um estudo mais compreensivo das alterações estruturais e de sequência presentes no tumor. A aplicação destas abordagens de maneira personalizada permite o desenvolvimento de biomarcadores tumor específicos que podem facilitar a avaliação de resposta ao tratamento e a presença de doença residual, bem como revelar alterações de sequência em genes capazes de servir de novos alvos terapêuticos. Neste estudo foi desenvolvida uma metodologia eficiente para a identificação de biomarcadores baseados na existência de variações estruturais em genomas de tumores de reto, eliminando a necessidade de sequenciamento do genoma normal do mesmo paciente e diminuindo portanto o custo da abordagem. Os biomarcadores encontrados para cada um dos seis pacientes foram utilizados para avaliar a presença de doença residual após o tratamento através da detecção de DNA tumoral circulante nas amostras de plasma coletadas em momentos diferentes do tratamento. O sequenciamento em baixa cobertura personalizado é portanto uma alternativa viável e promissora para avaliar a resposta ao tratamento em pacientes com tumores de reto. Na segunda parte do estudo, a análise de linhagens celulares de tumores colorretais revelou uma grande quantidade de mutações pontuais somáticas (SNVs e InDels) em genes codificadores para proteínas de superfície celular (surfaceoma). Estas alterações no surfaceoma indicam potenciais novos alvos para drogas e vias regulatórias alteradas neste tipo de tumor. Além disso, estas mutações pontuais também são responsáveis pela geração de epítopos com potencial imunogênico e estes novos epítopos podem ser aplicados como vacinas antitumorais personalizadas e já haviam sido propostos como uma alternativa terapêutica. A presença de novos epítopos, principalmente nas linhagens com elevadas taxas de mutação (resultante da instabilidade de microssatélites e mutações em genes de reparo de DNA tipo mismatch ou POLE), sugerem também um potencial uso de drogas moduladoras do sistema imune em pacientes com tumores que apresentam estas mesmas características. Portanto, o estudo de alterações genômicas em tumores primários e linhagens de câncer colorretal permitiu a detecção de variações estruturais que foram utilizadas como biomarcadores personalizados em pacientes com tumores de reto assim como a identificação de genes contendo mutações pontuais em linhagens celulares de câncer colorretal, que revelam potenciais novos alvos terapêuticos a serem explorados na clínica


Colorectal cancer is one of the more frequent tumor types in the world. To select the appropriate treatment course, it is necessary to develop more precise diagnostic approaches. The current availability of high throughput genome sequencing methods allows for a comprehensive characterization of the structural and sequence alterations present in each tumor. The use of tumor genome sequencing in a personalized setting can result in tumor specific biomarkers that help evaluate response to treatment and the presence of residual disease, improving the clinical management of these patients, and also reveal sequence alterations in genes capable of serving as new therapeutic targets. In this study we developed an efficient bioinformatics pipeline to identify biomarkers based on the existing structural alterations in rectal tumor genomes, eliminating the need to sequence the matched normal genome and therefore reducing the cost for this approach. The biomarkers found for each of the six patients were used to evaluate the presence of residual disease after treatment through the detection of circulating tumor DNA in plasma samples collected at different points during the treatment. Sequencing tumor genomes with low coverage is therefore a viable and promising alternative to follow up rectal cancer patient's response to treatment. In the second part of this study, the analysis of colorectal cancer cell lines revealed a large quantity of point mutations (SNVs and InDels) in genes coding for proteins located in the cell surface (surfaceome). These alterations in the surfaceome indicate potential new drug targets and altered pathways in this type of tumor. Furthermore, these point mutations are also responsible for the generation of new epitopes with immunogenic potential and these new epitopes can be applied as personalized tumor vaccines and had previously been proposed as a therapeutic alternative. The presence of new epitopes, especially in the cell lines with elevated mutation rates (resulting from MSI and mutations in DNA mismatch-repair genes or POLE), suggests a potential use of immune checkpoint target drugs in patients with tumors that share these genetic characteristics. With a large-scale bioinformatics approach, we detected new tumor epitopes resulting from point mutations, present in most of the cell lines used. The analysis of gene expression data puts into perspective both the somatic mutations found and which targets are promising as well as the development of therapies based on vaccines derived from tumor epitopes. In conclusion, the study of genomic alterations in primary tumors and colorectal cancer cell lines allowed the detection of structural variations that were used as personalized biomarkers in patients with rectal tumors as well as the identification of genes containing point mutations in colorectal cancer cell lines, that reveal potential new therapeutic targets to be explored in the clinical setting


Assuntos
Biomarcadores/análise , Neoplasias Colorretais/prevenção & controle , Variação Estrutural do Genoma/genética , Linhagem Celular Tumoral , Biologia Computacional/métodos , Genoma , Biblioteca Genômica
3.
Pesqui. vet. bras ; 32(7): 658-662, jul. 2012. ilus
Artigo em Português | LILACS | ID: lil-644573

RESUMO

O desenvolvimento de técnicas não invasivas para a obtenção de sêmen de cervídeos facilita a criação de bancos genômicos, que são importantes instrumentos para a conservação ex situ e in situ. Este trabalho teve como objetivo criar uma metodologia não-invasiva de coleta de sêmen e comparar duas técnicas de coleta em quatro espécies do gênero Mazama: M. americana, M. gouazoubira, M. nana e M. nemorivaga. Para tanto, foram utilizados seis machos (M) e duas fêmeas (F) da espécie M. americana, 3M e 2F de M. gouazoubira, 1M e 1F de M. nana e 2M e 1F de M. nemorivaga. Para cada técnica testada, foi realizado um período de habituação dos animais ao manejo. Em seguida, duas técnicas de condicionamento e coleta foram avaliadas. Na primeira delas foi utilizada uma fêmea em estro com desvio lateral do pênis para vagina artificial (FEDL), obtendo-se a coleta de 50% dos indivíduos (100% dos machos de M. gouazoubira e 50% dos machos de M. americana), não obtendo ejaculados das demais espécies. Na segunda técnica, utilizando um manequim taxidermizado com urina de fêmea em estro (MUFE) não foi possível a coleta de nenhum ejaculado. Em todas as fases foi observado o comportamento do macho quanto ao tempo de interesse e aproximação, reflexo de "Flehmen", ato de cheirar ou lamber, exposição do pênis, ereção, número de falsas montas, tentativas de cópula e ocorrência de agressividade entre os animais.


The development of noninvasive techniques for obtaining semen from deer facilitates the creation of genome banks, which are important tools for ex situ and in situ conservation. This study aimed to establish a noninvasive method of semen collection and compare two techniques of collection in four species of the genus Mazama: M. americana, M. gouazoubira, M. nana and M. nemorivaga. To achieve this, 6 males (M) and 2 females (F) of the species M. Americana, 3M and 2F of M. gouazoubira, 1M and 1F of M. nana and 2M and 1F of M. nemorivaga were used. For each technique tested, a period of habituation to animal handling was conducted; then, the two conditioning techniques and collection were evaluated. In the first, a female in estrus was used with lateral deviation of the penis to an artificial vagina (FEDL), yielding collection from 50% of the males (100% from M. gouazoubira and 50% from M. americana), with no ejaculate from the remaining species. In the second technique, using a taxidermized dummy with urine from females in estrus (MUFE), no semen collection was possible. During all stages, male behavior was observed regarding the time of interest and approximation, the "Flehmen" response, the act of sniffing or licking, exposure of the penis, erection, number of false mounts, attempts at copulation and the occurrence of aggression between the deer.


Assuntos
Animais , Antílopes/anatomia & histologia , Copulação/fisiologia , Sêmen , Biblioteca Genômica
4.
Genet. mol. biol ; 31(1,suppl): 357-360, 2008. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-484610

RESUMO

Prochilodus is one of the most important fish resources of South America, in addition to the important role it plays in nutrient cycling of Neotropical rivers. In the present study, we describe the isolation and characterization of nine novel microsatellite loci in Prochilodus argenteus. The number of alleles per polymorphic locus varied from 5 (Par76) to 21 (Par85), revealing a total of 116 alleles. The values of observed and expected heterozygosities ranged from 0.629 (Par69) to 0.926 (Par85 and Par86) and from 0.643 (Par66) to 0.931 (Par80), respectively. Furthermore, the ability of these and other previously described microsatellite markers to amplify orthologous loci was tested in two related species, Prochilodus costatus and Prochilodus lineatus. These loci will be useful for studies of population genetic structure in this group of fishes, and in aiding future genetic mapping studies of P. argenteus.


Assuntos
Animais , Biblioteca Genômica , Repetições de Microssatélites , Peixes/genética , Sequência de Bases , Cruzamentos Genéticos , Polimorfismo Genético
5.
Genet. mol. res. (Online) ; 6(4): 1142-1150, 2007. ilus, tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-520034

RESUMO

Data integration has become an important task for biological database providers. The current model for data exchange among different sources simplifies the manner that distinct information is accessed by users. The evolution of data representation from HTML to XML enabled programs, instead of humans, to interact with biological databases. We present here SRS.php, a PHP library that can interact with the data integration Sequence Retrieval System (SRS). The library has been written using SOAP definitions, and permits the programmatic communication through webservices with the SRS. The interactions are possible by invoking the methods described in WSDL by exchanging XML messages. The current functions available in the library have been built to access specific data stored in any of the 90 different databases (such as UNIPROT, KEGG and GO) using the same query syntax format. The inclusion of the described functions in the source of scripts written in PHP enables them as webservice clients to the SRS server. The functions permit one to query the whole content of any SRS database, to list specific records in these databases, to get specific fields from the records, and to link any record among any pair of linked databases. The case study presented exemplifies the library usage to retrieve information regarding registries of a Plant Defense Mechanisms database. The Plant Defense Mechanisms database is currently being developed, and the proposal of SRS.php library usage is to enable the data acquisition for the further warehousing tasks related to its setup and maintenance.


Assuntos
Bases de Dados Factuais , Bases de Dados Genéticas , Biologia Computacional , Biblioteca Genômica , Internet
6.
Genet. mol. res. (Online) ; 6(4): 1026-1034, 2007. ilus, tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-520047

RESUMO

We described five novel microsatellite loci for the piracema fish species Prochilodus lineatus (Characiformes), endemic to South America and of extreme importance to both commercial and artisanal fisheries across its occurrence area. A primary, unenriched genomic library was constructed and radioactively screened for repetitive motifs. Positive clones were automatically sequenced and based on the design of new primers, polymerase chain reaction assays were carried out to determine optimum reaction and electrophoretic conditions for each characterized locus. We evaluated its usefulness in population genetic studies by determining Hardy-Weinberg equilibrium, FIS and a jackknife estimate of the number of alleles for a sample of fish caught below the Funil Hydroelectric Power Plant dam (N = 95), Grande River, Brazil. The number of alleles varied from 3 to 21 and expected heterozygosities ranged from 0.58 to 0.91. Two of five loci were in Hardy-Weinberg equilibrium. Jackknife estimates of the number of alleles were higher than the observed number of alleles for three loci and could provide a measure of sampling bias. These markers should provide important tools for the determination of genetic structure, stock delimitation and reservoir fish management in the Grande River as well as to improve hatchery practices for environmental mitigation measures and to help sustain fisheries in the river.


Assuntos
Animais , Genética Populacional , Biblioteca Genômica , Repetições de Microssatélites , Peixes/genética , Alelos , Sequência de Bases , Brasil , DNA , Heterozigoto , Plasmídeos , Primers do DNA/genética
7.
Genet. mol. res. (Online) ; 6(4): 743-755, 2007. ilus
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-520067

RESUMO

In DNA microarray experiments, the gene fragments that are spotted on the slides are usually obtained by the synthesis of specific oligonucleotides that are able to amplify genes through PCR. Shotgun library sequences are an alternative to synthesis of primers for the study of each gene in the genome. The possibility of putting thousands of gene sequences into a single slide allows the use of shotgun clones in order to proceed with microarray analysis without a completely sequenced genome. We developed an OC Identifier tool (optimal clone identifier for genomic shotgun libraries) for the identification of unique genes in shotgun libraries based on a partially sequenced genome; this allows simultaneous use of clones in projects such as transcriptome and phylogeny studies, using comparative genomic hybridization and genome assembly. The OC Identifier tool allows comparative genome analysis, biological databases, query language in relational databases, and provides bioinformatics tools to identify clones that contain unique genes as alternatives to primer synthesis. The OC Identifier allows analysis of clones during the sequencing phase, making it possible to select genes of interest for construction of a DNA microarray.


Assuntos
Biologia Computacional , Genoma Bacteriano , Biblioteca Genômica , Software , Células Clonais , Clonagem Molecular , Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos , Fases de Leitura Aberta
8.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 100(4): 391-395, July 2005. ilus
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-405994

RESUMO

Trypanosoma cruzi expresses mucin like glycoproteins encoded by a complex multigene family. In this work, we report the transcription in T. cruzi but not in T. rangeli of a mucin type gene automatically annotated by the T. cruzi genome project. The gene showed no nucleotide similarities with the previously reported T. cruzi mucin like genes, although the computational analysis of the deduced protein showed that it has the characteristic features of mucins: a signal peptide sequence, O-glycosylation sites, and glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor sequence. The presence in this gene of N- terminal and C- terminal coding sequences common to other annotated mucin like genes suggests the existence of a new mucin like gene family.


Assuntos
Animais , Genes de Protozoários/genética , Mucinas/genética , Trypanosoma cruzi/genética , Sequência de Bases , Biblioteca Genômica , Dados de Sequência Molecular
9.
Rev. panam. infectol ; 7(2): 8-15, abr.-jun. 2005. graf
Artigo em Espanhol | LILACS, Sec. Est. Saúde SP | ID: lil-414676

RESUMO

Uno de los problemas de la seguridad para las vacunas de ADN es la inducción de fenómenos de autoinmunidad. Nosotros examinamos el efecto de la inmunización con ácidos nucleicos de Trypanosoma cruzi en la inducción de diferentes autoanticuerpos en ratones de Balb/c. Los animales fueron divididos en cinco grupos: los primeros cuatro recibieron diferentes esquemas: 25 µg de la biblioteca genómica de expresión (grupo L), 25 µg de antígenos solubles de T. cruzi (grupo T), 25 µg del plásmido pcDNA3 (grupo P), 25 µg de genómica ADN de T. cruzi (grupo G) y un grupo control de animales no inmunizados. Los anticuerpos antinucleares y anticuerpos contra músculo cardíaco fueron evaluados por immunofluorescencia indirecta y los anticuerpos anti ADN de doble, simple cadena y el anti IgG factor reumatoideo fueron determinados semanalmente por ELISA. La vacunación no provocó la inducción de anticuerpos anti ADN de doble o simple cadena, anticuerpos antinucleares ni contra músculo cardíaco. Se observó un aumento transitorio del Factor Reumatoideo IgG en los ratones inmunizados con la biblioteca genómica de expresión de T. cruzi. Nuestros hallazgos sugieren que la inducción de respuestas autoinmunes frente al ADN utilizado en la inmunización es poco probable


Assuntos
Cobaias , Camundongos , Autoimunidade , Antibacterianos , Biblioteca Genômica , Imunoglobulina G/farmacologia , Cardiomiopatia Chagásica , Trypanosoma cruzi/isolamento & purificação , Vacinas de DNA , Ensaio de Imunoadsorção Enzimática , Ampicilina/administração & dosagem , Camundongos Endogâmicos BALB C , Cloreto de Sódio/administração & dosagem , Doença de Chagas , Gentamicinas/administração & dosagem , Testes de Química Clínica , Tetraciclina/administração & dosagem
10.
Cuad. méd.-soc. (Santiago de Chile) ; 45(2): 93-108, jun. 2005.
Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-429165

RESUMO

Este documento presenta información básica que avala la importancia de la preservación de la biodiversidad en Chile y del usufructo de las especies que lo constituyen, para asegurar el desarrollo sustentable de nuestro país, permitiendo una mejor calidad de vida para las futuras generaciones. Resume los acuerdos concretos adoptados por consenso en las reuniones plenarias del Consejo de Desarrollo Sustentable de Chile (CDS), con la participación del Colegio Médico de Chile. Estos están dirigidos para asegurar la preservación de la biodiversidad chilena y defender el patrimonio genético de Chile. Estos acuerdos constituyen las recomendaciones del CDS dirigidas al Presidente de la República, con el propósito de lograr dichos objetivos.


Assuntos
Biodiversidade , Bancos de Espécimes Biológicos , Chile/etnologia , DNA , Código Genético , Genoma Humano , Biblioteca Genômica
11.
Braz. j. microbiol ; 36(2): 177-183, Apr.-June 2005. ilus
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-421722

RESUMO

Operons ribossomais têm sido instrumentos importantes na caracterizacão de comunidades microbianas e no estudo de relacionamentos entre microrganismos, principalmente em bactérias do ácido láctico. Operons ribossomais da linhagem probiótica, Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20, foram parcialmente caracterizados. Um banco genômico da linhagem foi construído e os clones, contendo parte do operon ribossomal, foram subclonados pelo método de "shot gun", para em seguida serem seqüenciados com primer "forward". As seqüências indicaram a presenca da extremidade 3' do rDNA 16S seguida da região espacadora curta 1 (16S-23S) e a presenca da extremidade 3' do rDNA 23S seguido da região espacadora 2 (23S-5S), que por sua vez precedia o rDNA 5S. Adjacente ao gene rDNA 5S deste operon rrn uma região codificadora de 6 tRNAs foi detectada.


Assuntos
DNA Ribossômico , Biblioteca Genômica , Técnicas In Vitro , Ácido Láctico , Lactobacillus , RNA Ribossômico , Óperon de RNAr , Métodos , Amostragem
12.
Biol. Res ; 38(1): 69-82, 2005. ilus, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-404829

RESUMO

We have isolated and sequenced the genes encoding the heat shock proteins 60 (Hsp60) and 70 (Hsp70) of the salmon pathogen Piscirickettsia salmonis. The sequence analysis revealed the expected two open reading frames that encode proteins with calculated molecular weights of 60,060 and 70,400. The proteins exhibit a 70-80 percent homology with other known prokaryotic Hsp60 and Hsp70 sequences. The coding regions have been expressed in E. coli as thioredoxin fusion proteins. Both recombinant proteins were shown to elicit a humoral response when injected intraperitoneally in Atlantic salmon and also conferred protection to fish challenged with P. salmonis. The present data will facilitate further studies on the involvement of heat shock proteins in protective immunity of fish to infection by P. salmonis and their potential use in recombinants vaccines against this intracellular pathogen.


Assuntos
Animais , /biossíntese , DNA Bacteriano/genética , /biossíntese , Piscirickettsiaceae/imunologia , Salmão/microbiologia , Anticorpos Antibacterianos/imunologia , Sequência de Bases , /genética , Biblioteca Genômica , /genética , Dados de Sequência Molecular , Reação em Cadeia da Polimerase , Salmão/imunologia
13.
Rev. Inst. Med. Trop. Säo Paulo ; 46(2): 109-112, Mar.-Apr. 2004. ilus, tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-358071

RESUMO

A Pentamidina (PEN) é um composto alternativo para o tratamento de pacientes com leishmaniose que apresentam resistência ao antimônio, cujo alvo celular continua incerto. Uma abordagem para se identificar prováveis alvos seria a identificação e super-expressão de genes capazes de mediar resistência a PEN. A partir de uma genoteca construída com o DNA de Leishmania major em um vetor - cosmídio que se desenvolve tanto em bactérias como nas células do parasita, isolamos um locus que após transfecção é capaz de produzir resistência a PEN às células do parasita. Almejando o mapeamento desse locus de leishmania, o inserto clonado nesse cosmídio foi deletado através de duas digestões parciais sucessivas com enzimas de restrição, seguida de transfecção em células selvagens, super-expressão gênica, indução e testes funcionais na presença de PEN. Para determinar o gene de Leishmania relacionado com a resistência a PEN, o seqüenciamento de nucleotídeos foi executado após inserção de elementos transposicionais de Drosophila melanogaster no interior do inserto deletado para atuar como ilhas de iniciadores. Descrevemos aqui o mapeamento desse locus, após a inserção transposicional, que além de facilitar o seqüenciamento de nucleotídeos de grandes fragmentos de DNA, permite uma rápida identificação do gene relacionado com esse fenótipo. Experimentos posteriores revelaram neste locus a presença do gene de uma Glicoproteína-P de membrana, cujo papel no metabolismo na Leishmania está sendo analisado.


Assuntos
Animais , Antiprotozoários , Elementos de DNA Transponíveis , Resistência a Medicamentos , Leishmania major , Pentamidina , DNA de Protozoário , Deleção de Genes , Genes de Protozoários , Biblioteca Genômica , Leishmania major , Fenótipo , Mapeamento por Restrição
14.
Genet. mol. res. (Online) ; 1(4): 306-316, Dec. 2002.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-417635

RESUMO

We have constructed a bacterial artificial chromosome (BAC) library for a European honey bee strain using the cloning enzyme HindIII in order to develop resources for structural genomics research. The library contains 36,864 clones (ninety-six 384-well plates). A random sampling of 247 clones indicated an average insert size of 113 kb (range = 27 to 213 kb) and 2 empty vectors. Based on an estimated genome size of 270 Mb, this library provides approximately 15 haploid genome equivalents, allowing >99 probability of recovering any specific sequence of interest. High-density colony filters were gridded robotically using a Genetix Q-BOT in a 4 x 4 double-spotted array on 22.5-cm2 filters. Screening of the library with four mapped honey bee genomic clones and two bee cDNA probes identified an average of 21 positive signals per probe, with a range of 7-38 positive signals per probe. An additional screening was performed with nine aphid gene fragments and one Drosophila gene fragment resulting in seven of the nine aphid probes and the Drosophila probe producing positive signals with a range of 1 to 122 positive signals per probe (average of 45). To evaluate the utility of the library for sequence tagged connector analysis, 1152 BAC clones were end sequenced in both forward and reverse directions, giving a total of 2061 successful reads of high quality. End sequences were queried against SWISS-PROT, insect genomic sequence GSS, insect EST, and insect transposable element databases. Results in spreadsheet format from these searches are publicly available at the Clemson University Genomics Institute (CUGI) website in a searchable format (http://www.genome.clemson.edu/projects/stc/bee/AM__Ba/)


Assuntos
Animais , Abelhas/genética , Cromossomos Artificiais Bacterianos/genética , Biblioteca Genômica , Sitios de Sequências Rotuladas , Clonagem Molecular/métodos , Genes de Insetos/genética , Hibridização In Situ , Reação em Cadeia da Polimerase , Análise de Sequência de DNA
15.
Rev. patol. trop ; 31(2): 245-248, jul.-dez. 2002. graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-363181

RESUMO

DNA from a genomic library of Leishmania amazonensis and from pcDNA3 plasmid were used to immunize BALB/c mice. Three immunizations at two weeks intervals were done, with 50µg/0.1ml of DNA. A control group was also injected with the same volume of saline solution. Afterward, all mice were challenged with infective promastigotes of the parasite, and the development of lesions was followed during 16 weeks by dorsoventral measures of the footpad. Mice previously immunized with the genomic library were capable of controlling lesions at a significant level, with major significance between 9 and 13 weeks post challenge.


Assuntos
Humanos , Biblioteca Genômica , Leishmania , Vacinas de DNA
16.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 97(suppl.1): 71-75, Oct. 2002. ilus, tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-325017

RESUMO

In the last decade microsatellites have become one of the most useful genetic markers used in a large number of organisms due to their abundance and high level of polymorphism. Microsatellites have been used for individual identification, paternity tests, forensic studies and population genetics. Data on microsatellite abundance comes preferentially from microsatellite enriched libraries and DNA sequence databases. We have conducted a search in GenBank of more than 16,000 Schistosoma mansoni ESTs and 42,000 BAC sequences. In addition, we obtained 300 sequences from CA and AT microsatellite enriched genomic libraries. The sequences were searched for simple repeats using the RepeatMasker software. Of 16,022 ESTs, we detected 481 (3 percent) sequences that contained 622 microsatellites (434 perfect, 164 imperfect and 24 compounds). Of the 481 ESTs, 194 were grouped in 63 clusters containing 2 to 15 ESTs per cluster. Polymorphisms were observed in 16 clusters. The 287 remaining ESTs were orphan sequences. Of the 42,017 BAC end sequences, 1,598 (3.8 percent) contained microsatellites (2,335 perfect, 287 imperfect and 79 compounds). The 1,598 BAC end sequences 80 were grouped into 17 clusters containing 3 to 17 BAC end sequences per cluster. Microsatellites were present in 67 out of 300 sequences from microsatellite enriched libraries (55 perfect, 38 imperfect and 15 compounds). From all of the observed loci 55 were selected for having the longest perfect repeats and flanking regions that allowed the design of primers for PCR amplification. Additionally we describe two new polymorphic microsatellite loci


Assuntos
Animais , Bases de Dados de Ácidos Nucleicos , Biblioteca Genômica , Repetições de Microssatélites , Schistosoma mansoni , Sequência de Bases , Brasil , Biologia Computacional , DNA de Helmintos , Reação em Cadeia da Polimerase , Polimorfismo Genético , Sequências Repetitivas de Ácido Nucleico , Análise de Sequência de DNA
17.
Rev. cuba. med. trop ; 53(3): 154-160, sept.-dic. 2001. ilus
Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-327193

RESUMO

Se construyó una biblioteca genómica de Leishmania amazonensis mediante el vector pcDNA3, con promotor de expresión en células eucariotas, con el objetivo de contribuir a la aplicación de la tecnología de inmunización con ácidos nucleicos en la leishmaniosis. Para demostrar la expresión de la genoteca en el músculo de ratones inmunizados con esta, se realizó la técnica de inmunofluorescencia indirecta. Como anticuerpo primario se utilizó una mezcla de sueros con alto título antileishmania, de una zona donde predomina la infección con L. braziliensis. Se obtuvo una biblioteca con 80 porciento de clones recombinantes. Se demostró la expresión de determinantes antigénicos en el músculo de ratones BALB/c inmunizados, según resultados de la inmunofluorescencia


Assuntos
Ácidos Nucleicos/imunologia , Animais de Laboratório , Técnica Indireta de Fluorescência para Anticorpo , Biblioteca Genômica , Imunização/métodos , Leishmania mexicana , Camundongos Endogâmicos A , Camundongos Endogâmicos BALB C/imunologia
18.
Rev. cuba. med. trop ; 53(3): 170-179, sept.-dic. 2001. ilus
Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-327195

RESUMO

Se construyó una biblioteca genómica de expresión de Trypanosoma cruzi con la utilización como vector el plásmido pcDNA3, con la cual se inmunizaron ratones de la línea isogénica BALB/c por vía intramuscular. Se empleó un grupo control positivo al que se le administraron antígenos solubles de T. cruzi y otro grupo que recibió el plásmido utilizado para la construcción de la biblioteca genómica; un grupo no recibió inmunización. A todos los animales se les extrajo sangre del plexo retrorbital 2 semanas posteriores a la tercera inmunización, para estudiar la respuesta de anticuerpos específicos contra los antígenos solubles del parásito mediante la técnica de western blot. Se obtuvo una respuesta de anticuerpos en los animales inmunizados con la biblioteca genómica de expresión y con antígenos solubles del parásito


Assuntos
Animais de Laboratório , Formação de Anticorpos , Antígenos de Protozoários/imunologia , Western Blotting , Biblioteca Genômica , Camundongos Endogâmicos BALB C/imunologia , Trypanosoma cruzi , Vacinas de DNA
19.
Säo Paulo; s.n; 2001. [150] p. ilus, tab, graf.
Tese em Português | LILACS | ID: lil-289841

RESUMO

A recente descoberta do novo vírus de DNA denominado TT virus (TTV), que foi inicialmente associado à hepatite pós-transfusional não A-G, levou os autores a realizar uma investigação abrangente desta infecção em diferentes populações de São Paulo, envolvendo tanto aspectos clínico-epidemiológicos quanto a caracterização viral. Para tanto, estudou-se indivíduos aparentemente sadios [crianças/adolescentes (n=138) e doadores de sangue (n=401)] e pacientes com coagulopatias (n=130). O TTV foi detectado por reação em cadeia da polimerase (PCR) da região genômica não codificadora de proteína (UTR), sendo sua prevalência extremamente elevada tanto nas crianças e doadores de sangue (81-85 por cento) como nos coagulopatas (98 por cento)...


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Pré-Escolar , Criança , Adolescente , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Lactente , Vírus de DNA , DNA Viral , DNA/isolamento & purificação , Doenças Hematológicas/epidemiologia , Biblioteca Genômica , Análise de Sequência de DNA , Vírus de Hepatite , Precipitação Química , Primers do DNA , Genótipo , Reação em Cadeia da Polimerase
20.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 95(3): 345-52, May-Jun. 2000. ilus, tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-258188

RESUMO

The PyAG1 gene, identified by the screening of a Plasmodium yoelii genomic DNA library with a rhoptry-specific Mab, encodes a protein with a zinc finger structure immediately followed by the consensus sequence of the Arf GAP catalytic site. The serum of mice immunized with the recombinant protein recognized specifically the rhoptries of the late infected erythrocytic stages. Blast analysis using the Genbank database gave the highest scores with four proteins presenting an Arf1 GAP activity. If presenting also this activity, the PyAG1 protein could be involved in the regulation of the secreted protein vesicular transport and, consequently, in the rhoptry biogenesis.


Assuntos
Animais , Feminino , Camundongos , Ratos , Fator 1 de Ribosilação do ADP/genética , Genes de Protozoários , Proteínas Ativadoras de GTPase/genética , Plasmodium yoelii/genética , Fator 1 de Ribosilação do ADP/metabolismo , Sequência de Aminoácidos , Arabidopsis/genética , Sequência de Bases , Drosophila melanogaster/genética , Imunofluorescência , Biblioteca Genômica , Proteínas Ativadoras de GTPase/metabolismo , Immunoblotting , Camundongos Endogâmicos BALB C , Plasmodium yoelii/imunologia , Proteínas de Protozoários/genética , Ratos/genética , Saccharomyces cerevisiae/genética , Dedos de Zinco
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