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1.
Rev. salud bosque ; 10(1): 1-11, 2020.
Artigo em Espanhol | LILACS, COLNAL | ID: biblio-1104443

RESUMO

El fluido lagrimal se caracteriza por ser una mezcla de moléculas que incluye proteínas, lípidos, metabolitos, entre otros; estas moléculas juegan un papel importante en la fisiopatología de distintas enfermedades, por lo cual las lágrimas han sido de gran interés para la comunidad científica en la búsqueda de biomarcadores y en el desarrollo de estrategias terapéuticas para enfermedades sistémicas y oculares. La poca invasividad y el bajo riesgo al obtener la lágrima la convierten en una interesante muestra en comparación con algunos fluidos corporales que pueden ser mucho más costosos y molestos para su obtención. Lo anterior ha sido demostrado en diversos estudios que sugieren estrategias para obtener la muestra e indican un posterior análisis mediante avanzadas técnicas de biología molecular y celular, entre ellas los análisis ómicos, que han logrado una mejor caracterización lagrimal.Los análisis ómicos han contribuido en la identificación diferencial de distintas moléculas que pueden desempeñar un papel importante en el diagnóstico, seguimiento y/o tratamiento de enfermedades oculares y sistémicas. Por tanto, el propósito del presente artículo fue describir las diferentes características del fluido lagrimal, así como los posibles candidatos de biomarcadores de patologías oculares y sistémicas reportados.


The lacrimal fluid is characterized by a mixture of molecules from proteins, lipids, metabolites among others, which play an important role in the pathophysiology of different diseases, for which it has been of great interest in the scientific community for the search of biomarkers and development of therapeutic strategies in systemic and eye diseases. The lower invasiveness and risk when obtaining the tear, makes it an interesting sample compared to some bodily fluids that can be much more expensive and annoying to obtain. The above has been demonstrated through various studies in which they suggest different strategies to obtain the sample and its subsequent analysis using techniques of molecular and cellular biology among them advanced molecular technology such as those such as omic analyses, which have achieved a better lacrimal characterization. These analyses have contributed to the differential identification of different molecules that may play an important role in the diagnosis, monitoring and/or treatment of eye and systemic diseases. The purpose of this article is to describe the different characteristics of the tear fluid as well as the possible candidates for biomarkers of mainly reported eye and systemic pathologies.


O líquido lacrimal é caracterizado por ser uma mistura de moléculas que inclui proteínas, lipídios, metabólitos, entre outros; Essas moléculas desempenham um papel importante na fisiopatologia de diferentes doenças, motivo pelo qual as lágrimas têm sido de grande interesse para a comunidade científica na busca de biomarcadores e no desenvolvimento de estratégias terapêuticas para doenças sistêmicas e oculares. A baixa invasividade e o baixo risco de obter a lágrima fazem dela uma amostra interessante em comparação com alguns fluidos corporais que podem ser muito mais caros e problemáticos de obter. Isso foi demonstrado em vários estudos que sugerem estratégias para obter a amostra e indicam uma análise subsequente usando técnicas avançadas de biologia molecular e celular, incluindo análise ômica, que alcançaram melhor caracterização das lágrimas.A análise ômica contribuiu para a identificação diferencial de diferentes moléculas que podem desempenhar um papel importante no diagnóstico, monitoramento e / ou tratamento de doenças oculares e sistêmicas. Portanto, o objetivo deste artigo foi descrever as diferentes características do líquido lacrimal, bem como os possíveis candidatos a biomarcadores de patologias oculares e sistêmicas relatadas.


Assuntos
Lágrimas , Tecnologia , Terapêutica , Técnicas , Biologia Celular , Olho , Biologia Molecular
2.
Arch. argent. pediatr ; 117(4): 267-270, ago. 2019. tab
Artigo em Inglês, Espanhol | LILACS, BINACIS | ID: biblio-1054935

RESUMO

La deficiencia de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa es la enzimopatía eritrocitaria causada por mutaciones en el gen G6PD, cuya herencia está ligada al cromosoma X. Se analizan las características clínicas y de laboratorio de 24 individuos con deficiencia de G6PD durante 25 años. La edad mediana al momento del diagnóstico fue 10,2 años (rango: 0,6-56,4). El 54,2 % de los pacientes fueron asintomáticos, mientras que el 25 % presentó anemia hemolítica crónica no esferocítica; el 12,5 %, ictericia neonatal y anemia hemolítica posinfecciones, y el 8,3 %, anemia hemolítica aguda pos ingesta de habas. Los 24 pacientes estudiados presentaron variantes descritas previamente en la literatura. Las características clínicas observadas estuvieron acordes con las variantes encontradas. Veintiuna mujeres, pertenecientes a la rama materna de los individuos afectados, pudieron ser identificadas por biología molecular como portadoras de la deficiencia, por lo que recibieron el consejo genético correspondiente.


Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency is an erythrocyte enzyme disorder caused by mutations in the G6PD gene, which has an X-linked inheritance. Here we analyze the clinical and laboratory characteristics of 24 subjects with G6PD deficiency over 25 years. Their median age at diagnosis was 10.2 years (range: 0.6-56.4). No symptoms were observed in 54.2 % of patients, whereas 25 % had chronic non-spherocytic hemolytic anemia; 12.5 %, neonatal jaundice and postinfectious hemolytic anemia; and 8.3 %, acute hemolytic anemia after ingestion of fava beans. The 24 studied patients had variants that had been previously described in the bibliography. The clinical characteristics observed here were consistent with the variants found. A total of 21 women from the maternal line of affected subjects were identified as deficiency carriers using molecular biology techniques, so they received the corresponding genetic counseling.


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Criança , Diagnóstico , Deficiência de Glucosefosfato Desidrogenase , Erros Inatos do Metabolismo , Biologia Molecular
3.
Rev. salud pública Parag ; 9(1): [P73-P80], jun. 2019.
Artigo em Espanhol | LILACS, BDNPAR | ID: biblio-1047036

RESUMO

Introducción: Las hepatitis causadas por el virus de la hepatitis C (VHC) se han transformado en uno de los principales problemas de enfermedades infecciosas emergentes, responsables del 80% de las hepatitis crónicas con posible evolución a cirrosis o carcinoma hepatocelular y ocasionando un alto costo para el sistema de salud. Objetivo: Describir el perfil epidemiológico y los genotipos del VHC en pacientes que acudieron al Laboratorio Central de Salud Pública (LCSP). Materiales y métodos: Estudio descriptivo; se incluyeron 162 pacientes con infección por Hepatitis C referidos al LCSP entre el 2013 y 2018, para seguimiento y/o genotipificación. Se les realizó la amplificación del genoma mediante la técnica reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real previa transcripción reversa (RT-PCR). A una submuestra con PCR detectable y carga viral >500 UI/ml se determinó el genotipo(n=52). Resultados: La media de edad fue de 44,2 ±15,6 años, el 52,5% eran hombres. El 8,02% presentaron carga viral alta, 32,09 % baja y 59,87 % indetectable. La distribución de genotipos fue la siguiente: 61,5 % genotipo 1 (28,1% 1a, 53,1% 1b y 18,8% genotipo 1 sin subtipificación), 15,4% genotipo 2, 15,4% genotipo 3 y 7,7% genotipo 4. Conclusiones: El presente trabajo muestra la importancia de la implementación de técnicas moleculares aplicadas a la vigilancia epidemiológica de nuestro país de manera a establecer programas de detección temprana y seguimiento adecuado de los pacientes, ya que la caracterización genotípica ayuda a determinar lasestrategias terapéuticas más adecuadas y predecir la respuesta antiviral. Se confirma que el genotipo 1 es el que circula con mayor frecuencia, con alto predominio del subtipo 1b. Palabras Clave: Biología Molecular, Hepatitis C, Genotipo, Epidemiología Molecular, Paraguay.


Introduction: Hepatitis caused by the hepatitis C virus (HCV) has become one of the main problems of emerging infectious diseases, responsible for 80% of chronic hepatitis with possible evolution to cirrhosis or hepatocellular carcinoma and causing a high cost for the health system. Objective: To describe the epidemiological profile and the genotypes of HCV in patients who attended the Central Public Health Laboratory (LCSP). Materials and methods: Descriptive study; included 162 patients with Hepatitis C infection referred to the LCSP between 2013 and 2018, for follow-up and / or genotyping. Genome amplification was performed using the polymerase chain reaction technique in real time prior to reverse transcription (RT-PCR). To a subsample with detectable PCR and viral load> 500 IU / ml, the genotype was determined (n = 52). Results: The mean age was 44.2 ± 15.6 years, 52.5% were men. The 8.02% had high viral load, 32.09% low and 59.87% undetectable. The genotype distribution was as follows: 61.5% genotype 1 (28.1% 1a, 53.1% 1b and 18.8% genotype 1 without subtyping), 15.4% genotype 2, 15.4% genotype 3 and 7.7% genotype 4. Conclusions: The present work shows the importance of the implementation of molecular techniques applied to the epidemiological surveillance of our country in order to establish programs of early detection and adequate monitoring of patients, since genotypic characterization helps to determine the most appropriate therapeutic strategies and predict the antiviral response. It is confirmed that genotype 1 is the one that circulates more frequently, with a high predominance of subtype 1b. Keywords: Molecular Biology, Hepatitis C, Genotype, Molecular Epidemiology, Paraguay.


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Paraguai/epidemiologia , Hepatite C , Biologia Molecular , Epidemiologia Molecular , Genótipo
4.
São Paulo; s.n; s.n; 2019. 123 p. graf, tab.
Tese em Português | LILACS | ID: biblio-1049822

RESUMO

Xanthomonas citri subsp. citri, é uma bactéria pertencente à classe das Gamaproteobactérias, fitopatogênica, que exibe uma especificidade patógeno-hospedeiro extremamente alta. X. citri infecta plantas do gênero Citrus, causando o cancro cítrico, uma doença destrutiva encontrada em cultivos ao redor do mundo. Esta bactéria apresenta em seu genoma 34 genes que codificam proteínas relacionadas com o metabolismo do segundo mensageiro c-di-GMP. Em geral, níveis elevados de c-di-GMP favorecem a sessilidade e a produção de exopolissacarídeos, enquanto níveis mais baixos resultam em maior motilidade e aumento na dispersão do biofilme. Com o intuito inicial de buscar novos alvos de X. citri que dependessem dos níveis intracelulares desse segundo mensageiro, foram analisados os proteomas de linhagens mutantes em diguanilato ciclases específicas. Nas análises proteômicas por eletroforese bidimensional foram identificadas 15 proteínas diferencialmente expressas presentes em mais de um dos proteomas dos mutantes analisados. Entre estas, duas proteínas reguladoras de resposta e preditas de participar de sistemas de dois componentes, XAC0834 e XAC3443, foram encontradas sendo mais expressas em mutantes que apresentavam fenótipo de alto c-di-GMP; enquanto uma proteína hipotética provavelmente presente na membrana, XAC3657, estava mais expressa em linhagens com fenótipos relacionados a baixos níveis de c-di-GMP. Por meio de uma análise por qRT-PCR foi verificado que os níveis de mRNA para XAC0834 e XAC3443 não variam entre as linhagens e, portanto, a diferença nos níveis de expressão destas proteínas deve ocorrer póstranscricionalmente. Como os sistemas de dois componentes e proteínas de membrana são importantes para a adaptação das bactérias a diferentes condições ambientais, o objetivo do presente trabalho foi a caracterização funcional de XAC0834, XAC3433 e XAC3657, com maiorênfase em XAC0834 e na provável proteína sensora cognata, XAC0835, de forma a contribuir para a melhor compreensão dos processos de regulação da virulência de bactérias. Na análise da organização gênica dos genes que codificam estas proteínas, foi verificado que os genes XAC0834 e XAC0835 formam um operon, juntamente com a tioesterase XAC0833 e, portanto, o nível transcricional destes genes ocorre pelos mesmos reguladores, apoiando a hipótese de se tratarem de um sistema de dois componentes; assim como os genes XAC3442 e XAC3443. Utilizando uma linhagem mutante em XAC0834, mostramos que esta proteína impacta positivamente a motilidade sliding e a formação de biofilme, e tem efeito contrário no crescimento de X. citri em meio rico 2xTY e na motilidade twitching. Como estes fenótipos são modulados por c-di-GMP, é possível que a deleção deste gene altere significativamente os níveis de c-di-GMP nas células. Além disto, foi verificado que as proteínas XAC0835, XAC3443 e XAC3657 não afetam a motilidade sliding, mas, individualmente, XAC0835 é importante para a formação de biofilme; XAC3657 afeta negativamente o crescimento de X. citri em meio rico 2xTY; e XAC3443 afeta negativamente a motilidade twitching. Na análise do transcritoma da superexpressão de XAC0834, foi observado que havia aumento na expressão de genes relacionados ao sistema de secreção do tipo IV e na montagem do pilus do tipo IV, em comparação com a linhagem selvagem, o que pode estar relacionado aos fenótipos observados. Este trabalho forneceu subsídios importantes para a compreensão do papel fisiológico do sistema de dois componentes XAC0834/XAC0835, assim como do regulador de resposta XAC3443 e da proteína hipotética, XAC3657, em X. citri, o que pode contribuir para o entendimento da relação de c-di-GMP com os sistemas de dois componentes


Xanthomonas citri subsp. citri, is a phytopathogenic Gammaproteobacteria, with extremely high pathogen-host specificity. X. citri infects plants of the genus Citrus, causing citrus canker, a destructive disease found in crops around the world. The genome of X. citri pv. citri 306 (XAC 306) contains 34 genes encoding proteins related to the second messenger c-di-GMP metabolism. In general, high levels of c-di-GMP favor the sessility and exopolysaccharide production, whereas lower levels result in greater motility and increased biofilm dispersion. In order to initially search for new X. citri targets that depend on the intracellular levels of this second messenger, the proteomes of specific diguanylate cyclase mutant strains were analyzed by two-dimensional electrophoresis. Fifteen differentially expressed proteins present in more than one of the mutant proteomes compared to wild type were identified. Among these, two proteins predicted to participate as response regulators in two-component systems, XAC0834 and XAC3443, were found to be more expressed in mutants with high c-di-GMP phenotypes; whereas a hypothetical membrane protein, XAC3657, was more expressed in strains with low cdi-GMP-related phenotypes. Relative mRNA levels for XAC0834 and XAC3443, as determined by qRT-PCR, do not vary among the analyzed strains, suggesting post-transcriptional regulation. Because two-component systems and membrane proteins are important for the adaptation of bacteria to different environmental conditions, the aim of this work was the functional characterization of XAC0834, XAC3433 and XAC3657, with greater emphasis on XAC0834 and its probable cognate sensor protein, XAC0835, contributing to a better understanding of the processes of bacterial virulence regulation. Genes XAC0834 and XAC0835 form an operon, together with the XAC0833 coding for a thioesterase, suggesting that they are co-regulated, aswell as the XAC3442 and XAC3443 genes. Using a mutant strain in XAC0834, we show that this protein positively impacts sliding motility and biofilm formation and has the opposite effect on X. citri growth in rich medium and twitching motility. Because these phenotypes are modulated by c-di-GMP, deletion of this gene may alter cellular c-di-GMP levels. In addition, we found that XAC0835, XAC3443 and XAC3657 proteins do not affect sliding motility, but XAC0835 is important for biofilm formation; XAC3657 negatively affects X. citri growth in rich medium; and XAC3443 negatively affects twitching motility. The RNA-seq transcriptome of X. citri overexpressing XAC0834 was compared to the control strain, and there was an increase in the expression of genes for the type IV secretion system and the assembly of the type IV pilus, which may be related to the observed phenotypes. This work provided important insights for understanding the physiological role of the XAC0834/XAC0835 two-component system as well as the XAC3443 response regulator and the hypothetical protein XAC3657, in X. citri which may contribute to the understanding of the relationship of c- di-GMP with two-component systems


Assuntos
Xanthomonas/metabolismo , Citrus/classificação , Biofilmes , Proteoma/análise , Biologia Molecular
5.
Estud. av ; 33(95): 271-284, 2019.
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-1008463

RESUMO

Objetivamos discutir os principais argumentos que estão envolvidos no debate sobre a cientificidade do Princípio de Equivalência Substancial (PES), que afirma serem os OGM quimicamente equivalentes aos organismos selecionados pelas técnicas tradicionais de melhoramento, não requerendo, portanto, estudos toxicológicos adicionais. Problematizamos a cientificidade do PES, especialmente no que diz respeito à questão propriamente química. De fato, o PES estrutura-se conceitualmente na comparação quantitativa entre alguns componentes químico-biológicos da planta transgênica e os da não transgênica. Nesse sentido, as análises químicas propostas não conseguem relacionar sozinhas os possíveis efeitos bioquímicos, toxicológicos e imunológicos dos alimentos transgênicos, pois o princípio restringe as análises à composição química, molecular e analítica dos transgênicos. Emerge assim o problema do locus da incerteza científica, seja como questão epistemológica, seja como questão normativa e moral.


We aim to discuss the main arguments involved in the debate on the scientificity of the Principle of Substantial Equivalence (PSE), which claims that GMOs are chemically equivalent to organisms selected by traditional breeding techniques and therefore do not require additional toxicological studies. We question the scientific character of the PSE, especially with regard to the chemical question itself. Indeed, the PSE is conceptually structured in the quantitative comparison between some chemical--biological components of the transgenic plant and those of the non-transgenic plant. In this sense, the proposed chemical analyses cannot by themselves assess the possi-ble biochemical, toxicological and immunological effects of transgenic foods, since the principle restricts the analysis to the chemical, molecular and analytical composition of transgenics. This gives rise to the problem of the locus of scientific uncertainty, whether as an epistemological question or as a normative and moral issue.


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Risco , Organismos Geneticamente Modificados , Precaução , Estruturas Genéticas , Boas Práticas de Manipulação , Biologia Molecular , Alimentos Geneticamente Modificados
6.
Braz. J. Vet. Res. Anim. Sci. (Online) ; 56(1): e150972, jun. 2019. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1007823

RESUMO

Bovine herpesvirus 5 is an alphaherpesvirus that causes nonsuppurative meningoencephalitis in cattle. This disease occurs naturally in either outbreaks or isolated cases, and exhibits low morbidity and high lethality. Although previous studies elucidated crucial aspects involved in the pathogenesis of the disease, there is a paucity of information regarding the molecular events contributing to infection and replication of BoHV-5. The objective of the present study was to determine the in vitro gene expression pattern of BoHV-5 (e.g., alpha, beta, and gamma genes) and host cells genes (GAPDH and 18S) over time utilizing different quantities of inoculated virus. Three BoHV-5 genes (bICP0, UL9, US4) and one structural bovine cell gene had their expression accessed by real-time PCR. While the expression of BoHV-5 genes increased during the course of infection, GAPDH gene expression decreased in the host cells, evidencing the effect of viral infection on the expression of bovine cell genes. The 18S ribosomal RNA (rRNA) gene was constitutively expressed throughout BoHV-5 infection. Our data clearly demonstrates that GAPDH gene should not be used as a reference gene in studies of BoHV-5 infection because it was influenced by viral infection. However, 18S rRNA was constitutively expressed and, therefore, is recommended for normalization of BoHV-5 infection studies in bovine cells. The expression of viral genes transcripts was not altered by increasing number of viral particles added to the culture. All viral genes included here demonstrated the same expression pattern over time and there was no difference in the expression of viral genes among the various time points. Our data show important differences comparing to classical studies regarding herpesvirus alpha, beta, and gamma genes expression. More research is necessary to improve our understanding about the BoHV-5 biology during infection. Studies employing next-generation sequencing (i.e., RNA-seq), using both in vitro and in vivo models, would be the next logical step to grasp the virus and host cell's transcriptome changes over the course of infection.(AU)


Herpesvirus bovino 5 é um alfaherpesvírus causador de meningoencefalite não supurativa em bovinos. Esta doença possui ocorrência natural em surtos ou casos isolados, associadas a baixa morbidade e alta letalidade. Embora estudos anteriores tenham elucidado aspectos relacionados a patogenia da doença, há uma lacuna de conhecimento relacionado aos eventos moleculares que contribuem para a infecção e replicação do BoHV-5. O objetivo do presente estudo foi determinar a expressão gênica in vitro de genes virais (i.e., alfa, beta e gama) e das células hospedeiras (GAPDH e 18S) durante a infecção considerando diferentes momentos de infecção e quantidade de vírus utilizado. Três genes do BoHV-5 (bICP0, UL9, US4), um gene estrutural (GAPDH) e um gene constitutivo (18S) da célula bovina tiveram suas expressões avaliadas por PCR quantitativa (qPCR). Enquanto os genes virais tiveram sua expressão aumentada ao longo do tempo de infecção, o gene hospedeiro teve sua expressão diminuída, demonstrando a ação do vírus na expressão gênica de células bovinas in vitro. O gene constitutivo 18S teve sua expressão mantida durante todos os momentos do experimento. Nossos resultados claramente demonstraram que o GAPDH não deve ser usado como gene de referência em estudos com infecção por BoHV-5 pois é influenciado pela infecção viral. Entretanto, o 18S rRNA foi constitutivamente expresso e pode ser recomendado para normalização em células bovinas infectadas pelo vírus. A expressão de mRNA viral não foi alterada pela quantidade de vírus usada. Todos os genes virais demonstraram o mesmo padrão de expressão ao longo do tempo de infecção. Nossos resultados trazem importantes diferenças comparando aos estudos clássicos que avaliaram a expressão de genes alfa, beta e gama. Mais estudos são necessários para aumentar o conhecimento da biologia molecular do BoHV-5. Estudo utilizando sequenciamento de última geração (i.e., RNA-seq), usando modelos in vitro e in vivo, aparentam ser o próximo passo lógico para acessar as alterações do transcriptoma do hospedeiro e viral ao longo do curso da infecção.(AU)


Assuntos
Expressão Gênica , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Herpesvirus Bovino 5/classificação , Biologia Molecular
7.
In. Consolim-Colombo, Fernanda M; Saraiva, José Francisco Kerr; Izar, Maria Cristina de Oliveira. Tratado de Cardiologia: SOCESP / Cardiology Treaty: SOCESP. São Paulo, Manole, 4ª; 2019. p.70-76.
Monografia em Português | LILACS | ID: biblio-1008908
8.
Artigo em Espanhol, Inglês | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1102169

RESUMO

La tecnología diagnóstica conocida como NGS por sus siglas en inglés, o Secuenciación de nueva generación, es relativamente nueva, y se está implementando en algunos hospitales de Panamá. Esta tecnología ha demostrado ser una herramienta muy eficiente para la detección de alteraciones genómicas o exómicas, tanto para la clínica como para la investigación. Dada la complejidad de esta prueba, requiere una infraestructura y un número importante de recursos humanos capacitados para poder implementar esta prueba. El propósito de este documento es establecer un marco de referencia para los procedimientos administrativos en cuanto a la realización de las pruebas de secuenciación por metodología NGS. Además, que el mismo sirva de guía para el establecimiento adecuado de programas internos de control y evaluación de calidad de esta tecnología en nuestro país y la región


The technology known as Next­Generation sequencing is relatively new, and it is been implemented in some Panamanian hospitals. It has demonstrated to be a very efficient tool to identify genomic and exomic variants in a clinical setting, as well for research purposes. Because of its complexity, it requires an important infrastructure and a significant number of trained health­care professionals to carry out this test. The purpose of this document is to establish a frame for the administrative and tec hnical aspects for NGS in a clinical setting. Moreover, it will serve as a guide to establish quality control procedures that the technology requires in our country and the region.


Assuntos
Organização e Administração/normas , Biologia Molecular/organização & administração , Cinética , Bases de Dados de Ácidos Nucleicos , Patologia Molecular , Sequenciamento Completo do Genoma , Acesso a Medicamentos Essenciais e Tecnologias em Saúde
10.
Braz. j. oral sci ; 18: e191417, jan.-dez. 2019. ilus
Artigo em Inglês | LILACS, BBO - Odontologia | ID: biblio-1095042

RESUMO

Aim: The aim of this study was to compare the microbial profile of subgingival sites in Periodontitis (Pd) patients and healthy ones. Methods: Eighteen patients with Pd and 18 gender-matched healthy controls were selected. Subgingival samples were collected from three types of sites: 1) healthy site of healthy subjects (probing pocket depth (PPD) ≤ 3mm, CG), 2) healthy site of Pd patients (PPD ≤ 3mm, PG-C) and 3) diseased site (PPD > 3mm) of the same Pd patients (PG-T). All sites were subjected to microbial analysis for the detection of 40 bacterial species by the "Checkerboard DNA-DNA hybridization" technique. Results: It was observed a great diversity of bacteria in all patients evaluated. The sites from the Pd groups (PG-T and PG-C) showed a higher overall count of the studied bacteria than those of the CG group, especially from Green, Orange, and Red complexes. Also, PG-T showed a higher prevalence of Red complex bacteria than CG. Individual pathogens, such as Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola and Treponema socranskii were detected in higher levels and/or prevalence in Pd than in control patients. However, it was not observed any difference between PG-T and PG-C. Conclusion: Pd patients showed higher prevalence and counts of some putative periodontal bacteria, especially from the red complex, than control ones, regardless of the severity of their sites


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Idoso , Periodontite , Bactérias , Biologia Molecular
11.
Rev. Salusvita (Online) ; 38(2): 520-542, 2019.
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-1051359

RESUMO

Introdução: A identificação microbiana é importante por gerar impacto tanto no tratamento do paciente quanto na saúde pública, pois o diagnóstico rápido e preciso propicia o direcionamento adequado da terapia antibiótica e o rápido controle da infecção. Por conta disso, atualmente, os laboratórios de microbiologia clínica estão passando por mudanças significativas, com o desenvolvimento de sistemas de automação que aceleram o diagnóstico. Esses avanços foram possíveis devido ao progresso tecnológico e à busca de novas estratégias que reduziram os custos dessas ferramentas, tornando-as mais acessíveis. Objetivo: Este estudo buscou ressaltar a importância da implantação de novas e avançadas tecnologias nos laboratórios de microbiologia. Metodologia: Realizou-se revisão de literatura em bases de dados científicas. Desenvolvimento: As técnicas tradicionais de diagnóstico microbiológico incluem desde métodos diretos como coloração e microscopia ótica até métodos indiretos como, por exemplo, cultura e testes bioquímicos. O principal problema é o fato de que essas técnicas demandam tempo para fornecer uma resposta ao clínico e, em muitos casos, necessita de técnicos bem treinados para a interpretação correta dos resultados. Por isso, torna-se cada vez mais importante o desenvolvimento de técnicas rápidas e precisas. As principais técnicas inovadoras incluem a Biologia Molecular, os Imunoensaios e a Espectrometria de Massa. Considerações finais: O acesso às novas tecnologias permite resolver questões diagnósticas que estão cada vez mais desafiadoras e também contribuem para a melhoria do cenário clínico e a saúde pública.


Introduction: Microbial identification is important due to its impact on both the patient and public health, because the rapid and accurate diagnosis allows of correct antibiotic treatment and control of infection. Currently, clinical microbiology laboratories are undergoing significant changes due to the development of automation systems, which enables faster and more accurate diagnosis. These advances were possible due to technological progress and the search for new strategies that reduced the costs of these tools, making them more accessible. Objective: This study aimed to highlight the importance of the implantation of new and advanced technologies in microbiology laboratories. Methodology: A review of scientific literature was carried out in scientific databases. Development: Traditional techniques of microbiological diagnosis include direct methods such as staining methods and optical microscopy to indirect methods such as culture and biochemical tests. The main problem is the fact that these techniques take time to provide a response to the clinician and, in many cases, need well-trained technicians for the correct interpretation of the results. It is, therefore, becoming increasingly important to develop rapid and accurate techniques. The innovative techniques include molecular biology, immunoassays, and mass spectrometry. Final considerations: Access to new technologies makes it possible to solve diagnostic issues that are increasingly challenging and also contribute to the improvement of the clinical setting and public health.


Assuntos
Tecnologia Biomédica , Biologia Molecular
13.
Arch. Health Sci. (Online) ; 25(3): 41-45, 21/12/2018.
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-1046416

RESUMO

Introdução: Os avanços médicos das últimas décadas contribuíram para aumentar a sobrevida de pacientes críticos e com a resposta imune comprometida. Consequentemente, a população em risco de adquirir infecções de origem fúngica também cresceu. Com altas taxas de morbidade e mortalidade, o difícil diagnóstico deste tipo de infecção, em conjunto com terapias ineficazes, gera elevados custos e sobrecarga ao sistema de saúde. Objetivos: Padronizar um método molecular de detecção fúngica diretamente do sangue e avaliar esta técnica comparativamente com a atualmente considerada padrão-ouro (hemocultura), associando aspectos clínicos, tempo de realização das técnicas e os custos envolvidos. Casuística e Métodos:Neste sentido, 94 pacientes com suspeita de infecção de corrente sanguínea foram submetidos a uma técnica de nestedPCR para detecção de DNA fúngico. Resultados: A técnica molecular foi positiva em 48,9% das amostras, enquanto que a hemocultura foi positiva em apenas 13,0% dos casos. Esses resultados demonstram uma alta sensibilidade do nested PCR e com um valor preditivo negativo de 100% em pacientes com suspeita clínica de infecção fúngica sistêmica e em situações de risco. O tempo de realização do método e os custos associados a ele, em comparação à hemocultura, também demonstraram seu potencial para uso clínico. Conclusões: Em comparação com a hemocultura, o método padronizado de nestedPCR constitui um teste rápido e economicamente viável capaz de descartar uma infecção sistêmica provocada por fungo, podendo facilitar o diagnóstico e evitar terapias ineficientes e caras, diminuir o tempo de internação e os impactos econômicos gerados por esse tipo de infecção.


Introduction: Medical advances in the past decades have contributed to the increase of survival of critically ill patients and the ones with impaired immune response. Consequently, the population at risk of acquiring a fungal infection also has increased. This type of infection generates expensive costs and heavy burden to the Health system. It also brings high morbidity and mortality rates, difficulty in diagnosing, and ineffective therapies. Objectives: Standardize a molecular method of fungal detection directly from blood and compare this technique with the blood culture, which is currently considered the gold standard. It associates clinical aspects, time, and costs involved. Patients and Methods: In this sense, 94 patients with suspected bloodstream infection were submitted to the technique of nested PCR for detection of fungal DNA. Results: The molecular technique was positive in 48.9% of the samples, while the blood culture was positive in only 13% of the cases. These results demonstrate high sensibility of the nested PCR and negative predictive value of 100%. The performing time and the costs associated with the method also demonstrated its value for clinical use. Conclusions: Therefore, the nested PCR is a quick and economically viable test, capable of ruling out a systemic infection caused by fungus, being able to facilitate the diagnosis, avoid inefficient and expensive therapies, and decrease the length of hospital stay, reducing the burden caused by this type of infection.


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Técnicas e Procedimentos Diagnósticos/estatística & dados numéricos , Infecções Fúngicas Invasivas/sangue , Biologia Molecular/métodos
14.
Med. leg. Costa Rica ; 35(1): 44-51, ene.-mar. 2018.
Artigo em Espanhol | LILACS | ID: biblio-894337

RESUMO

Resumen El cáncer de mama, es el más frecuente en mujeres; mortal si no es diagnosticado a tiempo que varía de su estadio, su histología y biología molecular. Es bien conocido, que la exposición estrogénica, es un factor de riesgo para el desarrollo de cáncer de mama, junto los antecedentes heredo familiares de primer y segundo grado y genética. El tamizaje en mujeres asintomáticas ha evidenciado que disminuye la mortalidad por el diagnóstico temprano y su diagnóstico de confirmación es la histología por biopsias con aguja gruesa. El tratamiento va depender del estadio, metástasis nodal o extranodal y la inmunohistoquímica y la disminución de la mortalidad se ha logrado con el diagnóstico oportuno y el tratamiento con cirugía y terapia antihormonal.


Abstract Breast cancer is the most frequent cancer in women; is highly mortal if not diagnosed on time depending on stage, histology and molecular biology. It is well known, that estrogenic exposure is a risk factor for developing breast cancer, together with family history in first or second negree and genetics. Screening asymptomatic women has shown to decrease mortality rates and the confirmation diagnostic is done with thick needle biopsy. The treatment depends on the stage, nodal or extranodal metastasis and immunohistochemistry and reduction of mortality rate has been accomplished with timely diagnosis and the treatment with surgery and antihormonal therapy.


Assuntos
Humanos , Neoplasias da Mama/diagnóstico , Neoplasias da Mama/radioterapia , Biomarcadores Tumorais , Predisposição Genética para Doença , Costa Rica , Biologia Molecular
15.
Rev. Inst. Adolfo Lutz ; (77): 1-5, 2018.
Artigo em Português | LILACS, Sec. Est. Saúde SP, SESSP-ACVSES, SESSP-IALPROD, Sec. Est. Saúde SP, SESSP-IALACERVO | ID: biblio-1103499

RESUMO

Em laboratório de biologia molecular existem normas para prevenir que nucleases destruam os ácidos nucleicos em análise. Rígida adesão a estas normas é primordial, principalmente em laboratórios de análises clínicas e ao se lidar com amostras com número restrito de cópias do genoma-alvo. Em contraposição, diversas nucleases têm tido importância fundamental, por exemplo, na identificação do ácido nucleico de vírus, investigação de RNA mensageiro, purificação de vírus em abordagem metagenômica, edição de genomas com o sistema CRISPR/Cas e descoberta de enzimas. O conhecimento de como nucleases podem ser tanto vilãs quanto aliadas é essencial na formação de todos que trabalham no campo de biologia molecular.


In a molecular biology laboratory there are standards to prevent nucleases from destroying the nucleic acids under analysis. Strict adherence to these standards is paramount, mainly in clinical analysis laboratories and when dealing with samples with a limited number of copies of the target genome. In contrast, several nucleases have been of fundamental importance, for example, in the identification of the type of viral nucleic acid, investigation of messenger RNA, virus purification in metagenomic approach, genome editing with the CRISPR/Cas system, and enzyme discovery. Knowledge of how nucleases can be both villains and allies is essential in the training of all working in the field of molecular biology.


Assuntos
Ribonucleases , Vírus , Técnicas de Laboratório Clínico , Desoxirribonucleases , Biologia Molecular
16.
Pesqui. vet. bras ; 38(3): 425-429, mar. 2018. tab, ilus
Artigo em Português | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-964368

RESUMO

A sarcocistose é uma doença distribuída mundialmente, podendo acometer aves, répteis e diversos mamíferos, incluindo o homem. O objetivo desse trabalho foi detectar a presença de Sarcocystis spp. e caracterizar as espécies encontradas em 375 amostras de produtos cárneos (filé mignon bovino, carne moída bovina e salame colonial). Para isso, foi realizada a detecção do parasita através da técnica de PCR para amplificação parcial do gene 18S rRNA e sua caracterização molecular utilizando o polimorfismo no comprimento do fragmento de restrição (RFLP) com as enzimas de restrição Bcl I, Rsa I e Alu I. A ocorrência de Sarcocystis spp. foi de 17% (64/375) do total de amostras testadas pelo PCR. Entre os produtos cárneos avaliados, 5,6% (7/125) das amostras de filé mignon, 12,8% (16/125) de carne moída e 32,8% (41/125) de embutido colonial, foram positivas para presença do DNA do Sarcocystis spp. Entre estas amostras positivas, as espécies caracterizadas foram Sarcocystis hirsuta e Sarcocystis hominis com prevalências de 93,7% (60/64) e 6,3% (4/64), respectivamente. Considerando à relevância da sarcocistose na área da saúde pública, a ocorrência de S. hominis encontrado neste estudo, pode ser um fator de risco para a contaminação humana. Porém, a presença do DNA deste protozoário não significa necessariamente potencial de infecção aos humanos, pois cuidados nos processos de fabricação podem reduzir a viabilidade dos cistos.(AU)


The sarcocystosis is a worldwide spread disease and can affect birds, reptiles and many mammals, including man. The aim of this study was to detect the presence of Sarcocystis spp. and characterize the species found in 375 samples of meat products (filet mignon, ground beef and colonial salami). For this, we carried out the detection of the parasite by PCR for the amplification of the partial 18S rRNA gene and molecular characterization using the restriction fragment length polymorphism (RFLP) with restriction enzymes Bcl I, Alu I and Rsa I. The occurrence of Sarcocystis spp. was 17% (64/375) of all samples. Among the meat products evaluated, the filet mignon samples were positive in 5.6% (7/125), the ground beef in 12.8% (16/125) and the colonial salami in 32.8% (41/125). Of the positive samples, Sarcocystis hirsuta and Sarcocystis hominis were detected, with prevalence of 93.7% (60/64) and 6.3% (4/64), respectively. Considering the relevance of sarcocystosis in public health, the occurrence of S. hominis found may be a risk factor to human contamination. However, the presence of DNA of this parasite does not necessarily mean potential of infection to humans, because good practices in the manufacturing processes can reduce the viability of the cysts.(AU)


Assuntos
Animais , Bovinos , Abastecimento de Alimentos , Carne/parasitologia , Bovinos/parasitologia , Sarcocystis/patogenicidade , Biologia Molecular
17.
São Paulo; s.n; s.n; 2018. 159 p. graf, tab.
Tese em Português | LILACS | ID: biblio-998796

RESUMO

O sistema de secreção tipo IV (T4SS) da família de bactérias Xanthomonadaceae transfere efetores (X-Tfes) com a capacidade de matar outras bactérias, conferindo uma vantagem em comunidades bacterianas mistas para colonizar diferentes nichos como o solo ou as superfícies das plantas. Os X-Tfes possuem diferentes domínios putativos com atividades hidrolíticas contra componentes do envelope celular bacteriano do tipo: glicohidrolases, transglicosilases, amidases e lipases. Os X-Tfes por sua atividade biológica inata podem ocasionar dano intracelular para a bactéria que os produz. Para se proteger contra estas atividades, também são produzidas lipoproteínas com função inibitoria (X-Tfis) localizadas no periplasma. Os genes que codificam os X-Tfes e os X-Tfis estão organizados em operons, o que permite gerar os pares efetor/inibidor simultaneamente. Entre os potenciais X-Tfes do fitopatógeno Xanthomonas citri estão Xac1918 e Xac0574. Xac1918 é uma proteína com um domínio da superfamília da lisozima e um domínio conhecido como RTX (Repeats in Toxin) de ligação ao cálcio, enquanto Xac0574 tem um domínio da superfamília da lipase 3. Os seus possíveis inibidores, Xac1917 e Xac0573 respectivamente, apresentam um peptídeo sinal no N-terminal contendo o lipobox representativo das lipoproteínas. As proteínas Xac0574 e Xac0573 são monômeros em solução que formam um complexo estável 1:1, favorecido termodinamicamente (ΔG°= -12 Kcal/mol) com uma constante de dissociação de 2,45 nM, garantindo que a bactéria fique protegida contra os efeitos nocivos de Xac0574 quando é produzida intracelularmente. Xac0574 é uma fosfolipase A1, sem atividade lisofosfolipase, com a capacidade de hidrolisar os três fosfolipídios majoritários que compõem a membrana celular bacteriana, fosfatidilglicerol (PG), cardiolipina e fosfatidiletanolamina (PE), mostrando uma aparente preferência pelo último. A atividade enzimática de Xac0574 explica a forte inibição do crescimento celular em E. coli após da sua indução heteróloga, já que gera uma diminuição de quase 10 vezes da população celular comparada com a cultura não induzida com a mesma construção. Poroutro lado, Xac0573 inibe efetivamente a atividade enzimática de Xac0574 ao formar o complexo, além de não ter atividade fosfolipase nem lisofosfolipase. Foram produzidos cristais da Xac1918 e Xac0573 que difrataram com uma resolução de 3,0 e 2,5 Å, respectivamente. Porém, só foi gerado um modelo de Xac0573. Xac0573 está composta por duas folhas ß antiparalelas com uma topologia característica de ß sanduíche Com uma pequena hélice e duas voltas. Um alinhamento de homólogos de Xac0573 identificou nas extremidades da proteína as regiões conservadas, constituindo duas possíveis interfaces de interação que podem ser as responsáveis por bloquear o acesso dos fosfolipídios ao sítio catalítico ou impedir os rearranjos estruturais de Xac0574 que são necessários para a sua atividade enzimática. Adicionalmente, a topologia da Xac0573 é semelhante do domínio C2, conhecido em eucariotos como domínio de ligação ao lipídio e ao cálcio, e está envolvido em processos de sinalização de segundos mensageiros lipídicos, proteínas de trafego de membranas e mecanismos de fusão de membranas. Nossos resultados apontam para uma nova função biológica do domínio C2 como um inibidor enzimático intracelular em bactérias


The type IV secretion system (T4SS) of the bacteria family Xanthomonadaceae transfers effectors (X-Tfes) with that can kill other bacterial cells, conferring an advantage to the bacterial community during colonization of different niches in the soil or on the plant surface. The X-Tfes possess different putative domains with hydrolytic activity against components of the bacterial cellular envelope, including glycohydrolase, transglycolase, amidase and lipase domain. The innate biological activity of X-Tfes can cause intracellular damage. Therefore, the bacteria that produce them also produce lipoproteins with inhibitor function (X-Tfis) located in the periplasm for their protection. The genes that code for X-Tfes and X-Tfis are organized in operons that allow for their simultaneous expression. Among the X-Tfes of the phytopathogen Xanthomonas citri are Xac1918 and Xac0574. Xac1918 is carries a lysozyme superfamily domain, as well as a domain known as RTX (Repeats in Toxic) predict to bind calcium, while, Xac0574 has a domain belonging to the lipase 3 superfamily. Their possible inhibitors, Xac1917 e Xac0573 respectively, carry an N-terminal signal peptide containing a lipobox found in bacterial lipoproteins. The Xac0574 and Xac0573 proteins are both monomers in solution, They can form a stable 1:1 complex, that is thermodynamically favored (ΔG°= -12 Kcal/mol) with a dissociation constant of 2,45 nM. This affinity ensure that the bacterium is protected against the harmful effects of Xac0574 when it is produced intracellularly. We show that Xac0574 is a phospholipase A1, without lisophospholipase activity, and is able to hydrolyze the three most common phospholipids found in the membranes of Gram negative bacteria, namely phosphatidylglycerol (PG), cardiolipin and phosphatidylethanolamine (PE), presenting an apparent preference for PE. The enzymatic activity of Xac0574 explains the strong inhibition of growth of E. coli cells after its heterologous induction: a nearly 10-fold decrease in the cell population is observed when compared to the non-induced culture with the same construct. On the other hand, Xac0573 effectively inhibits the enzymatic activity of Xac0574. Furthermore, Xac0573 does not possess when forming the complex, besides not having phospholipase nor lysophospholipase activity.Crystals of Xac1918 and Xac0573 were produced which diffracted with to resolution of 3.0 and 2.5 Å, respectively. However, we were able to resolve the structure of only Xac0573. Xac0573 is composed of two anti-parallel sheet that form a ß-sandwich with three small helices. An alignment to Xac0573 homologs identified conserved regions at the ends of the protein that constitute two possible interfaces of interaction that may be responsible for blocking the access of the phospholipids to the catalytic site or impede the structural rearrangements of Xac0574 that are necessary for its enzymatic activity. Additionally, the topology of Xac0573 is similar to that to C2 domains, known in eukaryotes to bind lipids and calcium and to be involved in signaling processes mediated by lipid second messengers, membrane trafficking and membrane fusion mechanisms. Our results point to a new biological function of the C2 domain as an intracellular enzyme inhibitor in bacteria


Assuntos
Plantas , Solo , Xanthomonas/classificação , Sistemas de Secreção Tipo IV/análise , Reação em Cadeia da Polimerase/tendências , Biologia Molecular/classificação
18.
Biociencias ; 13(2018): 97-110, 2018. fig
Artigo em Espanhol | LILACS, COLNAL | ID: biblio-981189

RESUMO

Introducción:Las enfermedades del sistema circulatorio representan uno de los mayores problemas de salud pública a nivel mundial, nacional y regional. Elmecanismo patogénico que subyace esta patología es la aterosclerosis. Existenvarios factores que favorecen la etiopatogeniade la lesión aterosclerótica.Las infecciones, juegan un papel importante.La infección por el Virus del Herpes Simplexse ha considerado como un factor de riesgo emergente. Objetivo:Realizar diagnósticomolecular de infección porVirus Herpes Simplex tipo 1 y tipo 2en tejido aterosclerótico humano.Método:Se realizó extracción de ADN viral a partir de ateromas usando el kit comercial PureGenomeTM Tissue DNA Extraction.La amplificación delmaterial genético viralse realizó porPCR en tiempo real (qPCR) con el kit comercial "Human Herpes Virus 2 (Herpes simplex type 2)UL36 region genesig Standard Kit y Human Herpes Virus 1 (Herpes simplex type 1) Capsid assembly and DNA maturation gene. Genesig Standard Kit".Resultados:En total se obtuvieron 102 muestras de ateromas, extraídas de diferentes fuentes anatómicas. Tresmuestras resultaronpositivas para VHS tipo 1(3/102).Ninguna muestra evidenció material genético para VHS tipo 2 (0/102). Conclusión:La etiopatogenia de la aterosclerosis es un proceso altamente complejo.Los virus juegan un papel importante, en especial la infección por Virus del herpes simplex tipo 1. La infección por estevirus genera cambios a nivel de las células vasculares y no vasculares, favoreciendo el acumulo de lipoproteínas de baja densidad químicamente oxidadas, importantespara la aterogénesis


Introduction:Diseases of the circulatory system represent one of the greatest public health problems worldwide, nationally and regionally. The pathogenic mechanism that underlies this pathology is atherosclerosis. There are several factors that favor the etiopathogeny of the atherosclerotic lesion. Infections play an important role. Infection with Herpes Simplex Virus has been considered as an emerging risk factor. Objective: To perform molecular diagnosis of infection by Herpes Simplex virus type 1 and type 2 in human atherosclerotic tissue. Method:Viral DNA extraction was performed from atheromas using the commercial PureGenomeTM Tissue DNA Extraction kit. The amplification of the viral genetic material was performed by real-time PCR (qPCR) with the commercial kit "Human Herpes Virus 2 (Herpes simplex type 2) UL36 region genesig Standard Kit and Human Herpes Virus 1 (Herpes simplex type 1) Capsid assembly and DNA maturation gene Genesig Standard Kit ". Results:A total of 102 samples of atheromas were obtained, extracted from different anatomicalsources. Three samples were positive for HSV type 1 (3/102). No sample showed genetic material for HSV type 2 (0/102). Conclusion:The etiopathogenesis of atherosclerosis is a highly complex process. Viruses play an important role, especially the infection by Herpes simplex virus type 1. The infection by this virus generates changes at the level of vascular and non-vascular cells, favoring the accumulation of chemically oxidized low density lipoproteins, important for the atherogenesis


Assuntos
Humanos , Vírus , Herpes Zoster , Biologia Molecular
19.
São Paulo; s.n; s.n; 2018. 129 p. tab, ilus, graf.
Tese em Português | LILACS | ID: biblio-909457

RESUMO

Os sistemas de sinalização de dois componentes são sistemas prevalentes em bactérias, permitindo a adaptação a diferentes condições ambientais. O sistema de dois componentes classicamente possui uma proteína histidina quinase, o primeiro componente, capaz de reconhecer o estímulo ambiental e fosforilar o regulador de resposta, o segundo componente. Pseudomonas aeruginosa é uma proteobactéria ubíqua, capaz de infectar hospedeiros filogeneticamente distintos. Esse patógeno oportunista apresenta um dos maiores conjuntos de sistemas de dois componentes em bactérias, que permite que ela sobreviva numa grande gama de ambientes, incluindo humanos. P. aeruginosa UCBPP-PA14 apresenta pelo menos 64 histidina quinases e 76 reguladores de resposta codificados em seu genoma. Diversos sistemas de dois componentes já foram correlacionados com a virulência, sendo o sistema GacSA o exemplo melhor caracterizado. Há poucos estudos sistemáticos sobre o envolvimendo dos reguladores de resposta na virulência de P. aeruginosa e os sinais que induzem a ativação dos reguladores de resposta precisam ser encontrados. Para identificar novos reguladores de resposta envolvidos na patogenicidade, infecções in vitro em macrófagos e in vivo em Drosophila melanogaster foram realizadas neste trabalho. Os macrófagos foram infectados com cada mutante dos reguladores de resposta ou com a linhagem selvagem, e a produção da citocina pró-inflamatória TNF-α e o clearance bacteriano foram determinados. Alternativamente, as moscas foram infectadas utilizando-se a estratégia de feeding e a sobrevivência foi verificada. Utilizando-se essas abordagens, a identificação de diversos reguladores de resposta com papel na virulência foi alcançada, além de se corfirmar o papel de reguladores de resposta já estudados. Um dos novos genes envolvidos em virulência, PA14_26570 (nomeado neste trabalho de atvR), codifica um regulador de resposta atípico com substituição no aspartato fosforilável para glutamato, o que usualmente induz um estado sempre ativo. Um mutante não polar em atvR foi construído e macrófagos infectados com a linhagem ΔatvR confirmaram um maior clearance bacteriano e maior produção de TNF-α em comparação aos macrófagos infectados com a linhagem selvagem. Para comprovar a participação de AtvR durante a patogênese, um modelo de pneumonia aguda em camundongos foi utilizado. Camundongos infectados com a linhagem ΔatvR apresentaram uma maior sobrevivência em comparação aos camundongos infectados com a linhagem selvagem. Além disso, os camundongos infectados com ΔatvR apresentaram menor carga bacteriana, aumento no recrutamento de neutrófilos ativados e aumento na produção de citocinas pró-inflamatórias (TNF-α e IFN-γ). Utilizando-se uma abordagem transcritômica (RNA-Seq), foi determindo diversos genes são regulados positivamente na linhagem superexpressando AtvR em relação à linhagem controle. Dentre esses, os clusters de respiração anaeróbia nar, nir, nor e nos estão incluídos. Esse resultado foi confirmado por qRT-PCR e análises fenotípicas, em que a linhagem ΔatvR apresentou menor crescimento e expressão da nitrato redutase durante condições de hipóxia em comparação à linhagem selvagem. Em suma, neste trabalho foi demonstrado que diversos reguladores de resposta são importantes para a virulência de P. aeruginosa em macrófagos in vitro e in vivo em Drosophila, além de caracterizar o regulador de resposta atípico AtvR, que regula a respiração anaeróbica por desnitrificação, permitindo que P. aeruginosa possa infectar e colonizar o hospedeiro com maior eficiência


Two-component systems are widespread in bacteria, allowing the adaptation to environmental changes. A two-component system is classically composed by a sensor kinase that phosphorylates a cognate response regulator. Pseudomonas aeruginosa is a ubiquitous proteobacterium able to cause disease in several hosts. This opportunistic pathogen presents one of the largest sets of two-component systems known in bacteria, which certainly contributes to its ability to thrive in a wide range of environmental settings, including humans. P. aeruginosa UCBPP-PA14 genome codes for at least 64 sensor kinases and 76 response regulators. Some response regulators are already known to be related to virulence, with the GacSA system as the best characterized. There are no systematic studies about the involvement of P. aeruginosa response regulators in virulence. Moreover, the input signal that triggers the response regulator activation is yet to be uncovered for most systems. To find new response regulators involved in virulence, in vitro infections werecarried out using macrophages. Briefly, the macrophages were infected with each response regulator mutant or the wild-type strain, the pro-inflammatory cytokine production (TNF-α) and the bacterial clearance were evaluated. Using this approach, we identified several response regulators involved in virulence, and we also confirmed the involvement of known response regulators in this process. One of the novel virulence-related response regulators, PA14_26570 (named here as AtvR), is an atypical response regulator with a substitution in the phosphorylable aspartate to glutamate, that usually leads to an always-on state. A non-polar mutant was constructed, and macrophage infection with ΔatvR confirmed an increased bacterial clearance as well as a higher TNF-α production as compared to the wild-type strain. To ascertain the role of AtvR during the pathogenic process, an acute pneumonia model was used. Mice infected with ΔatvR showed an increased survival as compared to mice infected with the wildtype strain. In addition, ΔatvR infected mice showed reduced bacterial burden, increased neutrophil recruitment and activation, as well as increased pro-inflammatory cytokine production (TNF-α and IFN-γ). Also, using a transcriptomic approach (RNASeq), we showed that several genes were upregulated in the strain overexpressing AtvR. These genes include the anaerobic respiration clusters nar, nir, nor and nos. This result was confirmed by qRT-PCR and phenotypic analysis, in which ΔatvR showed reduced growth and nitrate reductase expression during hypoxic conditions as compared to the wild-type strain. In conclusion, we have demonstrated that several response regulators are important for P. aeruginosa virulence in vitro. In addition, we further characterized the atypical response regulator AtvR, which regulates anaerobic respiration via denitrification, allowing this bacterium to infect and colonize the host more efficiently


Assuntos
Pseudomonas aeruginosa/classificação , Virulência , Desnitrificação , Regulação da Expressão Gênica , Hipóxia/classificação , Macrófagos/química , Biologia Molecular/métodos , Elementos de Resposta
20.
Acta bioquím. clín. latinoam ; 51(4): 621-628, dic. 2017. ilus, graf, tab
Artigo em Espanhol | LILACS | ID: biblio-886144

RESUMO

El cáncer de mama (CM) es una de las principales causas de muerte en México. Se ha observado un incremento en la incidencia de éste en mujeres de 15-29 años. A fin de comprender las causas en el desarrollo del CM, se pretendió buscar la asociación entre los genes/enfermedad empleando técnicas de Biología Molecular. Se analizaron, por genómica funcional, 50 biopsias frescas de pacientes con CM (BFCM), 50 biopsias embebidas en parafina de CM (BEPCM) y 10 biopsias frescas de pacientes con sospecha de CM (BFSC), obtenidas de mujeres que residen en Coahuila, México. Las muestras proteicas se cuantificaron y se resolvieron en geles de poliacrilamida dodecil sulfato de sodio (SDS-PAGE) y en dos dimensiones (2-DE). El perfil proteico de las BFCM, BEPCM versus BFSC mostró diferencias entre las bandas peptídicas observadas en los geles. Aquellos péptidos que se diferenciaron por su expresión fueron analizados por cromatografía líquida acoplada a masas en tándem (LC/ MS/MS). Las huellas peptídicas obtenidas, a su vez, se analizaron por medio del banco de genes (PubMed). Se encontraron, en las muestras de cáncer, proteínas asociadas a migración celular, supresión de tumores, estrés oxidativo y choque térmico. Por último, estos hallazgos se confirmaron empleando inmuno-electro transferencia o Western blot (WB) con anticuerpos contra vimentina.


Breast cancer (BC) is one of the leading causes of death in Mexico. Moreover, BC is the main cause of death in women between 15-29 years old in northern Mexico. Proteomic techniques have been used in order to achieve a better understanding of the genes involved in the development of BC. The proteins in BC extracted from 50 fresh breast cancer tissues (FBCT), 50 paraffin embedded breast cancer tissues (PEBCT) and 10 biopsies from women suspected of cancer (SC), residing in Coahuila, Mexico were analyzed in this paper. The quantity of protein extracted was similar in both samples FBCT and PEBCT. However, protein quality was lower in PEBCT than FBCT. Subsequently, these proteins were resolved in SDS-PAGE and 2DE. Differences were noticed in protein profile and all those suspect proteins were analyzed by LC/MS/MS. Amino acidic fingerprint allowed for the identification of peptides associated with a) cell migration, b) tumor suppression, c) oxidative stress or heat shock.


O câncer da mama (CM) é uma das principais causas de morte no México. Observou-se um aumento na incidência desse câncer em mulheres entre os 15-29 anos de idade. Para compreender as causas do desenvolvimento de CM, visou-se encontrar a associação entre os genes/doença utilizando técnicas de Biologia molecular. Analisaram-se por genômica funcional, 50 biópsias frescas de pacientes com CM (BFCM), 50 biópsias embebidas em parafina (BEPCM) e 10 biópsias frescas de pacientes com suspeita de CM (BFSC), obtidas de mulheres residentes em Coahuila, México. As amostras de proteínas foram quantificadas e separadas em géis de poliacrilamida dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE) e em duas dimensões (2-DE). O perfil proteico das BFCM, BEPCM comparado com BFSC mostrou diferenças entre as bandas peptídicas observadas nos géis. Esses peptídeos que diferem em sua expressão foram analisados por cromatografia líquida acoplada a massas em tandem (LC/MS/MS). As pegadas peptídicas obtidas, por sua vez, foram analisadas utilizando o banco de genes (PubMed). Verificaram-se nas amostras de câncer, proteínas associadas à migração celular, supressão de tumores, estresse oxidativo e choque térmico. Finalmente, estes achados foram confirmados utilizando a imuno-eletro transferência ou Western Blot (WB) com anticorpos contra vimentina.


Assuntos
Humanos , Feminino , Biomarcadores/química , Neoplasias da Mama , Peptídeos/genética , Cromatografia Líquida/métodos , Espectrometria de Massas/métodos , Biologia Molecular , Proteômica
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