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1.
Electron. j. biotechnol ; 43: 23-31, Jan. 2020. ilus, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1087514

RESUMO

Background: Hong Qu glutinous rice wine (HQGRW) is brewed under non-aseptic fermentation conditions, so it usually has a relatively high total acid content. The aim of this study was to investigate the dynamics of the bacterial communities and total acid during the fermentation of HQGRW and elucidate the correlation between total acid and bacterial communities. Results: The results showed that the period of rapid acid increase during fermentation occurred at the early stage of fermentation. There was a negative response between total acid increase and the rate of increase in alcohol during the early fermentation stage. Bacterial community analysis using high-throughput sequencing technology was found that the dominant bacterial communities changed during the traditional fermentation of HQGRW. Both principal component analysis (PCA) and hierarchical clustering analysis revealed that there was a great difference between the bacterial communities of Hong Qu starter and those identified during the fermentation process. Furthermore, the key bacteria likely to be associated with total acid were identified by Spearman's correlation analysis. Lactobacillus, unclassified Lactobacillaceae, and Pediococcus were found, which can make significant contributions to the total acid development (| r| N 0.6 with FDR adjusted P b 0.05), establishing that these bacteria can associate closely with the total acid of rice wine. Conclusions: This was the first study to investigate the correlation between bacterial communities and total acid during the fermentation of HQGRW. These findings may be helpful in the development of a set of fermentation techniques for controlling total acid.


Assuntos
Bactérias/isolamento & purificação , Vinho/microbiologia , Pediococcus/isolamento & purificação , Pediococcus/genética , Pediococcus/metabolismo , Fatores de Tempo , Acetobacter/isolamento & purificação , Acetobacter/genética , Acetobacter/metabolismo , Análise por Conglomerados , Análise de Sequência , Biologia Computacional , Análise de Componente Principal , Fermentação , Microbiota , Concentração de Íons de Hidrogênio , Lactobacillus/isolamento & purificação , Lactobacillus/genética , Lactobacillus/metabolismo
2.
Vitae (Medellín) ; 27(1): 1-9, 2020. Ilustraciones
Artigo em Inglês | LILACS, COLNAL | ID: biblio-1119013

RESUMO

Background: Lactic Acid Bacteria (LAB) are of special interest in the food industry due to their ability to produce metabolites. Among them, bacteriocins, which can inhibit the growth of altering microorganisms, and pathogens in a wide variety of foods, are considered safe for human consumption and are used as preservatives. Objectives: Evaluate the effect of a bacteriocin found by in silico methods on the microbiota present in Antioquian soft cheese. Methods: In this research, we design a synthetic bacteriocin, called Bac 22, found in the genome of Lactobacillus casei using the genomic mining methodology and bioinformatics tools. We also conducted a preliminary biological and hemolytic activities studies of the Bac 22 toward the microbiota present in the Antioquian soft cheese (Quesito Antioqueño). Results: The bacteriocin Bac 22 at a concentration of 100 µM presented a hemolytic capacity lower than 1% and reduced the CFU / g of total coliforms significantly when added to Antioquian soft cheese for eight days. Conclusions: The Bac 22 demonstrated a positive potential effect over the shelf life of a dairy product, such as the Antioquian soft cheese.


Antecedentes: Las Bacterias Ácido Lácticas (BAL) son de especial interés para la industria alimentaria por su capacidad de producir metabolitos entre ellos, las bacteriocinas que inhiben el crecimiento de microorganismos alterantes y de patógenos en una amplia variedad de alimentos, se consideran seguras para el consumo humano y son utilizadas como conservantes. Objetivo: Se evaluó el efecto de una bacteriocina encontrada por métodos in silico sobre la microbiota presente en Quesito Antioqueño. Métodos: se evaluó la actividad hemolítica de Bac 22, una bacteriocina sintética encontrada en el genoma de Lactobacillus casei a partir de minería genómica y de herramientas bioinformáticas, y se realizó un estudio preliminar de la actividad biológica de Bac 22 sobre la microbiota presente en el Quesito Antioqueño. Resultados: Bac 22 a una concentración de 100 µM presentó una capacidad hemolítica menor al 1%, y redujo significativamente el número de UFC/g en coliformes totales al adicionarse en el Quesito Antioqueño durante ocho días. Conclusiones: Bac 22 muestra un efecto potencial sobre la vida útil del mismo.


Assuntos
Lactobacillus casei , Anti-Infecciosos , Peptídeos , Bacteriocinas , Queijo , Biologia Computacional
3.
Electron. j. biotechnol ; 41: 37-47, sept. 2019. tab, graf, ilus
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1087161

RESUMO

Background: Circular RNAs, a novel class in the eukaryotic transcriptome, are characterized by the 3' and 5' ends that are covalently joined in a covalently closed loop without free ends. Circular RNAs are considerably stable molecules and act as microRNA sponges with regulatory potential to the protein-coding genes. Results: Eight circular RNAs were found to be significantly upregulated at anagen skin tissue of cashmere goat compared with their counterparts at telogen. Rich and complex regulatory patterns were revealed among the eight upregulated circular RNAs at anagen and related miRNAs with their potential regulatory genes. The potential regulatory genes of eight upregulated circular RNAs at anagen were involved in several pathways related to the main physiological process of hair follicle, such as histone acetylation and axon. For chi_circ_1926, chi_circ_3541, chi_circ_0483, chi_circ_3196, and chi_circ_2092, overall, the relative expression in secondary hair follicle exhibited highly similar trends with their corresponding host genes during the different stages of the hair follicle cycle. However, the expression trends of chi_circ_0100, chi_circ_2829, and chi_circ_1967 were found to diverge from their corresponding host genes during the different stages of the hair follicle cycle. Conclusions: A total of eighteen circular RNAs were identified and characterized from skin tissue of cashmere goat. The eight upregulated circular RNAs at anagen might have significant roles in the secondary hair follicle of cashmere goat. Our results would provide a novel regulatory layer to elucidate the molecular mechanisms underlying the development of secondary hair follicle and the growth of cashmere fiber in cashmere goat.


Assuntos
Animais , Cabras/genética , Folículo Piloso/crescimento & desenvolvimento , RNA Circular/genética , Pele , Expressão Gênica , Biologia Computacional , MicroRNAs , Células Eucarióticas , Redes Reguladoras de Genes , Transcriptoma , RNA Circular/metabolismo
4.
Rev. patol. trop ; 48(3): 135-147, 2019.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1096642

RESUMO

Molecular biology looks for evidence that microRNA (miRNAs) plays a relevant function both in the beginning and advanced stages of hepatic fibrosis (HF), and has been proposed as an additional biomarker for HF forecasting in carriers of hepatitis C virus (HCV) infection. The purpose of this study was to develop an in silico modeling of the two-dimensional (2D) molecular structure of miRNA markers for HF in carriers of HCV. A search was initially performed for the nucleotide sequence of 6 miRNAs defined as biomarkers for HF, performing a computational simulation of the molecular structure of the following miRNAs: miRNA-182, miRNA-183, miRNA-1260b, miRNA-122-3p, miRNA-378i, and miRNA-214-5p. The nucleotide sequences were chosen in the GenBank of the American National Institutes of Health genetic sequence database. The nucleotide sequence alignment was carried out with a text-based format (FASTA) tool. In the molecular modeling, the structures were built with the RNAstructure, a completely automated miRNAs structure modelling server, available through Web Servers for RNA Secondary Structure Prediction. This study presented the nucleotide sequence and the computational simulation of molecular structures for the following miRNA: miRNA-182, miRNA-183, miRNA-1260b, miRNA-122-3p, miRNA-378i, and miRNA-214- 5p. The molecular structure of miRNAs markers for HF in HCV carriers, through computational biology, is essential for designing more efficient optional tools for accurate treatment.


Assuntos
Hepatite C , Biologia Computacional , MicroRNAs , Cirrose Hepática
5.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 114: e180465, 2019. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-984757

RESUMO

BACKGROUND Owing to increased spending on pharmaceuticals since 2010, discussions about rising costs for the development of new medical technologies have been focused on the pharmaceutical industry. Computational techniques have been developed to reduce costs associated with new drug development. Among these techniques, virtual high-throughput screening (vHTS) can contribute to the drug discovery process by providing tools to search for new drugs with the ability to bind a specific molecular target. OBJECTIVES In this context, Brazilian malaria molecular targets (BraMMT) was generated to execute vHTS experiments on selected molecular targets of Plasmodium falciparum. METHODS In this study, 35 molecular targets of P. falciparum were built and evaluated against known antimalarial compounds. FINDINGS As a result, it could predict the correct molecular target of market drugs, such as artemisinin. In addition, our findings suggested a new pharmacological mechanism for quinine, which includes inhibition of falcipain-II and a potential new antimalarial candidate, clioquinol. MAIN CONCLUSIONS The BraMMT is available to perform vHTS experiments using OCTOPUS or Raccoon software to improve the search for new antimalarial compounds. It can be retrieved from www.drugdiscovery.com.br or download of Supplementary data.


Assuntos
Humanos , Biologia Computacional/organização & administração , Simulação de Acoplamento Molecular , Desenho de Fármacos
6.
Rio de Janeiro; s.n; 2019. x, 107 p. ilus.
Tese em Português | LILACS | ID: biblio-1049926

RESUMO

A leishmaniose é um problema de saúde pública em diversas partes do mundo, devido a sua ampla distribuição e alta prevalência. Os principais fatores de risco resultantes de processos sociais, econômicos e ambientais facilitam a transmissão e dificultam seu controle. A infecção causada por parasitas do gênero Leishmania pode causar no ser humano um conjunto de sintomas. O tratamento atualmente empregado é extremamente tóxico, pode produzir resistência e possui alto custo para o paciente, o que limita a sua utilização em áreas endêmicas. Desta forma, é de grande relevância a identificação de novos alvos terapêuticos com importância crítica na sobrevivência do parasito visando ao desenvolvimento de novos fármacos mais eficazes e menos agressivos para os seres humanos. Neste contexto, a enzima fumarato hidratase (FH) surge como um alvo molecular promissor, uma vez que a FH de L. major e de H. sapiens são consideradas análogas funcionais


Estudos recentes mostram a importância desta enzima para a viabilidade dos parasitos, o que a torna um alvo potencial para o planejamento de compostos com ação leishmanicida. O mecanismo de ação dessa enzima no parasito é diferente da atividade no organismo humano e, sua inibição prejudicaria os processos essenciais para a sobrevivência do parasito. A comparação entre as sequências da fumarato hidratase de classe I entre algumas espécies do gênero Leishmania apontou que os resíduos do sítio catalítico permanecem totalmente conservados, o que sugere a possível inibição da enzima para várias espécies desse gênero. A análise da estrutura da enzima do parasita e do hospedeiro mostrou diferenças nos resíduos catalíticos envolvidos na reação, reforçando a ideia de uma possível inibição específica. (AU)


Assuntos
Humanos , Leishmaniose , Leishmania major , Biologia Computacional , Fumarato Hidratase
7.
São Paulo; s.n; s.n; 2019. 48 p. tab, graf, ilus.
Tese em Português | LILACS | ID: biblio-1049502

RESUMO

Biofármacos e produtos imunobiológicos representam uma parcela significativa no mercado farmacêutico global. Cerca de 400 milhões de pessoas em todo o mundo dependem desses produtos e, muitas vezes, necessitarão delas para o resto de suas vidas. Até o momento, a tecnologia convencional para síntese dessas proteínas recombinantes é a expressão baseada em células. Porém, este sistema está frequentemente associado a problemas como a degradação da proteína-alvo devido à presença de nucleases e proteases, agregação com formação de corpos de inclusão e perda de molde de DNA. A plataforma de síntese proteica livre de células (do inglês Cell-Free Protein Synthesis ou CFPS) tem surgido como uma alternativa à expressão baseada em célula, permitindo a síntese de diversas proteínas, inclusive as de difícil expressão, na forma solúvel, em elevado rendimento e com capacidade de escalonamento. Este estudo buscou sintetizar a proteína interferon-ß1b humano recombinante (rhINF-ß1b) no sistema CFPS. Através de um trabalho de bioinformática, otimizou-se a sequência nucleotídica da proteína para expressão em lisado de E. coli e construiu-se um vetor de expressão linear, contendo promotor T7, RBS, região codificadora e um terminador T7. O sistema CFPS aceita molde de DNA no formato linear, que possui a vantagem de agilidade na preparação, sem a necessidade das etapas de clonagem, transformação, cultivo, extração e purificação do DNA. Também foi testado a expressão em DNA plasmidial, em que o gene do IFN foi clonado em vetor TOPO-TA Cloning. Para comparar os níveis de expressão foi utilizado esses mesmos vetores no sistema baseado em célula, com cepas de BL21(DE3) e Rosetta(DE3). Apesar da proteína de interesse não ter sido sintetizada com sucesso no sistema CFPS, foram dados alguns passos importantes para atingir este objetivo. No futuro, uma das prioridades é padronizar um sistema livre de células do laboratório capaz de fornecer um elevado rendimento para síntese de proteínas


Biopharmaceutical and immunobiological products represent a growing share of the global pharmaceutical market. Around 400 million people worldwide are dependent of such proteins and, often, they are going to need for the rest of their lives. So far, the most employed biopharmaceutical production technology is cell-based expression. However, this system is usually associated with problems such as degradation of proteins due to the presence of endogenous nucleases or proteases, aggregation with inclusion bodies formation and loss of DNA template. Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) platform has emerged as an alternative to cell-based expression, allowing synthesis of many types of proteins, including difficult-to-express proteins, proteins in soluble form, in high yield and possibility to scale up or down the process. This work sought to synthesize recombinant human interferon-ß1b (rhINF-ß1b) in CFPS system. Through a bioinformatics study, a nucleotide sequence of the target protein was optimized for expression in E. coli lysate and a linear DNA template was designed, containing a T7 promoter, a RBS, a coding sequence and a T7 terminator. The CFPS system accepts linear template DNA, which has the advantage of agility in the preparation, without the need for the steps of cloning, transformation, cultivation, extraction and purification of DNA template. Expression in plasmid DNA was also tested, wherein the IFN gene was cloned into TOPO-TA Cloning vector. To compare expression levels, the same vectors were used in the cell-based system with BL21 (DE3) and Rosetta (DE3) strains. Although the protein of interest was not successfully synthesized in the CFPS system, some important steps were taken to achieve this goal. In the future, one of the priorities is to standardize the lysate preparation for a high throughput protein production


Assuntos
Proteínas Recombinantes/análise , Biologia Computacional/instrumentação , Interferon beta-1b/análise , Células , Escherichia coli
8.
Clin. biomed. res ; 39(1): 89-96, 2019.
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-1026207

RESUMO

A Doença Mista do Tecido Conjuntivo (DMTC) é uma doença autoimune crônica composta por um misto de quatro doenças: Lúpus Eritematoso Sistêmico, Esclerose Sistêmica, Dermatomiosite/Polimiosite e Artrite Reumatoide. Por se tratar de uma combinação de doenças autoimunes o diagnóstico é bastante complexo. Atualmente existem quatro combinações sugeridas por diferentes autores para a realização de um diagnóstico preciso, são eles: Kasukawa, Alarcón-Segovia e Villareal, Kahn e Appeboom e Sharp. Desde a sua descoberta em 1972 por Sharp, passaram-se 46 anos e desta forma o objetivo desta revisão foi verificar a evolução do diagnóstico da DMTC desde a sua descoberta até a atualidade. Para isso utilizou-se sites de busca PUBMED e SCIELO. Por se tratar de uma doença autoimune que leva ao desenvolvimento de um quadro inflamatório crônico utilizou-se a ferramenta STRING que permite a análise da interação de proteínas. Até a presente data, não existe um consenso de qual critério deve ser usado para o diagnóstico correto e eficiente desta doença. A baixa relação de interações observadas a partir da ferramenta STRING demonstra que ainda não existem dados suficientes na literatura para que a ligação entre proteínas marcadoras e a DTMC possa ser estabelecida. (AU)


Mixed connective tissue disease (MCTD) is a chronic autoimmune disorder consisting of a mixture of four diseases: systemic lupus erythematosus, systemic sclerosis, dermatomyositis/polymyositis, and rheumatoid arthritis. Because it is a combination of different autoimmune disorders its diagnosis is quite complex. Currently there are four combinations suggested by the following authors to establish an accurate diagnosis: Kasukawa, Alarcón-Segovia & Villareal, Kahn, and Appeboom & Sharp. It has been 46 years since Sharp reported the disease in 1972 and thus the purpose of this review was to investigate the evolution of the diagnosis of MCTD since then. PubMed and SciELO databases were used for this investigation. Because MCTD is an autoimmune disease that leads to the development of a chronic inflammatory condition, the STRING tool was used to allow the analysis of protein interaction. To date, there is no consensus as to what criterion should be used for a correct and efficient diagnosis of this disease. The low ratio of interactions observed from the STRING tool demonstrates that there is not yet enough data in the literature for establishing the binding between marker proteins and MCTD. (AU)


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Doença Mista do Tecido Conjuntivo/diagnóstico , Doença Mista do Tecido Conjuntivo/genética , Anticorpos Antinucleares/genética , Anticorpos Antinucleares/sangue , Biologia Computacional/métodos
9.
São Paulo; s.n; s.n; 2019. 108 p. ilus, graf, tab.
Tese em Português | LILACS | ID: biblio-1008521

RESUMO

Os inibidores de BRAF (iBRAFs) e de MEK (iMEK), inauguraram uma nova classe de medicamentos, a terapia direcionada, no combate ao melanoma metastático. Entretanto, os pacientes adquirem resistência ao tratamento em poucos meses. Além disso, a imunoterapia vem ganhando espaço no tratamento do câncer, incluindo o melanoma, porém, com alguns aspectos inexplorados. Dentro deste tema, a enzima IDO vem despertando um grande interesse pela participação nos mecanismos de imunotolerância, imunoescape e progressão tumoral. A IDO é responsável pelo consumo e depleção do triptofano, produzindo a quinurenina. Ela está presente em diversos tipos celulares, incluindo células do sistema imune e células tumorais. Este trabalho objetivou avaliar a expressão de IDO durante a progressão da doença - desde do nevo até o melanoma metastático e também avaliar a regulação de IDO induzido por IFN-γ após tratamento com iBRAF em linhagens parentais e resistentes ao iBRAF, buscando-se os mecanismos moleculares. Por fim, objetivou-se entender os efeitos do 1-metil-triptofano (1-MT), um inibidor de IDO, tanto na sua capacidade de inibir a atividade de IDO quanto na sua influência na capacidade clonogênica. O estudo de bioinformática sobre o repositório público GSE12391 mostrou que o nível de expressão gênica de IDO foi superior nos estágios mais avançado da doença. Além disso, todas amostras de melanoma primário de pacientes apresentaram a imunomarcação de IDO, enquanto que nenhuma amostra de nevo apresentou tal marcação. Adicionalmente, a ocorrência de IDO se deu nos infiltrados linfoides, em células mononucleares do sistema imune. Duas análises de bioinformática de expressão gênica demonstraram que a IDO estava expressa positivamente na fase de resistência ao iBRAF. Ademais, os resultados de expressão proteica mostraram que a inibição de via MAPK (tanto por iBRAF quanto por iMEK) conseguiu modular a expressão de IDO, sendo que a maioria das linhagens apresentou uma diminuição de IDO. A atividade de IDO, medida através da produção de quinurenina, por HPLC se mostrou em consonância com os resultados de expressão proteica, exceto pela linhagem WM164 que não apresentou atividade enzimática, embora a proteína estivesse presente. Por fim, o 1-MT conseguiu inibir de maneira eficiente a enzima IDO, bloqueando a produção de quinurenina. Além de que, o 1-MT reduziu a capacidade clonogênica de maneira dose-dependente. Portanto, conclui-se que a expressão de IDO é crescente conforme a progressão do melanoma, que a inibição da via MAPK regulou a expressão de IDO e que o 1-MT reduz a capacidade clonogênica, além da sua função primária de inibir IDO


BRAF and MEK inhibitors (BRAFi and MEKi) has launched a new class of medication, the target therapy, to combat metastatic melanoma. Nevertheless, patients acquired resistance to the treatment in few months. Additionally, immunotherapy has been gaining space in cancer treatment, including melanoma, but some aspects need to be explored. Inside this theme, IDO enzyme has called the attention due to its participation in the mechanisms of immune tolerance, scape and tumor progression. IDO is responsible for tryptophan consume e depletion, producing kynurenine. It is present in different cells, including cells from immune system and tumor cells. This work purposed evaluate IDO expression during disease progression - since nevus until metastatic melanoma and also, evaluate IFN-γ-induced IDO regulation after BRAFi treatment in parental and resistant melanoma cell lines, seeking the molecular mechanisms. Lastly, it was evaluated the effects of 1-methyltryptopahn (1-MT), an IDO inhibitor, by its ability to inhibit IDO and also by its influency on the clonogenic capability. Bioinformatic study performed on GSE12391 showed that gene expression level of IDO was superior in the most advanced stages of the disease. Additionally, all sample of patient's primary melanoma presented IDO immunostaining, whereas, no nevus samples presented such staining. Besides, IDO occurrence was in the lymphoid infiltrates, in mononuclear cells from immune system. Two bioinformatic analysis of gene expression demonstrated that IDO was differentially overexpressed during BRAFi resistance stage. Moreover, protein expression results presented that MAPK pathway inhibition (both by BRAFi and by MEKy) was able to modulate IDO expression, and most of the cell lines presented an IDO downregulation. IDO activity, measured through kynurenine production, by HPLC was consonant with protein expression results, except by WM164 cell line, which did not present enzymatic activity, albeit the protein was present. By the end, 1-MT could inhibit efficiently IDO enzyme, blocking kynurenine production. Furthermore, 1-MT reduced clonogenic capability in a dosedependent manner. Therefore, it was concluded that IDO expression increases along with melanoma progression, MAPK pathway inhibition regulated IDO expression and 1-MT reduced clonogenic capability, besides its primary function of IDO inhibitor


Assuntos
Progressão da Doença , Indolamina-Pirrol 2,3,-Dioxigenase/análise , Melanoma/prevenção & controle , Biologia Computacional/instrumentação , Proteínas Quinases Ativadas por Mitógeno/análise
10.
Ciênc. cogn ; 23(2): 255-262, dez. 2018.
Artigo em Português | LILACS, Index Psicologia - Periódicos técnico-científicos | ID: biblio-1021253

RESUMO

Resenha crítica da obra de Andy Clark: "Surfing Uncertainty: Prediction, Action and the Embodied Mind". Publicado, em 2015, pela Oxford University Press.


Critic review of Andy Clark's book: "Surfing Uncertainty: Prediction, Action and the Embodied Mind". Published by Oxford University Press, 2015.


Assuntos
Cérebro , Biologia Computacional
11.
Biosci. j. (Online) ; 34(5): 1379-1391, sept./oct. 2018.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-967330

RESUMO

To characterize the structure and function of ribosomal protein S13 (RPS13), we identified fulllength open reading frames (ORFs) of three RPS13 genes (RPS13-1, RPS13-2, and RPS13-3) of the Chinese medicinal plant, Sophora flavescens. The target genes were amplified by reverse transcription-olymerase chain reaction (RT-PCR), ligated into the pET22b(+) vector, and then transformed into Escherichia coli BL21 competent cells for protein expression. The physicochemical properties, protein motif, evolution, and structural organization of the three RPS13 genes were analyzed using bioinformatics tools. The full-length ORFs (453 bp) of the three RPS13 genes of S. flavescens were cloned, and each encodes a protein of 151 amino acids in length, and their expression was detected by Western blotting. Bioinformatics analysis showed that RPS13s are stable proteins that are closely related to the 40S RPS13s of Vigna radiate var. radiate. Their three-dimensional structures included three -helices at the C-terminal and four -helices at the N-terminal, and the two clusters of helices were connected by a long random coil, which may help maintain the dynamic bridging interactions between the large and small subunits of the ribosome. The full-length ORFs of three RPS13 genes of S. flavescens were successfully cloned and expressed in vitro. The study of the physicochemical properties, evolution, and secondary and three-dimensional structures of the three proteins will provide the theoretical basis for further studies on the function of RPS13s in plants.


Objetivo: Para caracterizar a estrutura e a função da proteína ribossomal S13 (RPS13), identificamos fases de leitura abertas (ORFs) completas de três genes RPS13 (RPS13-1, RPS13-2 e RPS13-3) da planta medicinal chinesa, Sophora flavescens. Métodos: Os genes alvo foram amplificados por reação em cadeia da polimerase por transcrição reversa (RT-PCR), ligados ao vetor pET22b(+), e então transformados em células competentes de Escherichia coli BL21 para expressão protéica. As propriedades físico-químicas, o motivo protéico, a evolução e a organização estrutural dos três genes RPS13 foram analisados utilizando ferramentas de bioinformática. Resultados: ORFs completos (453 pb) dos três genes RPS13 de S. flavescens foram clonados, e cada um codifica uma proteína de 151 aminoácidos de comprimento, e sua expressão foi detectada por western blotting. A análise de bioinformática mostrou que as RPS13s são proteínas estáveis que estão intimamente relacionadas com as 40S RPS13s de Vigna radiata var. radiate. Suas estruturas tridimensionais incluíam três -hélices no C-terminal e quatro -hélices no N-terminal, e os dois aglomerados de hélices eram conectados por uma longa bobina aleatória, o que pode ajudar a manter as interações de ponte dinâmicas entre o subunidades grandes e pequenas do ribossomo. Conclusões: As ORFs completas de três genes RPS13 de S. flavescens foram clonadas e expressas com sucesso in vitro. O estudo das propriedades físico-químicas, evolução e estruturas secundárias e tridimensionais das três proteínas fornecerão a base teórica para estudos adicionais sobre a função das RPS13s em plantas.


Assuntos
Biologia Computacional , Sophora , Transcrição Reversa , Escherichia coli , Genes
12.
Rev. méd. hondur ; 86(1/2): 75-85, ene-. jul. 2018.
Artigo em Espanhol | LILACS | ID: biblio-1008685

RESUMO

A lo largo de los últimos dos siglos la medicina se vio nutrida con los descubrimientos bioquímicos que impulsaron el entendimiento de los mecanismos isiopatológicos y facilitó el desarrollo de la terapéutica. En cambio, en el presente siglo entramos a la era de la genómica y del "big data", por lo que el estudio de las funciones del ADN como dispositivo de almacenamiento de información es esencial para la comprensión de la nueva medicina genómica personalizada, de precisión. En la presente revisión, se analiza el ADN como un dispositivo informático con tres funciones: almacenamiento, expresión y transmisión de la información acumulada a lo largo de la ilogenia en forma de secuencias de nucleótidos. Se describe cada una de estas funciones comparándolas con la información manejada por una computadora o una sociedad, y se brindan ejemplos de patologías que surgen ante el fallo de alguna de las funciones. La revisión bibliográica es amplia e incluye los artículos más relevantes, tanto históricos como del estado del arte, correspondientes a cada tema...(AU)


Assuntos
Humanos , Sequências Reguladoras de Ácido Nucleico , Biologia Computacional , Doenças Genéticas Inatas , Genômica , Genética Médica
13.
Braz. j. microbiol ; 49(2): 210-211, Apr.-June 2018.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889231

RESUMO

Abstract Paraburkholderia tropica (syn Burkholderia tropica) are nitrogen-fixing bacteria commonly found in sugarcane. The Paraburkholderia tropica strain Ppe8 is part of the sugarcane inoculant consortium that has a beneficial effect on yield. Here, we report a draft genome sequence of this strain elucidating the mechanisms involved in its interaction mainly with Poaceae. A genome size of approximately 8.75 Mb containing 7844 protein coding genes distributed in 526 subsystems was de novo assembled with ABySS and annotated by RAST. Genes related to the nitrogen fixation process, the secretion systems (I, II, III, IV, and VI), and related to a variety of metabolic traits, such as metabolism of carbohydrates, amino acids, vitamins, and proteins, were detected, suggesting a broad metabolic capacity and possible adaptation to plant association.


Assuntos
Genoma Bacteriano , Burkholderiaceae/genética , Endófitos/genética , Proteínas de Bactérias/genética , Análise de Sequência de DNA , Biologia Computacional , Saccharum/microbiologia , Burkholderiaceae/isolamento & purificação , Redes e Vias Metabólicas/genética , Anotação de Sequência Molecular , Endófitos/isolamento & purificação
14.
Braz. j. microbiol ; 49(2): 207-209, Apr.-June 2018. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889240

RESUMO

Abstract Streptomycetes remain as one of the important sources for bioactive products. Isolated from the mangrove forest, Streptomyces gilvigriseus MUSC 26T was previously characterised as a novel streptomycete. The high quality draft genome of MUSC 26T contained 5,213,277 bp with G + C content of 73.0%. Through genome mining, several gene clusters associated with secondary metabolites production were revealed in the genome of MUSC 26T. These findings call for further investigations into the potential exploitation of the strain for production of pharmaceutically important compounds.


Assuntos
Streptomyces/genética , Genoma Bacteriano , Microbiologia Ambiental , Streptomyces/isolamento & purificação , Composição de Bases , Produtos Biológicos/metabolismo , Análise de Sequência de DNA , Biologia Computacional , Áreas Alagadas , Redes e Vias Metabólicas/genética , Metabolismo Secundário
15.
Braz. j. microbiol ; 49(2): 429-442, Apr.-June 2018. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889226

RESUMO

Abstract Bacteria are important sources of cellulases with various industrial and biotechnological applications. In view of this, a non-hemolytic bacterial strain, tolerant to various environmental pollutants (heavy metals and organic solvents), showing high cellulolytic index (7.89) was isolated from cattle shed soil and identified as Bacillus sp. SV1 (99.27% pairwise similarity with Bacillus korlensis). Extracellular cellulases showed the presence of endoglucanase, total cellulase and β-glucosidase activities. Cellulase production was induced in presence of cellulose (3.3 times CMCase, 2.9 times FPase and 2.1 times β-glucosidase), and enhanced (115.1% CMCase) by low-cost corn steep solids. An in silico investigation of endoglucanase (EC 3.2.1.4) protein sequences of three Bacillus spp. as query, revealed their similarities with members of nine bacterial phyla and to Eukaryota (represented by Arthropoda and Nematoda), and also highlighted of a convergent and divergent evolution from other enzymes of different substrate [(1,3)-linked beta-d-glucans, xylan and chitosan] specificities. Characteristic conserved signature indels were observed among members of Actinobacteria (7 aa insert) and Firmicutes (9 aa insert) that served as a potential tool in support of their relatedness in phylogenetic trees.


Assuntos
Animais , Bovinos , Bacillus/enzimologia , Celulase/genética , Celulase/metabolismo , Evolução Molecular , Bacillus/crescimento & desenvolvimento , Bacillus/isolamento & purificação , Celulose/metabolismo , Biologia Computacional , Fezes/microbiologia , Regulação Bacteriana da Expressão Gênica , Regulação Enzimológica da Expressão Gênica , Mutação INDEL , Análise de Sequência de DNA , Homologia de Sequência , Especificidade por Substrato , Zea mays/metabolismo
16.
Biosci. j. (Online) ; 34(2): 534-539, mar./apr. 2018. ilus, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-966765

RESUMO

This study was to analyze the in vivo distribution of wall shear stress (WSS), velocity and inplane pressure difference in normal carotid artery by using computational fluid dynamics (CFD) based on contrastenhanced MRA (CE-MRA) data and to determine whether there were differences in these hemodynamic parameters between atherosclerosis-free and atherosclerosis-prone areas. CE-MRA was performed on 16 normal carotid arteries to obtain carotid three-dimensional surface data. CFD analysis was then performed to estimate those parameters in atherosclerosis-free (distal common carotid artery and distal internal carotid artery) and atherosclerosis-prone (carotid bifurcation) areas. One-way analysis of variance (ANOVA) was conducted to analyze differences among these three areas. CFD analysis revealed that WSS and velocity were significantly lower in carotid bifurcation compared to distal common carotid artery (CCA) (P =0.011, P <0.001, respectively) and distal internal carotid artery (ICA) (P <0.001, P <0.001, respectively). While in-plane pressure difference was significantly higher in carotid bifurcation compared to distal CCA (P <0.001) and distal ICA (P =0.005). Hemodynamic environment in carotid bifurcation of normal carotid artery which assessed by using CFD analysis appeared to be with lower WSS and lower velocity, while with higher in-plane pressure difference. These characterizations might facilitate the initiation of atherosclerosis.


Este estudo teve como objetivo analisar a distribuição in vivo da tensão de cisalhamento da parede (WSS), velocidade e plano diferença de pressão na artéria carótida normal usando dinâmica de fluidos computacional (CFD) baseada em contraste Dados do MRA (CE-MRA) e para determinar se houve diferenças nesses parâmetros hemodinâmicos entre áreas livres de aterosclerose e propensas à aterosclerose. O CE-MRA foi realizado em 16 artérias carótidas normais para obter dados de superfície tridimensional da carótida. A análise CFD foi então realizada para estimar esses parâmetros em livre de aterosclerose (artéria carótida comum distal e artéria carótida interna distal) e propensa a aterosclerose (carótida bifurcação). Análise de variância unidirecional (ANOVA) foi realizada para analisar as diferenças entre essas três áreas. A análise de CFD revelou que o WSS e a velocidade foram significativamente menores na bifurcação carotídea em comparação com a comum distal artéria carótida (ACC) (P = 0,011, P <0,001, respectivamente) e artéria carótida interna distal (ACI) (P <0,001, P <0,001, respectivamente). Enquanto a diferença de pressão no plano foi significativamente maior na bifurcação carotídea em comparação com a CCA distal (P <0,001) e ICA distal (P = 0,005). Ambiente hemodinâmico na bifurcação carotídea da artéria carótida normal que avaliada por meio de análise de CFD parece estar com menor WSS e menor velocidade, enquanto com maior pressão no plano diferença. Essas caracterizações podem facilitar o início da aterosclerose.


Assuntos
Doenças das Artérias Carótidas , Hemodinâmica , Angiografia , Artérias Carótidas , Biologia Computacional , Acidente Vascular Cerebral
17.
Electron. j. biotechnol ; 31: 75-83, Jan. 2018. tab, ilus, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1022130

RESUMO

Background: Phalaenopsis is an important ornamental flowering plant that belongs to the Orchidaceae family and is cultivated worldwide. Phalaenopsis has a long juvenile phase; therefore, it is important to understand the genetic elements regulating the transition from vegetative phase to reproductive phase. In this study, FLOWERING LOCUS T (FT) homologs in Phalaenopsis were cloned, and their effects on flowering were analyzed. Results: A total of five FT-like genes were identified in Phalaenopsis. Phylogenetic and expression analyses of these five FT-like genes indicated that some of these genes might participate in the regulation of flowering. A novel FT-like gene, PhFT-1, distantly related to previously reported FT genes in Arabidopsis and other dicot crops, was also found to be a positive regulator of flowering as heterologous expression of PhFT-1 in Arabidopsis causes an early flowering phenotype. Conclusions: Five FT homologous genes from Phalaenopsis orchid were identified, and PhFT-1 positively regulates flowering.


Assuntos
Proteínas de Plantas/genética , Arabidopsis , Orchidaceae/genética , Flores/genética , Reação em Cadeia da Polimerase/métodos , Clonagem Molecular , Genes de Plantas/genética , Biologia Computacional , Orchidaceae/crescimento & desenvolvimento , Flores/crescimento & desenvolvimento
18.
Braz. j. med. biol. res ; 51(5): e6213, 2018. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889085

RESUMO

Dermatophagoides farinae (Der f), one of the main species of house dust mites, produces more than 30 allergens. A recently identified allergen belonging to the alpha-tubulin protein family, Der f 33, has not been characterized in detail. In this study, we used bioinformatics tools to construct the secondary and tertiary structures and predict the B and T cell epitopes of Der f 33. First, protein attribution, protein patterns, and physicochemical properties were predicted. Then, a reasonable tertiary structure was constructed by homology modeling. In addition, six B cell epitopes (amino acid positions 34-45, 63-67, 103-108, 224-230, 308-316, and 365-377) and four T cell epitopes (positions 178-186, 241-249, 335-343, and 402-410) were predicted. These results established a theoretical basis for further studies and eventual epitope-based vaccine design against Der f 33.


Assuntos
Animais , Tubulina (Proteína)/química , Alérgenos/química , Epitopos de Linfócito T/química , Epitopos de Linfócito B/química , Dermatophagoides farinae/química , Antígenos de Dermatophagoides/química , Tubulina (Proteína)/genética , Tubulina (Proteína)/imunologia , Alérgenos/genética , Alérgenos/imunologia , Estrutura Molecular , Estrutura Terciária de Proteína , Mapeamento de Epitopos , Epitopos de Linfócito T/genética , Epitopos de Linfócito B/genética , Biologia Computacional , Análise de Sequência de Proteína , Dermatophagoides farinae/genética , Dermatophagoides farinae/imunologia , Antígenos de Dermatophagoides/genética , Antígenos de Dermatophagoides/imunologia
19.
Braz. j. med. biol. res ; 51(6): e6801, 2018. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889107

RESUMO

Gene networks have been broadly used to predict gene functions based on guilt by association (GBA) principle. Thus, in order to better understand the molecular mechanisms of esophageal squamous cell carcinoma (ESCC), our study was designed to use a network-based GBA method to identify the optimal gene functions for ESCC. To identify genomic bio-signatures for ESCC, microarray data of GSE20347 were first downloaded from a public functional genomics data repository of Gene Expression Omnibus database. Then, differentially expressed genes (DEGs) between ESCC patients and controls were identified using the LIMMA method. Afterwards, construction of differential co-expression network (DCN) was performed relying on DEGs, followed by gene ontology (GO) enrichment analysis based on a known confirmed database and DEGs. Eventually, the optimal gene functions were predicted using GBA algorithm based on the area under the curve (AUC) for each GO term. Overall, 43 DEGs and 67 GO terms were gained for subsequent analysis. GBA predictions demonstrated that 13 GO functions with AUC>0.7 had a good classification ability. Significantly, 6 out of 13 GO terms yielded AUC>0.8, which were determined as the optimal gene functions. Interestingly, there were two GO categories with AUC>0.9, which included cell cycle checkpoint (AUC=0.91648), and mitotic sister chromatid segregation (AUC=0.91597). Our findings highlight the clinical implications of cell cycle checkpoint and mitotic sister chromatid segregation in ESCC progression and provide the molecular foundation for developing therapeutic targets.


Assuntos
Humanos , Carcinoma de Células Escamosas/genética , Biologia Computacional/métodos , Neoplasias Esofágicas/genética , Perfilação da Expressão Gênica/métodos , Regulação Neoplásica da Expressão Gênica/genética , Redes Reguladoras de Genes/genética , Área Sob a Curva
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