Your browser doesn't support javascript.
loading
Mostrar: 20 | 50 | 100
Resultados 1 - 20 de 471
Filtrar
1.
Rev. bras. parasitol. vet ; 28(3): 451-457, July-Sept. 2019. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1042527

RESUMO

Abstract The msp4 gene of A. marginale is unicodon, stable and mostly homogeneous, being considered as a useful marker for phylogeographic characterization of this bacterium. The objective of this work was to analyze the phylogeography of A. marginale based on the msp4 gene in beef cattle from the Brazilian Pantanal, compared to those found in other regions worldwide. The blood samples investigated were collected from 400 animals (200 cows and 200 calves) reared in five extensive breeding farms in this region. The results indicated that of the evaluated samples, 56.75% (227/400) were positive for A. marginale based on the msp1β gene by quantitatitve PCR (qPCR), while 8.37% (19/227) were positive for the msp4 gene in the conventional PCR. In the Network distance analysis, 14 sequences from the Brazilian Pantanal were grouped into a single group with those from Thailand, India, Spain, Colombia, Parana (Brazil), Mexico, Portugal, Argentina, China, Venezuela, Australia, Italy and Minas Gerais (Brazil). Among 68 sequences from Brazil and the world, 15 genotypes were present while genotype number one (#1) was the most distributed worldwide. Both Splitstree and network analyses showed that the A. marginale msp4 sequences detected in beef cattle from the Brazilian Pantanal showed low polymorphism, with the formation of one genogroup phylogenetically related to those found in ruminants from South and Central America, Europe, and Asia.


Resumo O gene msp4 de A. marginale é unicodon, estável e pouco heterogêneo, sendo considerado como um marcador útil para caracterização filogeográfica desta bactéria. Este trabalho teve como objetivo analisar a filogeografia de A. marginale com base no gene msp4 em bovinos de corte do Pantanal Brasileiro, comparativamente a outra regiões do mundo. Alíquotas de sangue foram colhidas de 400 bovinos (200 vacas e 200 bezerros) em cinco propriedades de cria e recria extensiva. Como resultado, 56,75% (227/400) mostraram-se positivas para A. marginale pela qPCR para o gene msp1β e destas, 8,37% (19/227) amostras foram positivas na PCR convencional para o gene msp4. Na análise de distância Network, 14 sequências do Pantanal brasileiro foram agrupadas em um único grupo com as da Thailândia, Índia, Espanha, Colômbia, Paraná (Brasil), México, Portugal, Argentina, China, Venezuela, Austrália, Italia e Minas Gerais (Brasil). Dentre 68 sequências do Brasil e do mundo, constatou-se a presença de 15 genótipos, sendo o genótipo número um (#1) o mais distribuído. As sequências msp4 de A. marginale detectadas em bovinos de corte no Pantanal brasileiro apresentaram baixo polimorfismo com formação de dois genogrupos filogeneticamente relacionados àqueles encontrados em ruminantes de países das América do Sul e Central, Europa e Ásia.


Assuntos
Animais , Masculino , Feminino , Proteínas de Bactérias/genética , Bovinos/microbiologia , Anaplasma marginale/genética , Filogeografia/métodos , Proteínas de Membrana/genética , Ásia , América , Brasil , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Reação em Cadeia da Polimerase , Sequência de Aminoácidos , Anaplasma marginale/isolamento & purificação , Europa (Continente) , Genótipo
2.
Braz. j. microbiol ; 49(1): 13-15, Jan.-Mar. 2018. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889194

RESUMO

ABSTRACT As the largest genus in Actinobacteria family, Streptomyces species have the ability to synthesize numerous compounds of diverse structures with bioactivities. Streptomyces mangrovisoli MUSC 149T was previously isolated as a novel streptomycete from mangrove forest in east coast of Peninsular Malaysia. The high quality draft genome of MUSC 149T comprises 9,165,825 bp with G + C content of 72.5%. Through bioinformatics analysis, 21 gene clusters identified in the genome were associated with the production of bioactive secondary metabolites. The presence of these biosynthetic gene clusters in MUSC 149T suggests the potential exploitation of the strain for production of medically important compounds.


Assuntos
Streptomyces/isolamento & purificação , Genoma Bacteriano , Sedimentos Geológicos/microbiologia , Filogenia , Streptomyces/classificação , Streptomyces/genética , Proteínas de Bactérias/genética , Proteínas de Bactérias/metabolismo , Composição de Bases , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Sequência de Bases , Malásia
3.
Braz. j. microbiol ; 49(1): 5-6, Jan.-Mar. 2018.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889197

RESUMO

ABSTRACT The type strain SUR2 of the novel species Chryseobacterium limigenitum was isolated from a dehydrated sludge of the municipal sewage treatment plant in Dogoše near Maribor in Slovenia. The draft genome, with 60 contigs, 4,697,725 bp, 34.4% of G+C content, was obtained using the Illumina HiSeq 2500-1 platform. Joint Genome Institute Microbial Genome Annotation Pipeline (MGAP v.4) has identified 4322 protein-coding sequences including resistance genes against arsenic and other heavy metals. In addition, a subclass B3 metallo-β-lactamase, which confers resistance to penicillins, cephalosporins and carbapenems, was also present in the genome. The genome sequence provides important information regarding bioremediation potential and pathogenic properties of this newly identified species.


Assuntos
Esgotos/microbiologia , Genoma Bacteriano , Chryseobacterium/genética , Penicilinas/farmacologia , Filogenia , Esgotos/química , Composição de Bases , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Sequência de Bases , Testes de Sensibilidade Microbiana , Carbapenêmicos/farmacologia , Chryseobacterium/isolamento & purificação , Chryseobacterium/classificação , Chryseobacterium/efeitos dos fármacos , Antibacterianos/farmacologia
4.
Braz. j. microbiol ; 49(1): 10-12, Jan.-Mar. 2018. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889198

RESUMO

ABSTRACT Vitellibacter aquimaris D-24T (=KCTC 42708T = DSM 101732T), a halophilic marine bacterium, was isolated from seawater collected from Desaru beach, Malaysia. Here, we present the draft genome sequence of D-24T with a genome size of approximately 3.1 Mbp and G + C content of 39.93%. The genome of D-24T contains genes involved in reducing a potent greenhouse gas (N2O) in the environment and the degradation of proteinaceous compounds. Genome availability will provide insights into potential biotechnological and environmental applications of this bacterium.


Assuntos
Água do Mar/microbiologia , Genoma Bacteriano , Flavobacteriaceae/genética , Filogenia , Composição de Bases , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Sequência de Bases , Flavobacteriaceae/isolamento & purificação , Flavobacteriaceae/classificação , Malásia
5.
Braz. j. microbiol ; 49(1): 18-19, Jan.-Mar. 2018.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889201

RESUMO

ABSTRACT Bacillus anthracis strain SPV842_15 was isolated from bovine fetus, while B. anthracis strain Brazilian vaccinal was recovered from a commercial vaccine. We report here the genome sequences of both strains. The SPV842_15 genome is composed of a single circular chromosome with a length of 5,228,664 base pairs, and comprises 5911 coding sequences. In turn, the Brazilian vaccinal genome remains in 201 contigs with 5733 coding sequences. Both genomes have an overall C + G content of 35.4%, and 11 genes encoding the ribosomal RNAs (rRNAs) 5S, 16S and 23S. Only the plasmid pX01 sequence, which carries genes for toxins synthesis, was detected and completely assembled for both strains. These plasmids have a length of 181,684 base pairs and a C + G content of 32.5%. These genomic data generate insights about vaccinal B. anthracis virulence.


Assuntos
Animais , Bovinos , Bacillus anthracis/isolamento & purificação , Bacillus anthracis/genética , Vacinas Bacterianas/genética , Doenças dos Bovinos/microbiologia , Genoma Bacteriano , Filogenia , Plasmídeos/genética , Bacillus anthracis/classificação , Composição de Bases , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Vacinas Bacterianas/isolamento & purificação , Sequência de Bases
6.
Braz. j. microbiol ; 49(1): 16-17, Jan.-Mar. 2018.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889216

RESUMO

ABSTRACT Kosakonia cowanii type strain 888-76T is a human pathogen which was originally isolated from blood as NIH group 42. In this study, we report the complete genome sequence of K. cowanii 888-76T. 888-76T has 1 chromosome and 2 plasmids with a total genome size of 4,857,567 bp and C+G 56.15%. This genome sequence will not only help us to understand the virulence features of K. cowanii 888-76T but also provide us the useful information for the study of evolution of Kosakonia genus.


Assuntos
Humanos , Genoma Bacteriano , Enterobacteriaceae/isolamento & purificação , Enterobacteriaceae/genética , Infecções por Enterobacteriaceae/microbiologia , Filogenia , Plasmídeos/genética , Composição de Bases , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Sequência de Bases , Enterobacteriaceae/classificação
7.
Braz. j. microbiol ; 49(1): 20-28, Jan.-Mar. 2018. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-889213

RESUMO

ABSTRACT This work aimed to characterize 20 isolates obtained from upland rice plants, based on phenotypic (morphology, enzymatic activity, inorganic phosphate solubilization, carbon source use, antagonism), genotypic assays (16S rRNA sequencing) and plant growth promotion. Results showed a great morphological, metabolic and genetic variability among bacterial isolates. All isolates showed positive activity for catalase and protease enzymes and, 90% of the isolates showed positive activity for amylase, catalase and, nitrogenase. All isolates were able to metabolize sucrose and malic acid in contrast with mannitol, which was metabolized only by one isolate. For the other carbon sources, we observed a great variability in its use by the isolates. Most isolates showed antibiosis against Rhizoctonia solani (75%) and Sclerotinia sclerotiorum (55%) and, 50% of them showed antibiosis against both pathogens. Six isolates showed simultaneous ability of antibiosis, inorganic phosphate solubilization and protease activity. Based on phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene all the isolates belong to Bacillus genus. Under greenhouse conditions, two isolates (S4 and S22) improved to about 24%, 25%, 30% and 31% the Total N, leaf area, shoot dry weight and root dry weight, respectively, of rice plants, indicating that they should be tested for this ability under field conditions.


Assuntos
Bactérias/isolamento & purificação , Chryseobacterium/genética , Oryza/crescimento & desenvolvimento , Microbiologia do Solo , Antibiose , Fenômenos Fisiológicos Bacterianos , Bactérias/classificação , Bactérias/genética , Composição de Bases , Sequência de Bases , Chryseobacterium/classificação , Chryseobacterium/efeitos dos fármacos , Chryseobacterium/isolamento & purificação , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Oryza/microbiologia , Filogenia
8.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 113(2): 80-86, Feb. 2018. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-894891

RESUMO

BACKGROUND Leptospirosis is the most widespread zoonotic disease. It is caused by infection with pathogenic Leptospira species, of which over 300 serovars have been described. The accurate identification of the causative Leptospira spp. is required to ascertain the pathogenic status of the local isolates. OBJECTIVES This study aimed to obtain the complete genome sequence of a virulent Leptospira interrogans strain isolated from southern Brazil and to describe its genetic features. METHODS The whole genome was sequenced by next-generation sequencing (Ion Torrent). The genome was assembled, scaffolded, annotated, and manually reviewed. Mutations were identified based on a variant calling analysis using the genome of L. interrogans strain Fiocruz L1-130 as a reference. FINDINGS The entire genome had an average GC content of 35%. The variant calling analysis identified 119 single nucleotide polymorphisms (SNPs), from which 30 led to a missense mutation. The structural analyses identified potential evidence of genomic inversions, translocations, and deletions in both the chromosomes. MAIN CONCLUSIONS The genome properties provide comprehensive information about the local isolates of Leptospira spp., and thereby, could facilitate the identification of new targets for the development of diagnostic kits and vaccines.


Assuntos
Filogenia , Microbiologia da Água , Leptospira interrogans/isolamento & purificação , Leptospira interrogans/genética , Virulência , Dados de Sequência Molecular , Genoma Bacteriano
9.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 112(7): 514-516, July 2017. graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-841814

RESUMO

The genus Mycobacterium is highly diverse and ubiquitous in nature, comprehending fast- and slow-growing species with distinct impact in public health. The plasmid-mediated horizontal gene transfer represents one of the major events in bacteria evolution. Here, we report the complete sequence of a 160,489 bp circular plasmid (pCBMA213_2) from an atypical and fast-growing environmental mycobacteria. This is a unique plasmid, in comparison with the characterised mycobacteria plasmids, harboring a type IV-like and ESX-P2 type VII secretion systems. pCBMA213_2 can be further explored for evolutionary and conjugation studies as well as a tool to manipulate DNA within this bacteria genus.


Assuntos
Humanos , Plasmídeos/genética , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Sistemas de Secreção Tipo VII/genética , Micobactérias não Tuberculosas/genética , Análise de Sequência
10.
Braz. j. microbiol ; 47(2): 468-479, Apr.-June 2016. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-780832

RESUMO

Abstract Metabolites of mycoparasitic fungal species such as Trichoderma harzianum 88 have important biological roles. In this study, two new ketoacyl synthase (KS) fragments were isolated from cultured Trichoderma harzianum 88 mycelia using degenerate primers and analysed using a phylogenetic tree. The gene fragments were determined to be present as single copies in Trichoderma harzianum 88 through southern blot analysis using digoxigenin-labelled KS gene fragments as probes. The complete sequence analysis in formation of pksT-1 (5669 bp) and pksT-2 (7901 bp) suggests that pksT-1 exhibited features of a non-reducing type I fungal PKS, whereas pksT-2 exhibited features of a highly reducing type I fungal PKS. Reverse transcription polymerase chain reaction indicated that the isolated genes are differentially regulated in Trichoderma harzianum 88 during challenge with three fungal plant pathogens, which suggests that they participate in the response of Trichoderma harzianum 88 to fungal plant pathogens. Furthermore, disruption of the pksT-2 encoding ketosynthase–acyltransferase domains through Agrobacterium -mediated gene transformation indicated that pksT-2 is a key factor for conidial pigmentation in Trichoderma harzianum 88.


Assuntos
Trichoderma/enzimologia , Proteínas Fúngicas/metabolismo , Policetídeo Sintases/metabolismo , Doenças das Plantas/microbiologia , Trichoderma/classificação , Trichoderma/genética , Proteínas Fúngicas/genética , Proteínas Fúngicas/química , Dados de Sequência Molecular , Regulação Fúngica da Expressão Gênica , Alinhamento de Sequência , Sequência de Aminoácidos , Micélio/enzimologia , Micélio/genética , Policetídeo Sintases/genética , Policetídeo Sintases/química
11.
Braz. j. microbiol ; 47(2): 389-393, Apr.-June 2016. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-780843

RESUMO

Abstract β-Defensin-1, an antimicrobial peptide encoded by the DEFB1 gene, is known to play an important role in lung mucosal immunity. In our association study we analyzed three DEFB1 functional polymorphisms -52G>A (rs1799946), -44C>G (rs1800972) and -20G>A (rs11362) in 92 tuberculosis patients and 286 healthy controls, both from Northeast Brazil: no association was found between the studied DEFB1 polymorphisms and the disease. However we cannot exclude that this lack of association could be due to the low number of subjects analyzed, as suggested by the low statistical power achieved for the three analyzed SNPs (values between 0.16 and 0.50).


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Idoso , Adulto Jovem , Tuberculose/genética , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , beta-Defensinas/genética , Tuberculose/epidemiologia , Haplótipos , Brasil/epidemiologia , Dados de Sequência Molecular , Sequência de Bases , Predisposição Genética para Doença , Genótipo
12.
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 111(5): 349-354, May 2016. graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-782047

RESUMO

During its life cycle Leishmania spp. face several stress conditions that can cause DNA damages. Base Excision Repair plays an important role in DNA maintenance and it is one of the most conserved mechanisms in all living organisms. DNA repair in trypanosomatids has been reported only for Old World Leishmania species. Here the AP endonuclease from Leishmania (L.) amazonensis was cloned, expressed in Escherichia coli mutants defective on the DNA repair machinery, that were submitted to different stress conditions, showing ability to survive in comparison to the triple null mutant parental strain BW535. Phylogenetic and multiple sequence analyses also confirmed that LAMAP belongs to the AP endonuclease class of proteins.


Assuntos
Dano ao DNA/genética , Reparo do DNA/genética , DNA Liase (Sítios Apurínicos ou Apirimidínicos)/genética , Escherichia coli/genética , Leishmania braziliensis/genética , Mutação/genética , Sequência de Aminoácidos , Proteínas de Escherichia coli/genética , Escherichia coli/enzimologia , Dados de Sequência Molecular
13.
Braz. j. microbiol ; 47(1): 18-24, Jan.-Mar. 2016. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-775112

RESUMO

Abstract Phenol and phenolic compounds are environmental pollutants present in industrial wastewaters such as coal tar, oil refineries and petrochemical plants. Phenol removal from industrial effluents is extremely important for the protection of environment. Usually, phenol degradation is carried out by physicochemical methods that are costly and produce hazardous metabolites. Recently, phenol biodegradation has been considered. Yeasts are the most important phenol biodegraders. In this study, the phenol-degrading yeast from environmental samples (soil and wastewater) was isolated from the coking plant of Zarand, Kerman. Then total heterotrophic yeasts were counted. The soil samples had higher rates of yeast degrader, in comparison to wastewater samples. After three passages, four yeasts (K1, K2, K7 and K11) that had the highest growth rate were selected for further study. Also, these yeasts were able to remove phenol measured by Gibbs reagent. The effect of four different concentrations of phenol (50, 125, 200 and 275) mg L−1 was measured and three degradation patterns in these yeasts were observed. The hydrophobicity and emulsification activity were measured in all eleven yeasts. Finally, strong yeasts in phenol degrading yeasts were identified by molecular method using amplification of 18S rRNA gene region. The sequencing results showed that these isolated yeasts belonged to Candida tropicalis strain K1, Pichia guilliermondii strain K2, Meyerozyma guilliermondii strain K7 and C. tropicalis strain K11.


Assuntos
Resíduos Industriais , Fenol/metabolismo , Águas Residuárias/microbiologia , Poluentes Químicos da Água/metabolismo , Leveduras/classificação , Leveduras/metabolismo , Biotransformação , Análise por Conglomerados , DNA Fúngico/química , DNA Fúngico/genética , DNA Ribossômico/química , DNA Ribossômico/genética , Irã (Geográfico) , Dados de Sequência Molecular , Filogenia , /genética , Análise de Sequência de DNA , Microbiologia do Solo , Leveduras/genética , Leveduras/isolamento & purificação
14.
Braz. j. microbiol ; 47(1): 85-95, Jan.-Mar. 2016. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-775117

RESUMO

Abstract The main objective of the present study was to isolate and characterize actinomycetes for their plant growth-promotion in chickpea. A total of 89 actinomycetes were screened for their antagonism against fungal pathogens of chickpea by dual culture and metabolite production assays. Four most promising actinomycetes were evaluated for their physiological and plant growth-promotion properties under in vitro and in vivo conditions. All the isolates exhibited good growth at temperatures from 20 °C to 40 °C, pH range of 7–11 and NaCl concentrations up to 8%. These were also found highly tolerant to Bavistin, slightly tolerant to Thiram and Captan (except VAI-7 and VAI-40) but susceptible to Benlate and Ridomil at field application levels and were found to produce siderophore, cellulase, lipase, protease, chitinase (except VAI-40), hydrocyanic acid (except VAI-7 and VAI-40), indole acetic acid and β-1,3-glucanase. When the four actinomycetes were evaluated for their plant growth-promotion properties under field conditions on chickpea, all exhibited increase in nodule number, shoot weight and yield. The actinomycetes treated plots enhanced total N, available P and organic C over the un-inoculated control. The scanning electron microscope studies exhibited extensive colonization by actinomycetes on the root surface of chickpea. The expression profiles for indole acetic acid, siderophore and β-1,3-glucanase genes exhibited up-regulation for all three traits and in all four isolates. The actinomycetes were identified as Streptomyces but different species in the 16S rDNA analysis. It was concluded that the selected actinomycetes have good plant growth-promotion and biocontrol potentials on chickpea.


Assuntos
Actinobacteria/crescimento & desenvolvimento , Cicer/crescimento & desenvolvimento , Microbiologia do Solo , Actinobacteria/metabolismo , Análise por Conglomerados , DNA Bacteriano/química , DNA Bacteriano/genética , DNA Ribossômico/química , DNA Ribossômico/genética , Concentração de Íons de Hidrogênio , Dados de Sequência Molecular , Filogenia , Reguladores de Crescimento de Planta/metabolismo , Rizosfera , /genética , Análise de Sequência de DNA , Solo , Cloreto de Sódio/metabolismo , Temperatura
15.
Braz. j. microbiol ; 47(1): 55-62, Jan.-Mar. 2016. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-775121

RESUMO

Abstract Mercury, which is ubiquitous and recalcitrant to biodegradation processes, threatens human health by escaping to the environment via various natural and anthropogenic activities. Non-biodegradability of mercury pollutants has necessitated the development and implementation of economic alternatives with promising potential to remove metals from the environment. Enhancement of microbial based remediation strategies through genetic engineering approaches provides one such alternative with a promising future. In this study, bacterial isolates inhabiting polluted sites were screened for tolerance to varying concentrations of mercuric chloride. Following identification, several Pseudomonas and Klebsiella species were found to exhibit the highest tolerance to both organic and inorganic mercury. Screened bacterial isolates were examined for their genetic make-up in terms of the presence of genes (merP and merT) involved in the transport of mercury across the membrane either alone or in combination to deal with the toxic mercury. Gene sequence analysis revealed that the merP gene showed 86–99% homology, while the merT gene showed >98% homology with previously reported sequences. By exploring the genes involved in imparting metal resistance to bacteria, this study will serve to highlight the credentials that are particularly advantageous for their practical application to remediation of mercury from the environment.


Assuntos
Humanos , Klebsiella/metabolismo , Proteínas de Membrana Transportadoras/genética , Proteínas de Membrana Transportadoras/metabolismo , Mercúrio/metabolismo , Pseudomonas/metabolismo , Poluentes Químicos da Água/metabolismo , Tolerância a Medicamentos , Genes Bacterianos , Índia , Klebsiella/efeitos dos fármacos , Klebsiella/genética , Dados de Sequência Molecular , Mercúrio/toxicidade , Pseudomonas/efeitos dos fármacos , Pseudomonas/genética , Análise de Sequência de DNA , Homologia de Sequência , Poluentes Químicos da Água/toxicidade
16.
Braz. j. microbiol ; 47(1): 1-9, Jan.-Mar. 2016. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-775132

RESUMO

Abstract This study was conducted to isolate an acid-producing, alkaliphilic bacterium to reduce the alkalinity of cement industry waste (cement kiln dust). Gram-positive isolate KG1 grew well at pH values of 6–12, temperatures of 28–50 °C, and NaCl concentrations of 0–16% and thus was further screened for its potential to reduce the pH of an alkaline medium. Phenotypic characteristics of the KG1 isolate were consistent with those of the genus Bacillus, and the highest level of 16S rRNA gene sequence similarity was found with Bacillus halodurans strain DSM 497 (94.7%). On the basis of its phenotypic characteristics and genotypic distinctiveness from other phylogenetic neighbors belonging to alkaliphilic Bacillus species, the isolated strain was designated B. halodurans strain KG1, with GenBank accession number JQ307184 (= NCIM 5439). Isolate KG1 reduced the alkalinity (by 83.64%) and the chloride content (by 86.96%) of cement kiln dust and showed a potential to be used in the cement industry for a variety of applications.


Assuntos
Bacillus/crescimento & desenvolvimento , Bacillus/metabolismo , Biotecnologia/métodos , Resíduos Industriais , Gerenciamento de Resíduos/métodos , Técnicas de Tipagem Bacteriana , Bacillus/classificação , Bacillus/isolamento & purificação , Análise por Conglomerados , Materiais de Construção , DNA Bacteriano/química , DNA Bacteriano/genética , DNA Ribossômico/química , DNA Ribossômico/genética , Concentração de Íons de Hidrogênio , Dados de Sequência Molecular , Filogenia , /genética , Análise de Sequência de DNA , Cloreto de Sódio/metabolismo , Temperatura
17.
Recife; s.n; 2016. 62 p. ilus, tab, graf.
Tese em Português | LILACS | ID: biblio-871421

RESUMO

A leishmaniose visceral(LV) é uma doença grave que afeta a população de vários países, onde o Brasil apresenta a maior prevalência da infecção nas Américas. Com o estudo do gene codificante da proteína B de superfície (HASPB ou K26) de Leishmania infantum é possível identificar as variações polimórficas intraespecíficas e, assim, será possível consolidar a descrição de um perfil polimórfico presente no Estado de Pernambuco. O objetivo do trabalho foi analisar as regiões polimórficas do gene HASPB (K26) de Leishmania infantum em amostras clínicas positivas para leishmaniose visceral e coinfecção LV/HIV. O sistema K26 PCR foi otimizado utilizando concentrações variadas de DNA genômico de L. infantum. Foi realizado o screening de amostras clínicas de DNA através de dois sistemas de PCR simples, kDNA e ITS1/RFLP, para ensaios posteriores com a K26 PCR nas amostras positivas. A curva de dissociação de alta definição (qPCR-HRM) foi empregada na localização de temperaturas de melting específicas para L. infantum. Os amplicons do gene K26 foram sequenciados e alinhados as sequencias selecionadas em base de dados. A K26 PCR apresentou limiar de detecção de 1 pg para amplicon de 700 pb. A especificidade dos primers foi avaliada experimentalmente e in silico, apresentando anelamento inespecífico com DNA humano. Em paralelo, foram selecionadas 78 amostras de DNA através dos dois sistemas screening, sendo 17 caracterizadas como L. infantum. Os ensaios com DNA das amostras clínicas para o sistema K26 PCR revelaram bandas espúrias. A análise através qPCR-HRM em DNA genômico do parasita resultou em amplificação com Tm de 88,2 °C, já o ensaio com amostra clínica revelou duas amplificações com distintas temperaturas de melting, 84,6 e 88,2°C. Três amplicons do gene K26 foram sequenciados e alinhados a cinco sequencias da base de dados, indicando 38,2 por cento de similaridade. Pode-se concluir que o sistema K26 PCR é recomendável para análise dos polimorfismos genéticos, contanto que o DNA seja extraído diretamente de espécies isoladas em meio de cultura.


Assuntos
Humanos , Animais , Infecções por HIV/complicações , Leishmania infantum/genética , Leishmaniose Visceral/complicações , Leishmaniose Visceral/diagnóstico , Polimorfismo Genético , Proteínas de Protozoários/genética , Reação em Cadeia da Polimerase/métodos , Coinfecção/parasitologia , DNA de Protozoário/genética , Dados de Sequência Molecular , Sensibilidade e Especificidade , Análise de Sequência de DNA
18.
Rev. bras. epidemiol ; 18(supl.2): 214-223, Out.-Dez. 2015. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-776709

RESUMO

RESUMO: Objetivo Apresentar os resultados dos indicadores sobre consumo de álcool e direção para as capitais brasileiras obtidos em dois inquéritos populacionais realizados em 2013 no Brasil. Métodos: Estudo transversal realizado com dados da população adulta (≥ 18 anos) participante da Vigilância de Doenças Crônicas por Inquérito Telefônico (Vigitel) e da Pesquisa Nacional de Saúde (PNS). Foram calculadas as prevalências para os indicadores de consumo de bebida alcoólica e direção veicular. Resultados: A proporção de motoristas adultos de carro ou moto que dirigiram logo depois de beber foi significativamente maior no sexo masculino (29,3% - Vigitel; 24,4% - PNS), entre jovens de 18 a 29 anos (31,6% - Vigitel; 24,1% - PNS) e entre os residentes das capitais da Região Centro-Oeste (33,7% - Vigitel; 28,3% - PNS). A proporção de adultos que referiram beber e dirigir foi maior no sexo masculino (9,4% - Vigitel; 7,4% - PNS), no grupo de 18 a 29 anos (7,1% - Vigitel; 4,5% - PNS) e entre os residentes das capitais da Região Centro-Oeste (7,9% - Vigitel; 6,1% - PNS). Conclusão: O estudo permitiu estimar a prevalência do hábito de dirigir após ingestão de bebida alcoólica entre motoristas e na população em geral e mostrou coerência entre os resultados dos dois inquéritos epidemiológicos de abrangência nacional.


ABSTRACT: Objective: To present the results of indicators of alcohol consumption and driving for Brazilian capitals based on two population surveys performed in Brazil in 2013. Methods: Cross sectional study with data from adults (≥ 18 years) participants of the Telephone Survey on Risk and Protective Factors for Chronic Diseases (Vigitel) and the National Health Survey (NHS). Prevalence for indicators of alcohol consumption and driving was then calculated. Results: The proportion of adult drivers who drove soon after drinking was significantly higher among males (29.3% - Vigitel and 24.4% - NHS), the young aging 18 to 29 years (31.6% - Vigitel and 24.1% - NHS) and among residents of the capitals of the Midwest (33.7% - Vigitel and 28.3% - NHS). The proportion of adults who reported drinking and driving was higher among males (9.4% - Vigitel and 7.4% - NHS) in the 18 to 29 age group (7.1% - Vigitel; 4.5% - NHS), and among residents of the capitals of the Midwest (7.9% - Vigitel and 6.1% - NHS). Conclusion: The study estimated the prevalence of the habit of driving after alcohol consumption among drivers and in the general population. There was consistency between the results from two nationwide surveys.


Assuntos
Animais , Feminino , Camundongos , Adjuvantes Imunológicos/farmacologia , DNA , Hidrogéis , Peptídeos/farmacologia , Sequência de Aminoácidos , Adjuvantes Imunológicos/química , Inflamação/patologia , Dados de Sequência Molecular , Peptídeos/química
19.
Rev. bras. epidemiol ; 18(supl.2): 83-96, Out.-Dez. 2015. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-776713

RESUMO

Resumo: Objetivo: Analisar o perfil de dez doenças crônicas não transmissíveis investigadas na Pesquisa Nacional de Saúde realizada no Brasil em 2013 e sua associação com a autoavaliação da saúde. Métodos: Estudo transversal de base populacional e abrangência nacional com 60.202 indivíduos com 18 anos ou mais. Foi utilizado processo amostral por conglomerado com três estágios de seleção: setor censitário, domicílio e indivíduo. Calculou-se a prevalência das doenças crônicas e os intervalos de confiança de 95% por idade, sexo e escolaridade, a idade média do primeiro diagnóstico e a proporção de limitação das atividades habituais. Para testar a associação com a autoavaliação de saúde, utilizou-se o procedimento de regressão logística ajustada por sexo e idade. Resultados: As doenças mais prevalentes foram hipertensão arterial (21,4%), depressão (7,6%), artrite (6,4%) e diabetes mellitus (6,2%). Indivíduos com diagnóstico de acidente vascular cerebral (AVC) referiram maior limitação das atividades habituais (38,6%). Observou-se um gradiente na prevalência segundo idade e escolaridade, e todas as doenças foram mais frequentes entre as mulheres. Pior autoavaliação de saúde foi encontrada entre aqueles com diagnóstico de AVC (OR = 3,60; valor de p < 0,001) e nos que referiram duas doenças (OR = 5,53; valor de p < 0,001) ou três ou mais doenças (OR = 10,86; valor de p < 0,001). Conclusões: Por se tratar de doenças associadas a fatores de risco modificáveis, a prevenção com foco populacional é a melhor estratégia para redução da carga dessas doenças.


ABSTRACT: Objective: To analyze the profile of 10 chronic noncommunicable diseases investigated in the National Health Survey carried out in Brazil in 2013 and their association with the self-rated health. Methods: A cross-sectional, population-based nationwide study with 60,202 individuals aged 18 years old or more. Sampling process by conglomerate was carried out in three stages of selection: census tract, household, and individual. The prevalence of chronic diseases by age, gender and educational status and the confidence intervals of 95% , the mean age at the first diagnosis and the proportion of limitation of the usual activities were calculated. To test the association with self-rated health, the logistic regression procedure adjusted for gender and age was used. Results: The more prevalent diseases were hypertension (21.4%), depression (7.6%), arthritis (6.4%), and diabetes mellitus (6.2%). Individuals diagnosed with stroke reported greater limitations in the daily activities (38.6%). There was a gradient in the prevalence by age and educational level, and all the diseases were more frequent among women. A worse self-rated health was observed among those with a diagnosis of stroke (OR = 3.60; p < 0.001) and those who referred two diseases (OR = 5.53; p < 0.001) or three or more diseases (OR = 10.86; p < 0.001). Conclusions: Because these diseases are associated with modifiable risk factors, the prevention with population focus is the best strategy to reduce the burden of these diseases.


Assuntos
Humanos , Antibacterianos/farmacologia , Endotoxinas/antagonistas & inibidores , Peptídeos/farmacologia , Pele Artificial , Sequência de Aminoácidos , Linhagem Celular , Escherichia coli/efeitos dos fármacos , Testes de Sensibilidade Microbiana , Microscopia Eletrônica de Varredura , Dados de Sequência Molecular , Peptídeos/química , Pseudomonas aeruginosa/efeitos dos fármacos , Trombina/química
20.
Braz. j. microbiol ; 46(4): 969-976, Oct.-Dec. 2015. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-769656

RESUMO

Abstract Yellow pigmented, filamentous, Gram-negative bacteria belonging to genus Flavobacterium are commonly associated with infections in stressed fish. In this study, inter-species diversity of Flavobacterium was studied in apparently healthy freshwater farmed fishes. For this, ninety one yellow pigmented bacteria were isolated from skin and gill samples (n = 38) of three farmed fish species i.e. Labeo rohita, Catla catla and Cyprinus carpio. Among them, only twelve bacterial isolates (13.18%) were identified as Flavobacterium spp. on the basis of morphological, biochemical tests, partial 16S rDNA gene sequencing and phylogenetic analysis. On the basis of 16S rDNA gene sequencing, all the 12 isolates were 97.6-100% similar to six different formally described species of genus Flavobacterium. The 16S rDNA based phylogenetic analysis grouped these strains into six different clades. Of the 12 isolates, six strains (Fl9S1-6) grouped with F. suncheonense, two strains (Fl6I2, Fl6I3) with F. indicum and the rest four strains (Fl1A1, Fl2G1, Fl3H1 and Fl10T1) clustered with F. aquaticum, F. granuli, F. hercynium and F. terrae, respectively. None of these species except, F. hercynium were previously reported from fish. All the isolated Flavobacterium species possessed the ability of adhesion and biofilm formation to colonize the external surface of healthy fish. The present study is the first record of tropical freshwater farmed fishes as hosts to five environmentally associated species of the Flavobacterium.


Assuntos
Animais/classificação , Animais/genética , Animais/isolamento & purificação , Animais/microbiologia , Animais/fisiologia , Animais/veterinária , DNA Bacteriano/classificação , DNA Bacteriano/genética , DNA Bacteriano/isolamento & purificação , DNA Bacteriano/microbiologia , DNA Bacteriano/fisiologia , DNA Bacteriano/veterinária , DNA Ribossômico/classificação , DNA Ribossômico/genética , DNA Ribossômico/isolamento & purificação , DNA Ribossômico/microbiologia , DNA Ribossômico/fisiologia , DNA Ribossômico/veterinária , Doenças dos Peixes/classificação , Doenças dos Peixes/genética , Doenças dos Peixes/isolamento & purificação , Doenças dos Peixes/microbiologia , Doenças dos Peixes/fisiologia , Doenças dos Peixes/veterinária , Peixes/classificação , Peixes/genética , Peixes/isolamento & purificação , Peixes/microbiologia , Peixes/fisiologia , Peixes/veterinária , Infecções por Flavobacteriaceae/classificação , Infecções por Flavobacteriaceae/genética , Infecções por Flavobacteriaceae/isolamento & purificação , Infecções por Flavobacteriaceae/microbiologia , Infecções por Flavobacteriaceae/fisiologia , Infecções por Flavobacteriaceae/veterinária , Flavobacterium/classificação , Flavobacterium/genética , Flavobacterium/isolamento & purificação , Flavobacterium/microbiologia , Flavobacterium/fisiologia , Flavobacterium/veterinária , Água Doce/classificação , Água Doce/genética , Água Doce/isolamento & purificação , Água Doce/microbiologia , Água Doce/fisiologia , Água Doce/veterinária , Índia/classificação , Índia/genética , Índia/isolamento & purificação , Índia/microbiologia , Índia/fisiologia , Índia/veterinária , Dados de Sequência Molecular/classificação , Dados de Sequência Molecular/genética , Dados de Sequência Molecular/isolamento & purificação , Dados de Sequência Molecular/microbiologia , Dados de Sequência Molecular/fisiologia , Dados de Sequência Molecular/veterinária , Filogenia/classificação , Filogenia/genética , Filogenia/isolamento & purificação , Filogenia/microbiologia , Filogenia/fisiologia , Filogenia/veterinária , /classificação , /genética , /isolamento & purificação , /microbiologia , /fisiologia , /veterinária
SELEÇÃO DE REFERÊNCIAS
DETALHE DA PESQUISA