RESUMEN
The design of antibody mimetics holds great promise for revolutionizing therapeutic interventions by offering alternatives to conventional antibody therapies. Structure-based computational approaches have emerged as indispensable tools in the rational design of those molecules, enabling the precise manipulation of their structural and functional properties. This review covers the main classes of designed antigen-binding motifs, as well as alternative strategies to develop tailored ones. We discuss the intricacies of different computational protein-protein interaction design strategies, showcased by selected successful cases in the literature. Subsequently, we explore the latest advancements in the computational techniques including the integration of machine and deep learning methodologies into the design framework, which has led to an augmented design pipeline. Finally, we verse onto the current challenges that stand in the way between high-throughput computer design of antibody mimetics and experimental realization, offering a forward-looking perspective into the field and the promises it holds to biotechnology.
RESUMEN
O rápido espalhamento das novas variantes do novo coronavírus SARS-CoV-2, como exemplificado pela alta prevalência da variante P.1 ainda nos dois primeiros meses após seu surgimento, junto a relatos de reinfecção causada por estas variantes, levanta para a ciência a questão de quais seriam os mecanismos por trás deste cenário. É de especial interesse para estas pesquisas o estudo das mutações no genoma das variantes em particular, no gene da glicoproteína Spike (proteína S), que promove a entrada nas células humanas a partir da interação com a Enzima Conversora de Angiotensina 2 (hACE2), molécula que atua como receptor do vírus. A capacidade de se ligar à hACE2 pode tornar-se maior ou menor de acordo com as alterações na estrutura da proteína S, que variam entre linhagens do SARS-CoV-2 e cada uma de suas variantes. Essas alterações na estrutura da proteína S podem também resultar em uma menor capacidade de anticorpos gerados em resposta a uma infecção ou, possivelmente, mesmo após a vacinação de se ligarem à proteína S e neutralizar a capacidade do vírus de causar infecção. A presente publicação agora também disponível em sua versão revisada por pares investiga estes dois possíveis efeitos das mutações da proteína S detectadas em variantes como a P.1, variantes da linhagem B.1.351 e a B.1.1.7: a de uma interação "mais forte" com o receptor hACE2 ou a de uma interação "mais fraca" com os anticorpos anti-proteína-S. No link do ChemRxiv ainda em estágio pre-print, antes da revisão por pesquisadores independentes, o artigo descreve uma série de experimentos feitos com modelagem computacional das moléculas envolvidas (hACE2, anticorpos e as diversas "versões" da proteína S, referentes a cada uma das variantes estudadas). Com base na simulação computacional da interação entre as moléculas, foi possível verificar que a alteração da estrutura da proteína S não teve efeitos marcantes na interação com o receptor hACE2. Por outro lado, ao simular a interação dos anticorpos gerados em resposta a linhagens iniciais do SARS-CoV-2 com a proteína S das novas variantes, foi possível ver que há uma diminuição na ligação entre as moléculas, um achado que aponta para um potencial de "escape" da resposta imune. Segundo essa hipótese, as novas variantes seriam mais eficazes em fugir da neutralização proporcionada por anticorpos, e este seria um mecanismo mais relevante para explicar seu rápido espalhamento pela população. É importante ressaltar que, baseados em algumas medidas de afinidade entre variações da proteína S e o receptor hACE2, outros grupos de pesquisa previamente sugeriram que o aumento da transmissibilidade estaria relacionado com uma maior afinidade entre a proteína viral e o receptor humano, em contraste com os resultados do presente estudo. Contudo, estes estudos não exploraram a interação das diferentes proteínas S com os anticorpos neutralizantes. O artigo aponta ainda a nova variante denominada P.3 como uma potencial Variante de Preocupação (VOC), tendo em vista que a maioria dos anticorpos analisados no estudo não foram capazes de se ligar eficientemente à proteína S desta linhagem nas simulações realizadas.
RESUMEN
Abstract INTRODUCTION: In this study, we report a clonal dissemination of carbapenem resistant Acinetobacter baumannii isolates due to the acquisition of blaOXA-23 in a regional hospital located in Brazilian Amazon Region. METHODS: The isolates were identified by MALDI-TOF and the carbapenemase-encoding genes were detected by multiplex-PCR. The genetic similarity was investigated by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). RESULTS: Only 10 (55.6%) isolates harbored the gene bla OXA-23. PFGE analysis revealed that these isolates belong to a single clone. CONCLUSIONS: This dissemination strategy indicates the need for surveillance, adoption of control procedures defined in guidelines, and the careful administration of antimicrobials should be reinforced.
Asunto(s)
Humanos , Infecciones por Acinetobacter/epidemiología , Acinetobacter baumannii/genética , Proteínas Bacterianas/genética , beta-Lactamasas/genética , Brasil/epidemiología , Resistencia a Medicamentos , Pruebas de Sensibilidad Microbiana , Electroforesis en Gel de Campo Pulsado , Epidemiología Molecular , Hospitales , Antibacterianos/farmacologíaRESUMEN
Neste estudo, investigamos a capacidade de variáveis antecedentes, entre elas internações por agressão, na previsão do número de homicídios no Brasil. O objetivo principal desta pesquisa é suprimir a lacuna referente à defasagem de informações na divulgação sobre homicídios no país, permitindo assim análises conjunturais atualizadas. Para tanto, por intermédio do esquema rolling window e da abordagem model confidence set (MCS), investigamos se modelos de variáveis antecedentes apresentam desempenho preditivo superior ao conjunto de modelos univariados. Ao aplicar a abordagem MCS, considerando diferentes estatísticas de avaliação, funções de perda e janelas de estimação, encontramos fortes evidências da capacidade das variáveis antecedentes utilizadas fornecerem conteúdoinformacional adicional na previsão da dinâmica criminal brasileira, com modelos de variáveis antecedentes sistematicamente superando modelos univariados. Na média, os melhores modelos de variáveis antecedentes apresentam melhorias relativas ao benchmark random walk, de 60% em termos de raiz do erro quadrado médio (RMSE), erro absoluto médio (MAE) e desvio absoluto médio da média (MAD).
In this article we investigate the capacity of antecedent variables, among them admissions for aggression, in the prediction of the number of homicides in Brazil. The main objective is to eliminate a gap regarding the large time lag in the dissemination of information about these deaths in the country, allowing updated conjuncture analyzes. For this, through a "rolling window" scheme and "Model Confidence Set" approach, we investigate whether multivariate models with leading variables show forecast performance superior to a set of univariate models. In applying the MCS approach, considering different evaluation statistics, loss functions and estimation windows, we find strong evidence of the ability of the leading variables used to provide additional information content in the prediction of the Brazilian criminal dynamics, with models of leading variables systematically surpassing univariate models, especially in extended periods of forecasting. In general, improvements related to the benchmark Random walk model, in terms of RMSE, MAE and MAD, are of the order of 60%.
Asunto(s)
Brasil , Estudios de Series Temporales , Homicidio , Predicción , ViolenciaRESUMEN
Observou-se a diminuição de 10,2% no número de homicídios no estado do Espírito Santo, entre 2010 e 2014. Nesse período, foram feitos substanciais investimentos no saneamento do sistema prisional e na implementação do Programa Estado Presente em Defesa da Vida, focado na diminuição das mortes violentas intencionais. O objetivo deste trabalho é investigar se a política pública levada a cabo no estado impactou o número de homicídios, utilizando metodologia de controle sintético. Os resultados indicam que, se não fosse a política adotada, o número de homicídio aumentaria em 29% entre 2010 e 2014. Comparando-se os custos financeiros correspondentes à implantação da política com o valor estatístico das vidas poupadas, estimado por Cerqueira (2014), concluímos que cada real gasto gerou um ganho de bem-estar social equivalente a R$ 2,4.
Asunto(s)
Causas Externas , Homicidio , Mortalidad , Política Pública , SeguridadRESUMEN
Este trabalho explora e analisa a base de dados do SIH/SUS para tanto, foi desenvolvido em seis capítulos. O primeiro trata da base de dados do SIH e a sua utilização na literatura científica. O segundo versa acerca da análise longitudinal da disponibilidade dos dados do SIH. O terceiro apresenta os dicionários dinâmicos de dados elaborados ano a ano, incluindo o histórico, a evolução, a conceituação das variáveis existentes e também as mudanças estruturais ocorridas no período entre 2001 e 2018. O quarto capítulo, por sua vez, exibe as questões metodológicas envolvidas na utilização desta base de dados, bem como o cálculo de alguns indicadores que serão construídos e analisados. O quinto apresenta os resultados para os indicadores obtidos nele também são feitas comparações de resultados a partir dos microdados da base do SIH, com as informações divulgadas via Tabnet, e do SIM, para efeito de avaliar a qualidade da informação disponibilizada nos microdados da base do SIH/SUS. Por fim, no último capítulo, são expostas as conclusões obtidas a respeito da base de dados do SIH.
Asunto(s)
Administración Hospitalaria , Base de Datos , Registros de Mortalidad , Sistema Único de Salud , Sistemas de Información en HospitalRESUMEN
O objetivo deste relatório é apresentar os resultados da segunda rodada da Pesquisa de Vitimização e Percepção Social em Políticas sobre Drogas na Fronteira Brasileira com o Uruguai, realizada pelo Ipea durante o mês de agosto de 2017. São resultados preliminares, pois o projeto contempla ainda a realização de uma terceira rodada. Outro relatório realizará a análise dos dados em painel. A pesquisa compõe o Plano de Monitoramento dos Efeitos da Nova Política Uruguaia de Regulação do Mercado de Cannabis sobre a Zona de Fronteira, sob a responsabilidade comum de investigadores brasileiros e uruguaios, no quadro do Protocolo de Rivera, de 16 de dezembro de 2014.
Asunto(s)
Cannabis , Política de Salud , Regulación Gubernamental , Uso de la Marihuana , Brasil , UruguayRESUMEN
Justificativa e Objetivos: A relevância clínica das Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (Iras) ocasionadas pelo Acinetobacter spp. e a confirmação da existência de cepas com multirresistência no meio hospitalar mostram a necessidade de se conhecer melhor a epidemiologia dessas infecções, a fim de auxiliar a implantação de medidas mais efetivas de prevenção e controle deste patógeno. Objetivou-se avaliar a diversidade fenotípica e o perfil de sensibilidade de Acinetobacter spp. isolados de pacientes internados, de mãos de profissionais e de superfícies inanimadas em uma Unidade de Terapia Intensiva de um hospital público da região sudeste do estado do Pará. Métodos: As coletas das superfícies e das mãos dos profissionais foram realizadas utilizando swabs umedecidos em soro fisiológico estéril e friccionados por meio de rolamento. Para análise dos dados, foram utilizadas técnicas de estatística descritiva por meio de distribuições absolutas e percentuais. Resultados: Das 163 amostras coletadas, 87 (53,4%) foram das superfícies, 47 (28,8%) dos pacientes e 29 (17,8%) das mãos dos profissionais. Em 28% observou-se o crescimento de bactérias Gram-negativas, sendo o Acinetobacter baumannii a cepa mais prevalente, estando presente nos isolados clínicos de pacientes e nas superfícies após o processo de limpeza. O A. baumannii apresentou-se resistente a todos os antimicrobianos testados. Conclusão: O A. baumannii foi a única espécie do gênero Acinetobacter a ser encontrada, sendo tais cepas resistentes a todos os antibióticos testados.(AU)
Background and Objectives: The clinical relevance of Healthcare Associated Infections caused by Acinetobacter spp. and the confirmation of the existence of strains with multi-resistance in the hospital environment show the need to know better the epidemiology of these infections, in order to help the implantation of more effective measures of prevention and control of this pathogen. The objective of this study was to evaluate the phenotypic diversity and the sensitivity profile of Acinetobacter spp. isolated from inpatients, hands of professionals and inanimate surfaces in an Intensive Care Unit of a public hospital in the southeast region of the state of Pará. Methods: The professionals' hands and surfaces were collected using swabs moistened in sterile saline and rubbed by rolling. Data analysis was performed using descriptive statistics techniques using absolute and percentage distributions. Results: Of the 163 samples collected, 87 (53.4%) came from the surfaces, 47 (28.8%) from the patients and 29 (17.8%) from the hands of professionals. Growth of Gram-negative bacteria was observed in 28%, being Acinetobacter baumannii the most prevalent strain, present in the clinical isolates of patients and on the surfaces after the cleaning process. A. baumannii was resistant to all antimicrobials tested. Conclusion: A. baumannii was the only species of the genus Acinetobacter to be found, being such strains resistant to all antibiotics tested.(AU)
Justificación y Objetivos: La relevancia clínica de las infecciones relacionadas con el cuidado de la salud ocasionadas por el Acinetobacter spp. y la confirmación de la existencia de cepas con multirresistencia en el medio hospitalario implican la necesidad de conocer mejor la epidemiología de esas infecciones, a fin de auxiliar en la implantación de medidas más efectivas de prevención y control de este patógeno. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad fenotípica y el perfil de sensibilidad de Acinetobacter spp. aislados de pacientes hospitalizados, de las manos de profesionales y de superficies inanimadas en una Unidad de Cuidados Intensivos de un hospital público en la región sureste del estado de Pará. Métodos: Las colectas de las superficies y de las manos de los profesionales se realizaron utilizando hisopos humedecidos en suero fisiológico estéril y frotados por medio de rodamiento. El análisis de los datos se realizó mediante técnicas de estadística descriptiva utilizando distribuciones absolutas y porcentuales. Resultados: De las 163 muestras recogidas, 87 (53,4%) fueron de las superficies, 47 (28,8%) de los pacientes y 29 (17,8%) de las manos de los profesionales. El crecimiento de bacterias Gram-negativas se observó en el 28,0%, siendo Acinetobacter baumannii la cepa más prevalente en los aislados clínicos de los pacientes y en las superficies después del proceso de limpieza. A. baumannii fue resistente a todos los antimicrobianos probados. Conclusiones: El A. baumannii fue la única especie del género Acinetobacter encontrada, siendo tales cepas resistentes a todos los antibióticos probados.(AU)
Asunto(s)
Humanos , Acinetobacter , Control de Infecciones , Unidades de Cuidados IntensivosRESUMEN
Retrata as mortes violentas nos municípios brasileiros com população superior a 100 mil residentes, em 2016, com base nos dados do Sistema de Informação sobre Mortalidade do Ministério da Saúde (SIM/MS). Para tanto, discute o papel da prevenção social dentro de uma abordagem de políticas efetivas de segurança pública. Neste ponto, elabora o que seja este último conceito e os sete elementos fundamentais geralmente presentes nas experiências nacionais e internacionais que lograram êxito na redução de crimes violentos, em período relativamente curto de tempo e apresenta alguns indicadores socioeconômicos selecionados (calculados com base em dados do Censo Demográfico de 2010), a fim de compor uma fotografia para cada um dos 309 municípios listados, trazendo um conjunto de gráficos que correlacionam essas medidas.
Asunto(s)
Causas Externas , Condiciones Sociales , Desarrollo Humano , Homicidio , Indicadores de Desarrollo , Mortalidad , Violencia , BrasilRESUMEN
Neste texto, analisou-se a evolução das notificações de estupro no país, entre 2011 e 2014, com base nos dados do Sistema de Informação de Agravos de Notificação (Sinan), do Ministério da Saúde (MS), caracterizando-se o fenômeno segundo esses registros administrativos. Especificamente descreveram-se o perfil de vítimas e autores, os vínculos entre eles, além de outros elementos situacionais. Verificou-se uma estabilidade estatística preocupante ao longo do período analisado: 69,9% das vítimas eram crianças e adolescentes; e mais de 10,0% das pessoas agredidas sofriam de alguma deficiência física e/ou mental. Observou-se, ao mesmo tempo, o aumento da proporção de casos de estupro coletivo, que, em 2014, responderam por 15,8% do total de casos, sendo esta proporção correspondente a 25,6% quando os autores eram desconhecidos da vítima. Outro dado estarrecedor mostrou que cerca de 40,0% dos estupradores das crianças pertenciam ao círculo familiar próximo, incluindo pai, padrasto, tio, irmão e avô. Os dados chamam a atenção para a gravidade do problema de violência de gênero no país e para a necessidade de se produzirem informações mais acuradas, de modo a possibilitar a elaboração de políticas públicas mitigadoras que envolvam as muitas agências do Estado, sobretudo no campo educacional.
Asunto(s)
Delitos Sexuales , Violación , Notificación Obligatoria , Problemas Sociales , Violencia contra la Mujer , BrasilRESUMEN
No Brasil, considerando proporcionalmente as subpopulações por raça/cor, de cada 7 indivíduos assassinados, 5 são afrodescendentes. Neste trabalho investigamos as razões desse viés de letalidade. Verificamos que, para além da posição econômica, a cor da pele influencia diretamente a probabilidade de um indivíduo sofrer homicídio. A partir de uma amostra com características socioeconômicas de residentes e de pessoas que morreram no Rio de Janeiro em 2010, construída a partir dos microdados do Censo Demográfico de 2010 e do Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM) do Datasus, encontramos evidências que os indivíduos negros possuem 23,5% a mais de chances de sofrer agressão letal e respondem por 78,9% das pessoas que estão no decil superior da distribuição de probabilidade de sofrer homicídio.
Asunto(s)
Población Negra , Homicidio , Mortalidad , Racismo , BrasilRESUMEN
Existe praticamente um consenso de que a proporção de suicídios cometidos com armas de fogo em relação ao suicídio total é a melhor maneira de medir indiretamente a prevalência dessas armas. No entanto, essa proxy não é precisa para localidades com baixa densidade populacional, tendo em conta que os suicídios são eventos raros. Para contornar esse problema, exploramos as características socioeconômicas das vítimas de suicídio, de modo a propor uma nova proxy para prevalência de arma de fogo. Avaliamos o nosso indicador com microdados de suicídio do Ministério da Saúde (MS), entre 2000 e 2010.
Asunto(s)
Armas , Armas de Fuego , Causas Externas , Mortalidad , Suicidio , Violencia , Interpretación Estadística de DatosRESUMEN
Esta Nota Técnica enfoca a a relação entre a diminuição da idade de imputabilidade penal, a educação e a criminalidade violenta. Para tanto, discute a relação entre juventude e criminalidade, segundo a literatura criminológica. Aborda os marcos teóricos, bem como as evidências empíricas, que identificam como a abordagem judicial e a abordagem clássica de bem-estar afetam a taxa de crimes violentos. Apresenta alguns dados sobre o caso brasileiro, quando será discutido o que é mais efetivo no caminho da segurança pública no Brasil: mais oportunidades educacionais ou mais punição para os jovens?
Asunto(s)
Adolescente , Brasil , Causas Externas , Homicidio , Imputabilidad , Mortalidad , ViolenciaRESUMEN
Esta nota técnica analisa, por meio de modelos de regressão logística, os condicionantes associados à probabilidade de a vítima: 1) sofrer estupros repetidos; 2) contrair DST; 3) passar por tratamento profilático contra DST; 4) fazer aborto legal; e 5) ser encaminhada pela unidade de saúde a outros órgãos públicos.
Asunto(s)
Delitos Sexuales , Violación , Heridas y Lesiones , Servicios de Salud , Sistema Único de Salud , Violencia contra la Mujer , BrasilRESUMEN
OBJETIVOS: Avaliar a consolidação de pseudoartrose transtrocanteriana tratada com osteotomia de valgização subtrocantérica. MÉTODOS: Estudo retrospectivo de série de casos. No período de setembro de 1998 a janeiro de 2009 foram reoperados no Serviço de Ortopedia e Traumatologia do Hospital Geral de Goiânia (HGG), pelo grupo de quadril, 17 pacientes com diagnóstico de não consolidação de fratura transtrocanteriana. Apresentavam dor no local da fratura, ângulo de varismo do fêmur menor ou igual a 120° e não consolidação da fratura no terceiro mês do primeiro pós-operatório. RESULTADOS: Pacientes com idade variando entre 30 e 73 anos, com seguimento máximo de nove anos e mínimo de um ano. O tempo médio entre a primeira cirurgia e a osteotomia de correção foi de seis meses. A consolidação foi evidenciada em 16 pacientes. A média de consolidação foi de 12 semanas de pós-operatório. O ângulo de varização pré-operatório do quadril foi calculado e sua média foi de 105 º de varo, sendo o maior 120 º e o menor 90 º. O ângulo da valgização pós-operatório foi calculado e sua média foi de 144 º de valgo, sendo o maior de 155 º e o menor de 135 º. Tivemos um caso de insucesso: paciente de 78 anos, que realizou a osteotomia, fixada com DHS de 150 º, com valgização para 154 º, após seis meses de acompanhamento sem consolidação da fratura, foi optado por uma artroplastia total de quadril cimentada, sem intercorrências. CONCLUSÃO: As osteotomias valgizantes subtrocantéricas podem ser indicadas para o tratamento das pseudoartroses em fraturas transtrocantéricas, com bons resultados finais de consolidação, evitando a substituição protética e mantendo uma fixação biológica, além de restabelecer o eixo mecânico e anatômico do membro acometido.
OBJECTIVES: to evaluate valgus subtrochanteric osteotomy for the treatment of trochanteric non-union. METHODS: A retrospective study of cases series. From 1998 September to 2009 January, seventeen (17) cases with a diagnosis of non-union of trochanteric fracture were re-operated by the hip group of the Ortophaedic And Traumatology service of the Hospital Geral de Goiania (HGG). The patients presented pain at the fracture site, a femoral varus angle of less than 120°, and non-union of the fracture in the 3rd months after the initial surgery. RESULTS: Patients with ages ranging from 30 to 73 years, with a maximum follow-up of 09 years and minimum of 09 years. The mean time from first surgery to osteotomy was six months. Bone union was observed in 16 patients, with a mean union time of 12 weeks after surgery. The mean hip varus angle was 105(0) (120(0) to 90(0)). After surgery, the mean hip valgus angle was 144(0) (155(0) to 135(0)). We had one unsuccessful case; a 78-year old patient who had osteogtomy, fixed with DHS of 150(0), with valgization to 154(0). After six months of follow-up without union of the fracture, it was decided to perform total cemented hip artroplasthy, without complications. CONCLUSION: Valgus subtrochanteric osteotomies can be indicated for the treatment of trochanteric treatment of pseudoarthroses, with good final results for bone union, avoiding the need for total hip artroplasthy and maintaining biological fixation, as well as reestablishing the mechanical and anatomical axis of the affected limb.
Asunto(s)
Humanos , Masculino , Adulto , Persona de Mediana Edad , Fracturas del Fémur , Fracturas de Cadera , SeudoartrosisRESUMEN
Eighty-nine patients with lower cervical spine fractures or dislocations were evaluated for risk factors of neurological lesion. The age, sex, level and pattern of fracture and sagittal diameter of the spinal canal were analysed. There were no significant differences on the age, gender, level and Torg's ratio between intact patients and those with nerve root injury, incomplete or complete spinal cord injuries. Bilateral facet dislocations and burst fractures are a significant risk factor of spinal cord injury