BOSC 2023, the 24th annual Bioinformatics Open Source Conference.

The 24th annual Bioinformatics Open Source Conference ( BOSC 2023) was part of the 2023i conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2023). Launched in 2000 and held yearly since, BOSC is the premier meeting covering open-source bioinformatics and open science. Like ISMB 2022, the 2023 meeting was a hybrid conference, with the in-person component hosted in Lyon, France. ISMB/ECCB attracted a near-record number of attendees, with over 2100 in person and about 900 more online. Approximately 200 people participated in BOSC sessions. In addition to 43 talks and 49 posters, BOSC featured two keynotes: Sara El-Gebali, who spoke about "A New Odyssey: Pioneering the Future of Scientific Progress Through Open Collaboration", and Joseph Yracheta, who spoke about "The Dissonance between Scientific Altruism & Capitalist Extraction: The Zero Trust and Federated Data Sovereignty Solution." Once again, a joint session brought together BOSC and the Bio-Ontologies COSI. The conference ended with a panel on Open and Ethical Data Sharing. As in prior years, BOSC was preceded by a CollaborationFest, a collaborative work event that brought together about 40 participants interested in synergistically combining ideas, shaping project plans, developing software, and more.

Validation of a Guideline for Nurses Taking Care of Patients With Liver Cirrhosis in the Context of COVID-19 in the Emergency Department.

The objective of this study was to prepare and validate the content of a guideline for nursing care of adult patients with liver cirrhosis and COVID-19 treated in the emergency department. The study was conducted in two stages: first, the guideline was developed based on an integrative literature review and existing guidelines on the topic. The guideline was prepared with six domains and 64 care items. In the second stage, 15 specialists in urgency and emergency services performed content validation of the guideline. The data were analyzed using the Content Validity Index, with reliability assessed through Cronbach's α. The judges validated the guide regarding language clarity, objectivity, theoretical relevance, and practical pertinence. The value of the guideline's Content Validity Index was 0.96. Cronbach's α reliability reached a value of 0.93. The judges validated all domains and items of the guideline for theoretical relevance and practical pertinence, to be used by researchers and clinical practice professionals in the nursing area.

Determinantes sociais de saúde associados à reinternação hospitalar de pessoas com HIV / Determinantes sociales de la salud asociados a la reinternación hospitalaria de personas con VIH / Social determinants of health associated with hospital readmissions of people with HIV

Resumo Objetivo Avaliar a associação entre os determinantes sociais de saúde e a ocorrência de reinternação hospitalar de pessoas vivendo com HIV. Métodos Estudo transversal, com dados de 262 prontuários de pessoas com HIV, que foram internadas no período de 12 meses, em Fortaleza, Ceará. Foram incluídos prontuários disponíveis na íntegra no arquivo hospitalar. A variável de desfecho foi analisada de duas formas: reinternação como variável dicotômica (sim/não) e de forma multinomial, por meio do número de reinternações (nenhuma, 1-2, 3 ou ≥4 reinternações). Foi considerado significante p<0,05 com nível de confiança de 95%. Resultados Das pessoas que faziam uso de drogas ilícitas, 63% (n=51) apresentavam reinternação, em comparação aos 47,3% (n=71) daqueles não faziam uso (p=0,02). Houve reinternação em 66,7% (n=36) das pessoas que recebiam até um salário mínimo e 48% (n=71) das que recebiam entre um e dois salários mínimos. Ocorreu percentual de 30,8% (n=12) de reinternação em afastados do trabalho, 41,3%; (n=26) em pessoas que estavam exercendo atividades laborais e 60,9% (n=70) de reinternação em desempregados (p=0,001). Conclusão O determinante social de saúde individual relacionado às reinternações que obteve destaque foi idade ≥ 40 anos; quanto aos determinantes proximais, uso de drogas ilícitas esteve mais relacionado às reinternações registradas. O determinante intermediário com maior evidência de reinternação esteve relacionado à situação de trabalho, uma vez que os desempregados apresentaram maior percentual de três ou mais internações. Assim, os determinantes sociais de saúde com impacto na ocorrência de reinternação hospitalar de pessoas vivendo com HIV, foram: uso de drogas ilícitas, pessoas que recebiam valor menor ou igual a um salário mínimo e os desempregados.

Resumen Objetivo Evaluar la relación entre los determinantes sociales de la salud y los episodios de reinternación hospitalaria de personas que viven con el VIH. Métodos Estudio transversal, con datos de 262 historias clínicas de personas con VIH que fueron internadas durante un período de 12 meses en Fortaleza, Ceará. Se incluyeron historias clínicas disponibles en su totalidad en el archivo hospitalario. La variable de resultado fue analizada de dos formas: reinternación como variable dicotómica (sí/no) y de forma multinomial, mediante el número de reinternaciones (ninguna, 1-2, 3 o ≥4 reinternaciones). Se consideró significante p<0,05, con nivel de confianza de 95 %. Resultados De las personas que consumían drogas ilícitas, el 63 % (n=51) presentó reinternación, comparado con el 47,3 % de los que no consumían (p=0,02). Hubo reinternación en el 66,7 % (n=36) de las personas que ganaban hasta un salario mínimo y en el 48 % (n=71) de las que ganaban entre uno y dos salarios mínimos. Se observó un porcentaje de 30,8 % (n=12) de reinternaciones en personas con licencia laboral, un 41,3 % (n=26) en personas que estaban ejerciendo actividades laborales y un 60,9 % (n=70) de reinternaciones en personas desempleadas (p=0,001). Conclusión El determinante social de la salud individual relacionado con las reinternaciones que predominó fue la edad ≥ 40 años. Respecto a los determinantes proximales, el consumo de drogas ilícitas se vio más relacionado con las reinternaciones registradas. El determinante intermedio con mayor evidencia de reinternación se relacionó con la situación laboral, dado que las personas desempleadas presentaron un porcentaje mayor de tres internaciones o más. De esta forma, los determinantes sociales de la salud con impacto en los episodios de reinternación hospitalaria de personas que viven con el VIH fueron: consumo de drogas ilícitas, personas que ganaban un valor menor o igual a un salario mínimo y personas desempleadas.

Abstract Objective To assess the association between social determinants of health and occurrence of hospital readmissions of people living with HIV. Methods This is a cross-sectional study, with data from 262 medical records of people with HIV who were hospitalized within a 12-month period, in Fortaleza, Ceará. Medical records available in full in the hospital file were included. The outcome variable was analyzed in two ways: readmission as a dichotomous variable (yes/no) and in a multinomial way, through the number of readmissions (none, 1-2, 3 or ≥4 readmissions). P<0.05 was considered significant with a confidence level of 95%. Results Of the people who used illicit drugs, 63% (n=51) were readmitted, compared to 47.3% (n=71) of those who did not use them (p=0.02). There was readmission in 66.7% (n=36) of people who earned up to one minimum wage and 48% (n=71) of those who earned between one and two minimum wages. There was a percentage of 30.8% (n=12) of rehospitalization in those away from work; 41.3% (n=26) in people who were performing work activities; and 60.9% (n=70) of readmission in unemployed. Conclusion The individual social determinant of health related to readmissions that stood out was age ≥ 40 years. Regarding the proximal determinants, illicit drug use was more related to the readmissions recorded. The intermediate determinant with the highest evidence of rehospitalization was related to the employment situation, since unemployed individuals had a higher percentage of three or more hospitalizations. Thus, the social determinants of health with an impact on the occurrence of hospital readmissions of people living with HIV were illicit drug use, people who received less than or equal to a minimum wage and who were unemployed.

Educational technologies for HIV prevention in black people: scope review / Tecnologías educativas para la prevención del VIH en negros: revisión del alcance / Tecnologias educativas para prevenção do HIV em negros: revisão de escopo

ABSTRACT Objective: To map the educational technologies implemented for HIV prevention in black people. Method: Scope review, performed according to the recommendations of The Joanna Briggs Institute, in Medline/PubMed, Embase, LILACS, CINAHL, Scopus, Cochrane and PsycINFO databases, using the Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta- Analyses extension for Scoping Reviews (PRISMA-ScR). Results: There were 14 studies published between 1999 and 2020. The main health impacts for black people involved a reduction in rates of unprotected sex, greater use of condoms, a decrease in risky behaviors, a minimization of the number of partners, a greater request for HIV testing and an increase in the use of Pre-exposure prophylaxis (PrEP). Conclusion: The educational technologies mapped were: workshops, courses, messages, dramatization, videos, application, pamphlet, media and radio campaigns, Facebook groups, website, computer programs and multimedia software.

RESUMEN Objetivo: Mapear las tecnologías educativas implementadas para la prevención del VIH en negros. Método: Revisión de alcance, realizada de acuerdo con las recomendaciones de The Joanna Briggs Institute, en las bases de datos Medline/PubMed, Embase, LILACS, CINAHL, Scopus, Cochrane y PsycINFO, utilizando Preferred Reporting Items for Systematic reviews y Meta-Analysis extension for Scoping Reviews (PRISMA-ScR). Resultados: Se publicaron 14 estudios entre 1999 y 2020. Los principales impactos en la salud de los negros involucraron una reducción en las tasas de sexo sin protección, mayor uso de condones, una disminución en los comportamientos de riesgo, una minimización del número de parejas, una mayor solicitud de pruebas de VIH y un aumento en el uso de Pre-exposición profilaxis (PrEP). Conclusión: Las tecnologías educativas mapeadas fueron: talleres, cursos, mensajes, dramatización, videos, aplicación, folleto, campañas en medios y radio, grupos de Facebook, sitio web, programas informáticos y software multimedia.

RESUMO Objetivo: Mapear as tecnologias educativas implementadas para prevenção do HIV em negros. Método: Revisão de escopo, realizada conforme as recomendações do The Joanna Briggs Institute, nas bases de dados Medline/PubMed, Embase, LILACS, CINAHL, Scopus, Cochrane e PsycINFO, utilizando-se do instrumento Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses extension for Scoping Reviews (PRISMA-ScR). Resultados: Encontraram-se 14 estudos publicados entre 1999 e 2020. Os principais impactos para saúde dos negros envolveram a redução das taxas de relações sexuais desprotegidas, o maior uso de preservativos, a diminuição de comportamentos de risco, a minimização do número de parceiros, a maior solicitação de testagens para HIV e o aumento do uso de Profilaxia Pré-exposição (PrEP). Conclusão: As tecnologias educativas mapeadas foram: workshops, cursos, mensagens, dramatização, vídeos, aplicativo, panfleto, campanhas de mídia e de rádio, grupos de Facebook, site, programas de computadores e softwares multimídia.

Educational technologies for HIV prevention in black people: scope review.

OBJECTIVE: To map the educational technologies implemented for HIV prevention in black people. METHOD: Scope review, performed according to the recommendations of The Joanna Briggs Institute, in Medline/PubMed, Embase, LILACS, CINAHL, Scopus, Cochrane and PsycINFO databases, using the Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta- Analyses extension for Scoping Reviews (PRISMA-ScR). RESULTS: There were 14 studies published between 1999 and 2020. The main health impacts for black people involved a reduction in rates of unprotected sex, greater use of condoms, a decrease in risky behaviors, a minimization of the number of partners, a greater request for HIV testing and an increase in the use of Pre-exposure prophylaxis (PrEP). CONCLUSION: The educational technologies mapped were: workshops, courses, messages, dramatization, videos, application, pamphlet, media and radio campaigns, Facebook groups, website, computer programs and multimedia software.

Tecnossocialidade no cotidiano da pessoa com cirrose hepática: Revisão integrativa / Tecnosocialidad en la vida diaria de las personas con cirrosis hepática: Revisión integrativa / Technosociality in the daily life of a person with liver cirrhosis: Integrative review

Objetivo: identificar e refletir o uso da tecnossocialidade no cotidiano das pessoas com cirrose hepática para a promoção da saúde.Método:revisão integrativa desenvolvida de junho a dezembro de 2021 .A busca pelos estudos foi atemporal realizada nas bases da PUBMED, Scopus e Biblioteca Virtual em Saúde,a partir dos descritores Rede Social, Internet e Cirrose Hepática. Os estudos foram selecionados seguindo o fluxograma PRISMA.Resultados: foram inclusos 13 estudos divididos em duas categorias: 1. Tecnossocialidade: alfabetização e letramento digital, necessidade de avaliação da propriedade e proficiência tecnológica ;2. Tecnossocialidade: uso de aplicativos como ferramenta terapêutica para a promoção da saúde, estratégia de monitoramento remoto para o gerenciamento e cuidado da pessoa com cirrose. Conclusão:a tecnologia está no cotidiano das pessoas com cirrose. A alfabetização digital e o uso deaplicativos são estratégias importantespara a promoção da saúde da pessoa com cirrose hepática.(AU)

Objective: to identify and reflect on the use of technosociality in the daily lives of people with liver cirrhosis for health promotion. Method: integrative review developed from June to December 2021. The search was conducted with no time limitin the databases PUBMED, Scopus and Virtual Health Library using the descriptors Social Network, Internet and Liver Cirrhosis. The studies were selected following the PRISMA flowchart. Results: 13 studies were included divided into two categories: 1. Technosociality: digital literacy, emphasizing the need for assessment of ownership and technological proficiency; 2. Technosociality: use of applications as a therapeutic tool for health promotion, remote monitoring strategy for the management and care of the person with cirrhosis. Conclusion: technology is in the daily life of people with cirrhosis. Digital literacy and the use of applications are important strategies for health promotion of people with liver cirrhosis.(AU)

Objective: to identify and reflect on the use of technosociality in the daily lives of people with liver cirrhosis for health promotion. Method: integrative review developed from June to December 2021. The search was conducted with no time limitin the databases PUBMED, Scopus and Virtual Health Library using the descriptors Social Network, Internet and Liver Cirrhosis. The studies were selected following the PRISMA flowchart. Results: 13 studies were included divided into two categories: 1. Technosociality: digital literacy, emphasizing the need for assessment of ownership and technological proficiency; 2. Technosociality: use of applications as a therapeutic tool for health promotion, remote monitoring strategy for the management and care of the person with cirrhosis. Conclusion: technology is in the daily life of people with cirrhosis. Digital literacy and the use of applications are important strategies for health promotion of people with liver cirrhosis.(AU)

Objetivo: identificar y reflexionar sobre el uso de latecnosocialidadenla vida cotidiana de las personas concirrosis hepática para lapromoción de lasalud. Método:revisión integradora desarrollada de junio a diciembre de 2021. La búsqueda se realizo sinlímite de tiempoenlas bases PUBMED, Scopus y Virtual Health Library a partir de losdescriptoresRed Social, Internet y Cirrosis Hepática. Los estudios se seleccionaronsiguiendoel diagrama de flujo PRISMA. Resultados:incluyeron 13 estudios, divididos en dos categorías: 1. Tecnosocialidad: alfabetizacióndigital,evaluarlapropiedadtecnológica; 2. Tecnosocialidad: uso de aplicaciones como herramientaterapéutica para lapromoción de lasalud, estrategia de monitorización remota para lagestión y el cuidado. Conclusión:latecnología está enla vida cotidiana de las personas concirrosis. La alfabetización digital y el uso de aplicacionessonestrategiasparalapromoción de lasalud.(AU)

Risk factors for renal impairment in patients with hematological cancer receiving antineoplastic treatment.

PURPOSE: Antineoplastic treatments, mainly chemotherapy, affect the kidneys, causing toxicity, and can trigger acute and chronic kidney injuries. This study aimed to analyze the prevalence of renal disorders in patients with oncohematological neoplasms receiving antineoplastic treatment. METHODS: This retrospective cohort study included 75 patients with hematological cancer who underwent chemotherapy between 2012 and 2018 in the Hematology Sector of the Walter Cantídeo University Hospital of the Federal University of Ceará. Sociodemographic and clinical data, blood biochemical assessment findings, and glomerular filtration rate (GFR) were analyzed using the Chronic Kidney Disease Epidemiology Collaboration (CKD-EPI) equation. The data were tabulated; transferred to the Statistical Package for the Social Sciences software, version 20.0; and analyzed using Pearson's chi-square test or Fisher's exact test for categorical variables followed by a multinomial logistic regression model (p < 0.05). RESULTS: The prevalence of renal disorders was 52.4% according to the CKD-EPI equation for GFR events. There was a significant association between the decrease in GFRs and the following variables: female sex (p = 0.002), diagnosis of multiple myeloma (p = 0.008), start of treatment within 40 days (p = 0.005), and the following antineoplastic treatments: cyclophosphamide, vincristine, and prednisone (p = 0.026); irarubicin (p = 0.032); azacytidine, dexamethasone, and cyclophosphamide (p < 0.001); zoledronic acid (p < 0.001); and pamidronate (p = 0.012). CALGB 8811 (p < 0.001) was inversely associated with a reduction in the GFR. CONCLUSIONS: The prevalence of renal disorders was high in patients with oncohematological neoplasms receiving antineoplastic treatment. This requires periodic monitoring of the evaluation of renal function since reductions in GFRs were significantly associated with different treatment protocols used.

A genome-wide screen for variants influencing certolizumab pegol response in a moderate to severe rheumatoid arthritis population.

Certolizumab pegol (CZP) is a PEGylated Fc-free tumor necrosis factor (TNF) inhibitor antibody approved for use in the treatment of rheumatoid arthritis (RA), Crohn's disease, psoriatic arthritis, axial spondyloarthritis and psoriasis. In a clinical trial of patients with severe RA, CZP improved disease symptoms in approximately half of patients. However, variability in CZP efficacy remains a problem for clinicians, thus, the aim of this study was to identify genetic variants predictive of CZP response. We performed a genome-wide association study (GWAS) of 302 RA patients treated with CZP in the REALISTIC trial to identify common single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with treatment response. Whole-exome sequencing was also performed for 74 CZP extreme responders and non-responders within the same population, as well as 1546 population controls. No common SNPs or rare functional variants were significantly associated with CZP response, though a non-significant enrichment in the RA-implicated KCNK5 gene was observed. Two SNPs near spondin-1 and semaphorin-4G approached genome-wide significance. The results of the current study did not provide an unambiguous predictor of CZP response.

Terapia ocupacional em uma clínica pediátrica cardiológica durante a pandemia de COVID-19: relato da experiência de uma residente / Occupational therapy in a pediatric cardiological clinic during the COVID-19 pandemic: experience report of a resident

Resumo O tratamento hospitalar das crianças com cardiopatias produz cerceamento das suas atividades rotineiras como banho, alimentação, escolarização e ludicidade; tal cerceamento se agravou durante a pandemia da COVID-19. Os protocolos de segurança do paciente e de biossegurança hospitalares que objetivam melhoria da qualidade das ações do cuidado e controle de infecção tendem a gerar uma realidade de anonimato, despersonalização, o que pode exacerbar a presença do temor relativo à dor e à ameaça de morte nos usuários e seus familiares. Os ambientes deste contexto que simbolizavam cuidados essenciais à vida agora passam a ser compreendidos, por parte da população, como o local de maior possibilidade de infecção pelo novo coronavírus. Este conjunto de fatores pode afetar a vida da criança cardiopata, diante da urgência da terapêutica hospitalar, influenciando negativamente na aceitação das intervenções realizadas neste contexto. Este artigo descreve a vivência sobre a atuação de uma residente de terapia ocupacional no programa em Atenção à Saúde Cardiovascular no contexto hospitalar durante a pandemia COVID-19, sobretudo no ano de 2020, em uma enfermaria pediátrica cardiológica. Trata-se de um estudo de caráter descritivo e cunho qualitativo do tipo relato de experiência profissional. Foi observado que a assistência e o cuidado às crianças e acompanhantes se tornaram restritos aos indivíduos que compartilhavam do mesmo ambiente de enfermaria e com os integrantes da equipe durante as intervenções. Diante disso, o terapeuta ocupacional se apresentou como o profissional habilitado para identificar rupturas no cotidiano, refletir e intervir em novas formas de atender às demandas ocupacionais e desenvolver recursos e adaptações que correspondessem às necessidades de cada usuário.

Abstract Hospital treatment of children with congenital heart disease during the SARS-CoV-2 pandemic restricts their daily activities such as bathing, eating, studying, and leisure. The protocols of patient safety and hospital biosafety that aim to improve the care quality actions and infection control tend to generate a reality of anonymity, depersonalization, which exacerbates the presence of fear related to pain and the threat of death in patients and their families. In this context, the environments that symbolized essential care for life now come to be understood by the population, as a place of the great possibility of infection by the new coronavirus. This set of factors can affect the lives of children with heart disease, given the urgency of hospital therapy, negatively influencing the acceptance of interventions performed in this context. To reflect on these aspects, this study describes the professional experiences that occurred during the COVID-19 pandemic in 2020 provided by a Cardiovascular Health Care Residency program. It is a descriptive and qualitative study of professional experience reports. In this, it was observed that the interaction of children and companions became restricted to individuals who shared the same ward environment and with the team members during the interventions. Because of this, the occupational therapist is the qualified professional to identify disruptions in daily life, reflect and intervene in new ways to meet occupational demands, develop resources and adaptations that corresponded to the needs of each patient.

Uso de profilaxia pós-exposição para o HIV na população jovem: revisão integrativa / Use of post-exposure prophylaxis for HIV in young people: an integrative review

RESUMO Objetivo identificar o uso da profilaxia pós-exposição para HIV na população jovem em contexto de comportamento sexual de risco. Métodos trata-se de uma revisão integrativa, com busca nas bases LILACS, MEDLINE, CINAHL, SCOPUS, SciELO e COCHRANE, utilizando os descritores principais: HIV, HIV Infections, Health Education, Technology e Post-Exposure Prophylaxis relacionados por meio dos operadores booleanos AND e OR. Resultados contemplaram a amostra final 16 estudos, implementados majoritariamente com homens que fazem sexo com homens. Os artigos foram classificados e analisados a partir das categorias: avaliação de conhecimento; barreiras/desafios para adesão à profilaxia pós-exposição; população usuária da profilaxia pós-exposição; e tecnologias educativas. Conclusão a não adesão esteve relacionada ao desconhecimento de informações básicas como indicação da profilaxia pós-exposição, local de fornecimento, posologia e efeitos colaterais. Contribuições para a prática: síntese do conhecimento sobre o uso da profilaxia pós-exposição por jovens. Além de incrementar pesquisas que versem sobre jovens em contexto de comportamento sexual de risco, principalmente, no âmbito da enfermagem, subsidia a elaboração de estratégias de educação em saúde.

ABSTRACT Objective to identify the use of post-exposure prophylaxis for HIV in young people in the context of sexual risk behavior. Methods this is an integrative review, with search in LILACS, MEDLINE, CINAHL, SCOPUS, SciELO and COCHRANE, using the main descriptors: HIV, HIV Infections, Health Education, Technology and Post-Exposure Prophylaxis related through the Boolean operators AND and OR. Results the final sample included 16 studies, mostly implemented with men who have sex with men. The articles were classified and analyzed from the categories: knowledge assessment; barriers/challenges to adherence to post-exposure prophylaxis; population using post-exposure prophylaxis; and educational technologies. Conclusion non-adherence was related to the ignorance of basic information such as the indication of post-exposure prophylaxis, place of delivery, dosage, and side effects. Contributions to practice synthesis of knowledge about the use of post-exposure prophylaxis by young people. In addition to increasing research on young people in the context of risky sexual behavior, especially in the nursing field, it subsidizes the development of health education strategies.

Diagnósticos de enfermagem em pacientes com cirrose hepática em um serviço hospitalar de emergência / Nursing diagnoses in patients with liver cirrhosis in an emergency hospital service

Introdução: O estudo foi desenvolvido com o intuito de destacar a importância dos diagnósticos de enfermagem em pacientes cirróticos, em decorrência do aumento de casos de doenças hepáticas. Objetivo: Descrever as variáveis sociodemográficas e clínicas e elencar os diagnósticos de enfermagem da Associação Norte-Americana de Diagnósticos de Enfermagem (NANDA-I) em pacientes com cirrose hepática atendidos em uma emergência hospitalar. Material e Métodos: Pesquisa quantitativa, descritiva e transversal, realizada com 59 pacientes atendidos em uma emergência de um hospital universitário no sul do Brasil, no período de abril a junho de 2018. Resultados: Prevaleceu durante a pesquisa a população do sexo masculino com 66,1% e de baixo nível educacional, tendo o álcool como principal etiologia da doença com 44,1% e a presença de comorbidades como a hipertensão com 14,8% e o diabetes com 15,6%. Foram identificados seis diagnósticos de enfermagem com maior prevalência: risco de infecção, risco de desequilíbrio eletrolítico, nutrição desequilibrada (menor do que as necessidades corporais), dor aguda, volume de líquidos excessivo e risco de sangramento. Conclusão: As características sociodemográficas apresentadas neste estudo corroboram os achados já amplamente conhecidos em doença hepática. Os diagnósticos de enfermagem identificados foram condizentes com as repercussões fisiopatológicas da cirrose hepática, destacando-se o predomínio dos diagnósticos de risco.

Introduction: The study was developed with the aim of highlighting the importance of nursing diagnoses in cirrhotic patients, due to the increase in cases of liver disease. Objective: Describe the sociodemographic and clinical variables and list the nursing diagnoses of the North American Association of Nursing Diagnoses (NANDA-I) in patients with liver cirrhosis treated in a hospital emergency. Material and Methods: Quantitative, descriptive and cross-sectional research, conducted with 59 patients seen in an emergency department of a university hospital in southern Brazil, from April to June 2018. Results: There was a predominance during the research of the male population with 66.1% and of low educational level, with approximately 54.2% having completed elementary school, with alcohol as the main etiology of the disease with 44.1% and the presence of comorbidities such as hypertension with 14.8% and diabetes with 15.6%. Six nursing diagnoses with higher prevalence were identified: risk of infection, risk of electrolyte imbalance, unbalanced nutrition (less than body needs), acute pain, excessive fluid volume and risk of bleeding. Conclusion: The sociodemographic characteristics presented in this study corroborate the already widely known findings in liver disease. The nursing diagnoses identified were consistent with the pathophysiological repercussions of liver cirrhosis, highlighting the predominance of risk diagnoses.

BOSC 2021, the 22nd Annual Bioinformatics Open Source Conference.

The 22nd annual Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2021, open-bio.org/events/bosc-2021/) was held online as a track of the 2021 Intelligent Systems for Molecular Biology / European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) conference. Launched in 2000 and held every year since, BOSC is the premier meeting covering topics related to open source software and open science in bioinformatics. In 2020, BOSC partnered with the Galaxy Community Conference to form the Bioinformatics Community Conference (BCC2020); that was the first BOSC to be held online. This year, BOSC returned to its roots as part of ISMB/ECCB 2021. As in 2020, the Covid-19 pandemic made it impossible to hold the conference in person, so ISMB/ECCB 2021 took place as an online meeting attended by over 2000 people from 79 countries. Nearly 200 people participated in BOSC sessions, which included 27 talks reviewed and selected from submitted abstracts, and three invited keynote talks representing a range of global perspectives on the role of open science and open source in driving research and inclusivity in the biosciences, one of which was presented in French with English subtitles.

Fatores associados a óbitos de adultos hospitalizados vivendo com AIDS / Factores associated with deaths of hospitalized adults living whith AIDS / Factores asociados con la muerte en adultos hospitalizados con SIDA

Este trabalho visa identificar os fatores associados a óbitos de adultos hospitalizadas com aids. Para isso, foi realizado estudo do tipo transversal, desenvolvido mediante dados secundários obtidos de prontuários hospitalar de 263 adultos com diagnóstico de aids em Fortaleza, Ceará. As variáveis sociodemográficas e clínicas foram consideradas preditoras e o óbito foi a variável desfecho. Foram expressas as frequências absoluta e relativa de cada variável e aplicados os testes exato de Fisher ou qui-quadrado de Pearson. Os fatores relacionados significativamente ao risco de óbito entre adultos foram: ensino fundamental incompleto (p = 0,001, OR = 1,85; IC = 1,02-3,37), estar afastado do trabalho (p = 0,039, OR = 1,59; IC = 0,81-3,23), possuir doença renal (92%; OR = 3,05; IC = 1,49-6,59), sífilis (85%; OR = 3,05; IC = 1,49-6,58), herpes simples (95%; OR = 3,98; IC = 1,16-19,01), histoplasmose (82%; OR = 0,22; I.C = 0,09-0,46), última contagem de LTCD4 < 200 (p = 0,002; OR = 3,35; IC = 1,37-9,20), queixas de dispneia e febre na admissão hospitalar (p < 0,001; OR = 0,74; IC = 0,20-2,67), tempo de internamento até sete dias (p < 0,001; OR = 0,12; IC = 0,03-0,33), primeira admissão no hospital (p = 0,002; OR = 2,15; IC = 1,31-3,55), acima de três internações no hospital (p = 0,003; OR = 3,09; IC = 1,43-6,88), ter sido internado em UTI (p < 0,001; OR = 0,12; IC = 0,04-0,28), ter realizado hemodiálise (p < 0,001; OR = 0,09; IC = 0,02-0,24), ventilação mecânica (p < 0,001; OR = 0,06; IC = 0,02-0,14) e recebido hemocomponentes e/ou hemoderivados (p < 0,001; OR = 0,18; IC = 0,10-0,32). Com esses dados, concluímos que os óbitos de adultos com aids aconteceram majoritariamente entre pessoas com condições sociodemográficas vulneráveis e com incidência considerável de doenças oportunistas, com demandas de cuidados intensivos.

This cross-sectional study identifies the factors associated with deaths of hospitalized adults with AIDS. Secondary data were collected from the hospital records of 263 adults diagnosed with AIDS in Fortaleza, Ceará, Brazil. Sociodemographic and clinical variables were considered predictors and death the outcome variable. The absolute and relative frequencies of each variable were expressed and Fisher's exact or Pearson's chi-square tests were applied. Factors significantly related to the risk of death among adults were: having incomplete primary education (p = 0.001, OR = 1.85; CI = 1.02-3.37), being off work (p = 0.039, OR = 1.59; CI = 0.81-3.23), having kidney disease (92%; OR = 3.05; CI = 1.49-6.59), syphilis (85%; OR = 3.05; CI = 1.49-6.58), herpes simplex (95%; OR = 3.98; CI = 1.16-19.01), histoplasmosis (82%; OR = 0.22; IC = 0.09-0.46), last LTCD4 count < 200 (p = 0.002; OR = 3.35; IC = 1.37-9.20), complaints of dyspnea and fever on hospital admission (p < 0.001; OR = 0.74; IC = 0.20-2.67), length of stay up to seven days (p < 0.001; OR = 0.12; IC = 0.03-0.33), first hospital admission (p = 0.002; OR = 2.15; IC = 1.31-3.55), over 3 hospital admissions (p = 0.003; OR = 3.09; IC = 1.43-6.88), ICU admission (p < 0.001; OR = 0.12; IC = 0.04-0.28), having performed hemodialysis (p < 0.001; OR = 0.09; IC = 0.02-0.24), mechanical ventilation (p < 0.001; OR = 0.06; IC = 0.02-0.14), and receiving hemocomponents and/or hemoderivatives (p < 0.001; OR = 0.18; IC = 0.10-0.32). In conclusion, deaths of adults with AIDS occurred mostly among those with vulnerable sociodemographic conditions and with considerable incidence of opportunistic diseases, demanding intensive care.

Este trabajo pretende identificar los factores asociados a óbito en adultos hospitalizados con sida. Para ello, se realizó un estudio transversal, basado en datos secundarios obtenidos de historias clínicas de 263 adultos con diagnóstico de sida en Fortaleza, Ceará (Brasil). Las variables sociodemográficas y clínicas fueron consideradas predictoras; y el óbito fue la variable resultado. Se expresaron las frecuencias absoluta y relativa de cada variable y se aplicaron las pruebas exactas de Fisher o chi-cuadrado de Pearson. Los factores relacionados significativamente al riesgo de óbito entre adultos fueron: poseer enseñanza primaria incompleta (p = 0,001, OR = 1,85; IC = 1,02-3,37), estar alejado del trabajo (p = 0,039, OR = 1,59; IC = 0,81-3,23), poseer Enfermedad Renal (92%; OR = 3,05; IC = 1,49-6,59), sífilis (85%; OR = 3,05; IC = 1,49-6,58), herpes simple (95%; OR = 3,98; IC = 1,16-19,01), histoplasmosis (82%; OR = 0,22; IC = 0,09-0,46), último conteo de LTCD4 < 200 (p = 0,002; OR = 3,35; IC = 1,37-9,20), quejas de disnea y fiebre en la admisión hospitalaria (p < 0,001; OR = 0,74; IC = 0,20-2,67), tiempo de hospitalización hasta siete días (p < 0,001; OR = 0,12; IC = 0,03-0,33), primera admisión en el hospital (p = 0,002; OR = 2,15; IC = 1,31-3,55), por encima de tres internaciones en el hospital (p = 0,003; OR = 3,09; IC = 1,43-6,88), haber sido internado en UCI (p < 0,001; OR = 0,12; IC = 0,04-0,28), haber realizado hemodiálisis (p < 0,001; OR = 0,09; IC = 0,02-0,24), ventilación mecánica (p < 0,001; OR = 0,06; IC = 0,02-0,14) y haber recibido hemocomponentes y/o hemoderivados (p < 0,001; OR = 0,18; IC = 0,10-0,32). Se concluye que los óbitos de adultos con sida ocurrieron mayoritariamente entre personas con condiciones sociodemográficas vulnerables y con una incidencia considerable de enfermedades oportunistas, con demandas de cuidados intensivos.

The 21st annual Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2020, part of BCC2020).

Launched in 2000 and held every year since, the Bioinformatics Open Source Conference (BOSC) is a volunteer-run meeting coordinated by the Open Bioinformatics Foundation (OBF) that covers open source software development and open science in bioinformatics. Most years, BOSC has been part of the Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) conference, but in 2018, and again in 2020, BOSC partnered with the Galaxy Community Conference (GCC). This year's combined BOSC + GCC conference was called the Bioinformatics Community Conference (BCC2020, bcc2020.github.io). Originally slated to take place in Toronto, Canada, BCC2020 was moved online due to COVID-19. The meeting started with a wide array of training sessions; continued with a main program of keynote presentations, talks, posters, Birds of a Feather, and more; and ended with four days of collaboration (CoFest). Efforts to make the meeting accessible and inclusive included very low registration fees, talks presented twice a day, and closed captioning for all videos. More than 800 people from 61 countries registered for at least one part of the meeting, which was held mostly in the Remo.co video-conferencing platform.

Notificação compulsória de acidentes de trabalho: dificuldades e sugestões dos profissionais de saúde em Fortaleza, Ceará / Mandatory reporting of work accidents: difficulties and suggestions by healthcare professionals in Fortaleza, Ceará, Brazil

Introdução: A notificação de acidente de trabalho (AT) é hoje um importante instrumento para a saúde pública, pois a partir dela se tem real conhecimento sobre a situação dos trabalhadores atendidos pelo Sistema Único de Saúde (SUS). Objetivo: Analisar dificuldades e sugestões dos profissionais de saúde sobre a notificação compulsória de AT em unidades sentinela em saúde do trabalhador, no município de Fortaleza, Ceará. Métodos: Estudo quantitativo de cunho descritivo, realizado em unidades sentinela em saúde do trabalhador, no município de Fortaleza, Ceará, no período de fevereiro de 2013 a junho de 2014. Foram aplicados 78 questionários não estruturados aos profissionais responsáveis pela notificação de AT. A exploração dos dados obtidos foi pautada na Análise de Conteúdo. Resultados: As dificuldades encontradas pelos profissionais como impedimento para a não notificação foram: falta de conhecimento quanto ao manejo de medidas a serem tomadas, omissão e sobrecarga de trabalho. Foram citadas como sugestões: educação permanente em saúde (EPS) e divulgação de protocolos. Conclusão: Com os resultados obtidos pelo presente artigo, fica evidente a importância da capacitação dos profissionais de saúde, incentivando a realização das notificações e orientando tais profissionais para o correto preenchimento da ficha de notificação, a fim de diminuir a subnotificação do agravo

Background: Work accident (WA) reports are a relevant public health tool as they afford effective knowledge on the actual situation of workers cared within the Unified Health System (Sistema Único de Saúde ­ SUS). Objective: To analyze the difficulties posed by mandatory WA reporting and suggestions for improvement made by healthcare professionals at sentinel workers' health units in Fortaleza, Ceará, Brazil. Methods: Quantitative and descriptive study conducted at sentinel workers' health units in Fortaleza, Ceará, from February 2013 through June 2014. An unstructured questionnaire was applied to 78 professionals charged of reporting WA. The collected data were subjected to content analysis. Results: As difficulties for reporting WA the participants mentioned: lack of knowledge on how to manage required measures, omission and work overload. Suggestions to improve reporting included health continuing education and divulgation of protocols. Conclusion: The results of the present study point to the relevance of training as a means to enhance reporting and to orient professionals on how to fill report forms in order to reduce underreporting

Evaluating whole genome sequence data from the Genetic Absence Epilepsy Rat from Strasbourg and its related non-epileptic strain.

OBJECTIVE: The Genetic Absence Epilepsy Rats from Strasbourg (GAERS) are an inbreed Wistar rat strain widely used as a model of genetic generalised epilepsy with absence seizures. As in humans, the genetic architecture that results in genetic generalized epilepsy in GAERS is poorly understood. Here we present the strain-specific variants found among the epileptic GAERS and their related Non-Epileptic Control (NEC) strain. The GAERS and NEC represent a powerful opportunity to identify neurobiological factors that are associated with the genetic generalised epilepsy phenotype. METHODS: We performed whole genome sequencing on adult epileptic GAERS and adult NEC rats, a strain derived from the same original Wistar colony. We also generated whole genome sequencing on four double-crossed (GAERS with NEC) F2 selected for high-seizing (n = 2) and non-seizing (n = 2) phenotypes. RESULTS: Specific to the GAERS genome, we identified 1.12 million single nucleotide variants, 296.5K short insertion-deletions, and 354 putative copy number variants that result in complete or partial loss/duplication of 41 genes. Of the GAERS-specific variants that met high quality criteria, 25 are annotated as stop codon gain/loss, 56 as putative essential splice sites, and 56 indels are predicted to result in a frameshift. Subsequent screening against the two F2 progeny sequenced for having the highest and two F2 progeny for having the lowest seizure burden identified only the selected Cacna1h GAERS-private protein-coding variant as exclusively co-segregating with the two high-seizing F2 rats. SIGNIFICANCE: This study highlights an approach for using whole genome sequencing to narrow down to a manageable candidate list of genetic variants in a complex genetic epilepsy animal model, and suggests utility of this sequencing design to investigate other spontaneously occurring animal models of human disease.

Formação de enfermeiros sobre anamnese e exame físico / Training nurses on clinical history and physical examination

Objetivo: analisar a formação e a prática dos enfermeiros que atuam na Atenção Básica à Saúde sobre a realização da anamnese e exame físico. Métodos: estudo de abordagem qualitativa, exploratório e descritivo. Foram entrevistados 28 enfermeiros efetivos ou contratados, que atuavam na assistência direta ao usuário. Excluíram-se aqueles em licença, afastamento e em atividades administrativas. A coleta de dados foi em fevereiro e março de 2013, por meio de entrevista individual, semiestruturada, gravada e transcrita para análise. Os resultados categorizados/analisados à luz da análise de conteúdo, aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa sob número 124.167. Resultados: os enfermeiros reconhecem na sua formação conteúdos sobre anamnese e exame físico e valorizam o conhecimento científico para avaliar o usuário. Têm pouco contato com essa tecnologia após a graduação, em especializações ou processos de educação permanente. Considerações finais: visualiza-se a necessidade de enfatizar o conteúdo durante a formação; proporcionar condições para sua aplicabilidade e fomentar processos de educação permanente.

Objective: analyze the formation and practice of nurses working in primary health care on the completion of clinical history and physical examination. Methods: a qualitative study, exploratory and descriptive. Interviewed 28 nurses effective or contractors who work in direct patient care, were excluded in the license, clearance, and administrative activities. Data collection was in February and March 2013, through individual interviews, semi-structured, recorded and transcribed for analysis. The results categorized/analyzed in light of the content analysis approved by the Research Ethics Committee under number 124 167. Results: the nurses recognize in their training contents on history and physical examination and value scientific knowledge to assess the patient. They have little contact with this technology after graduation, specializations or in lifelong learning processes. Final thoughts: view the need to emphasize content during training; provide conditions its applicability and foster lifelong learning processes.

Objetivo: analizar la formación y la práctica de las enfermeras que trabajan en la atención primaria de salud en la realización de la historia clínica y el examen físico. Métodos: estudio cualitativo, exploratorio y descriptivo. Entrevistadas 28 enfermeras que trabajan en la atención directa al paciente, se excluyeron en la licencia, la separación, las actividades administrativas. La recolección de datos fue en febrero y marzo de 2013, con entrevistas individuales, semi-estructuradas, grabadas y transcritas para su análisis. Los resultados categorizados/analizada a la luz del análisis de contenido aprobado por el Comité Ético de Investigación el número 124.167. Resultados: las enfermeras saben en sus contenidos de formación sobre la historia examen físico y el conocimiento científico de valor para evaluar paciente. Tienen poco contacto con esta tecnología después de graduación, especializaciones o en los procesos de aprendizaje permanente. Consideraciones finales: ver la necesidad hacer hincapié en contenidos durante el entrenamiento; proporcionar condiciones de su aplicación y fomentar procesos de aprendizaje permanente.

Sensibilidade parasitológica de diferentes locais de colheita para o diagnóstico de leishmaniose em cães / Sensitivity parasitological of different places of harvest for the diagnosis of leishmaniose in dogs / Sensibilidad parasitológica de diferentes sitios de recogida para diagnóstico de leishmaniosis en perros

A leishmaniose é uma zoonose de grande importância para a saúde pública. São grandes os estudos para que se conheçam diferentes técnicas para diagnóstico e que estes testes tenham alta sensibilidade. Este estudo teve como objetivo comparar a sensibilidade do teste parasitológico frente a diferentes locais de colheita de material biológico. As amostras colhidas do linfonodo e medula óssea se mostraram igualmente os mais sensíveis, na ordem de 44% dos casos. Estes valores elevaram-se ao realizar a pesquisa do parasito simultaneamente em duas técnicas.

Leishmaniasis is a zoonosis of great importance to public health. They are great studies to get to know different techniques for diagnosis and these tests have high sensitivity. This study aimed to compare the sensitivity of parasitological testing against different biological material collection sites. Samples taken from the lymph node and bone marrow also showed the most sensitive in the order of 44% of the cases. These figures amounted to perform the search of the parasite simultaneously in both techniques.

La leishmaniosis es una zoonosis de gran importancia para la salud pública. Son grandes los estudios para que se conozcan diferentes técnicas de diagnóstico y que estas pruebas tengan alta sensibilidad. Este estudio tuvo como objetivo comparar la sensibilidad de prueba parasitológica frente a diferentes sitios de recolección de material biológico. Las muestras tomadas de los ganglios linfáticos y médula ósea se demostraron, igualmente, los más sensibles, en el orden de 44% de los casos. Estas cifras se elevaron al realizar la investigación del parásito de forma simultánea en dos técnicas.

Serological survey of Toxoplamosis in South American coatis (Nasua nasua) in Tietê Ecological Park, São Paulo, SP, Brazil / Inquérito sorológico da Toxoplasmose em quatis (Nasua nasua) do Parque Ecológico do Tietê, São Paulo, SP, Brasil

Toxoplasma gondii is an obligate intracellular protozoan parasite that causes toxoplasmosis in humans, domestic animals and wild animals. Although there is serological evidence of T. gondii infection in wild animals, little is known about the role of wildlife in the epidemiological chain of this parasite. The South American coati (Nasua nasua) is an omnivorous species capable of adaptation to different environments. It can be found throughout Brazil, and in anthropized environments it can come into close contact with domestic animals. The present study found occurrences of T. gondii antibodies in South American coatis living in the Tietê Ecological Park, in the municipality of São Paulo, Brazil, through the modified agglutination test (MAT). In total, 99 samples were obtained and 70.70% (n = 70) were positive for anti-T. gondii antibodies, with titers that ranged from 50 to 3200. The data from this study indicate that South American coatis are exposed to this parasite.(AU)

Toxoplasma gondii é um protozoário parasita intracelular obrigatório que causa a toxoplasmose em humanos, animais domésticos e selvagens. Apesar das evidências sorológicas da infecção por T. gondii em animais selvagens, pouco se sabe sobre o papel da vida selvagem na cadeia epidemiológica deste parasito. Os quatis (Nasua nasua) são uma espécie onívora capaz de se adaptar em diferentes ambientes. Eles são encontrados em todo território brasileiro, e em ambientes antropizados podem apresentar um contato próximo com animais domésticos. O presente estudo verificou a ocorrência de anticorpos anti-T. gondii em quatis habitantes do Parque Ecológico do Tietê, São Paulo, Brasil, pelo Teste de Aglutinação Modificada (MAT). No total, 99 amostras foram obtidas das quais 70,70% (n = 70) foram positivas para anticorpos anti-T. gondii, com títulos de anticorpos que variaram de 50 a 3200. Os dados obtidos neste estudo indicam que quatis sul-americanos são expostos a este parasito.(AU)

Obstáculos assinalados por enfermeiros da atenção básica em Saúde na realização da coleta de dados / Obstacles reported by nurses from the service of primary care in health at data collection / Obstáculos indicados por enfermeras de atención primaria de salud en el desarrollo de recopilación de datos

Objetivo: identificar os obstáculos assinalados por enfermeiros na realização da anamnese e do exame físico. Método: estudo exploratório descritivo, de abordagem qualitativa. A produção dos dados ocorreu nos meses de fevereiro e março de 2013, por meio de entrevista semiestruturada aplicada a 28 enfermeiros que atuam nos Centros Integrados de Saúde e Unidades Básicas de Saúde em um município de referência no Oeste de Santa Catarina/SC. Utilizou-se análise de conteúdo temática para discussão dos resultados encontrados. O projeto foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa, protocolo nº 124.167. Resultados: dentre as dificuldades apontadas estão a estrutura física e materiais; processo de trabalho do enfermeiro; dimensionamento de pessoal; atendimento ao paciente; falta de atualização dos conhecimentos. Conclusão: essa pesquisa possibilitou visualizar espaços já conquistados pelos profissionais enfermeiros e lacunas existentes para a efetivação do Processo de Enfermagem na Atenção Básica.(AU)

Objective: to identify the obstacles reported by nurses in performing the anamnesis and physical examination. Method: exploratory descriptive study with qualitative approach. The production of data occurred in February and March 2013, through semi-structured interviews conducted with 28 nurses who work in the Integrated Health Centers and Basic Health Units in a city of reference in those services in the west area of Santa Catarina / SC. We used thematic content analysis for the discussion of the results found.The project was approved by the Ethics Committee for Research, Protocol 124 167. Results: the difficulties found are the physical and material structure; nurses' working process; staff dimensioning; patient care; lack of knowledge updated. Conclusion: this research allowed us to acknowledge areas already conquered by existing professional nurses and the gaps for the accomplishment of the nursing process in primary care.(AU)

Objetivo: identificar los obstáculos denunciados por las enfermeras en la realización de la historia y el examen físico. Método: estudio descriptivo exploratorio con abordaje cualitativo. Producción de datos ocurrió en febrero y marzo de 2013, a través de entrevistas semiestructuradas realizadas con 28 enfermeras que trabajan en los centros de salud y Basic Health unidades integradas en una ciudad de referencia en el Oeste de Santa Catarina / SC. Se utilizó el análisis de contenido temático para la discusión de los resultados. El proyecto fue aprobado por el Comité de Ética de la Investigación, con el Protocolo 124167. Resultados: entre las dificultades mencionadas son la estructura física y material; proceso de trabajo de las enfermeras; Cálculo del personal; atencion al paciente; falta de conocimientos actualizados. Conclusión: esta investigación permitió ver las zonas ya conquistadas por enfermeras profesionales y lagunas existentes para la realización del proceso de enfermería en la atención primaria.(AU)