Extended connectivity interaction features: improving binding affinity prediction through chemical description.

MOTIVATION: Machine-learning scoring functions (SFs) have been found to outperform standard SFs for binding affinity prediction of protein-ligand complexes. A plethora of reports focus on the implementation of increasingly complex algorithms, while the chemical description of the system has not been fully exploited. RESULTS: Herein, we introduce Extended Connectivity Interaction Features (ECIF) to describe protein-ligand complexes and build machine-learning SFs with improved predictions of binding affinity. ECIF are a set of protein-ligand atom-type pair counts that take into account each atom's connectivity to describe it and thus define the pair types. ECIF were used to build different machine-learning models to predict protein-ligand affinities (pKd/pKi). The models were evaluated in terms of 'scoring power' on the Comparative Assessment of Scoring Functions 2016. The best models built on ECIF achieved Pearson correlation coefficients of 0.857 when used on its own, and 0.866 when used in combination with ligand descriptors, demonstrating ECIF descriptive power. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Data and code to reproduce all the results are freely available at https://github.com/DIFACQUIM/ECIF. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Detección de streptococcus agalactiae en embarazadas y su importancia en la prevención de la sepsis neonatal temprana / Detection of streptococcus agalactiae in pregnant women. Impact on prophylaxis of early-neonatal sepsis

Estudiamos la colonización vagino-rectal por Streptococcus agalactiae (EGB) en embarazadas, comparando el porcentaje de colonización y la eficacia de la profilaxis de la sepsis neonatal temprana (SNT) por EGB con los observados en estudios anteriores. Entre 2002 y 2005 se procesaron 5670 hisopados vagino-rectales de mujeres embarazadas para la detección de EGB. El cultivo se realizó en New GBS medium y en caldo selectivo Todd-Hewitt. El cultivo fue positivo para EGB en 1028 muestras (18.1%): el crecimiento se detectó en New GBS medium en el 87.9% de los casos y solamente en el caldo selectivo en el 12,1% restante. Se constató un incremento en la detección de portadoras de EGB desde el 6.9%-9.4% cuando se utilizaba agar sangre con antibióticos, al 13%-14.2% cuando se añadió caldo selectivo, y hasta el 16.2%-18.1% al realizar además cultivo rectal. Los resultados del programa de prevención de la SNT por EGB mejoraron con la introducción del cultivo en caldo selectivo y del cultivo vagino-rectal, disminuyendo su incidencia hasta 0.13 casos por mil recién nacidos vivos. La adecuada detección de EGB en las gestantes influye decisivamente en la eficacia de las medidas de prevención de la SNT por EGB.

Detección de streptococcus agalactiae en embarazadas y su importancia en la prevención de la sepsis neonatal temprana / Detection of streptococcus agalactiae in pregnant women. Impact on prophylaxis of early-neonatal sepsis

Estudiamos la colonización vagino-rectal por Streptococcus agalactiae (EGB) en embarazadas, comparando el porcentaje de colonización y la eficacia de la profilaxis de la sepsis neonatal temprana (SNT) por EGB con los observados en estudios anteriores. Entre 2002 y 2005 se procesaron 5670 hisopados vagino-rectales de mujeres embarazadas para la detección de EGB. El cultivo se realizó en New GBS medium y en caldo selectivo Todd-Hewitt. El cultivo fue positivo para EGB en 1028 muestras (18.1%): el crecimiento se detectó en New GBS medium en el 87.9% de los casos y solamente en el caldo selectivo en el 12,1% restante. Se constató un incremento en la detección de portadoras de EGB desde el 6.9%-9.4% cuando se utilizaba agar sangre con antibióticos, al 13%-14.2% cuando se añadió caldo selectivo, y hasta el 16.2%-18.1% al realizar además cultivo rectal. Los resultados del programa de prevención de la SNT por EGB mejoraron con la introducción del cultivo en caldo selectivo y del cultivo vagino-rectal, disminuyendo su incidencia hasta 0.13 casos por mil recién nacidos vivos. La adecuada detección de EGB en las gestantes influye decisivamente en la eficacia de las medidas de prevención de la SNT por EGB.(AU)