Severe phenotype in an apparent homozygosity caused by a large deletion in the CFTR gene: a case report.

BACKGROUND: Over 1900 mutations have been identified in the cystic fibrosis conductance transmembrane regulator gene, including single nucleotide substitutions, insertions, and deletions. Unidentified mutations may still lie in introns or in regulatory regions, which are not routinely investigated, or in large genomic deletions, which are not revealed by conventional molecular analysis. The apparent homozygosity for a rare, cystic fibrosis conductance transmembrane regulator mutation screened by standard molecular analysis should be further investigated to confirm if the mutation is in fact homozygous. We describe a patient presenting with an apparent homozygous S4X mutation. CASE PRESENTATION: A 13-year-old female patient of African descent with clinical symptoms of classic cystic fibrosis and a positive sweat test (97 mEq/L, diagnosed at age 3 years) presented with pancreatic insufficiency and severe pulmonary symptoms (initial lung colonization with Pseudomonas aeruginosa at age 4 years; forced vital capacity: 69%; forced expiratory volume: 51%; 2011). Furthermore, she developed severe acute lung disease and recurrent episodes of dehydration requiring hospitalization. The girl carried the CFTR mutation S4X in apparent homozygosity. However, further analysis revealed a large deletion in the second allele that included the region of the mutation. The deletion that we describe includes nucleotides 120-142, which correspond to a loss of 23 nucleotides that abolishes the normal translation initiation codon. CONCLUSION: This study reiterates the view that large, cystic fibrosis conductance transmembrane regulator deletions are an important cause of severe cystic fibrosis and emphasizes the importance of including large deletions/duplications in cystic fibrosis conductance transmembrane regulator diagnostic tests.

Análise do espaçador intergênico do gene de calmodulina em parasitas da família trypanosomatidae: potencial como marcador molecular / Intergenic spacer analysis of calmodulin gene in the family Trypanosomatidae parasites: potential as a molecular marker

Caracterização e descrição de espécie na família Trypanosomatidae ainda depende da morfologia e identidade de hospedeiros dos tripanossomatídeos. Embora vários marcadores moleculaes tenham sido descritos nas ultimas décadas nenhum deles tem sido proposto como uma ferramenta molecular definitiva para complementar a informação ministrada pelas analises morfológicas. Com objetivo de avaliar o potencial do espaçador intergenico do gene de calmodulina como marcador molecular e estudar a composição desta região nos tripanossomatídeos, foram amplificados clonados e seqüenciados os espaçadores intergênicos de Crithidia fasciculata, C. deanei, C. guilhermei, C. acanthocephali, C. luciliae, C. desouzai, Trypanosoma rangeli e comparados com as seqüências que estão publicamente disponíveis de T. brucei, T. cruzi, Leishmania mexicana, L. major, L. infantum, L. arentolae e Phytomonas serpens. Características como organização genética do gene de calmodulina, conteúdo de G+C e presença de repeto~ções de simples seqüência também foram avaliados. O gene de calmodulina mostrou estar organizado in tandem de duas a quatro copias separados por espaçadores intergenicos os quais podem apresentar variação no tamanho. Estes espaçadores mostraram pouca variação intraespecífica no seu conteúdo de G+C sem importar qualquer diferença de tamanho. Nos tripanossomatídeos monoxênicos a tendência aponta que os organismos com um espaçador intergênico maior apresentam um conteúdo maior de G+C. evidenciou-se que a presença de repetições de seqüência simples nos espaçadores, elementos vinculados com a regulação da expressão genética dos tripanossomatideos. Embora o espaçador de calmoduline mostre variabilidade entre as copias do gene, nos demonstramos que seqüências na região 5UTR localizadas imediatamente antes do códon de inicio são espécie-específicas. Uma vez que este segmento genético é de fácil amplificação e esta limitado por uma seqüência conservada (ORF), resulta factível desenvolver uma ferramenta molecular que auxilie a morfologia tradicional na identificação de espécies na família Trypanosomatidae.