RNA sequencing differential gene expression analysis of isolated perfused bovine udders experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae.

The aim of this study was to elucidate the differential gene expression in the RNA sequencing transcriptome of isolated perfused udders collected from 4 slaughtered Holstein × Zebu crossbred dairy cows experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. We studied 3 different statistical tools (edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2). In summary, 2 quarters of each udder were experimentally inoculated with Strep. agalactiae and the other 2 were used as a control. Mammary tissue biopsies were collected at times 0 and 3 h after infection. The total RNA was extracted and sequenced on an Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc., San Diego, CA). Transcripts were assembled from the reads aligned to the bovine UMD 3.1 reference genome, and the statistical analyses were performed using the previously mentioned tools (edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2). Finally, the identified genes were submitted to pathway enrichment analysis. A total of 1,756, 1,161, and 3,389 genes with differential gene expression were identified when using edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2, respectively. A total of 122 genes were identified by the overlapping of the 3 methods; however, only the platelet activation presented a significantly enriched pathway. From the results, we suggest the FCER1G, GNAI2, ORAI1, and VASP genes shared among the 3 methods in this pathway for posterior biological validation.

Prevalence and identification of Salmonella spp. in water buffaloes from São Paulo State, Brazil / Prevalência e identificação de Salmonella spp. em búfalos do Estado de São Paulo, Brasil

O objetivo do estudo foi investigar a prevalência de Salmonella spp. em amostras de fezes de búfalos do estado de São Paulo, Brasil, e identificar os sorotipos isolados. Foram examinadas 116 amostras de suabes retais de búfalos das raças Jafarabadi e Murrah, coletadas em triplicata, em seis propriedades rurais localizadas nas regiões Central, Centro-Oeste e Nordeste do estado de São Paulo, Brasil. Para avaliar a presença de Salmonella spp., foram utilizados três diferentes caldos de enriquecimento (caldo selenito cistina, caldo tetrationado Muller-Kauffmann e caldo Rappaport-Vassiliadis) e dois diferentes meios de cultura (ágar verde brilhante modificado e ágar XLT4). Das 116 amostras de suabes retais examinadas, oito amostras (6,90%; 8/116) foram positivas para Salmonella spp., incluindo quatro sorotipos: S. Panama (50%; 4/8), S. Agona (25%; 2/8) , S. Newport (12,5%; 1/8) e S. Saintpaul (12,5%; 1/8), todos isolados de búfalos sem sinais clínicos de salmonelose, indicando a importância dos animais assintomáticos como fonte de infecção para outros animais e seres humanos. Das seis propriedades rurais avaliadas, apenas em duas fazendas (33,3%; 2/6) não foi detectada Salmonella spp. O uso de mais de um caldo de enriquecimento seletivo e de mais de um meio de cultura é indicado para o isolamento de Salmonella.(AU)

Prevalence and identification of Salmonella spp. in water buffaloes from São Paulo State, Brazil / Prevalência e identificação de Salmonella spp. em búfalos do Estado de São Paulo, Brasil

O objetivo do estudo foi investigar a prevalência de Salmonella spp. em amostras de fezes de búfalos do estado de São Paulo, Brasil, e identificar os sorotipos isolados. Foram examinadas 116 amostras de suabes retais de búfalos das raças Jafarabadi e Murrah, coletadas em triplicata, em seis propriedades rurais localizadas nas regiões Central, Centro-Oeste e Nordeste do estado de São Paulo, Brasil. Para avaliar a presença de Salmonella spp., foram utilizados três diferentes caldos de enriquecimento (caldo selenito cistina, caldo tetrationado Muller-Kauffmann e caldo Rappaport-Vassiliadis) e dois diferentes meios de cultura (ágar verde brilhante modificado e ágar XLT4). Das 116 amostras de suabes retais examinadas, oito amostras (6,90%; 8/116) foram positivas para Salmonella spp., incluindo quatro sorotipos: S. Panama (50%; 4/8), S. Agona (25%; 2/8) , S. Newport (12,5%; 1/8) e S. Saintpaul (12,5%; 1/8), todos isolados de búfalos sem sinais clínicos de salmonelose, indicando a importância dos animais assintomáticos como fonte de infecção para outros animais e seres humanos. Das seis propriedades rurais avaliadas, apenas em duas fazendas (33,3%; 2/6) não foi detectada Salmonella spp. O uso de mais de um caldo de enriquecimento seletivo e de mais de um meio de cultura é indicado para o isolamento de Salmonella.(AU)

Parameter estimates for reproductive and carcass traits in Nelore beef cattle.

The aim of this study was to estimate genetic parameters for scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, age at first calving (AFC), ribeye area (REA), backfat (BF) thickness, and rump fat (RF) thickness, in order to provide information on potential traits for Nelore cattle breeding program. Genetic parameters were estimated using the Average Information Restricted Maximum Likelihood method in single- and multitrait analyses. Four different animal models were tested for SC365, SC450, REA, BF, and RF in single-trait analyses. For SC365 and SC450, the maternal genetic effect was statistically significant (P < 0.01) and was included for multitrait analyses. The direct heritability estimates for SC365, SC450, AFC, REA, BF, and RF were equal to 0.31, 0.38, 0.24, 0.32, 0.16, and 0.19, respectively. Maternal heritability for SC365 and SC450 was equal to 0.06 and 0.08, respectively. The highest genetic correlations were found among the scrotal circumferences. Testing for the inclusion of maternal effects in genetic parameters estimation for scrotal circumference should be evaluated in the Nelore breeding program, mostly for correctly ranking the animal's estimated breeding values. Similar heritability estimates were observed for scrotal circumference, as well as favorable genetic correlations of this trait with AFC and carcass traits. Thus, scrotal circumference measured at 365 days of age could be a target trait for consideration in the Nelore selection index in order to improve most of the traits herein analyzed.