ACUTE GASTROENTERITIS ASSOCIATED WITH NOROVIRUS GII.4 VARIANTS.

BACKGROUND: Norovirus (NoV) is an important etiologic agent of acute gastroenteritis and infects individuals of all ages, especially children in Brazil and worldwide. NoV GII.4 was the most prevalent genotype worldwide because of your extensive genetic diversity. In Brazil, especially in the Northeast, few studies have been developed for identify and molecularly characterize NoV. OBJECTIVE: The present study aimed to detect and describe the molecular epidemiology of NoV associated with acute gastroenteritis. METHODS: The viral RNA extracted from stool samples were subjected to Nested RT-PCR and the genotypes were determined by nucleotide sequences analysis. In total, 278 stool samples assisted at Aliança Hospital in the city of Salvador, with acute gastroenteritis were examined, between March 2009 and July 2012. RESULTS: A high NoV rate (54.2%) was identified in children under 5 years of age. We detected the circulation of different NoV GII.4 variants in Salvador, during the study period as Den Haag 2006b, New Orleans 2009 and Sydney 2012. CONCLUSION: These findings reinforce the need to study the molecular epidemiology of NoV infections in acute gastroenteritis.

Gastroenterite aguda associada a variantes do Norovírus GII. 4 / Acute gastroenteritis associated with norovirus gii. 4 variants

ABSTRACT BACKGROUND: Norovirus (NoV) is an important etiologic agent of acute gastroenteritis and infects individuals of all ages, especially children in Brazil and worldwide. NoV GII.4 was the most prevalent genotype worldwide because of your extensive genetic diversity. In Brazil, especially in the Northeast, few studies have been developed for identify and molecularly characterize NoV. OBJECTIVE: The present study aimed to detect and describe the molecular epidemiology of NoV associated with acute gastroenteritis. METHODS: The viral RNA extracted from stool samples were subjected to Nested RT-PCR and the genotypes were determined by nucleotide sequences analysis. In total, 278 stool samples assisted at Aliança Hospital in the city of Salvador, with acute gastroenteritis were examined, between March 2009 and July 2012. RESULTS: A high NoV rate (54.2%) was identified in children under 5 years of age. We detected the circulation of different NoV GII.4 variants in Salvador, during the study period as Den Haag 2006b, New Orleans 2009 and Sydney 2012. CONCLUSION: These findings reinforce the need to study the molecular epidemiology of NoV infections in acute gastroenteritis.

RESUMO CONTEXTO: Norovírus (NoV) é o agente etiológico mais importante nas gastroenterites agudas e infecta indivíduos de todas as idades, especialmente crianças no Brasil e no mundo. O NoV GII.4 é o genótipo mais prevalente em todo o mundo devido a sua elevada diversidade genética. No Brasil, principalmente no Nordeste, poucos estudos têm sido desenvolvidos a fim de identificar e caracterizar molecularmente o NoV. OBJETIVO: O presente estudo teve como objetivo detectar e descrever a epidemiologia molecular do NoV associado com gastroenterite aguda. MÉTODOS: RNA viral extraído a de amostras de fezes foi submetido a amplificação por Nested-RT-PCR e o genótipo determinado por analise da sequência de nucleotídeos. Um total de 278 amostras de pacientes atendidos no Hospital Aliança, na cidade de Salvador, com gastroenterite aguda foram examinados, entre março de 2009 a julho de 2012. RESULTADOS: Uma alta taxa de NoV (54,2%) foi identificado em crianças de até 5 anos de idade. Detectou-se a circulação de diferentes variantes de NoV GII.4 em Salvador, durante o período do estudo, tais como Den Haag 2006b, New Orleans 2009 e Sydney 2012. CONCLUSÃO: Estes achados reforçam a necessidade de maiores estudos para esclarecer a epidemiologia molecular das infecções por NoV em casos de gastroenterite aguda.

Evolutionary analysis of apolipoprotein E by Maximum Likelihood and complex network methods.

Apolipoprotein E (apo E) is a human glycoprotein with 299 amino acids, and it is a major component of very low density lipoproteins (VLDL) and a group of high-density lipoproteins (HDL). Phylogenetic studies are important to clarify how various apo E proteins are related in groups of organisms and whether they evolved from a common ancestor. Here, we aimed at performing a phylogenetic study on apo E carrying organisms. We employed a classical and robust method, such as Maximum Likelihood (ML), and compared the results using a more recent approach based on complex networks. Thirty-two apo E amino acid sequences were downloaded from NCBI. A clear separation could be observed among three major groups: mammals, fish and amphibians. The results obtained from ML method, as well as from the constructed networks showed two different groups: one with mammals only (C1) and another with fish (C2), and a single node with the single sequence available for an amphibian. The accordance in results from the different methods shows that the complex networks approach is effective in phylogenetic studies. Furthermore, our results revealed the conservation of apo E among animal groups.

Biologia molecular e evolução

O progresso no conhecimento sobre a estrutura do material genético, de sua função no desenvolvimento e na fisiologia dos organismos e de seu papel nos processos evolutivos tem ocorrido num ritmo impressionante e acelerado. Seria espantoso, para alguémformado na década de 1940, por exemplo, comparar o que se sabia então nessa área com o que se sabe hoje em dia. Felizmente, a ciência brasileira, graças a algumas Universidades e a órgãos nacionais e estrangeiros financiadores da atividade científica, está conseguindo acompanhar e participar desse processo. Este livro é uma demonstração dessas considerações. Todos os autores deste livro ensinam e pesquisam no Brasil e tratam em seus capítulos com muita clareza e atualidade de muitos aspectos da evolução e daadaptação dos organismos no nível molecular. Em uma apresentação do livro como um todo, não seria justo salientar este ou aquele aspecto do texto, pois o importante é seu conjunto, próprio de um livro em padrão internacional. Mais justo a fazer é recomendar a sua leitura e o seu estudo a todos os interessados em evolução e, especialmente, no nível molecular.

Biologia molecular e evolução / Molecular biology and evolution

O progresso no conhecimento sobre a estrutura do material genético, de sua função no desenvolvimento e na fisiologia dos organismos e de seu papel nos processos evolutivos tem ocorrido num ritmo impressionante e acelerado. Seria espantoso, para alguémformado na década de 1940, por exemplo, comparar o que se sabia então nessa área com o que se sabe hoje em dia. Felizmente, a ciência brasileira, graças a algumas Universidades e a órgãos nacionais e estrangeiros financiadores da atividade científica, está conseguindo acompanhar e participar desse processo. Este livro é uma demonstração dessas considerações. Todos os autores deste livro ensinam e pesquisam no Brasil e tratam em seus capítulos com muita clareza e atualidade de muitos aspectos da evolução e daadaptação dos organismos no nível molecular. Em uma apresentação do livro como um todo, não seria justo salientar este ou aquele aspecto do texto, pois o importante é seu conjunto, próprio de um livro em padrão internacional. Mais justo a fazer é recomendar a sua leitura e o seu estudo a todos os interessados em evolução e, especialmente, no nível molecular.

Acute liver failure associated with rubella virus in a child.

Acute liver failure is a syndrome with a wide range of etiologic possibilities in children, but in up to 50% of the cases in the literature no diagnosis is established. This case report adds rubella virus to the list of possible causes of acute liver failure. This association was made by serologic, cell culture, molecular, histopathologic, and immunohistochemical methods.

The close relationship between South African and Latin American HTLV type 1 strains corroborated in a molecular epidemiological study of the HTLV type 1 isolates from a blood donor cohort.

It has been difficult to explain why all HTLV-1 sequences in Salvador, a city in the northeast of Brazil, belong to the Transcontinental (A) subgroup of the Cosmopolitan (a) subtype, since according to historical data the vast majority of slaves brought to Brazil (through Salvador) came from west Africa, where only the western African subgroup (C) has been found. To shed more light on this subject we conducted a phylogenetic analysis of 23 isolates from blood donors of Salvador. DNA was extracted and submitted to a nested PCR for amplification of the entire LTR region. The PCR products were purified and sequenced on an automated sequencer. Neighbor-joining and maximum likelihood phylogenetic analyses were performed. None of the new sequences from Salvador clustered within the West-African subgroup C. Confirming previous results, all sequences belonged to the Transcontinental subgroup (A) of the Cosmopolitan subtype, and clustered in two Latin American clusters. In addition we showed sequences from southern Africa clustering in both Latin American clusters. One of the new sequences is ancestral to the larger Latin American cluster beta due to a duplication of a 12-bp long fragment, a finding that has not been previously described. These findings support the hypothesis that HTLV-1 isolates circulating in Latin America have a closer relationship to South African compared to West-African HTLV-1 strains. The 12-bp-long duplications in one of the sequences has no obvious clinical or biological implications yet.

Molecular subtyping of Campylobacter jejuni subsp. jejuni strains isolated from different animal species in the state of São Paulo, Brazil

O objetivo do presente trabalho foi caracterizar geneticamente estirpes de Campylobacter jejuni subsp. jejuni isoladas de humanos e de diferentes origens animais (bovinas, suínas, cães, primatas, javalis, suínos e aves de corte). Um total de 828 amostras (fezes, carcaças, fetos abortados e útero histerectomizado) foram analisadas por métodos de rotina bacteriológica e 36 estirpes de C. jejuni foram isoladas. Trinta estirpes de origem fecal humana foram obtidas de laboratórios de análises clínicas da cidade de São Paulo. As 66 estirpes de C. jejuni isoladas foram submetidas à caracterização genética. Oligonucleotídeos baseados no gene fla A foram usados na reação de polimerase em cadeia (PCR) e amplificou um fragmento de 702 pb. Os produtos obtidos pela PCR foram avaliados pelas técnicas de seqüenciamento e análise genealógica. Análise da variabilidade genética das 66 estirpes revelou 44 diferentes subtipos de C. jejuni. Um subtipo de origem humana apresentou seqüência idêntica à de C. jejuni depositada no GenBank (GENBANK acesso número AF050186). A subtipagem das estirpes de C. jejuni baseadas no seqüenciamento da região variável do gene fla A e na análise do alinhamento das seqüências pelo método da Máxima Parcimônia, mostraram-se altamente discriminatórios fornecendo melhores condições para a correta diferenciação entre estirpes originárias de surto e as isoladas esporadicamente. Este foi o primeiro estudo de subtipagem molecular de estirpes de C. jejuni de origem humana e animal utilizando a técnica do seqüenciamento com análise genealógica realizado no Estado de São Paulo, Brasil.

Diversification of Ramphastinae (Aves, Ramphastidae) prior to the Cretaceous/Tertiary boundary as shown by molecular clock of mtDNA sequences

Partial cytochrome b and 12S rDNA mitochondrial DNA sequences of eight representatives of the Ramphastidae family were analyzed. We applied the linearized tree method to identify sequences evolving at similar rates and estimated the divergence times among some of the taxa analyzed. After excluding Ramphastos tucanus and Capito dayi from our data set, the remaining taxa presented a constant rate of DNA substitution, and branch lengths could be re-estimated with a clock constraint using the maximum likelihood method. Branch lengths were calibrated assuming that Galliformes and Piciformes split around 100 million years ago (mya). Our results indicate that Ramphastinae, and probably Capitoninae, diverged from other Piciformes in the Late Cretaceous (82 mya), suggesting that Piciformes is another avian order that survived the mass extinction event occurred 65 mya at the Cretaceous/Tertiary (K/T) boundary. The divergence times estimated within the Ramphastinae genera cover the period from the Middle Eocene (around 47 mya) through the Late Miocene (9.5 mya). Our estimate of divergence time is coincidental with the split of the African and the South American continents and other intense geologic activities and modifications of the areas which correspond to the current Neotropics. These events might have influenced the diversification of Ramphastinae in South America.