Métodos rápidos de identificación de bacterias y hongos. Espectrometría de masas MALDI-TOF, medios cromogénicos / Fast methods of fungal and bacterial identification. MALDI-TOF mass spectrometry, chromogenic media

La espectrometría de masas MALDI-TOF es ya una herramienta de trabajo rutinaria en Microbiología Clínica, por su rapidez y fiabilidad en la identificación de microorganismos. Sus resultados están perfectamente contrastados en la identificación de bacterias y levaduras. La identificación de micobacterias y hongos filamentosos presenta mayor complejidad, por la mayor heterogeneidad de espectros dentro de cada especie. La metodología es algo más compleja, y la ampliación del número de especies de referencia, y del número de espectros de cada especie, serán cruciales para alcanzar mayor eficacia. La identificación directa a partir de hemocultivos se ha implantado dada su aportación al manejo de pacientes graves, pero su aplicación a otras muestras es más compleja. Los medios de cultivos cromogénicos han supuesto también una aportación al diagnóstico rápido tanto en bacterias como en levaduras, ya que aceleran el diagnóstico, facilitan la detección de cultivos mixtos y permiten un diagnóstico rápido de especies resistentes

MALDI-TOF mass spectrometry is now a routine resource in Clinical Microbiology, because of its speed and reliability in the identification of microorganisms. Its performance in the identification of bacteria and yeasts is perfectly contrasted. The identification of mycobacteria and moulds is more complex, due to the heterogeneity of spectra within each species. The methodology is somewhat more complex, and expanding the size of species libraries, and the number of spectra of each species, will be crucial to achieve greater efficiency. Direct identification from blood cultures has been implemented, since its contribution to the management of severe patients is evident, but its application to other samples is more complex. Chromogenic media have also contributed to the rapid diagnosis in both bacteria and yeast, since they accelerate the diagnosis, facilitate the detection of mixed cultures and allow rapid diagnosis of resistant species

Espectrometría de masas MALDI-TOF en microbiología clínica. Situación actual y perspectivas futuras / MALDI-TOF mass spectrometry in clinical microbiology. Current situation and future perspectives

No disponible

Identification of fungal clinical isolates by matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry

Introducción. En los últimos años, la identificación bacteriana mediante espectrometría de masas (EM) MALDI-TOF ha adquirido progresivamente importancia, dada su rapidez y fiabilidad. La identificación micológica convencional tiene algunos inconvenientes, como son su lentitud, su baja fiabilidad en algunos casos, y el hecho de que para algunos procedimientos es imprescindible la intervención de personas con amplia experiencia. Sin embargo, la población de riesgo para infecciones fúngicas, y por tanto su importancia clínica, han aumentado en los últimos años. Material y métodos. Se identificaron 153 aislamientos de hongos filamentosos y de levaduras mediante métodos convencionales y mediante EM MALDI-TOF. Cuando se dieron discrepancias entre ambos, éstas fueron dilucidadas mediante secuenciación del segmento ITS-2. Resultados. La correlación entre los métodos convencionales y la EM MALDI-TOF para la identificación de levaduras fue muy alta (99,2% a nivel de especie y 100% al de género). La única discrepancia que debió ser comprobada mediante secuenciación, corroboró el resultado obtenido con la EM. La correlación fue más heterogénea en el caso de los hongos filamentosos. 68,7% de los aislamientos mostraron correlación al menos al nivel de género, y 40,6% al nivel de especie. En conjunto, la correlación entre identificación convencional y MALDI-TOF para la identificación de hongos fue del 87% al nivel de especie, y del 93,5% a nivel de género. Conclusiones. La identificación de hongos mediante EM MALDI-TOF es fiable, y presenta ventajas potenciales con respecto a los métodos convencionales (AU)

Background. Recently, bacterial identification by MALDI-TOF MS has acquired a high relevance in terms of speed and reliability. Conventional mycological identification has some disadvantages: it is frequently slow, reliability is sometimes low, and an extensive experience is required. The risk population for fungal infections, and therefore their clinical significance has progressively increased in recent years. Methods. 153 yeast and mould clinical isolates were analyzed by MALDI-TOF MS and conventional identification. When both methods were discrepant to the genus or species level, ITS-2 sequencing was performed. Results. The correlation in yeasts identification between conventional identification methods and MALDI-TOF MS was extremely high (99.2% to the species level and 100% to the genus level). The only discrepancy was checked by ITS-2 sequencing and confirmed the MALDI-TOF identification. The correlation in moulds identification was more heterogeneous. 68.7% of the isolates showed correlation at least to the genus level and 40.6% to the species level. Therefore, the correlation between conventional identification and MALDI-TOF MS in fungal identification was, in whole, 87% to the species level, and 93.5% to the genus level. Conclusions. Identification of fungi by MALDI-TOF MS is reliable and shows potential advantages over conventional identification methods (AU)

Eficacia de la espectrometría de masas MALDI-TOF en la identificación de bacterias anaerobias / No disponible

Objetivo. La espectrometría de masas (EM) MALDI-TOF se ha convertido en un recurso de referencia para la identificación de microorganismos en los servicios de microbiología clínica. No obstante, los datos relativos a algunos grupos de microorganismos son todavía controvertidos. En el presente estudio se ha determinado la fiabilidad de la EM MALDI-TOF para la identificación de aislamientos clínicos de bacterias anaerobias, en comparación con técnicas bioquímicas convencionales, y usando como referencia en caso de discrepancias las secuenciación de ARNr 16S.Material y métodos Se analizaron 126 aislamientos clínicos de bacterias anaerobias mediante el sistema API 20A (bioMérieux, Marcy l’Étoile, Francia) y mediante EM MALDI-TOF (Autoflex II, Bruker Daltonics, Alemania), utilizando la base de datos BioTyper 2.0 (Bruker Daltonics, Alemania). Cuando se produjeron discrepancias, o la EM MALDI-TOF no fue capaz de identificar microorganismo alguno, se usó como método de identificación de referencia la secuenciación del ARNr 16S.ResultadosEl método bioquímico y la EM MALDI-TOF coincidieron, a nivel de especie, en el 60,9% de los casos, y solo a nivel de género en el 20,3%. De las 48 identificaciones discrepantes, la secuenciación respaldó la identificación por EM MALDI-TOF a nivel de especie en 32 casos (66,7%), y a nivel de género en 8 (16,7%). Dicha secuenciación apoyó la identificación bioquímica a nivel de especie solamente en 2 casos (..) (AU)

Aim of the study: MALDI-TOF mass spectrometry (MS) is becoming a major resource in the Clinical Microbiology laboratory. Results on some groups of microorganisms are still controversial. We have studied the reliability of MALDI-TOF MS for the identification of anaerobic clinical isolates was studied compared to conventional biochemical methods, with rRNA 16S sequencing being used as a reference when discrepancies arose. Material and methods: A total of 126 anaerobic bacteria clinical isolates were studied by using API20Akits (bioMérieux, Marcy l’Étoile, France) and MALDI-TOF MS (Autoflex II, Bruker Daltonics, Germany), and using the data library BioTyper 2.0 (Bruker Daltonics, Germany). When discrepancies arose, or MALDI-TOFMS was not able to identify any microorganism, rRNA 16S sequencing was used as the reference standard. Results: The biochemical method and MALDI-TOF MS agreed in identifying 60.9% of isolates at species level, and 20.3% of isolates at genus level. Among the 48 discrepancies observed, rRNA 16S sequencing (..) (AU)

Aplicaciones de la proteómica en el laboratorio de Microbiología Clínica / Proteomic applications in the Clinical Microbiology laboratory

La espectrometría de masas (EM) matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight (MALDI-TOF) se ha impuesto rápidamente en numerosos Servicios de Microbiología Clínica como un nuevo recurso tecnológico. Su utilidad en la identificación bacteriana está contrastada, aunque existen todavía dudas respecto a la identificación de grupos bacterianos concretos y de otros microorganismos, como los hongos filamentosos. Existen además otras diversas aplicaciones potenciales de esta tecnología en Microbiología Clínica, que están empezando a desarrollarse. En esta revisión se resumen los datos existentes respecto a la identificación de diferentes grupos de microorganismos, incluyendo aquellas que han planteado mayores problemas, como micobacterias, anaerobios y hongos filamentosos. Se analizan también sus aplicaciones en diagnóstico directo sobre muestra, su repercusión en la consideración como patógenos de diferentes microorganismos, y sus potenciales aplicaciones epidemiológicas. Finalmente, se resumen también los estudios existentes sobre su uso potencial en la determinación de sensibilidad a antimicrobianos, y su potencial utilización usando como sustrato amplificados génicos en lugar de extractos proteicos de los microorganismos (AU)

Matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is rapidly becoming a new routine resource in Clinical Microbiology laboratories. Its usefulness for bacterial identification is now generally accepted, although there is still some reluctance as regards specific bacterial groups and some other microorganisms, such as moulds. There are other potential applications of this technology in Clinical Microbiology, which are beginning to be developed. A review is presented on the current data on the identification of microorganisms, including the most problematic groups, such as mycobacteria, anaerobic bacteria and moulds. We also analyse its applications for direct sample (..) (AU)

Identificación bacteriana mediante espectrometría de masas matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight. Comparación con la metodología habitual en los laboratorios de Microbiología Clínica / Identifying bacteria using a matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometer. Comparison with routine methods used in clinical microbiology laboratories

Introducción Los métodos de identificación bacteriana usados habitualmente en Microbiología Clínica, aunque miniaturizados y automatizados, se siguen basando en principios similares a las pruebas de identificación clásicas. Sin embargo, se van produciendo avances tecnológicos que pueden modificar radicalmente estas metodologías. En el presente estudio se determina la utilidad de la mass spectrometry (MS, ‘espectrometría de masas’) matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) para la identificación bacteriana habitual en el laboratorio de Microbiología Clínica. Métodos Se analizaron 294 aislamientos bacterianos aerobios y anaerobios facultativos (65 grampositivos y 229 gramnegativos) obtenidos a partir de diferentes muestras clínicas mediante metodología microbiológica habitual (Wider, Francisco Soria Melguizo, Madrid, España; Vitek-2, API Staph, API 20 Strep, API Coryne y API NH, BioMérieux, Marcy L’Etoile, Francia) y mediante un dispositivo de MS MALDI-TOF Autoflex III (Bruker Daltonics GmbH, Leipzig, Alemania). Los aislamientos de Salmonella se tipificaron con sueros específicos. Los aislamientos que no ofrecieron una fiabilidad en la identificación superior al 95% en Vitek-2 o Wider se corroboraron mediante API. Los aislamientos en los que los sistemas API no ofrecieron un perfil fiable se descartaron. La identificación mediante MS MALDI-TOF se puntúa automáticamente por el software del sistema de 0–3 en función de su fiabilidad. Los aislamientos con puntuaciones inferiores a 1,5 se consideraron no fiables. La correlación entre ambas (..) (AU)

Introduction The methods routinely used for bacterial identification in Clinical Microbiology Laboratory, although miniaturized and automated, are still based on the same basic principles as classical identification methods. Nevertheless, technological advances are emerging which could modify these routine methods. We report a comparative study between conventional identification methods and mass spectrometry MALDI-TOF (MS MALDI-TOF) for bacterial identification in the Clinical Microbiology Laboratory. Methods We analysed 294 facultative anaerobic and aerobic isolates (65 Gram positives and 229 Gram negatives), obtained from different clinical samples, using conventional microbiological methods (Wider, Fco. Soria Melguizo, Madrid, Spain; Vitek-2, APIStaph, API 20 Strep, API Coryne and API NH, bioMérieux, Marcy L’Etoile, France) and an Autoflex III MS with a MALDI-TOF device (Bruker Daltonics GmbH, Leipzig, Germany). Salmonella isolates were also typed by using specific sera. Isolates identified with a confidence rate <95% were checked by using API systems. Isolates which were not accurately identified by API systems were rejected. MS MALDI-TOF identification is automatically scored by the system software between 1 and 3 points. Isolates with scores <1.5 were classified as unreliable. Correlation between both identifications was classified as correlation at the species level, at the genus level or no correlation. Results Correlation at the species level in Gram positives was 100%. Correlation in Gram negatives was 87.7% at the species level and 97.7% at the genus level. There was no correlation in 2.2% of Gram negatives studied. Identification failures occurred in the genera (..) (AU)

Proteómica clínica y nuevos biomarcadores en los líquidos biológicos / Clinical proteomics and new biomarkers in biological fluids

El análisis de las proteínas en los líquidos biológicos se ha utilizadodesde hace mucho tiempo para el diagnóstico y el seguimiento de ungran número de enfermedades. Primero fue la cuantificación de lasproteínas totales, luego la separación electroforética de las proteínasy más tarde la cuantificación de proteínas específicas mediante inmunoanálisis.Estas proteínas se emplean como marcadores biológicos(biomarcadores) de enfermedad. Desde hace unos pocos años laproteómica permite el análisis simultáneo de cientos de proteínas, asícomo el análisis de sus modificaciones estructurales. En esta revisiónse presenta el estado actual de la proteómica clínica en el descubrimientode nuevos biomarcadores en los líquidos biológicos

Protein analysis in biological fluids has been used for many years fordiagnosis and monitoring of diseases. First it was quantification of totalprotein, afterwards the electrophoretic separation of proteins andlater the quantification of specific proteins using immunoassays. Theseproteins are used as biological markers (biomarkers) of disease.Since a few years, proteomics allows the simultaneous analysis ofhundreds of proteins, as well as the analysis of their structural modifications.In this review the current situation of clinical proteomics for the discovery of new biomarkers in biological fluids is presented (AU)