Camera trap surveys of Atlantic Forest mammals: A data set for analyses considering imperfect detection (2004-2020).

Camera traps became the main observational method of a myriad of species over large areas. Data sets from camera traps can be used to describe the patterns and monitor the occupancy, abundance, and richness of wildlife, essential information for conservation in times of rapid climate and land-cover changes. Habitat loss and poaching are responsible for historical population losses of mammals in the Atlantic Forest biodiversity hotspot, especially for medium to large-sized species. Here we present a data set from camera trap surveys of medium to large-sized native mammals (>1 kg) across the Atlantic Forest. We compiled data from 5380 ground-level camera trap deployments in 3046 locations, from 2004 to 2020, resulting in 43,068 records of 58 species. These data add to existing data sets of mammals in the Atlantic Forest by including dates of camera operation needed for analyses dealing with imperfect detection. We also included, when available, information on important predictors of detection, namely the camera brand and model, use of bait, and obstruction of camera viewshed that can be measured from example pictures at each camera location. Besides its application in studies on the patterns and mechanisms behind occupancy, relative abundance, richness, and detection, the data set presented here can be used to study species' daily activity patterns, activity levels, and spatiotemporal interactions between species. Moreover, data can be used combined with other data sources in the multiple and expanding uses of integrated population modeling. An R script is available to view summaries of the data set. We expect that this data set will be used to advance the knowledge of mammal assemblages and to inform evidence-based solutions for the conservation of the Atlantic Forest. The data are not copyright restricted; please cite this paper when using the data.

As armadilhas fotográficas tornaram­se o principal método de observação de muitas espécies em grandes áreas. Os dados obtidos com armadilhas fotográficas podem ser usados para descrever os padrões e monitorar a ocupação, abundância e riqueza da vida selvagem, informação essencial para a conservação em tempos de rápidas mudanças climáticas e de cobertura do solo. A perda de habitat e a caça furtiva são responsáveis pelas perdas populacionais históricas de mamíferos no hotspot de biodiversidade da Mata Atlântica, especialmente para espécies de médio e grande porte. Aqui apresentamos um conjunto de dados de levantamentos com armadilhas fotográficas de mamíferos de médio e grande porte (>1 kg) em toda a Mata Atlântica. Compilamos dados de 5.380 armadilhas fotográficas instaladas no nível do chão em 3.046 locais, de 2004 a 2020, resultando em 43.068 registros de 58 espécies. Esses dados acrescentam aos conjuntos de dados existentes de mamíferos na Mata Atlântica por incluir as datas de operação das câmeras, que são necessárias para análises que lidam com detecção imperfeita. Também incluímos, quando disponíveis, informações sobre importantes preditores de detecção, como marca e modelo da câmera, uso de isca e obstrução do visor da câmera que pode ser medido a partir de imagens de exemplo em cada local da câmera. Além de estudos sobre os padrões e mecanismos por trás da ocupação, abundância relativa, riqueza e detecção, o conjunto de dados aqui apresentado pode ser usado para estudar os padrões de atividade diária das espécies, nível de atividade e interações espaço­temporais entre as espécies. Além disso, os dados podem ser usados em combinação com outras fontes de dados em diversas análises com modelagem populacional integrada. Um script R está disponível para visualizar um resumo do conjunto de dados. Esperamos que este conjunto de dados seja usado para aumentar o conhecimento sobre as assembleias de mamíferos e usado para informar soluções baseadas em evidências para a conservação da Mata Atlântica. Os dados não são restritos por direitos autorais e, por favor, cite este documento ao usar os dados.

Seed removal of Araucaria angustifolia by native and invasive mammals in protected areas of Atlantic Forest / Remoção de sementes de Araucaria angustifolia por mamíferos nativos e invasores em áreas protegidas da Mata Atlântica

Abstract Araucaria Forest is one of the most threatened tropical forests in the world. Wild pig (Sus scrofa) are invasive pig that is expanding through these forests and seed removing that would be available to native fauna. Our aim was to evaluate the rates of seed Araucaria (Araucaria angustifolia) removal by both small, medium, and large mammals in areas with and without wild pig. We conducted a seed-removal experiment with three treatments differing in mammals' access to seeds, in areas with and without the occurrence of wild pig. Similar numbers of seeds Araucaria were removed by small, medium and large mammals, even in areas with wild pig. However, we verified that seed removal by small mammals is graduate over time, while large mammals, especially wild pig, remove in one event. So, we recommend long-term studies to investigate competition between wild pig and native biota and the effects of wild pig on seed dispersal and seed survival.

Resumo A floresta de Araucárias é uma das florestas tropicais mais ameaçadas do mundo. O javali (Sus scrofa) é um porco invasor que está se expandindo por essas florestas e removendo sementes que estariam disponíveis para a fauna nativa. Nosso objetivo foi avaliar as taxas de remoção das sementes do pinheiro brasileiro (Araucaria angustifolia) por pequenos, médios e grandes mamíferos, em áreas com e sem javali. Realizamos um experimento de remoção de sementes com três tratamentos diferentes que limitam o acesso das espécies de mamíferos às sementes do pinheiro brasileiro, em áreas com e sem a ocorrência de javalis. Números semelhantes de sementes de pinheiro brasileiro foram removidos por pequenos, médios e grandes mamíferos, mesmo em áreas com javalis. No entanto, verificamos que a remoção de sementes por pequenos mamíferos é gradativa ao longo do tempo, enquanto que grandes mamíferos, especialmente os javalis, removem as sementes em uma única visita. Portanto, recomendamos estudos de longo prazo para investigar a competição entre javalis e biota nativa e os efeitos dos javalis na dispersão e sobrevivência das sementes do pinheiro brasileiro.

Wild pig (Sus scrofa L.) occupancy patterns in the Brazilian Atlantic forest / Padrões de ocupação do javali (Sus scrofa L.) na Mata Atlântica brasileira

Abstract: Despite the great impacts of invasive wild pig (Sus scrofa) to natural ecosystems, habitat use by this species in the neotropics remains poorly studied. Here, we investigated the effects of local habitat and landscape covariates (vegetation types, running watercourses and roads) on occupancy patterns of wild pig in the Atlantic Forest of southern Brazil. We used single season occupancy modeling to estimate detection (p) and occupancy (ψ) probabilities, using 8-day camera-trap monitoring of 100 sampled sites. The cameras detected wild pig in 64 sites (naïve occupancy = 64 %). The four best models explained 72.7 % of the occupancy patterns, and the top model (with "water" variable) had a weight of 28.5 %. Even though none of the tested variables had high explanatory power of wild pig occupancy, the water variable had a negative effect trend (β = -1.124; SE = 0.734), with 59 % of occupancy when water was present and 82 % when it was absent around the sampling sites. Vestiges of the presence of wild pig in different vegetation types revealed that they used plantations of Pinus sp., native forests, and corn and oat crops. The occupation pattern shows that wild pig are generalist at our study site at the Atlantic Forest being found everywhere, raising ecological and economic concerns about the high potential negative effects of its invasion.

Resumo: Apesar dos grandes impactos da invasão do javali (Sus scrofa) nos ecossistemas naturais, o uso de hábitats por esta espécie nos neotrópicos ainda permanece pouco estudado. Aqui, nós investigamos os efeitos do hábitat local e de covariáveis da paisagem (tipos de vegetação, cursos d'água e estradas) sobre os padrões de ocupação do javali na Mata Atlântica do sul do Brasil. Utilizamos a modelagem de ocupação de estação única para estimar as probabilidades de detecção (p) e de ocupação (ψ) dos javalis, usando monitoramento de armadilha fotográfica por 8 dias em 100 locais. As câmeras detectaram javalis em 64 locais (ocupação ingênua = 64%). Os quatro melhores modelos explicaram 72,7% dos padrões de ocupação, e o melhor modelo (com variável "água") teve um peso de 28,5%. Embora nenhuma das variáveis testadas apresentaram alto poder explicativo na ocupação do javali, a variável água foi a que contribuiu com uma tendência de efeito negativo (β = -1,124; SE = 0,734), com 59% de ocupação quando a água estava presente e 82% quando estava ausente nos pontos de amostragem. Vestígios da presença de javali em diferentes tipos de vegetação revelaram que eles utilizaram plantações de Pinus sp., florestas nativas e culturas de milho e aveia. O padrão de ocupação mostra que o javali é extremamente generalista em nosso local de estudo na Mata Atlântica, sendo encontrado em todos os lugares, o que levanta preocupações ecológicas e econômicas sobre os potenciais efeitos negativos de sua invasão.