ABSTRACT
The DNA extracted from museum alcohol-fixed specimens can be a valuable source of information for solving taxonomic, phylogenetic, ecological and conservational questions. However, this type of DNA, also called ancient DNA, is routinely obtained in small portions and highly fragmented. We have tested two different extraction kits in museum type-specimens of the fish family Characidae. Aiming to increase the DNA yield, we made modifications on a Qiagen manufacturer protocol, in the elution step. Also, to overcome the issue of DNA fragmentation, we applied our efforts in Sanger sequencing, to find a highly variable and, in result, informative COI fragment. Based on our results, there is no correlation between amount of the DNA extracted and the age of the sample. The Sanger sequencing generated sequences which are useful in solving taxonomic puzzles. Here are presented the customization and guidelines that allowed us to recover DNA from the archived fish specimens. â¢DNA extraction from archived fish specimens is more effective when using silica columns.â¢Change of the elution times from minutes in room temperature to 24 h in freezer greatly improved the DNA yielded.â¢Short but highly variable sequences replace the need to sequence the entire gene to identify a species.
ABSTRACT
Gymnogeophagus is a Neotropical cichlid genus distributed in the río Paraguay, rio Paraná and rio Uruguay drainages and also in the coastal rivers of Uruguay and southern Brazil. Its monophyly is supported by two derived features: the absence of supraneurals and the presence of a forward spine in the first dorsal-fin pterygiophore. Herein, five new species of Gymnogeophagus are described from middle to upper tributaries of the rio Uruguay drainage and from the rio Negro. All these new species belong to a clade, which includes G. gymnogenys , easily recognized by sharing two synapomorphies: the absence of an oblique bar between the dorsal border of the eye and the nape, and the possession of a black bar originating in the dorsal contour near the dorsal-fin origin and directed downward and backward on the dorsum. A key to all species of Gymnogeophagus is provided.
Gymnogeophagus é um gênero Neotropical de ciclídeos que ocorre nas drenagens dos rios Paraguay, Paraná e Uruguay e também em rios costeiros do Uruguay e do sul do Brasil. A monofilia do gênero é baseada em duas sinapomorfias: a ausência de supraneurais e a presença de um espinho dirigido para frente no primeiro pterigióforo da nadadeira dorsal. Neste trabalho são descritas cinco espécies novas de Gymnogeophagus de afluentes do médio ao alto rio Uruguai e rio Negro. Todas as espécies pertencem a um clado que inclui G. gymnogenys , facilmente reconhecido pelo compartilhamento de duas sinapomorfias: a ausência da barra cinza escura oblíqua entre a margem dorsal da órbita e a margem dorsal da cabeça, e a presença de uma barra cinza escura originando-se no dorso, anteriormente à nadadeira dorsal e direcionada para trás e para baixo na lateral do corpo. É fornecida uma chave de identificação para todas as espécies de Gymnogeophagus.
Subject(s)
Animals , Cichlids , Fishes/classificationABSTRACT
A new characiform is herein described from the Eocene-Oligocene sediments exposed in the Aiuruoca basin, in southern Minas Gerais State, Brazil. Recently, two other characid species were described for this same fossil level: Paleotetra aiuruoca and Paleotetra entrecorregos. The holotype of this new characiform is represented by an articulated specimen preserved as part and counterpart, in which the most anterior part of the head is missing, including the jaws. Despite the lack of the diagnostic characters from the snout, a unique combination of characters allows its differentiation from other Neotropical characiforms, raising a new genus and species: Bryconetes enigmaticus. Among these characters are: the presence of a supraorbital, dentary with inflated pentacuspidate teeth arranged in a single row, infraorbital 3 expanded and ornamented with punctuations and grooves, a large anal fin with iii+22-23 rays, and the caudal fin with 11 ventral procurrent rays of which the anteriormost are fused in laminar bones. A phylogenetic analysis using morphological data was performed and recovered Bryconetes enigmaticus as a stem group to characiforms lacking a supraorbital. Based on the results of this analysis, a discussion of the potential relationships of the new taxon with other characiforms is presented.
Um novo caraciforme é descrito a partir de sedimentos do Eoceno - Oligoceno expostos na bacia de Aiuruoca , no sul de Minas Gerais, Brasil. Recentemente, outras duas espécies de Characidae foram descritas para este mesmo nível fossilífero: Paleotetra aiuruoca e Paleotetra entrecorregos. O holótipo do novo caraciforme é representado por um espécime articulado preservado como parte e contraparte, do qual falta a parte mais anterior da cabeça, incluindo mandíbula e maxila. Apesar da falta dos caracteres diagnósticos do focinho, uma combinação única de caracteres permite diferenciá-lo dos outros Characiformes neotropicais, levando a descrição de um gênero e espécie novos: Bryconetes enigmaticus. Entre esses caracteres estão a presença de um supra-orbital, dentário com dentes pentacuspidados dispostos em uma única fileira, infraorbital 3 expandido e ornamentado com pontuações e sulcos, nadadeira anal com iii,22-23 raios e nadadeira caudal com 11 raios procurrentes ventrais sendo os mais anteriores fundidos em ossos laminares. A análise filogenética recuperou Bryconetes enigmaticus como um "stem-grupo" de Characiformes sem supraorbital. Com base nestes resultados discutem-se as possíveis relações da nova espécie com outros Characiformes.
Subject(s)
Animals , Characiformes/classification , Morphogenesis , Species SpecificityABSTRACT
The Lumbrera Formation is the uppermost unit of the Salta Group, which crops out in northwestern Argentina. The paleoenvironment of the Lumbrera Formation is interpreted as a perennial lake deposited under temperate climatic conditions during the early to middle Eocene. Its fossil content is made up of palynomorphs, insects, crocodiles, turtles, lizards, and mammals, besides an ichthyofauna formed by cichlids, poeciliids and dipnoans. åPlesioheros chauliodus is described based on a single individual from this formation, which was fossilized as a lateral view impression (missing anal and caudal fins). It can be distinguished from other cichlids by a moderately deep body, enlarged anterior dentary teeth bearing subapical cusp, a low abdominal vertebral count (10), five canal openings in the dentary, and XI + 12 dorsal-fin rays. A phylogenetic analysis, using the matrix by Kullander (1998), recovered åPlesioheros within Heroini. This species was recovered most closely related to Australoheros and to the deep-bodied South American heroins. The occurrence of an Eocene Heroini, as well as of other cichlid lineages in the same stratigraphical level, is evidence of an ancient diversification in this family. This ancient age supports the hypothesis that the Cichlidae originated on Gondwana.
A Formação Lumbrera é a unidade do topo do Grupo Salta, aflorante na região noroeste da Argentina. O paleoambiente da Formação Lumbrera tem sido interpretado como um lago perene depositado sob um clima temperado durante o início do Eoceno. Seu conteúdo fóssil é formado por palinomorfos, insetos, crocodilos, tartarugas, lagartos, mamíferos, além de uma ictiofauna que inclui ciclídeos, poeciliídeos e dipnóicos. åPlesioheros chauliodus é descrito com base em um único indivíduo coletado nesta formação, preservado como impressão em vista lateral (faltando as nadadeiras anal e caudal). Ele pode ser distinguido de outros ciclídeos por um corpo moderadamente alto, dentes anteriores do dentário aumentados e portando uma cúspide lingual subapical, uma baixa contagem de vértebras abdominais, cinco aberturas do canal sensorial no dentário, e XI + 12 raios na dorsal. Na análise filogenética, usando a matriz apresentada por Kullander (1998), åPlesioheros resultou dentro da Tribo Heroini mais relacionado a Australoheros e aos heroinis de corpo alto sul-americanos. A ocorrência de um heroini fóssil desta idade, bem como das outras linhagens de ciclídeos no mesmo nível estratigráfico, é uma evidência da diversificação inicial da família, corroborando fortemente a hipótese de que os Cichlidae se originaram no Gondwana ainda durante o Cretáceo.
Subject(s)
Animals , Fossils , Perciformes/classification , Cichlids , Paleontology/methodsABSTRACT
A new loricariid catfish is described from the Tremembé Formation (Late Oligocene to Early Miocene) sediments of the Taubaté Basin in eastern São Paulo State, Brazil. Taubateia paraiba, new genus and species, is based on a single specimen preserved as a ventral-side impression of an articulated partial neurocranium, dorsal elements of the pectoral girdle and anterior vertebrae. The fossil is identified as belonging to family Loricariidae based on obvious overall similarity and the presence of diagnostic derived characters such as: odontodes, dorsal margin of metapterygoid contacting lateral ethmoid, presence of mesethmoid disk (condyle), and compound pterotic-supracleithrum bone. Also, as in most loricariids, the ossified transcapular (Baudelot's) ligament plus basiocciptal lateral process form a prominent transverse wall at the occiput. Other derived characters preserved in Taubateia are synapomorphies at different levels within Loricariidae, including a wide and low parasphenoid, form of pterotic-supracleithrum, shape and position of the mesethmoid disk, a triangular lateral ethmoid with expanded posterolateral corner and a rounded and low ridge articulating with the metapterygoid, and a pointed distal margin of transverse process of the Weberian compound centrum. The derived characters recognized in this fossil are a distinctive combination for diagnosing a new genus and species but not for its unambiguous placements in any of the currently recognized loricariid subfamilies
É descrito um novo loricarídeo proveniente dos sedimentos lacustres da Formação Tremembé (Oligoceno-Mioceno), os sedimentos lacustres da bacia de Taubaté no leste do Estado de São Paulo, Brasil. Taubateia paraiba n. sp. é descrita com base em um único espécimen fossilizado como uma impressão ventral, representado por um neurocrânio, elementos dorsais da cintura peitoral e vértebras mais anteriores. A nova espécie é identificada como Loricariidae com base na óbvia semelhança geral e na presença de alguns caracteres derivados tais como: odontodes, metapterigóide contactando o etmóide lateral, um disco (côndilo) ventral no mesetmoide e o pterótico fusionado ao supracleitro. Ainda, como ocorre na maioria dos loricarídeos, o ligamento transcapular ossificado (Baudelot) e o processo lateral do basiocciptal formam uma parede transversal distinta no occipital. Outros caracteres derivados preservados em Taubateia são sinapomorfias em diferentes níveis dentro de Loricariidae: parasfenóide largo e baixo; forma do pterótico-supracleithrum; forma e posição do disco ventral do mesetmóide; etmóide lateral triangular com o canto póstero-lateral expandido e crista para contato com o metapterigóide baixa e arredondada; e a margem distal do processo transverso estreita. Os caracteres derivados reconhecidos no fóssil formam tal combinação que permite distingui-lo dos demais loricarídeos conhecidos e atribuí-lo a um novo gênero e espécie, mas não é suficiente para incluí-lo em uma das subfamílias