Molecular detection of leptosipira in synanthropic and wild rodents from Villavicencio municipality, Colombia / Detección molecular de leptospiras en roedores del municipio de Villavicencio, Colombia

Introduction: Rodents are potential transmitters of Leptospira spp. In the municipality of Villavicencio, Colombia, leptospirosis is a disease that, although notifiable, is still underreported. In this region, rodent species that can host pathogenic leptospira remain unknown. Objective: To detect the presence of Leptospira spp. through molecular analysis in rodents (Rodentia) from peri-urban and rural areas belonging to the municipality of Villavicencio in Colombia. Methods: Peri-urban and rural areas of the townships belonging to Villavicencio municipality were selected for sampling. These areas presented similar ecological conditions: they were near water bodies and peridomiciliary areas, and some of them included fields of agricultural crops. Rodents´ kidneys were removed and frozen in liquid nitrogen. DNA was extracted using a commercial kit and subsequently amplified through conventional polymerase chain reaction. Results: The rodent species collected were: Rattus rattus, Mus musculus, Zygodontomys brevicauda, Oligoryzomys sp, Hylaeamys (formerly Oryzomys) and Proechimys cf. oconnelli. Leptospira DNA was amplified in six rodents and the purified amplicons were sent to Macrogen Inc. (Seoul, Korea) for sequencing. The alignment analysis of the sequenced products demonstrated 98.64 percent of coverage and identity with Leptospira interrogans. Conclusions: This is the first study carried out on wild and synanthropic rodents in the municipality of Villavicencio. The incidence of leptospirosis raises the alarm due to the important role of these small mammals in the transmission of this zoonosis, which is considered the second cause, after dengue, of undifferentiated febrile illness in Villavicencio(AU)

Introducción: Los roedores son potenciales transmisores de Leptospira spp. En el municipio de Villavicencio, Colombia, la leptospirosis es una enfermedad que, aunque debe notificarse obligatoriamente, sigue subreportada. En esta región, algunas especies de roedores pueden ser reservorios de leptospiras patógenas, situación que se desconoce. Objetivo: Detectar la presencia de Leptospira spp. a través del análisis molecular en roedores (Rodentia) de áreas periurbanas y rurales del municipio de Villavicencio, Colombia. Métodos: Para el trampeo se seleccionaron áreas periurbanas y rurales de las veredas pertenecientes al municipio de Villavicencio. Las áreas escogidas presentaban condiciones ecológicas similares: cerca de cuerpos de agua y áreas peridomiciliarias; algunas de ellas localizadas en campos de cultivos de la agricultura. Se extirparon los riñones de los roedores y se conservaron en nitrógeno líquido. Se extrajo el ADN usando un estuche comercial y posteriormente se amplificó mediante reacción en cadena de la polimerasa convencional. Resultados: Las especies de roedores colectadas fueron: Rattus rattus, Mus musculus, Zygodontomys brevicauda, Oligoryzomys sp., Hylaeamys (ahora Oryzomys) y Proechimys oconnelli. El ADN de leptospira se amplificó en seis roedores y los amplicones purificados se enviaron a Macrogen Inc. (Seoul, Korea) para secuenciación. El análisis de alineamiento de los productos secuenciados demostró un 98,64 por ciento de cobertura e identidad con Leptospira interrogans. Conclusiones: Este es el primer estudio llevado a cabo en roedores silvestres y sinantrópicos en el municipio de Villavicencio. La incidencia de la leptospirosis genera una alarma con respecto a la importancia del papel de esos pequeños mamíferos en la transmisión de esta zoonosis, la cual es la segunda causa de los síndromes febriles indiferenciados en Villavicencio, después del dengue(AU)

Primera detección de Candidatus Rickettsia colombianensi en el departamento del Meta, Colombia / First detection of Candidatus Rickettsia colombianensi in the State of Meta, Colombia

RESUMEN Introducción: Las Rickettsias son un género de bacterias Gram negativas intracelulares obligadas causantes de muchas epidemias en el mundo y son transmitidas principalmente por garrapatas, pulgas, piojos y ácaros. Las rickettsiosis son enfermedades infecciosas reemergentes sin vigilancia epidemiológica en Colombia. Hasta hace pocos años Rickettsia rickettsi era la única Rickettsia transmitida por garrapatas presente en América; sin embargo, nuevas especies están siendo descritas, y aunque su patogenicidad no ha sido confirmada pueden ser consideradas patógenos potenciales. Objetivo: Determinar la presencia de rickettsias en garrapatas del departamento del Meta, Colombia. Material y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal, fueron colectadas garrapatas y después de su identificación taxonómica, los genes gltA, ompA y ompB fueron amplificados y secuenciados. Resultados: Se obtuvieron un total de 169 grupos a los que se les realizó PCR de los cuales 2 grupos amplificaron para los genes gltA, ompA y ompB. Conclusiones: Los resultados demuestran la presencia de Rickettsia spp en garrapatas del departamento del Meta.

ABSTRACT Introduction: Rickettsia is a genus of Gram-negative obligate intracellular bacteria that cause several epidemics around the world and are transmitted mainly by ticks, fleas, lice and mites. Rickettsiosis is a re-emergent infectious disease without epidemiological surveillance in Colombia. Until few years ago, Rickettsia rickettsi was the only tick-borne Rickettsioses in America; however, new species are being described, and although their pathogenicity has not been confirmed, they should be considered as potential pathogens. Objective: The aim of this study was to determine the presence of rickettsial agents in ticks in the state of Meta, Colombia. Material and Methods: A descriptive cross-sectional study was conducted; ticks were collected and, after their taxonomic identification, gltA,ompAand ompB genes were amplified and sequenced. Results: A total of 169 pools were obtained to which PCR were carried out, of which 2 PCR were amplified for the gltA, ompA and ompB genes. Conclusions: These results demonstrate the presence of Rickettsia spp in ticks in the State of Meta.

Seroprevalencia de leptospirosis en pacientes con síndrome febril no palúdico / Seroprevalence of leptospirosis in patients with non-malarial febrile syndrome

Introducción: la leptospirosis es una enfermedad zoonótica transmitida por varias especies de animales domésticos y silvestres que actúan como reservorios del agente causal y que afecta humanos que habitan áreas urbanas y rurales en el mundo. Objetivo: determinar la seroprevalencia de anticuerpos contra Leptospira sp. y los serogrupos dominantes, en pacientes con síndrome febril no palúdico del departamento del Meta, Colombia. Métodos: se realizó un estudio prospectivo de corte trasversal. La población la conformó todo paciente febril que asistiera a un hospital en la ciudad de Villavicencio, entre mayo de 2013 y junio de 2014. Los sueros pareados fueron procesados utilizando la prueba de microaglutinación con los serogrupos: Australis, Ballum, Bataviae, Canicola, Cynopteri, Panama, Pyrogenes, Sejroe, Semaranga. Se practicaron pruebas para diagnóstico de dengue (detección de anticuerpos IgM e IgG por ELISA), rickettsiosis (detección de anticuerpos IgG por inmunofluoresencia indirecta), hantavirosis (detección de anticuerpos IgG por ELISA). Resultados: de los 100 sueros estudiados, 29 resultaron positivos para leptospirosis. Los serogrupos más prevalentes fueron Canicola y Ballum. Conclusiones: los resultados de la prevalencia de leptospirosis muestran que esta enfermedad es subregistrada en la zona, por lo que sería recomendable que estuviera dentro del diagnóstico diferencial de los síndromes febriles(AU)

Introduction: leptospirosis is a zoonotic disease transmitted by several species of wild and domestic animals, which serve as reservoirs of the causative agent. The disease affects humans from urban and rural areas of the world. Objective: determine Leptospira sp. antibody seroprevalence and dominant serogroups in patients with non-malarial febrile syndrome from Meta Department in Colombia. Methods: across-sectional prospective study was conducted. The study population was all the febrile patients attending a hospital in the city of Villavicencio from May 2013 to June 2014. The paired sera were processed using the microagglutination test with the following serogroups: Australis, Ballum, Bataviae, Canicola, Cynopteri, Panama, Pyrogenes, Sejroe and Semaranga. Diagnostic tests were performed for dengue (IgM and IgG antibody detection by ELISA), rickettsiosis (IgG antibody detection by indirect immunofluorescence), and hantaviral disease (IgG antibody detection by ELISA). Results: of the 100 sera studied, 29 were positive for leptospirosis. The most prevalent serogroups were Canicola and Ballum. Conclusions: prevalence results for leptospirosis show that the disease has been under-recorded in the area. It is thus advisable to include it in the differential diagnosis of febrile syndromes(AU)

Dengue in an area of the Colombian Caribbean.

BACKGROUND: In Colombia, dengue is an endemic disease and the four serotypes have been reported. OBJECTIVE: To describe the frequency and severity of dengue in an area of the Colombian Caribbean (Department of Cordoba). METHODS: A retrospective study was conducted. Two data sources were analysed: The database from the Direction of Health in Córdoba, and clinical registers of patients diagnosed with haemorrhagic fevers and fevers of unknown origin in reference hospitals. RESULTS: The mean incidence of dengue between 2003-2010 was 36.5 cases/10(5) inhabitants (CI95%: 34.3-37.5) and adjusted for sub-reporting, could be between 178.5 and 521.6. The mean incidence of severe dengue was 4.7 cases/10(5) inhabitants (CI95%: 4.3-5.0). Mean mortality rate due to dengue was 0.3 cases/10(5) inhabitants. The fatality rate was below 1%. The mean total leukocyte count in patients with dengue was 6,181 mm(3) (CI95%: 5,973-6,389) and with severe Dengue was 4,729 mm(3) (CI95%: 4,220-5,238). The average platelet count in patients with Dengue was 118,793/mm(3) (CI95%: 107,255-130,331) and in patients with Severe Dengue 77,655 (CI95%: 59,640-95,670). Both differences were statistically significant (p <0.05). The frequency of laboratories test per patient in patients with Dengue and severe Dengue were different. CONCLUSION: The department of Cordoba is a highly endemic zone of Dengue and severe Dengue in the Colombian Caribbean. Moreover, the results show significant differences between dengue and severe dengue so much in tests as in frequency of use of healthcare services.

ANTECEDENTES: en Colombia el Dengue es una enfermedad endémica en la que se han descrito los cuatro serotipos que la producen. OBJETIVO: Describir la frecuencia y severidad del Dengue en el departamento de Córdoba de la región caribe colombiana. MÉTODOS: Se llevó a cabo un estudio retrospectivo a partir del análisis de dos fuentes de datos: a) la base de datos de los casos reportados a la dirección de salud departamental y b) los registros clínicos de pacientes con diagnóstico de fiebres hemorrágicas y fiebre de origen desconocido., en hospitales de referencia del departamento de Córdoba. RESULTADOS: La incidencia media de dengue entre 2003-2010 fue de 36.5 casos por cien mil habitantes (IC95%: 34.3-37.5) y ajustando por sub-registro podría estar entre 178.5 y 521.6. La incidencia media de dengue grave fue de 4.7 casos por cien mil habitantes (IC95%: 4.3-5.0). La tasa promedio de mortalidad por el dengue durante el período fue de 0.3 casos por cien mil habitantes. El recuento leucocitario total promedio en los pacientes con dengue fue 6,181 x mm3 (IC95%: 5,973-6,389) y con dengue grave fue 4,729 x mm3 (IC95%: 4,220-5,238). El recuento medio de plaquetas en pacientes con Dengue fue 118.793 / mm3 (IC95%: 107,255-130,331) y en pacientes con Dengue Grave fue 77,655 (IC95%: 59,640-95,670). Las diferencias fueron estadísticamente significativas (p <0.05). La frecuencia de los laboratorios de pruebas por paciente en los pacientes con dengue y dengue grave fueron diferentes. CONCLUSIÓN: El departamento de Córdoba es una zona altamente endémica de dengue y dengue grave en el Caribe colombiano. Los resultados muestran diferencias significativas en algunas pruebas de laboratorio entre el dengue y el dengue severo.

Dengue in an area of the Colombian Caribbean / El dengue en una región del Caribe colombiano

Background: In Colombia, dengue is an endemic disease and the four serotypes have been reported. Objective: To describe the frequency and severity of dengue in an area of the Colombian Caribbean (Department of Cordoba) Methods: A retrospective study was conducted. Two data sources were analyzed: The database from the Direction of Health in Cordoba, and clinical registers of patients diagnosed with hemorrhagic fevers and fevers of unknown origin in reference hospitals. Results: The mean incidence of dengue between 2003-2010 was 36.5 cases/10(5) inhabitants (CI95%: 34.3-37.5) and adjusted for sub-reporting, could be between 178.5 and 521.6. The mean incidence of severe dengue was 4.7 cases/10(5) inhabitants (CI95%: 4.3-5.0). Mean mortality rate due to dengue was 0.3 cases/10(5) inhabitants. The fatality rate was below 1%. The mean total leukocyte count in patients with dengue was 6,181 mm³ (CI95%: 5,973-6,389) and with severe Dengue was 4,729 mm³ (CI95%: 4,220-5,238). The average platelet count in patients with Dengue was 118,793/mm³ (CI95%: 107,255-130,331) and in patients with Severe Dengue 77,655 (CI95%: 59,640-95,670). Both differences were statistically significant (p <0.05). The frequency of laboratories test per patient in patients with Dengue and severe Dengue were different. Conclusion: The department of Cordoba is a highly endemic zone of Dengue and severe Dengue in the Colombian Caribbean. Moreover, the results show significant differences between dengue and severe dengue so much in tests as in frequency of use of healthcare services.

Antecedentes: en Colombia el Dengue es una enfermedad endémica en la que se han descrito los cuatro serotipos que la producen. Objetivo: Describir la frecuencia y severidad del Dengue en el departamento de Córdoba de la región caribe colombiana. Métodos: Se llevó a cabo un estudio retrospectivo a partir del análisis de dos fuentes de datos: a) la base de datos de los casos reportados a la dirección de salud departamental y b) los registros clínicos de pacientes con diagnóstico de fiebres hemorrágicas y fiebre de origen desconocido., en hospitales de referencia del departamento de Córdoba. Resultados: La incidencia media de dengue entre 2003-2010 fue de 36.5 casos por cien mil habitantes (IC95%: 34.3-37.5) y ajustando por sub-registro podría estar entre 178.5 y 521.6. La incidencia media de dengue grave fue de 4.7 casos por cien mil habitantes (IC95%: 4.3-5.0). La tasa promedio de mortalidad por el dengue durante el período fue de 0.3 casos por cien mil habitantes. El recuento leucocitario total promedio en los pacientes con dengue fue 6,181 x mm³ (IC95%: 5,973-6,389) y con dengue grave fue 4,729 x mm³ (IC95%: 4,220-5,238). El recuento medio de plaquetas en pacientes con Dengue fue 118,793/mm³ (IC95%: 107,255-130,331) y en pacientes con Dengue Grave fue 77,655 (IC95%: 59,640-95,670). Las diferencias fueron estadísticamente significativas (p <0.05). La frecuencia de los laboratorios de pruebas por paciente en los pacientes con dengue y dengue grave fueron diferentes. Conclusión: El departamento de Córdoba es una zona altamente endémica de dengue y dengue grave en el Caribe colombiano. Los resultados muestran diferencias significativas en algunas pruebas de laboratorio entre el dengue y el dengue severo.

Resistencia a aminoglucósidos por los genes aph(3')-VIa y aac(3')-II en Acinetobacter baumannii aislados en Montería, Colombia / Aminoglycoside resistance by aph(3’)-VIa and aac(3´)-II genes in Acinetobacter baumannii isolated in Montería, Colombia

Objetivo: Investigar la resistencia a aminoglucósidos en cepas de A. baumannii por expresión de genes aph(3')-VIa y aac(3')-H, de una clínica privada en Montería. Materiales y Métodos: Entre agosto de 2005 y febrero de 2007 se recolectaron 17 aislamientos de A. baumannii resistentes a aminoglucosidos de una clínica privada de tercer nivel de Montería. Se determinó la susceptibilidad antimicrobiana mediante la concentración mínima inhibitoria. Se amplificaron y secuenciaron los genes aph(3')-VIa/ aph(3')-Ia, aac(3)-l, aac(3)-ll y aac(6)-la. El análisis de las secuencias se realizó con la base de datos GenBank y el motor de búsqueda BLASTX. El ADN de todos los aislamientos fue preparado en bloques de agarosa y digerido con Apal. Resultados: Dieciséis de 17 aislamientos (94,1%) resistentes a amikacina fueron positivos para el gen aph(3')-VIa y todos los aislamientos fueron positivos para aac(3')-II, ningún aislamiento resulto positivo para los genes aac(3')-l, aph(3')-la y aac(6')-l. La PFGE mostró 8 pulsotipos con dos clones en 11 aislamientos, distribuidos en 7 aislamientos pulsotipo l y 4 aislamientos pulsotipo ll. Los otros seis pulsotipos comprendieron aislamientos no relacionados. Conclusión: La resistencia a los aminoglucósidos en A. baumannii esta codificada principalmente por el gen aph(3')-VIa y el gen aac(3')-II. El análisis epidemiológico molecular demostró que la resistencia a amikacina se debe a la diseminación del gen aph(3')-VIa en aislamientos de A. baumannii que en muchos casos como el de este estudio causa brotes.

Objetive: lnvestigate aminoglucoside-resistant A. baumannii strain by expressing aph(3')-Vla y aac(3')-llgenes, in a clinicfrom Monteria. Materials and Methods: Between august 2005 andfebruary 2007 were collected 17 iso-lates of A. baumannii resistant to aminoglycosides at a private clinic providing tertiary care in Monteria. Antimicrobial susceptibility was determined by minimum inhibitory concentration. Were amplified and sequenced the genes aph(3')-VIa, aph(3')-Ia, aac(3)-I, aac(3)-ll y aac(6)-la. The sequence analysis was performed with the GenBank database and BLASTX search engine. DNA of all isolates were prepared in agarose blocks and digested with the restriction enzyme Apal. Results: Sixteen of 17 isolates (94,1%) resistant to amikacin were positive for the gene aph(3')-VIa and all isolates were positive for aac(3')-II, no isolates were positive for the gene aac(3')-I, aph (3')-Ia and aac(6')-I. The PFGE pulsotypes showed 8 with two clones in 11 isolates, distributed in 7 isolates pulsotypes and 4 isolates pulsotypes ll. The other six pulsotypes included isolates unrelated. Conclusion: resistance to aminoglycosides in A. baumannii is primarily coded by the gene aph(3')-VIa gene and the aac(3')-II. Molecular epidemiological analysis showed that resis-tance to amikacin is due to the large spread of the gene aph(3')-VIa in A. baumannii isolates that in many cases as in this study cause outbreaks.

Prevalence of mastitis in dual purpose cattle farms in Monteria (Colombia): etiology and antibacterial susceptibility / Prevalencia de mastitis bovina en sistemas doble propósito en Montería (Colombia): etiología y susceptibilidad antibacteriana / Prevalência de mastite bovina nos sistemas dupla aptidão no município de Montería,(Colômbia): etiologia infecciosa e susceptibilidade antibacteriana

The prevalence of bovine mastitis was evaluated in 4.260 udder quarts from 1.065 cows located in 15 cattle farms managed as dual purpose systems (beef and dairy) in Monteria (Cordoba, Colombia). The farms were chosen using a non-random probability sampling design. To isolate the microorganisms involved in mastitis, milk samples were taken from the quarts with trace reaction, as well as from sub-clinical or clinically affected quarts. A high percentage (92.21%) of isolated samples included infectious organisms. The main pathogen isolated was Staphylococcus aureus (87.56% of samples), while Streptococuss uberis,Corynebacterium bovis, Streptococcus agalactiae, and coagulase-negative Staphylococcus (SCN) were found in 3.60, 2.10, 2.10, and 0.3% of samples, respectively. We conclude that Staphylococcus aureus, the main etiological agent, is sensitive to antibiotics commonly used in the prevention and control of mastitis on dual purpose systems in this region.

Mediante la prueba California para Mastitis(CMT), se evaluaron 4.260 cuartos pertenecientesa 1.065 vacas en 15 fincas manejadas bajo el sistema doble propósito en el municipio de Montería (Córdoba) Colombia, las fincas fueron escogidas mediante un muestreo no probabilístico. De los cuartos con reacciones trazas hasta casos subclínicos y clínicos, se tomó una muestra de leche para aislar los microorganismos involucrados en la mastitis bovina. El 11.30% (n=480) de los cuartos fue positivo para mastitis subclínica. El 92.21% de los aislamientos involucró microorganismos infecciosos. Staphylococcus aureus , fue aislado en el 87.56% y se convirtió en el principal patógeno aislado. Staphylococcus coagulasa negativos (SCN) fueron aislados en el 0.3%. Streptococcus agalactiae fue aislado en el 2.10% de las muestras, Streptococuss uberis aislado en el 3.60%. Corynebacterium bovis se aisló en el 2.10%. Se puedeconcluir que Staphylococcus aureus fue el principal agente etiológico, siendo sensible a los antibióticos más usados en programas de prevención y control de la mastitis bovina en el sistema de producción doble propósito, en el municipio de Montería.

Mediante o teste do California Mastites Test (CMT), foram avaliados 4260 quartos pertencentes a 1065 vacas em 15 fazendas que laboram no sistema carne e leite no município de Montería (Córdoba, Colômbia), seleccionadas no sistema de amostragem não probabilístico. Dos quartos com traços, de casos subclínicos e clínicos, foi tomada uma amostra de leite para isolar os microorganismos envolvidos namastite bovina. O 11.30% (n=480) dos quartos foram positivos para mastite subclínica. O 92.21% dosi solados apresentaram microorganismos infecciosos. Staphylococcus aureus , foi isolado no 7.56% e foi reconhecido como o principal patógeno isolado. Foram isolados nas amostras: Staphylococcus coagulasa negativos (0.3%), Streptococcus agalactiae (2.10%), Streptococcus uberis (3.60%) e Corynebacterium bovis (2.10%). O Staphylococcus aureus foi o principal agente etiológico e foi sensível aos antibióticos usualmente usados nos programas de prevenção e controle de mastite bovina nos sistemas de duplo aptidão no município de Montería.