Prospection of genomic regions divergently selected in racing line of Quarter Horses in relation to cutting line.

Selection of Quarter Horses for different purposes has led to the formation of lines, including racing and cutting horses. The objective of this study was to identify genomic regions divergently selected in racing line of Quarter Horses in relation to cutting line applying relative extended haplotype homozygosity (REHH) analysis, an extension of extended haplotype homozygosity (EHH) analysis, and the fixation index (F ST) statistic. A total of 188 horses of both sexes, born between 1985 and 2009 and registered at the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders, including 120 of the racing line and 68 of the cutting line, were genotyped using single nucleotide polymorphism arrays. On the basis of 27 genomic regions identified as selection signatures by REHH and F ST statistics, functional annotations of genes were made in order to identify those that could have been important during formation of the racing line and that could be used subsequently for the development of selection tools. Genes involved in muscle growth (n=8), skeletal growth (n=10), muscle energy metabolism (n=15), cardiovascular system (n=14) and nervous system (n=23) were identified, including the FKTN, INSR, GYS1, CLCN1, MYLK, SYK, ANG, CNTFR and HTR2B.

Seleção de características morfofuncionais de cavalos da raça Mangalarga Marchador por meio da análise de componentes principais / Identification of morphofunctional traits in Mangalarga Marchador horse using principal component analysis

Dados de 14.288 animais da raça Mangalarga Marchador, nascidos de 1990 a 2005, foram utilizados para avaliar a redução da dimensionalidade do espaço multivariado para características morfofuncionais, por meio da análise de componentes principais. Foram consideradas as características: altura na cernelha, altura na garupa, comprimento da cabeça, comprimento do pescoço, comprimento do dorso, comprimento da garupa, comprimento da espádua, comprimento do corpo, largura da cabeça, largura das ancas, perímetro do tórax, perímetro da canela e a pontuação da marcha. Para tais características, obtiveram-se sete componentes principais, a partir da matriz de correlação, que apresentaram variância inferior a 0,7 (autovalor inferior a 0,7). Isso sugere sete variáveis para descarte, por apresentarem maiores coeficientes de ponderação, em valor absoluto, a partir do último componente principal. A razão para isso é que variáveis altamente correlacionadas com os componentes de menor variância representam variação praticamente insignificante. Com base nesses resultados, recomendam-se as seguintes características para serem mantidas em trabalhos futuros com esta base de dados: pontuação da marcha, altura na garupa, comprimento do dorso, comprimento da garupa, largura da cabeça e perímetro da canela.

Records from 14,288 animals of the Mangalarga Marchador breed, born from 1990 to 2005, were used to discard morphofunctional traits in a principal component analysis. The following traits were used: height at withers, height at croup, lengths of head, neck, back, croup, hip length and body, widths of head, hip width, thorax perimeter, cannon bone circumference and gait score. For the traits considered it was observed that 7 principal components showed variation lower than 0.7; suggesting that seven variables could be discarded. The reason is that when variable are highly correlated with the principal components of smaller variance, their variation is practically insignificant. Based on those results the recommendation is to maintain the following traits for future research with this database: gait score, height at croup, length of back, length of croup, width of head and cannon bone circumference.

Seleção de características morfofuncionais de cavalos da raça Mangalarga Marchador por meio da análise de componentes principais / Identification of morphofunctional traits in Mangalarga Marchador horse using principal component analysis

Dados de 14.288 animais da raça Mangalarga Marchador, nascidos de 1990 a 2005, foram utilizados para avaliar a redução da dimensionalidade do espaço multivariado para características morfofuncionais, por meio da análise de componentes principais. Foram consideradas as características: altura na cernelha, altura na garupa, comprimento da cabeça, comprimento do pescoço, comprimento do dorso, comprimento da garupa, comprimento da espádua, comprimento do corpo, largura da cabeça, largura das ancas, perímetro do tórax, perímetro da canela e a pontuação da marcha. Para tais características, obtiveram-se sete componentes principais, a partir da matriz de correlação, que apresentaram variância inferior a 0,7 (autovalor inferior a 0,7). Isso sugere sete variáveis para descarte, por apresentarem maiores coeficientes de ponderação, em valor absoluto, a partir do último componente principal. A razão para isso é que variáveis altamente correlacionadas com os componentes de menor variância representam variação praticamente insignificante. Com base nesses resultados, recomendam-se as seguintes características para serem mantidas em trabalhos futuros com esta base de dados: pontuação da marcha, altura na garupa, comprimento do dorso, comprimento da garupa, largura da cabeça e perímetro da canela.(AU)

Records from 14,288 animals of the Mangalarga Marchador breed, born from 1990 to 2005, were used to discard morphofunctional traits in a principal component analysis. The following traits were used: height at withers, height at croup, lengths of head, neck, back, croup, hip length and body, widths of head, hip width, thorax perimeter, cannon bone circumference and gait score. For the traits considered it was observed that 7 principal components showed variation lower than 0.7; suggesting that seven variables could be discarded. The reason is that when variable are highly correlated with the principal components of smaller variance, their variation is practically insignificant. Based on those results the recommendation is to maintain the following traits for future research with this database: gait score, height at croup, length of back, length of croup, width of head and cannon bone circumference.(AU)

Avaliação genética para peso corporal em um rebanho Nelore / Genetic evaluation for body weight in a Nellore herd

Estimaram-se as herdabilidades para os efeitos genéticos direto e materno e as correlações genéticas entre essas variáveis para os pesos ao desmame (P205), ao ano (P365) e ao sobreano (P550) em um rebanho Nelore do norte de Minas Gerais. O modelo estatístico incluiu os efeitos aditivos direto e materno, os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (fazenda, sexo, regime alimentar, estação (seca e água) e ano de nascimento do animal) e o efeito da covariável idade da vaca ao parto (linear e quadrático). Os componentes de variância e os valores genéticos foram estimados utilizando-se o método REML. A tendência genética foi obtida utilizando-se a regressão do valor genético médio anual em relação ao ano de nascimento dos animais. As estimativas de herdabilidade do efeito aditivo direto (H2O) para P205, P365 e P550 foram 0,60, 0,69 e 0,75, respectivamente. Estes coeficientes de H2O são de alta magnitude, indicando que o rebanho apresenta variabilidade genética aditiva relativa e, portanto, espera-se progresso genético considerável utilizando a seleção. Pela análise da tendência genética, verificou-se que houve evolução nos valores genéticos dos animais ao longo dos anos estudados.(AU)

The heritabilities for direct and maternal genetic effects and genetic correlations between these effects were estimated for weight at 205 (P205), 365 (P365), and 550 days (P550) in a Nelore herd in northern Minas Gerais. The statistical model included direct and maternal additive effects, in addition to the fixed effects of contemporary group (farm, gender, diet, season - dry and water -, and year of birth) and the covariate age of cow at calving (linear and quadratic effects). The variance components and genetic values were estimated by REML method. The genetic trend was obtained using the regression of the annual mean genetic value in relation to the year birth. The heritability estimates for the direct additive effect (H2O) for P205, P365, and P550 were equal to 0.60, 0.69, and 0.75, respectively. These coefficients showed high magnitude, indicating that the herd in question presents a great additive genetic variability and therefore it is expected a great progress using genetic selection. By the analysis of genetic trend, it was verified a development in animals genetic values over the years studied.(AU)

Avaliação genética para peso corporal em um rebanho Nelore / Genetic evaluation for body weight in a Nellore herd

Estimaram-se as herdabilidades para os efeitos genéticos direto e materno e as correlações genéticas entre essas variáveis para os pesos ao desmame (P205), ao ano (P365) e ao sobreano (P550) em um rebanho Nelore do norte de Minas Gerais. O modelo estatístico incluiu os efeitos aditivos direto e materno, os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (fazenda, sexo, regime alimentar, estação (seca e água) e ano de nascimento do animal) e o efeito da covariável idade da vaca ao parto (linear e quadrático). Os componentes de variância e os valores genéticos foram estimados utilizando-se o método REML. A tendência genética foi obtida utilizando-se a regressão do valor genético médio anual em relação ao ano de nascimento dos animais. As estimativas de herdabilidade do efeito aditivo direto () para P205, P365 e P550 foram 0,60, 0,69 e 0,75, respectivamente. Estes coeficientes de são de alta magnitude, indicando que o rebanho apresenta variabilidade genética aditiva relativa e, portanto, espera-se progresso genético considerável utilizando a seleção. Pela análise da tendência genética, verificou-se que houve evolução nos valores genéticos dos animais ao longo dos anos estudados.

The heritabilities for direct and maternal genetic effects and genetic correlations between these effects were estimated for weight at 205 (P205), 365 (P365), and 550 days (P550) in a Nelore herd in northern Minas Gerais. The statistical model included direct and maternal additive effects, in addition to the fixed effects of contemporary group (farm, gender, diet, season - dry and water -, and year of birth) and the covariate age of cow at calving (linear and quadratic effects). The variance components and genetic values were estimated by REML method. The genetic trend was obtained using the regression of the annual mean genetic value in relation to the year birth. The heritability estimates for the direct additive effect () for P205, P365, and P550 were equal to 0.60, 0.69, and 0.75, respectively. These coefficients showed high magnitude, indicating that the herd in question presents a great additive genetic variability and therefore it is expected a great progress using genetic selection. By the analysis of genetic trend, it was verified a development in animals genetic values over the years studied.