ABSTRACT
Identifying disease-causing variants in Rare Disease patients' genome is a challenging problem. To accomplish this task, we describe a machine learning framework, that we called "Suggested Diagnosis", whose aim is to prioritize genetic variants in an exome/genome based on the probability of being disease-causing. To do so, our method leverages standard guidelines for germline variant interpretation as defined by the American College of Human Genomics (ACMG) and the Association for Molecular Pathology (AMP), inheritance information, phenotypic similarity, and variant quality. Starting from (1) the VCF file containing proband's variants, (2) the list of proband's phenotypes encoded in Human Phenotype Ontology terms, and optionally (3) the information about family members (if available), the "Suggested Diagnosis" ranks all the variants according to their machine learning prediction. This method significantly reduces the number of variants that need to be evaluated by geneticists by pinpointing causative variants in the very first positions of the prioritized list. Most importantly, our approach proved to be among the top performers within the CAGI6 Rare Genome Project Challenge, where it was able to rank the true causative variant among the first positions and, uniquely among all the challenge participants, increased the diagnostic yield of 12.5% by solving 2 undiagnosed cases.
ABSTRACT
The release of water from the reservoir hypolimnion, lower concentration of oxygen and the anthropogenic regulation of the river flow, could affect the reproduction of fish, especially migratory species. However, little is known about the effects of these changes in water on non-migratory species. In this sense, the reproduction of Acestrohynchus lacustris was evaluated in two sections of São Francisco River, Minas Gerais, Brazil. Section 1, located immediately downstream from Três Marias Dam (18°09'31.65"S and 45°13'36.00"W) and section 2, located at the confluence of the São Francisco and the Abaeté Rivers (18°02'47.78"S and 45°1057.95"W). For this, we obtained the physico-chemical parameters of water of each study section. Additionally, biometric data and biological indices ofall specimens were measured. Fecundity and follicles diameters were measured in females. Temperature, dissolvedoxygen and flow showed lower values in section 1. Fish captured in this section, had lower values of GSI in bothsexes, and females presented decreased values of fecundity and follicles diameter. This species showed reproductiveactivity in the two sections analyzed, however, in section 1 where the temperature and dissolved oxygen presentedsignificant lower values, the reproductive capacity of A. lacustris, was negatively affected.
A liberação de água do hipolímnio do reservatório, baixa concentração de oxigênio e a regulação antropogênica do fluxo do rio podem afetar a reprodução de peixes, principalmente espécies migradoras. No entanto, pouco se sabe sobre os efeitos dessas mudanças nas condições da água em espécies não migradoras. A reprodução de Acestrohynchus lacustris foi avaliada em duas seções do rio São Francisco. Seção 1, localizada imediatamente a jusante da barragem de Três Marias e seção 2, localizada na confluência dos rios São Francisco e Abaeté. Para isso, foram obtidos os parâmetros físico-químicos da água de cada seção do estudo. Além disso, dados biométricos e índices biológicos de todos os peixes capturados foram obtidos. Adicionalmente, nas fêmeas foram medidos os diâmetros dos folículos vitelogênicos e a fecundidade. Temperatura, oxigênio dissolvido e fluxo apresentaram valores mais baixos na seção 1. Os peixes capturados nesta seção apresentaram menores valores de IGS em ambos os sexos, e as fêmeas apresentaram menores valores de fecundidade e diâmetro dos folículos. Essa espécie apresentou atividade reprodutiva nas duas seções analisadas, porém, na seção 1, onde os parâmetros da água apresentam piores condições para o processo reprodutivo de peixes, a capacidade reprodutiva de A. lacustris foi afetada negativamente.
Subject(s)
Animals , Characiformes/growth & development , Sexual Behavior, Animal , Fertility , Fresh Water/chemistry , Water/analysis , DamsABSTRACT
Abstract The release of water from the reservoir hypolimnion, lower concentration of oxygen and the anthropogenic regulation of the river flow, could affect the reproduction of fish, especially migratory species. However, little is known about the effects of these changes in water on non-migratory species. In this sense, the reproduction of Acestrohynchus lacustris was evaluated in two sections of São Francisco River, Minas Gerais, Brazil. Section 1, located immediately downstream from Três Marias Dam (18°0931.65S and 45°1336.00W) and section 2, located at the confluence of the São Francisco and the Abaeté Rivers (18°0247.78S and 45°1057.95W). For this, we obtained the physico-chemical parameters of water of each study section. Additionally, biometric data and biological indices of all specimens were measured. Fecundity and follicles diameters were measured in females. Temperature, dissolved oxygen and flow showed lower values in section 1. Fish captured in this section, had lower values of GSI in both sexes, and females presented decreased values of fecundity and follicles diameter. This species showed reproductive activity in the two sections analyzed, however, in section 1 where the temperature and dissolved oxygen presented significant lower values, the reproductive capacity of A. lacustris, was negatively affected.
Resumo A liberação de água do hipolímnio do reservatório, baixa concentração de oxigênio e a regulação antropogênica do fluxo do rio podem afetar a reprodução de peixes, principalmente espécies migradoras. No entanto, pouco se sabe sobre os efeitos dessas mudanças nas condições da água em espécies não migradoras. A reprodução de Acestrohynchus lacustris foi avaliada em duas seções do rio São Francisco. Seção 1, localizada imediatamente a jusante da barragem de Três Marias e seção 2, localizada na confluência dos rios São Francisco e Abaeté. Para isso, foram obtidos os parâmetros físico-químicos da água de cada seção do estudo. Além disso, dados biométricos e índices biológicos de todos os peixes capturados foram obtidos. Adicionalmente, nas fêmeas foram medidos os diâmetros dos folículos vitelogênicos e a fecundidade. Temperatura, oxigênio dissolvido e fluxo apresentaram valores mais baixos na seção 1. Os peixes capturados nesta seção apresentaram menores valores de IGS em ambos os sexos, e as fêmeas apresentaram menores valores de fecundidade e diâmetro dos folículos. Essa espécie apresentou atividade reprodutiva nas duas seções analisadas, porém, na seção 1, onde os parâmetros da água apresentam piores condições para o processo reprodutivo de peixes, a capacidade reprodutiva de A. lacustris foi afetada negativamente.
ABSTRACT
The release of water from the reservoir hypolimnion, lower concentration of oxygen and the anthropogenic regulation of the river flow, could affect the reproduction of fish, especially migratory species. However, little is known about the effects of these changes in water on non-migratory species. In this sense, the reproduction of Acestrohynchus lacustris was evaluated in two sections of São Francisco River, Minas Gerais, Brazil. Section 1, located immediately downstream from Três Marias Dam (18°09'31.65"S and 45°13'36.00"W) and section 2, located at the confluence of the São Francisco and the Abaeté Rivers (18°02'47.78"S and 45°10'57.95"W). For this, we obtained the physico-chemical parameters of water of each study section. Additionally, biometric data and biological indices of all specimens were measured. Fecundity and follicles diameters were measured in females. Temperature, dissolved oxygen and flow showed lower values in section 1. Fish captured in this section, had lower values of GSI in both sexes, and females presented decreased values of fecundity and follicles diameter. This species showed reproductive activity in the two sections analyzed, however, in section 1 where the temperature and dissolved oxygen presented significant lower values, the reproductive capacity of A. lacustris, was negatively affected.
A liberação de água do hipolímnio do reservatório, baixa concentração de oxigênio e a regulação antropogênica do fluxo do rio podem afetar a reprodução de peixes, principalmente espécies migradoras. No entanto, pouco se sabe sobre os efeitos dessas mudanças nas condições da água em espécies não migradoras. A reprodução de Acestrohynchus lacustris foi avaliada em duas seções do rio São Francisco. Seção 1, localizada imediatamente a jusante da barragem de Três Marias e seção 2, localizada na confluência dos rios São Francisco e Abaeté. Para isso, foram obtidos os parâmetros físico-químicos da água de cada seção do estudo. Além disso, dados biométricos e índices biológicos de todos os peixes capturados foram obtidos. Adicionalmente, nas fêmeas foram medidos os diâmetros dos folículos vitelogênicos e a fecundidade. Temperatura, oxigênio dissolvido e fluxo apresentaram valores mais baixos na seção 1. Os peixes capturados nesta seção apresentaram menores valores de IGS em ambos os sexos, e as fêmeas apresentaram menores valores de fecundidade e diâmetro dos folículos. Essa espécie apresentou atividade reprodutiva nas duas seções analisadas, porém, na seção 1, onde os parâmetros da água apresentam piores condições para o processo reprodutivo de peixes, a capacidade reprodutiva de A. lacustris foi afetada negativamente.
Subject(s)
Animals , Male , Female , Characiformes , Reproduction , Brazil , Rivers , FertilityABSTRACT
Através de análise ao microscópio de luz, caracterizaram-se quatro tipos de micrópilas em ovócitos vitelogênicos de 19 espécies de teleósteos, baseando-se na ocorrência e profundidade do vestíbulo, no comprimento do canal micropilar e na forma da célula micropilar. Em relaçäo a grupos taxonômicos, quatro espécies de pimelodídeos analisadas mostraram micrópila tipo 1, duas espécies de curimatídeos apresentaram micrópila tipo 2, nos caracídeos foram observados tipos 2, 3 e 4 e, nos anostomídeos, tipos 2 e 4. Os resultados indicam que a morfologia da micrópila e da célula micropilar variam em teleósteos de água doce, podendo apresentar padräo similar em alguns grupos sistemáticos
Subject(s)
Animals , Fishes/anatomy & histology , Ovarian Follicle/anatomy & histology , Zona Pellucida/ultrastructureABSTRACT
Determinaram-se os tamanhos de primeira maturaçäo sexual (L50) para S. knerii, piau-branco e para L. piau, piau-gordura. Diferenciaram-se peixes juvenis de peixes adultos por critérios microscópicos. O comprimento padräo correspondente à primeira maturaçäo sexual (L50) foi estimado em: S. knerii 14,5 cm para fêmeas e 2,3 cm para machos; L. piau 10,2 cm para fêmeas e 9,6 cm para machos. Todos os peixes estavam aptos a reproduzirem-se (L100) a partir de: S. knerii 17,5cm para fêmeas e 14,7cm para machos; L. piau 12,0cm para fêmeas e 10,8cm para machos. O coeficiente de correlaçäo (r) entre frequência de adultos e classes de comprimento padräo foi superior a 0,97 em cada caso indicando eficiência do método
Subject(s)
Animals , Male , Female , Sex Characteristics , Fishes/physiologyABSTRACT
Analisaram-se histologicamente gônadas de 305 exemplares de Pygocentrus piraya, capturados no reservatório de Três Marias, MG, no período de julho/85 a junho/86. Determinaram-se os estádios de desenvolvimento dos ovócitos e das gônadas. De desova parcelada, aparentemente essa espécie de piranha reproduz-se no próprio reservatório, durante os meses de janeiro a abril, quando o nível de água está em elevaçäo. Existem indicaçöes que os machos acham-se aptos a reproduzirem-se durante todo o ano. Näo foram observados machos esgotados
Subject(s)
Animals , Fishes , ReproductionABSTRACT
Gônadas de 599 exemplares de P. squamipinnis, capturados na represa de Três Marias no período de julho/85 a junho/86, foram analisadas por métodos histológicos. A maioria dos peixes encontravam-se em repouso. Machos em maturaçäo foram observados durante todo o ano. Somente nove fêmeas em maturaçäo avançada foram registradas e fêmeas desovadas näo foram capturadas. Entretanto, há indicaçöes de que a espécie completa seu ciclo reprodutivo na represa. O tamanho de primeira maturaçäo sexual (L50) de fêmeas foi estimado em 21,4cm de comprimento padräo (CP). Todas as fêmeas estäo aptas a reproduzirem-se (L100) a partir de 26,5cm CP
Subject(s)
Animals , Fishes , ReproductionABSTRACT
Pela análise microscópica de gônadas constatou-se que a desova de C. ocellaris é do tipo parcelada e que peixe em estádio de maturaçäo ocorrem durante todo o ano. Registrou-se maior frequência de fêmeas desovadas no mêes de janeiro, quando a precipitaçäo pluviométrica na regiäo de Três Marias é alta e o nível de água da represa começa a subir
Subject(s)
Animals , Fishes , ReproductionSubject(s)
Animals , Blood , Blood Protein Electrophoresis , Fetal Blood , Growth Substances , In Vitro Techniques , CattleABSTRACT
Pela inoculacao de diluicoes seriadas da vacina viva, atenuada, contra o sarampo,em culturas de celulas Vero, foram titulados para controle de potencia, 161 lotes de vacinas importadas da Inglaterra, Franca e Belgica, destinadas a vacinacao da populacao infantil do Estado de Sao Paulo. Nas condicoes do teste, 20,0, 11,5 e 25,0% dos lotes de vacina testadas, importadas da Inglaterra, Franca e Belgica respectivamente, nao apresentaram o titulo minimo exigido; dentre os 72 lotes importados da Franca e liofilizados no Brasil, nao ocorreram impugnacoes devidas a insuficiencia de titulo
Subject(s)
Measles , Measles Vaccine , Vaccination , BrazilABSTRACT
Duas linhagens celulares de origem simia (LLC-MK2 e BS-C-1) e duas de origem humana (HeLa e HEp2-C) foram testadas quanto a sensibilidade a enterovirus humanos.Culturas celulares da mesma linhagem, a LLC-MK2, obtidas de dois laboratorios diferentes, quando cultivadas sob as mesmas condicoes mostraram diferencas quanto a sensibilidade a enterovirus isolados de esgoto. Celulas HeLa, inoculadas com poliovirus tipo II-MEF, apresentaram efeito citopatico, quando cultivadas em meio liquido; porem mostraram-se inadequadas para a formacao de placas (UFP), quando cultivadas sob meio gelificado. Quando poliovirus tipo I-Mahoney, adicionado a agua tratada e de manancial, posteriormente submetidas a concentracao, foi inoculado paralelamente, em celulas BS-C e LLC-MK2, as primeiras se mostraram mais sensiveis, para a recuperacao desse virus. Com linhagens de celulas de rim de macaco foram obtidos melhores indices de recuperacao de virus do que com linhagens de origem humana, tendo a BS-C-1 apresentando os melhores indices de plaqueamento e podendo, pois, ser considerada como linhagem ideal, dentre aquelas empregadas no estudo
Subject(s)
Enterovirus , Culture Media , Cells, Cultured , Cell Line , Water MicrobiologyABSTRACT
Os Autores estudaram a manutencao "in vitro" do flagelado Trypanosoma butantanense, isolado de especime de Waglerophis merremii (serpente, Colubridae). Para a realizacao das passagens, os meios L.I.T. e Eagle foram suplementados com (i) sangue total, (ii) plasma, (iii) hemacias de serpentes. Os melhores resultados foram obtidos com meios enriquecidos com sangue total, sendo as hemacias mais eficientes do que o plasma. Para a transmissao "in vitro" o sangue infectado, diluiu em meio Eagle, foi o mais efetivo; W. merremii, assim como filhotes de Crotalus durissus terrificus, apresentaram maior suscetibilidade ao T. butantanense, ao passo que os filhotes de Bothrops alternatus foram menos suscetiveis. Os Autores suspeitam de uma possivel resistencia biologica dos C. d. terrificus adultos ao flagelado. Nao foi possivel transmitir o T. butantanense por via oral ou atraves de sanguessuga Haementeria gracilis (Hirudinea)