Molecular detection of leptosipira in synanthropic and wild rodents from Villavicencio municipality, Colombia / Detección molecular de leptospiras en roedores del municipio de Villavicencio, Colombia

Introduction: Rodents are potential transmitters of Leptospira spp. In the municipality of Villavicencio, Colombia, leptospirosis is a disease that, although notifiable, is still underreported. In this region, rodent species that can host pathogenic leptospira remain unknown. Objective: To detect the presence of Leptospira spp. through molecular analysis in rodents (Rodentia) from peri-urban and rural areas belonging to the municipality of Villavicencio in Colombia. Methods: Peri-urban and rural areas of the townships belonging to Villavicencio municipality were selected for sampling. These areas presented similar ecological conditions: they were near water bodies and peridomiciliary areas, and some of them included fields of agricultural crops. Rodents´ kidneys were removed and frozen in liquid nitrogen. DNA was extracted using a commercial kit and subsequently amplified through conventional polymerase chain reaction. Results: The rodent species collected were: Rattus rattus, Mus musculus, Zygodontomys brevicauda, Oligoryzomys sp, Hylaeamys (formerly Oryzomys) and Proechimys cf. oconnelli. Leptospira DNA was amplified in six rodents and the purified amplicons were sent to Macrogen Inc. (Seoul, Korea) for sequencing. The alignment analysis of the sequenced products demonstrated 98.64 percent of coverage and identity with Leptospira interrogans. Conclusions: This is the first study carried out on wild and synanthropic rodents in the municipality of Villavicencio. The incidence of leptospirosis raises the alarm due to the important role of these small mammals in the transmission of this zoonosis, which is considered the second cause, after dengue, of undifferentiated febrile illness in Villavicencio(AU)

Introducción: Los roedores son potenciales transmisores de Leptospira spp. En el municipio de Villavicencio, Colombia, la leptospirosis es una enfermedad que, aunque debe notificarse obligatoriamente, sigue subreportada. En esta región, algunas especies de roedores pueden ser reservorios de leptospiras patógenas, situación que se desconoce. Objetivo: Detectar la presencia de Leptospira spp. a través del análisis molecular en roedores (Rodentia) de áreas periurbanas y rurales del municipio de Villavicencio, Colombia. Métodos: Para el trampeo se seleccionaron áreas periurbanas y rurales de las veredas pertenecientes al municipio de Villavicencio. Las áreas escogidas presentaban condiciones ecológicas similares: cerca de cuerpos de agua y áreas peridomiciliarias; algunas de ellas localizadas en campos de cultivos de la agricultura. Se extirparon los riñones de los roedores y se conservaron en nitrógeno líquido. Se extrajo el ADN usando un estuche comercial y posteriormente se amplificó mediante reacción en cadena de la polimerasa convencional. Resultados: Las especies de roedores colectadas fueron: Rattus rattus, Mus musculus, Zygodontomys brevicauda, Oligoryzomys sp., Hylaeamys (ahora Oryzomys) y Proechimys oconnelli. El ADN de leptospira se amplificó en seis roedores y los amplicones purificados se enviaron a Macrogen Inc. (Seoul, Korea) para secuenciación. El análisis de alineamiento de los productos secuenciados demostró un 98,64 por ciento de cobertura e identidad con Leptospira interrogans. Conclusiones: Este es el primer estudio llevado a cabo en roedores silvestres y sinantrópicos en el municipio de Villavicencio. La incidencia de la leptospirosis genera una alarma con respecto a la importancia del papel de esos pequeños mamíferos en la transmisión de esta zoonosis, la cual es la segunda causa de los síndromes febriles indiferenciados en Villavicencio, después del dengue(AU)

Reproducibility of rapid diagnostic tests for Trypanosoma cruzi infection in endemic areas of Colombia / Reproducibilidad de pruebas de diagnóstico rápido de la infección por Trypanosoma cruzi en áreas endémicas de Colombia

Introduction: Chagas disease is a neglected tropical disease of interest to public health because of its social and economic burden. Identifying infected and sick people with Chagas disease constitutes the first step towards achieving World Health Ooganization's goals for 2020. Objective: To evaluate the reproducibility with gold standard of a rapid diagnostic test for detection of antibodies to T. cruzi; and to propose a diagnostic algorithm for Chagas disease under the point-of-care concept in an area with limited access to health care coverage. Material and Methods: A cross-sectional study was performed to detect antibodies to T. cruzi in 151 indigenous volunteers belonging to three ethnic groups of the Sierra Nevada de Santa Marta, Colombia. Rapid tests-PDR SD BIOLINE Chagas Ab were implemented in the field versus confirmation in the laboratory using two standardized serological methods (ELISAs). Results: The results show that 19,2 percent seroreactivity for T. cruzi was found among the entire population screening. The highest rate of human infection with T. cruzi was detected in the Wiwa community. No significant differences between rapid diagnostic test and the standard techniques (ELISAs) were found. Sensitivity, specificity and concordance for RDT were 100 percent (Kappa: 1,0). Conclusions: The Sierra Nevada de Santa Marta continues to be a hyperendemic area for Chagas disease. The area is difficult to access and has low or no primary health care coverage, making the assessed rapid diagnostic test a useful tool for screening programs and defining treatment and control plans, which represents the first approach at establishing a point-of-care testing strategy for endemic countries for Chagas disease(AU)

Introducción: La enfermedad de Chagas es una enfermedad desatendida de interés en salud pública por su carga social y económica. Identificar personas infectadas y enfermas con el mal de Chagas constituye el primer paso para alcanzar los objetivos de la Organización Mundial de la Salud para el 2020. Objetivo: Evaluar la reproducibilidad de una prueba de diagnóstico rápida para la detección de anticuerpos contra T. cruzi; y proponer un algoritmo de diagnóstico para enfermedad de Chagas bajo el concepto de uso de tecnologías en el lugar de atención en áreas de acceso limitados a los servicios de salud. Materiales y métodos: Se realizó un estudio de corte transversal para la detección de anticuerpos para T. cruzi a 151 indígenas voluntarios pertenecientes a tres grupos étnicos de la Sierra Nevada de Santa Marta, Colombia. Se implementó pruebas rápidas-PDR SD BIOLINE Chagas Ab en campo versus la confirmación en el laboratorio mediante dos métodos serológicos estandarizados (ELISAs). Resultados: Se encontró el 19,2 por ciento de seroreactividad para T. cruzi entre toda la población estudiada. La tasa más alta de infección humana por T. cruzi se detectó en la comunidad Wiwa. No hubo diferencias significativas entre la prueba de diagnóstico rápida y las técnicas estandarizadas (ELISAS). La sensibilidad, especificidad y concordancia para la PDR fue del 100 por ciento (Kappa: 1,0). Conclusiones: La Sierra Nevada de Santa Marta continúa siendo un área hiperendémica para la enfermedad de Chagas. Dado que es un área de difícil acceso, con baja o nula cobertura en atención primaria en salud, la prueba de diagnóstico rápida evaluada se convierte en una herramienta útil como prueba de elección para programas de tamización y definir planes de acción de tratamiento y control, y representa el primer acercamiento de uso de tecnologías en el sitio de atención para el diagnóstico rápido en países endémicos para la enfermedad(AU)

Diversity and interactions among triatomine bugs, their blood feeding sources, gut microbiota and Trypanosoma cruzi in the Sierra Nevada de Santa Marta in Colombia.

Chagas disease remains a major neglected disease in Colombia. We aimed to characterize Trypanosoma cruzi transmission networks in the Sierra Nevada de Santa Marta (SNSM) region, to shed light on disease ecology and help optimize control strategies. Triatomines were collected in rural communities and analyzed for blood feeding sources, parasite diversity and gut microbiota composition through a metagenomic and deep sequencing approach. Triatoma dimidiata predominated, followed by Rhodnius prolixus, Triatoma maculata, Rhodnius pallescens, Panstrongylus geniculatus and Eratyrus cuspidatus. Twenty-two species were identified as blood sources, resulting in an integrated transmission network with extensive connectivity among sylvatic and domestic host species. Only TcI parasites were detected, predominantly from TcIb but TcIa was also reported. The close relatedness of T. cruzi strains further supported the lack of separate transmission cycles according to habitats or triatomine species. Triatomine microbiota varied according to species, developmental stage and T. cruzi infection. Bacterial families correlated with the presence/absence of T. cruzi were identified. In conclusion, we identified a domestic transmission cycle encompassing multiple vector species and tightly connected with sylvatic hosts in the SNSM region, rather than an isolated domestic transmission cycle. Therefore, integrated interventions targeting all vector species and their contact with humans should be considered.

Infecciones por Staphylococcus aureus resistente a la meticilina adquirido en la comunidad en pacientes de Villavicencio, Colombia / Community-acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus infections in Villavicencio, Colombia

Introducción: los Staphylococcus aureus son patógenos muy versátiles, con capacidad de causar un gran rango de enfermedades en los humanos. Sin embargo, el papel que juegan sus factores de virulencia en el desarrollo de las infecciones no se ha entendido completamente. Algunos tipos clonales están muy bien equipados para causar enfermedad en todas las personas, mientras que otros causan enfermedad solo a algunos miembros de una comunidad. Objetivo: determinar la prevalencia de infecciones por Staphylococcus aureus resistente a meticilina adquiridas en la comunidad en pacientes de la ciudad de Villavicencio, Colombia. Métodos: estudio descriptivo, prospectivo de corte transversal, en 46 muestras obtenidas de absceso, secreción, sangre, orina, líquido pericárdico, líquido pleural, aspirado traqueal, forúnculo. Los individuos participantes no estuvieron hospitalizados en los últimos meses, ni recibieron tratamiento antimicrobiano y no presentaron signos y/o síntomas clínicos. Los aislamientos fueron identificados por pruebas convencionales microbiológicas y se determinó la susceptibilidad antimicrobiana para los diferentes antibióticos a través de MicroScan™ Pos Combo Panel Type pc 24 (Dade Behring, USA). Se detectaron los genes nuc, mecA y LukS-PV relacionados con la identificación y virulencia de esta especie. Resultados: de las 46 muestras analizadas, el 100 por ciento resultaron positivas para S. aureus, de éstas 46 (100 %) fueron resistentes a meticilina y 44 (95,6 por ciento) presentaron el gen para la LPV. Conclusiones: en Colombia y específicamente en Villavicencio poco se conoce de la epidemiologia del SARM- AC. Deben realizarse estudios de vigilancia epidemiológica y tipificación molecular que nos acerquen a entender más el comportamiento de su epidemiologia y así mismo diseñar mejores estrategias de prevención y control(AU)

Introduction: staphylococcus aureus is a very versatile pathogen, with a capacity to cause a great range of conditions in humans. However, the role played by its virulence factors in the development of infection is not thoroughly understood. Some clonal types are very well equipped to cause disease in all persons, whereas others only affect some members of a community. Objective: determine the prevalence of community-acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus infections in patients from the city of Villavicencio in Colombia. Methods: a descriptive cross-sectional prospective study was conducted of 46 samples obtained from abscesses, secretions, blood, urine, pericardial fluid, pleural fluid, tracheal aspirates and boils. Participants had not been hospitalized in recent months nor had they received any antimicrobial treatment, and they did not present any clinical signs and/or symptoms. The isolates were identified by means of conventional microbiological tests. Antimicrobial susceptibility to the various antibiotics was determined using MicroScan™ Pos Combo Panel Type pc 24 (Dade Behring, USA). The genes nuc, mecA and LukS-PV were detected. These are related to the identification and virulence of the study species. Results: of the 46 samples analyzed, 46 (100 percent) were positive for S. aureus, 46 (100 percent) were resistant to methicillin and 44 (95.6 percent) contained the LPV gene. Conclusions: in Colombia and specifically in Villavicencio, little is known about the epidemiology of CA-MRSA. Epidemiological screening and molecular typing studies should be conducted to gain insight into the epidemiology of CA-MRSA and design better prevention and control strategies(AU)